Xác định gen kháng ceftriaxone ở vi khuẩn shigella sonnei phân lập từ các mẫu bệnh phẩm

MỤC LỤC DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, TỪ VIẾT TẮT . i DANH MỤC CÁC BẢNG iii DANH MỤC CÁC SƠ ĐỒ VÀ BIỂU ĐỒ iv DANH MỤC CÁC HÌNH . v MỞ ĐẦU 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1. Phân loại . 3 1.2. Hình thái, cấu trúc và một số đặc điểm sinh hóa . 4 1.3. Tình hình nhiễm Shigella trên thế giới và ở Việt Nam . 5 1.3.1. Tình hình nhiễm Shigella trên thế giới 5 1.3.2. Tình hình nhiễm Shigella ở Việt Nam . 6 1.4. Sự lây nhiễm và con đường lan truyền bệnh 9 1.5. Đáp ứng miễn dịch của cơ thể đối với sự xâm nhiễm của Shigella 11 1.6. Các phương pháp chẩn đoán 12 1.6.1. Chẩn đoán lâm sàng 12 1.6.2. Phòng thí nghiệm . 12 1.7. Các phương pháp điều trị . 12 1.8. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella trên thế giới và ở Việt Nam14 1.8.1. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella trên thế giới . 14 1.8.2. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella ở Việt Nam 15 1.9. Ceftriaxone và cơ chế kháng ceftriaxone của vi khuẩn . 16 1.9.1. Ceftriaxone . 16 1.9.2. Cơ chế kháng ceftriaxone của vi khuẩn . . 17 1.10. Enzyme β-lactamase và β-lactamase phổ rộng . 18 1.10.1. . Giới thiệu . 18 1.10.2. . Các phương pháp phát hiện vi khuẩn sinh enzyme β-lactamase phổ rộng . . 23 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 2.1. Thiết bị 28 2.2. Hóa chất 29 2.2.1. Hóa chất tách chiết DNA bộ gen 29 2.2.2. Hóa chất tách chiết DNA plasmid . 29 2.2.3. Hóa chất dùng trong điện di DNA . 29 2.2.4. Hóa chất dùng trong phản ứng PCR . . 30 2.2.5. Hóa chất dùng để tinh sạch sản phẩm của phản ứng PCR 30 2.2.6. Hóa chất dùng trong giải trình tự 31 2.2.7. Hóa chất dùng trong lai Southern Blot 31 2.2.8. Thang DNA . . 33 2.3. Môi trường . . 33 2.3.1. Môi trường LB . 33 2.3.2. Môi trường LB Agar 34 2.3.3. Môi trường NA 34 2.3.4. Môi trường MH 34 2.3.5. Môi trường MC 34 2.3.6. Môi trường XLD . . 35 2.3.7. Môi trường SB . 35 2.4. Phương pháp . 36 2.4.1. Phân lập và định danh S. sonnei 36 2.4.2. . X ác định kháng sinh đồ và nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) của S. sonnei CroR đối với 1 số kháng sinh . 40 2.4.3. Xác định khả năng sinh ESBL của S. sonnei kháng ceftriaxone . 41 2.4.4. Tách chiết vật liệu di truyền của vi khuẩn S. sonnei . 42 2.4.5. Tạo dòng gen kháng ceftriaxone . 44 2.4.6. Khuếch đại đoạn gen mã hóa ESBL bằng phản ứng PCR 45 2.4.7. Tinh chế sản phẩm khuếch đại 47 2.4.8. Giải trình tự sản phẩm khuếch đại 47 2.4.9. Chuyển plasmid mang gen mã hóa ESBL vào E. coli J53AzR bằng tiếp hợp 48 2.4.10. . Lai Southern Blot sản phẩm khuếch đại với các plasmid . 49 3. KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN 3.1. Kháng sinh đồ của S. sonnei CroR 54 3.2. Kiểu hình tạo ESBL của S. sonnei CroR 57 3.3. P lasmid của S. sonnei kháng với ceftriaxone và S. sonnei nhạy với ceftriaxone . 60 3.4. Tạo dòng chủng E. coli mang gen kháng ceftriaxone 62 3.4.1. Cắt plasmid bằng AluI và cắt pUC19 bằng SmaI 62 3.4.2. Tạo dòng chủng E. coli mang gen kháng ceftriaxone . 63 3.5. Kết quả PCR gen mã hóa ESBL 64 3.6. Trình tự gen mã hóa ESBL 67 3.7. Kết quả chuyển plasmid mang gen mã hóa ESBL từ S. sonnei kháng ceftriaxone sang E. coli J53AzR bằng tiếp hợp . 70 3.8. Kết quả lai Southern Blot . 72 4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1. Kết luận . 74 4.2. Đề nghị 75 TÀI LIỆU THAM KHẢO 76 PHỤ LỤC

pdf5 trang | Chia sẻ: lvcdongnoi | Ngày: 20/08/2013 | Lượt xem: 2038 | Lượt tải: 6download
Bạn đang xem nội dung tài liệu Xác định gen kháng ceftriaxone ở vi khuẩn shigella sonnei phân lập từ các mẫu bệnh phẩm, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
TÀI LIỆU THAM KHẢO TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT 1. Nguyễn Văn Minh Hoàng, Đặc điểm vi khuẩn Shigella gây tiêu chảy cấp tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới Tp. HCM (2004), Luận văn Thạc sĩ, Đại học Khoa học Tự nhiện, Đại học Quốc gia Tp. HCM. TÀI LIỆU TIẾNG ANH 2. Acheson, D.W.K. (2001), Shigella, Guide to Foodborne Pathogens, Wiley, New York. 3. Agnes Lefort, G.A., Olivier F. Join-Lambert, Marc Lecuit, Olivier Lortholary (2007), Novel Extended-spectrum β-Lactamase in Shigella sonnei, Emerging Infectious Diseases, 13(4). 4. Aroonwadee Chanawong, A.L., Wanlop Kaewkes, Viraphong Lulitanond, Sukanya Srigulbutr, Preecha Homchampa (2007), CTX-M Extended Spectrum β-Lactamses among Clinical Isolates of Enterobacteriaceae in a Thai University Hospital, Southeast Asian Journal of Tropical Medicine and Public Health, 38(3), pp. 493-500. 5. Bonnet, R. (2004), Growing Group of Extended-Spectrum β-Lactamases: the CTX-M enzymes, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 48(1), pp. 1-14. 6. Bradford, P.A. (2001), Extended-Spectrum β-Lactamases in the 21st Century: Characterization, Epidemiology, and Detection of This Important Resistance Threat, Clinical Microbiology Reviews, 14(4), pp. 933-951. 7. C. I. Kado, S.T.L. (1981), Rapid Procedure for Detection and Isolation of Large and Small Plasmids, Journal of Bacteriology, 145, pp. 1365-1373. 8. Chen-Yen Kuo, L.-H.S., Jennifer Perera, Celia Carlos, Ban Hock Tan, Gamini Kumarasinghe, Thomas So, Pham Hung Van, Anan Chongthaleong, Jae-Hoon Song, Cheng-Hsun Chiu (2008), Antimicrobial Susceptibility of Shigella Isolates in Eight Asian Countries 2001-2004, Journal of Microbiology, Immunology and Infection, 41, pp. 107-111. 9. Hyunjoo Pai, E.-h.C., Hoan-jong Lee, Jung Yun Hong, George A. Jacoby, Identification of CTX-M-14 Extended-Spectrum β-Lactamase in Clinical Isolates of Shigella sonnei, Escherichia coli, and Klebsiella pneumoniae in Korea (2001), Journal of Clinical Microbiology, 39(10), pp. 3747–3749. 10. J. Michael Janda, S.L.A. (2006), The Enterobacteria 2nd edition, Lippincott Williams & Wilkins. 11. Jacoby, G.A., β-Lactamase Nomenclature (2006), Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 50(4), pp. 1123-1129. 12. Jaroslav Hrabak, J.E., Marek Gniadkowski, Warsaw Poland, Zbynek Halbhuber, Karel Rebl, Pavla Urbaskova (2008), CTX-M-15-producing Shigella sonnei from a Czech patient who traveled in Asia, Journal of Clinical Microbiology, JCM Accepted. 13. Jungmin Kim, Y.-M.L., Young-Sook Jeong, Sung-Yong Seol (2005), Occurrence of CTX-M-3, CTX-M-15, CTX-M-14, and CTX-M-9 Extended-Spectrum β-Lactamases in Enterobacteriaceae Clinical Isolates in Korea, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 49(4), pp. 1572-1575. 14. Larean D. Brandon, M.B.G. (2000), Exploitation of Mammalian Host Cell Function by Shigella spp., Virulence Mechanisms of Bacterial Pathogens, ASM Press. 15. Lindberg AA, K.A., Weintraub A. (1991), The lipopolysaccharide of Shigella bacteria as a virulence factor, Review of Infectious Diseases, 13(4), pp. 279-284. 16. Louise A. Kelly-Hope, W.J.A., Vu Dinh Thiem, Dang Duc Anh, Do Gia Canh, Hyejon Lee, David L. Smith, Mark A. Miller (2007), Geographical Distribution and Risk Factors Associated with Enteric Diseases in Vietnam, American Journal of Tropical Medicine and Hygiene, 76(4), pp. 706- 712. 17. M. Batchelor, K.H., E. J. Threlfall, F. A. Clifton-Hadley, A. D. Stallwood, R. H. Davies, E. Liebana (2005), blaCTX-M Genes in Clinical Salmonella Isolates Recovered from Humans in England and Wales from 1992 to 2003, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 49(4), pp. 1319-1322. 18. Marcela Radice, C.G., Pablo Power, Maria del Carmen Vidal, Gabriel Gutkind (2001), Third-Generation Cephalosporin Resistance in Shigella sonnei, Argentina, Emerging Infectious Diseases, 7(3). 19. Mohammad Rahbar, M.D., Masoud Hajia (2007), Changing Prevalence and Antibiotic Susceptibility Patterns of Different Shigella species in Tehran, Iran, The Internet Journal of Microbiology, 3(2). 20. Nicola A. C. Potz, R.H., Marina Warner, Alan P. Johnson, David M. Livermore (2006), Prevalence and mechanisms of cephalosporin resistance in Enterobacteriaceae in London and South-East England, Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 58, pp. 320–326. 21. Niyogy, S.K. (2005), Shigellosis, The Journal of Microbiology, 43(2), pp. 133-143. 22. Salam MA, B.M. (1991), Antimicrobial therapy for shigellosis, Review of Infectious Diseases, 13(4), pp. 332-341. 23. Sang-Guk Lee, S.H.J., Hyukmin Lee, Chang Ki Kim, Yangsoon Lee, Eunmi Koh, Yunsop Chong, Kyungwon Lee (2009), Spread of CTX-M–type Extended Spectrum β-lactamases among Bloodstream Isolates of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae from a Korean hospital, Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 63, pp. 76-80. 24. Thomas L. Hale, G.T.K., Shigella, Medical Microbiology, S. Baron, Editor, The University of Texas Medical Branch at Galveston. 25. Trung Vu Nguyen, P.V.L., Chinh Huy Le, Andrej Weintraub (2005), Antibiotic Resistance in Diarrheagenic Escherichia coli and Shigella Strains Isolated from Children in Hanoi, Vietnam, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 49(2), pp. 816-819. 26. Tse Hsien Koh, G.C.Y.W., Li-Hwei Sng, Zhao Yi, Tse Yuen Koh (2004), CTX-M and Plasmid mediated AmpC-Producing Enterobacteriaceae, Singapore, Emerging Infectious Diseases, 10(6), pp. 1172-1174. 27. Van Cao, T.L., Duong Quynh Nhu, Huynh Kim Loan, Nguyen Kim Hoang, Guillaume Arlet, Patrice Courvalin (2002), Distribution of Extended- Spectrum-β-Lactamases in Clinical Isolates of Enterobacteriaceae in Vietnam, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 46(12), pp. 3739-3743. 28. Vinh H, B.S., Campbell J, Hoang NV, Loan HT, Chinh MT, Anh VT, Diep TS, Phuong Le T, Schultsz C, Farrar J (2009), Rapid emergence of third generation cephalosporin resistant Shigella spp. in Southern Vietnam, Journal of Medical Microbiology, 58, pp. 281-283. 29. Ziya Cibali Acikgoz, O.K.E., Sesin Kocagoz (2008), CTX-M-3 Type β- Lactamase Producing Shigella sonnei Isolates from Pediatric Bacillary Dysentery Cases, Japanese Journal of Infectious Diseases, 61(2), pp. 135-137. 30. Zizhong Xiong, T.L., Yuanhong Xu, Jun Li (2007), Detection of CTX-M-14 extended-spectrum β-lactamase in Shigella sonnei isolates from China, Journal of Infection, 55, pp. 125-128. TÀI LIỆU INTERNET 31. 32. 33. 34. 35. 36. 37. 38. 39. 40. 41.

Các file đính kèm theo tài liệu này:

  • pdf13.pdf
  • pdf1.pdf
  • pdf10.pdf
  • pdf11.pdf
  • pdf12.pdf
  • pdf14.pdf
  • pdf2.pdf
  • pdf3.pdf
  • pdf4.pdf
  • pdf5.pdf
  • pdf6.pdf
  • pdf7.pdf
  • pdf8.pdf
  • pdf9.pdf
Luận văn liên quan