Hoạt động và hiệu quả của phòng thí nghiệm tham chiếu quốc gia và các phòng thí nghiệm cấp Vùng

Ministry of Agriculture & Rural Development Báo cáo kỹ thuật Dự Án CARD 072/04 VIE “ Tăng cường năng lực giám sát và khống chế bệnh lở mồm long móng (LMLM) trên trâu bò và heo để góp phần tăng cường an toàn sinh học cho quốc gia” Milestone 3 Hoạt động và hiệu quả của phòng thí nghiệm tham chiếu quốc gia và các phòng thí nghiệm cấp Vùng By Chris Morrissy 3 Mục lục 1. Thông tin về đơn vị _____________________________________________ 3 2. lược dự án_____________________________________________________ 4 3. Báo cáo tóm tắt_________________________________________________ 4 4. Giới thiệu và bối cảnh ___________________________________________ 5 5. Hoạt động và hiệu quả của phòng thí nghiệm tham chiếu quốc gia và phòng thí nghiệm cấp vùng. __________________________________________________ 6 5.1 Những điểm đánh chú ý ______________________________________ 6 5.2 Xây dựng năng lực __________________________________________ 8 5.3 Quảng bá __________________________________________________ 8 6. Kết luận _______________________________________________________ 9 7. Phụ lục_______________________________________________10 7.1 Phụ lục 1: Phiếu quản lý xét nghiệm, phiếu kết quả, mẫu lưu trữ kết quả đối chứng nội thí dụ LMLM 3ABC ELISa__________________ 10 7.2 Phụ lục 2:Kết quả định serotype LMLM của Việt Nam 2005-2009_____ 14 7.3 Phụ lục 3 :Kết quả giải mã gen từ 2005-2009 của dự án ____ 15 7.4 Phụ lục 4:Kết quả giám sát huyết thanh ______________________ 24 4 1. Thông tin về các đơn vị Tên dự án : CARD 072/04 VIE Đơn vị Việt Nam Trung Tâm Thú Y Vùng TP. Hồ Chí Minh ( nay là Cơ Quan Thú Y Vùng VI ) Giám đốc dự án phía Việt Nam Bs. Đồng Mạnh Hòa Đơn vị Úc Australian Animal Health Laboratory (AAHL), PMB 24, Geelong, 3213, Australia Nhân sự Úc Mr Chris Morrissy Ngày bắt đầu 01/06/2005 Ngày kết thúc ( theo dự kiến ban đầu) 01/06/2008 Ngày kết thúc ( đã thay đổi) Chu kỳ báo cáo Cán bộ liên lạc Ở Úc: Cố vấn trưởng Tên: Mr Chris Morrissy Telephone: +61 3 5227 5000 Chức vụ Diagnostic Virologist Supervisor Mammalian Virology Fax: +61 3 5227 5555 Tổ chức Australian Animal Health Laboratory (AAHL), PMB 24, Geelong, 3213, Australia Email: chris.morrissy@csiro.au Ở Úc: Đầu mối liên hệ hành chính Tên : Mr Chris Morrissy Telephone: +61 3 5227 5000 Chức vụ : Patents Contracts Officer Fax: +61 3 5227 5555 Tổ chức Australian Animal Health Laboratory (AAHL), PMB 24, Geelong, 3213, Australia Email: christopher.morrissy@csiro.au 5 Ở Việt Nam Tên : Bs. Đồng Mạnh Hòa Telephone: + 84 8 8568220 Chức vụ : Giám đốc Fax: + 84 8 38569050 Tổ chức Trung Tâm Thú Y Vùng TP. Hồ Chí Minh ( nay là Cơ Quan Thú Y Vùng VI ) Email: rahchcmc@hcm.vnn.vn 6 2. Trích lược dự án Sự tăng cường năng lực chẩn đoán cho phép xác định và định danh sớm virus LMLM giúp cho công tác khống chế dịch bệnh tốt hơn, làm giảm thiệt hại chăn nuôi và sản xuất. Mục đích của dự án là tăng cường gấp đôi khả năng giám sát và chẩn đoán bệnh lớ mồm long móng (LMLM) ( và những bệnh khác) ở cấp độ trong phòng thí nghiệm và ngoài hiện trường, điều tra sự lưu hành các type virus LMLM ở Việt Nam và vì sao việc sử dụng vaccin thất bại. Các phòng thí nghiệm cấp vùng đã được xây dựng với các nguyên vật liệu và phương pháp sẳn sàng để xác định các virus LMLM và thực hiện các xét nghiệm huyết thanh học. Chiến lược khống chế LMLM trên cơ sở nắm bắt dịch tễ được cải thiện qua các lớp tập huấn cán bộ của phòng thí nghiệm và thú y cơ sở. Dự án làm nổi bật tầm quan trọng phải có một hệ thống các phòng thí nghiệm để xác định điều gì đang xảy ở hiện trường và làm cách nào để ngăn chặn, kiểm soát các ổ dịch Những khu vực thí điểm được xây dựng ở các tỉnh có biên giới của Việt Nam với các nước để nghiên cứu serotype của virus thực địa và để xác định nguồn gốc của chúng. Số lượng và chất lượng mẫu ngày càng được cải thiện, cung cấp nhiều dữ liệu hơn về tình hình lưu hành bệnh LMLM ở Việt Nam. Các nghiên cứu phân lập virus và sinh học phân tử được tiến hành trên các mẫu thu thập từ hiện trường và các nghiên cứu dịch tễ học phân tử trên các mẫu virus phân lập được từ các tỉnh đã đưa ra một cái nhìn sâu hơn về hiệu quả kiểm soát và sự lưu hành virus LMLM ở vùng biên giới. Sự tăng cường năng lực chẩn đoán cho phép phát hiện và xác định sớm bệnh LMLM giúp cho công tác khống chế dịch bệnh tốt hơn, làm giảm thiệt hại chăn nuôi và nhờ đó tăng năng xuất sản xuất. 3. Báo cáo tóm tắt Trong suốt quá trình thực hiện dự án, các hoạt động ngoài hiện trường và trong phòng thí nghiệm ngày càng được cải thiện tốt hơn. Chất lượng của xét nghiệm chẩn đoán và dữ Trong suốt dự án, các chuyên viên từ AAHL đã làm việc với 4 phòng thí nghiệm chẩn đoán – Cơ Quan Thú y vùng VI ( Tp. Hồ Chí Minh) , Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương (Hà Nội) , Cơ Quan Thú y vùng VII (Cần Thơ) và Cơ Quan Thú y vùng IV (Đà Nẵng) nhằm tăng cường năng lực chẩn đoán LMLM và theo dõi tiến trình dự án. Phòng thí nghiệm của Cơ Quan Thú y vùng VI và Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương được thiết lập các kỹ thuật chẩn đoán bệnh LMLM bao gồm phân lập virus, trung hoà virus, ELISA, PCR và kỹ thuật giải mã gen. Dự án cũng hợp tác với phòng nghiên cứu NAVETCO để thiết lập năng lực chẩn đoán huyết thanh học bệnh LMLM bằng kỹ thuật ELISA. Hiện nay, Cơ quan Thú y vùng VI đã 7 thiết lập được các kỹ thuật này và cùng Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương ứng dụng kỹ thuật mới để chẩn đoán các bệnh khác tại Việt Nam. Ví dụ: Cơ quan Thú y vùng VI đã phân lập virus đậu dê, PRRS và CSF; Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương dùng kỹ thuật phân lập virus để phát hiện một chủng mới của virus PRRS tại Việt Nam. Phòng thí nghiệm tại Cần Thơ và Đà Nẵng có năng lực chẩn đoán định serotype và xét nghiệm huyết thanh học sau tiêm phòng LMLM bằng kỹ thuật LP-ELISA. Thêm vào đó, Cơ quan Thú y vùng VI đã được đào tạo kỹ thuật sản xuất kháng nguyên và đã sản xuất được kháng nguyên từ virus LMLM phân lập được tại Việt Nam để dùng trong các phản ứng ELISA để chẩn đoán bệnh LMLM. Sự phát triển các kỹ thuật như thế cũng cho thấy Cơ quan thú Y Vùng VI có khả năng khắc phục các khó khăn của các kỹ thuật ELISA và giải quyết được những khó khăn trong nuôi cấy virus LMLM. Nhân viên của Cơ Quan Thú y vùng VI và Trung tâm chẩn đoán Thú y Trung ương đã được tập huấn theo kế hoạch mỗi năm của dự án và theo các dự án hợp tác khác tại AAHL. Đối với các hoạt động hiện trường, số lượng và chất lượng mẫu giám sát và định type gởi đến phòng thí nghiệm đã có sự cải thiện rõ rệt về. Điều này giúp cho Cục Thú y hiểu rỏ hơn sự lưu hành của các serotype LMLM tại Việt Nam và tự tin để tổ chức các đợt giám sát huyết thanh trên diện rộng. Số lượng dữ liệu thu thập được qua mỗi giai đoạn của dự án cũng được cải thiện đáng kể. Hiện nay Cơ quan Thú y vùng VI đã có phòng dịch tễ và dự án này đang giúp các nhân viên phát triển các kỹ năng dịch tễ áp dụng trong giám sát huyết thanh, kiểm soát ổ dịch và điều tra tìm nguyên nhân thất bại của việc chủng ngừa. Kết quả giám sát huyết thanh của dự án đã được xem xét và đưa ra một chỉ báo cho thấy sự thành công của công tác tiêm phòng và tỷ lệ nhiễm LMLM. Dữ liệu này được trình bày tại các cuộc họp của OIE/SEA FMD thuộc vùng Đông Nam Á và Cục Thú y Dự án cũng được mời đến nhiều cuộc họp của vùng để trình bày các dữ liệu về kiểm soát LMLM ở Việt Nam. Với kết quả nêu trên, Việt Nam trở thành một ví dụ cho các quốc gia khác trong khu vực trong việc chỉ ra các loại thông tin có thể được thu thập trong quá trình giám sát huyết thanh và điều tra ổ dịch. Các hoạt động kết hợp với dự án xây dựng năng lực của AusAID giúp cả 2 dự án đều đạt được mục tiêu như kết hợp huấn luyện kỹ thuật PCR và giải mã gen virus LMLM song song cùng với giải mã gene virus cúm gia cầm, PRRS và dịch tả heo phân lập được từ Việt Nam Dịch cúm gia cầm và PRRS tác động mạnh đến các hoạt động phòng thí nghiệm cũng như các hoạt động hiện trường của dự án này và làm công việc của đội ngũ nhân viên của Cục Thú Y bị quá tải. 8 4. Giới thiệu và bối cảnh Mục tiêu của dự án 1. Thiết lập mạng lưới phòng thí nghiệm để chẩn đoán và kiểm soát bệnh LMLM thông qua việc đào tạo nhân viên về các phương pháp xét nghiệm theo quy định và quản lý chất lượng. 2. Cung cấp số liệu chính xác để lý giải được sự thất bại của vaccin trong chương trình khống chế LMLM và đề xuất chiến lược sử dụng vaccin mới có hiệu quả. Khi hoàn thành những mục tiêu này sẽ không chỉ nâng cao được năng lực chẩn đoán của các phòng thí nghiệm thú y ở Việt nam mà còn giúp huấn luyện về công tác điều tra khống chế bệnh cho cán bộ thú y của Cục thú y. Do đó sẽ tăng cường năng lực cho ngành thú y , cơ quan có vai trò quan trọng , giúp cho Việt Nam tăng khả năng cạnh tranh trong quá trình hội nhập kinh tế . Cải thiện sức khỏe vật nuôi sẽ làm phát triển sản xuất ở vùng nông thôn nhờ tăng sản phẩm chăn nuôi và gián tiếp tăng sản lượng cây trồng. Vật nuôi khỏe mạnh sẽ giúp người chăn nuôi nhỏ tăng khả năng cạnh tranh tại thị trường nội địa. Việc khống chế LMLM và các bệnh khác sẽ tạo điều kiện cho những hộ nghèo có thu nhập ổn định, giảm sự tác động bất lợi từ tự nhiên và kinh tế. Việc thiết lập một hệ thống chẩn đoán trải dài từ Bắc tới Nam Việt nam, từ phòng thí nghiệm đến trại chăn nuôi được củng cố qua sự huấn luyện và đào tạo thường xuyên về cơ bản sẽ giúp Việt Nam thiết lập được mô hình về kiểm soát dịch bệnh. Điều này sẽ trực tiếp làm tăng khả năng cạnh tranh, sản xuất chăn nuôi trong hệ thống ngành Nông nghiệp của Việt Nam tập trung chủ yếu ở những vùng trọng điểm thuộc đồng bằng sông Cửu long và duyên hải miền Trung. Mục tiêu cụ thể cho các phòng thí nghiệm • Tài liệu đào tạo cho phòng thí nghiệm bao gồm nhiều kỹ thuật chẩn đoán. • Thiết lập các kỹ thuật xét nghiệm tại Cơ quan thú y vùng VI ( TP. Hồ Chí Minh ) và Trung tâm chẩn đoán thú y trung ương ( Hà Nội) giúp các phòng thí nghiệm này hoạt động như phòng thí nghiệm tham chiếu cấp quốc gia. • Thiết lập các kỹ thuật ELISA tại Cơ quan thú y vùng IV ( Đà Nẳng), Cơ quan thú y vùng VII ( Cần Thơ) và phòng thí nghiệm của NAVETCO giúp các phòng thí nghiệm này hoạt động như phòng thí nghiệm cấp vùng. • Các quy trình hướng dẫn gửi mẫu, quản lý mẫu và phản hối kết quả xét nghiệm. 9 • Xây dựng và kiểm tra hồ sơ quản lý chất lượng . Xem xét hồ sơ quản lý các kết quả đối chứng nội của các xét nghiệm của từng phòng thí nghiệm. Hướng thực hiện và chiến lược Phương thức chuyển giao kỹ thuật được thiết lập tại AAHL rất thành công khi áp dụng cho các dự án trước đây ở Vietnam, Thailand và Indonesia Phương pháp tiếp cận của dự án được coi là thích hợp nhất cho việc phát triển sự hiểu biết về dịch tễ học của LMLM ở Vietnam. Các nghiên cứu thực địa và giám sát huyết thanh học đã được thiết kế, lên kế hoạch cùng với Cục thú y để có được những thông tin cần thiết và chính xác nhất thể hiện được tình hình LMLM ở Viet Nam và hiệu quả của vaccin LMLM . Các kỹ thuật chẩn đoán sẽ được sử dụng trong dự án này là những xét nghịêm tiêu chuẩn đã và đang được sử dụng rộng rãi trên thế giới khi nghiên cứu LMLM cũng như theo hướng dẫn của Tổ chức thú y thế giới OIE. Các chuyên viên AAHL có nhiều kinh nghiệm điều tra thực địa để xác định tỷ lệ lưu hành kháng thể như trong các dự án ACIAR ở Laos và Thailand về LMLM. Philippines là một ví dụ khác, nơi mà các xét nghiệm chẩn đoán tiêu chuẩn theo OIE đã sử dụng để khống chế và loại trừ bệnh LMLM. 5. Hoạt động và hiệu quả của các phòng thí nghiệm tham chiếu cấp quốc gia và các phòng thí nghiệm cấp vùng 5.1 Những điểm đáng chú ý Các thành tựu chính của dự án • Các kỹ thuật chẩn đoán sau đây được thiết lập tại các phòng thí nghiệm tham gia dự án: ™ Cơ quan Thú Y Vùng VI và Trung Tâm Chẩn Đoán Thú Y Trung Ương đã thiết lập các kỹ thuật nuôi cấy tế bào, phân lập virus, trung hòa virus, xác định kháng thể và kháng nguyên bằng ELISA, PCR và giải mã gene. ™ Cơ quan thú y vùng IV và vùng VII có khả năng chẩn đoán định serotype bằng kỹ thuật ELISA (phát hiện kháng nguyên) để xác định các ổ dịch và giám sát kháng thể bệnh LMLM để giám sát huyết thanh sau tiêm phòng bằng các phản ứng ELISA. 10 • Hệ thống chất lượng được áp dụng ở mỗi phòng thí nghiệm trong chẩn đoán FMD bao gồm các phương pháp được tiêu chuẩn hóa, xây dựng hệ thống đối chứng nội và lưu giữ các dữ liệu xet nghiệm tốt hơn ™ Tiêu chuẩn hóa các phương pháp xét nghiệm đối với các phương pháp ELISA, nuôi cấy tế bào, PCR, giải mã gene và thu thập dữ liệu (ví dụ: các phương pháp ELISA được đính kèm trong email gởi cùng báo cáo này.) ™ Các phiếu quản lý xét nghiệm, bảng kết quả và các báo cáo hệ thống đối chứng được lưu giữ theo mẫu ( thí dụ mẫu ELISA phụ lục 1) • Đã tăng cường sự cộng tác giữa các phòng thí nghiệm ngày càng tốt hơn từ khi dự án bắt đầu • Cải thiện chất lượng và số lượng mẫu gửi đến phòng thí nghiệm để định type LMLM ( tổng kết kết quả định serotype ở phụ lục 2). Điều này giúp cho Cục Thú Y hiểu rõ hơn về sự lưu hành của các serotype virus LMLM ở Việt Nam. Chất lượng mẫu thu thập được cải thiện giúp phân lập được virus từ các mẫu hiện trường, điều này chưa được thực hiện tốt trước khi có dự án, nhờ đó việc giải mã gene của virus LMLM đã phân lập được thực hiện tốt hơn. • Giải mã gene, phân loại kiểu gene và phân tích gần 100 mẫu virus FMD được phân lập tại Việt Nam từ năm 2006 cho đến nay. Sự giải mã và phân tích kiểu gene được thực hiện tại AAHL bởi các nhà khoa học AAHL và Cơ quan Thú y vùng VI. Dữ liệu về các mã gene được gửi đến phòng thí nghiệm tham chiếu về LMLM của thế giới để chứng thực và so sánh với các virus LMLM khác được phân lập. Thông tin này được chia sẽ với chương trình khống chế LMLM của vùng Đông Nam Á (SEAFMD) nhằm hỗ trợ dự án cấp vùng kiểm soát LMLM. • Giải mã gene/ định kiểu gene 2006/2008 Serotype O: 3 topotype Cathay (33%), ME-SA (PanAsia) (6%) & SEA (Myanmar 98) (41%) Heo: chủ yếu là Cathay & SEA Trâu bò: chủ yếu là SEA Serotype A: Thailand/Malaysia 97 Vaccine LMLM Serotype A đã dùng cần được chuyển từ từ A 22 sang A Malaysia 97 (kể cả kháng nguyên cho xét nghiệm huyết thanh học) Serotype Asia 1: Jiangsu-China-2005 (được phân lập từ miền Bắc và miền Trung) và Myanmar (được phân lập từ miền Trung) Đã khẳng định có 2 nguồn gốc virus LMLM serotype Asia 1 tồn tại ở Việt Nam 11 • Các phân tích trình tự gene virus LMLM phân lập từ Việt Nam đã được dùng để so sánh với trình tự gene virus LMLM khắp thế giới và được trình bày ở bảng phụ lục 3 • Chất lượng và số lượng mẫu huyết gởi đến phòng thí nghiệm để làm phản ứng huyết thanh học bằng ELISA được cải thiện giúp cục Thú Y có hiểu biết rõ hơn nguy cơ của đàn gia súc với LMLM và tình hình tiêm chủng vaccine ở Việt Nam. ™ Giám sát huyết thanh: thực hiện hai lần một năm trong đó lấy mẫu lần đầu trước khi tiêm chủng và lần thứ hai là sau khi tiêm chủng ™ Dữ liệu từ giám sát huyết thanh cho thấy tỷ lệ tiêm phòng và số lượng gia súc có nguy cơ bị nhiễm LMLM (Ví dụ: bảng tóm tắt ví dụ được đính kèm theo e-mail) ™ Có thể đưa ra những khuyến cáo nhằm cải thiện tinh hình giám sát huyết thanh • Một số mẫu huyết thanh được xét nghiệm lại nhằm so sánh hiệu giá kháng thể của các mẫu từ các tỉnh để cho phép xác định bằng huyết thanh học các serotype đang lưu hành. Các kết quả khẳng định rằng sự xét nghiệm kết hợp giửa phát hiện kháng thể kháng kháng nguyên không cấu trúc 3ABC bằng 3ABC-ELISA và chuẩn độ kháng thể kháng kháng nguyên cấu trúc bằng LP-ELISA có thể được dùng để xác định serotype LMLM đang lưu hành ngoai hiện trường. (xem bảng phụ lục 4) • Trong suốt dự án, các chuyên gia AAHL đã thăm các phòng thí nghiệm để ™ Thiết lập các kỹ thuật ELISA chẩn đoán bệnh LMLM và chuẩn hóa các kỹ thuật này. ™ Đánh giá kháng nguyên do Cơ quan thú Y vùng VI sản xuất từ mẫu virus phân lập được tại Việt Nam để sử dụng cho phản ứng ELISA. Việc sản xuất kháng nguyên LMLM cho ELISA giúp cho các phòng thí nghiệm chủ động hơn và bắt đầu cho thấy có khả năng tự sản xuất các nguyện liệu phục chẩn đoán. ™ Thiết lập và xem xét lại kỹ thuật nuôi tế bào và phân lập virus LMLM từ hiện trường. Nuôi tế bào là kỹ thuật quan trọng dùng để phân lập và nuôi cấy virus LMLM giúp thực hiện những phân tích sâu hơn các virus này bằng kỹ thuật PCR và giải mã gene. Kỹ thuật nuôi tế bào cũng được ứng dụng để thực hiện phản ứng huyết thanh như trung hòa virus và để phân lập các virus gây bệnh khác như đậu dê cừu, dịch tả heo, PRRS. ™ Xem xét lại các kỹ thuật phân tử và thiết lập trình tự các bước thực hiện để xử lý mẫu và kiểm tra để đảm bảo chất lượng kết quả phản ứng.. ™ Đánh giá hồ sơ đảm bảo chất lượng và thu thập dữ liệu để chắc rằng các kết quả được lưu trữ và các kết quả được hiểu đúng. 12 ™ Đưa ra các khuyến cáo về việc thu thập thông tin hiện trường và xây dựng mẫu thu thập thông tin. ™ Phân tích kết quả hiện trường và phòng thí nghiệm cung cấp để thông tin đầu vào cho dịch tễ ™ Cung cấp thêm các vật tư và nguyên liệu để xét nghiệm bệnh LMLM bằng kỹ thuật ELISA, phân tử và tế bào. ™ Huấn luyện về kỹ thuật an toàn sinh học và trợ giúp các nhân viên thực hiện. ™ Đánh giá quy trình đảm bảo chất lượng và cung cấp thông tin đầu vào cho sổ tay quản lý chất lượng ™ Đánh giá tính chính xác của các xét nghiệm bằng các mẫu thẩm định năng lực ( đánh giá sự thành thục ) . Các mẫu cung cấp cho phòng thí nghiệm đã cho kết quả chính xác. . 5.2 Xây dựng năng lực Dự án đã hỗ trợ về tập huấn và chuyển giao kỹ thuật chẩn đoán bệnh LMLM cho từng phòng thí nghiệm (PTN) nằm trong chương trình. Các nguyên vật liệu và các phương pháp tiêu chuẩn đã được cung cấp để cho từng PTN có được năng lực chẩn đoán bệnh LMLM. Các PTN hiện nay đang áp dụng thường quy kỹ thuật ELISA để phát hiện kháng thể và định serotype ( phát hiện kháng nguyên) bệnh LMLM, Cơ Quan Thú y Vùng VI và Trung Tâm Chẩn Đoán Thú y trung Ương đã áp dụng được các kỹ thuật phân lập virus, nuôi cấy tế bào, trung hòa huyết thanh , sinh học phân tử và kỹ thuật giải mã gen. Tập huấn và đào tạo cho thú y địa phương cách lấy mẫu và thu thập dữ liệu giúp tăng chất lượng và số lượng mẫu thu thập gởi về phòng thí nghiệm. Những kỹ năng nảy sẽ rất hữu ích cho chương trình kiểm soát LMLM quốc gia. 5.3 Quảng bá Dự án CARD AusAID đã được quảng bá Việt Nam, Úc và quốc tế qua các chương trình tập huấn và giúp hiểu được tình hình LMLM ở Việt Nam. LMLM là một bệnh quan trọng ở Việt Nam và khu vực , điều này cho thấy dự án đi đúng hướng. Dự án đã được quảng bá bằng đưa thông tin trên các báo ớ Úc, trang báo diện tử của chương trình SEAFMD và trên internet. Các kết quả của dự án cũng được trình bày tại: o Cuộc họp OIE/SEAFMD (Ví dụ: file được đính kèm theo email) o EU FMD 2008 (Ví dụ: file được đính kèm theo email) o WAVLD 2007, 2009 o Cuộc họp vùng của nhóm công tác Thượng lưu và Hạ lưu sông Mê-Kông. 13 Với năng lực phòng thí nghiệm và dịch tễ hiện nay của các phòng thí nghiệm hợp tác, đặc biệt là Cơ Quan Thú y Vùng VI , có khả năng thực hiện một nghiên cứu nhỏ hơn, tập trung tim hiểu về việc thất bại trong chủng ngừa. Nghiên cứu này tốt nhất là thực hiện giới hạn ở một số ít tỉnh phía nam Việt Nam với mục tiêu nghiên cứu cụ thể là điều tra hiệu quả của việc chủng ngừa. Các phòng thí nghiệm hợp tác hiện nay đang áp dụng được nhiều kỹ thuật chẩn đoán bệnh LMLM một cách bền vững và có khả năng chuyễn giao kỹ thuật cho các phòng thí nghiệm khác 6. Kết luận Dự án đã đạt được mục tiêu bằng cách giúp đỡ để nâng cao năng lực chẩn đoán bệnh nói chung và bệnh LMLM của mạng lưới các phòng thí nghiệm thú y. Phòng thí nghiệm thuộc ơ Quan Thú y Vùng VI và Trung Tâm Chẩn Đoán Thú y trung Ương đã và đang tiếp tục hỗ trợ và đào tạo cho các phòng thí nghiệm khác trong mạng lưới. Dự án cũng cho thấy sự cần thiết phải tiếp tục huấn luyện cho thú y cơ sở các phương pháp thu thập thông tin và cách để lấy được thông tin chính xác từ người chăn nuôi. Nhân viên của Cơ Quan Thú y Vùng VI sẽ tiếp tục làm việc trực tiếp với thú y cơ sở để đảm bảo tính chính xác của các thông tin thu thập được cho các chương trình giám sát trong tương lai. Thiết được kỹ thuật nuôi cấy tế bào đã cho phép phân lập được virus LMLM từ hiện trường, mà trước đây, phòng thí nghiệm Cơ Quan Thú Y Vùng VI và Trung Tâm Chẩn Đoán Thú y Trung Ương không thể xác định được. Sự nâng cao năng lực chẩn đoán bệnh LMLM, bằng sự kết hợp các kỹ thuật ELISA, PCR và phân lập virus bằng tế bào, đã giúp gia tăng số ổ dịch LMLM được xác định tại Việt Nam. Sữ dụng tế bào để phân lập virus LMLM đã cung cấp được mẫu virus với chất lượng tốt hơn cho việc giải mã gen Việc áp dụng các kỹ thuật sinh học phân tử tại Cơ Quan Thú y Vùng VI đã giúp có được kết quả giải mã gen nhanh hơn, giúp khẳng định được các serotype virus LMLM đang lưu hành tại Việt Nam và chọn chính xác loại vaccine phù hợp để kiểm soát bệnh LMLM cho từng vùng. AAHL, Cục Thú y và phòng thí nghiệm tham chiếu của thế giới về LMLM (WRL) đã hợp tác phân tích trình tự gene của virus phân lập được tại Việt Nam. Nuôi cấy tế bào cũng cho phép sản xuất kháng nguyên sữ dụng cho ELISA, là một nguyên liệu chủ yếu trong các xét nghiệm chẩn đoán bệnh LMLM. Cơ Quan Thú Y Vùng VI đang tự sản xuất kháng nguyên và chuyễn giao cho Trung Tâm Chẩn Đoán Thú y Trung Ương, Cơ Quan Thú Y Vùng IV và VII để thử nghiệm. Dự án này vẫn tiếp tục là quan trọng đối với Việt Nam vì các ổ dịch LMLM có tính lập lại theo chu kỳ. Chính phủ Việt Nam và Cơ quan Thú Y vùng VI đã mời các chuyên gia AAHL 14 cố vấn trong việc kiểm soát LMLM và dự án này được sữ dụng như một mô hình để bổ sung cho kế hoạch kiểm soát LMLM của họ. Mặc dù sự giám sát và khống chế cúm gia cầm và gần đây là bệnh PRRS là cấp thiết hơn nhưng chính phủ Việt Nam vẫn cam kết thực hiện kiểm soát bệnh LMLM. Điều này được chứng minh bằng các hoạt động của chương trình kiểm soát LMLM quốc gia hàng năm. Dự án đã cho thấy sự cần thiết phải có sự cộng tác giữa phòng thí nghiệm và thú y cơ sở trong kiểm soát LMLM, kết quả giám sát huyêt thanh sau tiêm phòng do phòng thí nghiệm cung cấp sẽ giúp hiểu được hiệu quả tiêm phòng và tình hình nhiễm bệnh của gia súc. Đối với phòng thí nghiệm, điều quan trọng là phải có nguyên liệu xét nghiệm thích hợp với các chủng virus đang lưu hành ở hiện trường (cũng cho thấy tầm quan trọng của việc tăng cường định danh virus LMLM) và đối với hiện trường, những thông tin từ hiện trường kết hợp với kết quả của phòng thí nghiệm sẽ giúp đánh giá được tình hình chính xác hơn . Điều quan trọng đối với hệ thống thú y là kiểm soát được dịch bệnh, vì thế cần phải có mối quan hệ bền vững giữa phòng thí nghiệm và hiện trường để đảm bảo các kết quả đánh giá thu được là chính xác. Dự án này đã thiết lập những tiêu chuẩn cần thiết để một hệ thống phòng thí nghiệm hoạt động có hiệu quả, những bài học từ dự án đã được áp dụng trong việc đối phó với các ổ dịch cúm gia cầm có độc lực cao và PRRS ở Việt Nam và cho những dự án cũng như các cuộc điều tra tiếp theo. 15 Phụ lục 1 Mẫu quản lý xét nghiệm, kết quả và lưu trữ kết quả đối chứng nội , lấy xét nghiệm FMD 3ABC ELISA làm thí dụ: 7.1.1 Phiếu quản lý xét nghiệm 3ABC C-ELISA Tên xét nghiệm : FMD 3ABC COMPETITION ELISA Số đăng ký Ký hiệu mẫu Tên xét nghiệm (3ABC c-ELISA): Người giám sát: Ngày phủ đĩa: Người thực hiện: Ngày thực hiện xét nghiệm: Người thực hiện: Phương pháp rữa đĩa: Tủ ấm: Máy lắc đĩa: Các pipettes: Số đĩa: Pha kháng nguyên 3ABC: Số lô kháng thể phát hiện : Số lô kháng thể phát hiện: Pha loãng huyết thanh đối chứng và huyết thanh mẫu: Ngày sản xuất dung dịch phủ đĩa: Ngày sản xuất dung dịch Block: Số lô Conjugate: Pha loãng conjugate: Thời gian ủ Substrate: Ngày báo cáo kết quả Ký tên 16 7.1.2 Kết quả và sơ đồ đĩa Sơ đồ đĩa ELISa 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 A S1 S1 S9 S9 S17 S17 S25 S25 S33 S33 C++ C++ B S2 S2 S10 S10 S18 S18 S26 S26 S34 S34 C++ C++ C S3 S3 S11 S11 S19 S19 S27 S27 S35 S35 C+ C+ D S4 S4 S12 S12 S20 S20 S28 S28 S36 S36 C+ C+ E S5 S5 S13 S13 S21 S21 S29 S29 S37 S37 C- C- F S6 S6 S14 S14 S22 S22 S30 S30 S38 S38 OD MAX OD MAX G S7 S7 S15 S15 S23 S23 S31 S31 S39 S39 OD MAX OD MAX H S8 S8 S16 S16 S24 S24 S32 S32 S40 S40 CC CC 7.1.3 Phiếu quản lý chất lượng Ngày Kháng nguyên C++ C+ C- OD Max Ghi chú Số Đăng ký Mhân viên Serotype Chuẩn Chuẩn Chuẩn Tỷ lệ ức chế Tỷ lệ ức chế Tỷ lệ ức chế 80 – 100% 50 – 80% < 30% 0.8 – 1.5 17 7.1.4 Tóm tắt qui trình FMD – 3ABC C-ELISA 1. Phủ đĩa 50μl/giếng 3ABC(D) baculovirus-expressed antigen (protein thô hòa tan được) pha loãng 1:2000 trong Carbonate Bicarbonate Coating Buffer 2. Ủ và lắc đĩa trong 1 giờ tại 37OC. (Có thể để 4OC, ủ qua đêm) 3. Rửa đĩa 5 lần với dung dịch PBS 4. Block đĩa với 100uL/giếng Blocking buffer. 5. Ủ và lắc đĩa trong 30 phút tại 37OC. 6. Rửa đĩa 5 lần với dung dịch PBS 7. Thêm 40uL Blocking buffer vào mỗi giếng và sau đó thêm 10uL huyết thanh và trộn mẫu (dùng pipette trộn lên và xuống). ODmax and Background (Bkg) mỗi giếng chỉ nhận 50uL Blocking buffer 8. Ủ và lắc đĩa trong 30 phút ở 37OC. 9. KHÔNG RỬA ĐĨA Pha loãng chicken egg antibody pool 1:100 trong Blocking buffer và thêm 50uL vào tất cả các giếng, trực tiếp phía tên mẫu test. Mỗi giếng Bkg chỉ nhận 50uL buffer. 10. Ủ và lắc đĩa trong 30 phút ở 37OC 11. Trong thời gian ủ, chuẩn bị conjugate (ít nhất 30 phút trước khi dùng.) 12. Rửa đĩa 5 lần với dung dịch PBS. 13. Thêm vào 50μl/giếng conjugate 14. Ủ và lắc đĩa trong 1 giờ ở 37OC 15. Chuẩn bị substrate (KHÔNG ĐƯỢC HOẠT HÓA). 16. Rửa đĩa 5 lần với dung dịch PBS. 17. Thêm 100μl Substrate cho mỗi giếng 18. Ủ tại nhiệt độ phòng. 10 phút (KHÔNG lắc) 19. Dừng phản ứng với 100μl Stopping Solution. 20. Đọc đĩa với máy đọc có bước sóng 450nm 18 Phụ lục 2 7.2 Kết quả định serotype virus LMLM tại Việt Nam từ 2005-2009 Năm Tổng lượng mẫu (Cơ Quan Thú Y vùng VI và Trung Tâm Chẩn Đoán Thú y trung Ương) Các mẫu dương tính Serotype O Các mẫu dương tính Serotype A Các mẫu dương tính Serotype Asia 1 Âm tính/ Không phù hợp 2005 251 216 * RAHO - 6 207 180 17 17 13 11 12/2 6/2 2006 803 506 663 467 0 0 8 2 128/4 33/4 2007 224 123 177 115 1 1 8 0 7/0 7/0 2008 154 22 86 14 9 0 0 0 59 *poor quality sample was a problem in north 8/0 2009 9 0 7 0 2/0 19 Phụ lục 3 Thí dụ thông tin giải mã gen của dự án 7.3 kết quả giải mã gen virus LMLM serotype O 2008-2009 FMDV/Type O/08-6415-E2 FMDV/Type O/08-6415 E3 FMDV/Type O/08-6924 E4 FMDV/Type O/08-5515-12 FMDV/Type O/08-5515-14 O/UKG/35/2001|AJ539141| ME-SA O/India/53/79|AF292107| ME-SA O/O1 Manisa/87|AY593823| ME-SA O/India/R2/75|AF204276| ME-SA O/MYA/7/98|DQ164925| SEA O/CAM/3/98|AJ294910| SEA O/SUD/2/86|DQ165075| EA3 O/KEN/83/79|AJ303511| EA1 O/UGA/5/96|AJ296327| EA1 O/GHA/5/93|AJ303488| WA O/CIV/8/99|AJ303485| WA O/MAL/1/98|DQ165074| EA2 O/UGA/3/2002|DQ165077| EA2 O/KEN/5/2002|DQ165073| EA2 O/ISA/9/74|AJ303502| ISA-1 O/ISA/8/83|AJ303503| ISA-1 O/ISA/1/62|AJ303500| ISA-1 O/ISA/1/74|AJ303501| ISA-2 O/JAV/5/72|AJ303509| ISA-2 O/Corrientes/Arg/06|DQ834727| EURO-SA O/O3 Venezuela/51|AJ004645| EURO-SA O/O2Brescia/ITL/47|M55287| EURO-SA O/O1BFS 1860/UK/67|AY593815| EURO-SA O/HKN/21/70|AJ294911| Cathay O/HKN/6/83|AJ294919| Cathay O/PHI/7/96|AJ294926| Cathay O/Yunlin/TAW/97|AF308157| Cathay FMDV/Type O/08-4856 FMDV/Type O/08-4923-4 FMDV/Type O/08-4923-3 FMDV/Type O/09-1045-KH2 FMDV/Type O/09-1045 KH3 FMDV/Type O/09-1045 KH5 FMDV/Type O/09-1045 KH6 100 44 100 100 100 100 64 84 92 100 100 100 63 100 39 58 91 99 71 48 65 100 99 70 61 94 73 67 68 94 56 70 56 49 0.01 20 104AAHL 0738K TPHCM 84AAHL 0748BG2 BaRiaVungTau 86AAHL 0745 DongNai 107AAHL 0758T TPHCM 106AAHL 0751QM TPHCM 87AAHL 0750 PhuYen 85AAHL 0748PH1 BaRiaVungTau 103AAHL 06467 Soctrang 90AAHL 0779DH1 LongAn 82AAHL 0708 LamDong 89AAHL 0762 DongNai 112AAHL 06466 TPHCM O/VIT/7/2006 O/VIT/5/2006 O/VIT/4/2006 O/VIT/6/2006 O/TAI/15/05* (TRRL) O/TAI/14/05* (TRRL) O/TAI/3/2003 (DQ164981) O/MAY/1/2005 O/MAY/2/2005 O/VIT/6/2005 O/MYA/4/2004 O/MYA/5/04* (TRRL) O/TAI/21/05* (TRRL) O/MAY/9/2007 O/MAY/7/2007 O/MAY/4/2007 O/MAY/5/2007 O/MAY/6/2007 66AAHL ThanhHoa O/MAY/5/2006 O/TAI/8/2004 O/TAI/37/04* (TRRL) O/MYA/3/04* (TRRL) O/MYA/4/04* (TRRL) O/TAI/5/99 O/MYA/2/2000 (DQ164927) O/VIT/4/2005 O/TAI/36/04* (TRRL) O/MYA/1/04* (TRRL) O/MYA/2/04* (TRRL) O/TAI/189/87* (TRRL) O/TAI/2/2000 (DQ164979) O/MAY/1/2002 (DQ164923) O/TAI/44-2/02R2B3* (TRRL) O/TAI/8/99 (DQ164977) O/BUR/2/89 O/VIT/2/97 O/VIT/7/97 O/CAM/12/94 O/CAM/3/98 O/CAM/6/99 O/CAM/1/98 O/CAM/2/98 SEA O1/Manisa/TUR/69 (AJ251477) O/LAO/17/2003 (DQ164912) O/LAO/2/2006 O/LAO/19/2003 (DQ164913) O/LAO/20/2003 O/MAY/1/2006 O/MAY/2/2006 O/MAY/7/2005 O/MAY/3/2005 O/MAY/4/2005 O/MAY/6/2005 O/MAY/3/2006 O/MAY/9/2005 O/LAO/3/2006 O/LAO/4/2006 O/LAO/31/2003 (DQ164918) O/LAO/28/2003 (DQ164916) O/LAO/23/2003 (DQ164915) O/TAI/20/04R2* (TRRL) O/VIT/1/2004 (DQ165032) O/LAO/21/2003 (DQ164914) O/LAO/5/2006 O/LAO/30/2003 (DQ164917) O/LAO/12/2003 (DQ164910) O/LAO/11/2003 (DQ164909) O/LAO/13/2003 (DQ164911) O/LAO/3/2003 (DQ164908) 98AAHL 06452T TienGiang 101AAHL 06459CT1 LongAn O/CAM/4/2006 O/VIT/17/2005 O/VIT/14/2002 (DQ165026) O/VIT/1/2003 (DQ165030) O/CAM/2/2000 (AJ318828) O/CAM/4/2000 (AJ318829) O/TAI/2/2003 (DQ164980) O/VIT/8/2004 O/VIT/7/2005 O/VIT/7/2004 O/VIT/16/2002 (DQ165027) O/VIT/12/2002 (DQ165024) O/VIT/3/2005 O/TAI/1/2000 O/VIT/6/2002 (DQ165020) O/VIT/20/2002 (DQ165029) O/VIT/7/2002 O/VIT/10/2002 (DQ165023) O/TAW/2/99 O/SKR/1/2000 (AJ318854) O/JPN/2000 (AB050978) O/SKR/2/2002 O/TAI/9/99 (DQ164978) ME-SA O/HKN/6/83 109AAHL 06482T SocTrang 113AAHL 06482 SocTrang 99AAHL 06453V SocTrang 100AAHL 06457H CaMau 114AAHL 06443 CanTho 110AAHL 06476 115AAHL 06457 CaMau 102AAHL 06463 VinhLong 105AAHL 0739 CanTho 92AAHL 0757 VinhLong 88AAHL 0753 CanTho 111AAHL 0716 75 CanTho 116AAHL 0715C VinhLong O/VIT/3/2006 O/VIT/1/2006 O/VIT/2/2006 83AAHL 0716 CanTho 95AAHL 06430 HauGiang 96AAHL 06434B HauGiang 93AAHL 0779CD1 LongAn 97AAHL 06443T BacLieu O/MAY/8/2005 O/VIT/9/2005 O/VIT/1/2005 O/PHI/21/2003 (DQ164953) O/PHI/23/2003 (DQ164954) O/TAI/54-1/05B1* (TRRL) O/TAI/54-2/05B1* (TRRL) O/TAI/53-2/05* (TRRL) O/TAI/64-1/05* (TRRL) O/TAI/64-2/05* (TRRL) O/TAI/35/05B2* (TRRL) 108AAHL 0735 DongThap O/VIT/2/2004 (DQ165033) O/VIT/3/2004 (DQ165034) O/VIT/11/2005 O/TAW/81/97 O/TAW/4/99 O/TAW/83/97 O/HKN/16/96 O/PHI/5/95 (DQ164946) O/PHI/7/96 O/VIT/3/97 O/VIT/13/2002 (DQ165025) O/HKN/7/96 O/HKN/20/96 O/HKN/12/2005 O/HKN/15/2005 O/HKN/14/2005 O/HKN/9/2005 O/HKN/10/2005 O/HKN/17/2005 O/HKN/18/2005 O/HKN/19/2005 O/HKN/20/2005 O/HKN/25/2005 O/HKN/24/2005 O/HKN/3/2006 O/HKN/22/2005 O/HKN/23/2005 O/HKN/1/2006 O/HKN/5/2006 O/HKN/2/2006 O/HKN/4/2006 CATHAY EURO-SA O1/BFS 1860/UK/67 (J02185) 1 0 0 1 0 0 9 9 1 0 0 7 1 7 2 9 2 9 9 9 9 8 5 7 2 9 8 9 9 8 7 9 4 1 0 0 8 4 1 0 0 9 9 1 0 0 7 3 9 9 7 8 7 9 7 9 1 0 0 1 0 0 9 9 1 0 0 1 0 0 9 2 9 4 8 2 9 9 9 3 8 2 7 8 1 0 0 1 0 0 8 0 7 4 8 9 1 0 0 9 7 8 5 9 0 7 4 8 4 7 2 9 1 1 0 0 9 9 9 6 1 0 0 9 4 9 9 1 0 0 9 9 7 3 9 8 1 0 0 8 9 9 9 9 9 9 9 1 0 0 9 9 7 1 1 0 0 8 9 8 5 1 0 0 9 3 0.02 Software: MEGA 4 No. of Taxa : 173 Data File : n:\evd\meg\db\fmdv\o\VITaahl1.meg Data Title : Vietnam Data Type : Nucleotide (Coding) Analysis : Phylogeny reconstruction Tree Inference : ============================== ->Method : Neighbor-Joining ->Phylogeny Test and options : Bootstrap (500 replicates; seed=64238) Include Sites : ============================== ->Gaps/Missing Data : Pairwise Deletion ->Codon Positions : 1st+2nd+3rd+Noncoding Substitution Model : ============================== ->Model : Nucleotide: Maximum Composite Likelihood ->Substitutions to Include : d: Transitions + Transversions ->Pattern among Lineages : Same (Homogeneous) ->Rates among sites : Uniform rates No. of Sites : 639 No Of Bootstrap Reps = 500 Only bootstrap vales of 70% and above are shown N.J. Knowles & J. Wadsworth, 2 March 2008 Report on 34 FMDV O VP1 sequences from Vietnam received from AAHL Page 1 of 4 21 104AAHL 0738K TPHCM 84AAHL 0748BG2 BaRiaVungTau 86AAHL 0745 DongNai 107AAHL 0758T TPHCM 106AAHL 0751QM TPHCM 87AAHL 0750 PhuYen 85AAHL 0748PH1 BaRiaVungTau 103AAHL 06467 Soctrang 90AAHL 0779DH1 LongAn 82AAHL 0708 LamDong 89AAHL 0762 DongNai 112AAHL 06466 TPHCM O/VIT/7/2006 O/VIT/5/2006 O/VIT/4/2006 O/VIT/6/2006 O/TAI/15/05* (TRRL) O/TAI/14/05* (TRRL) O/TAI/3/2003 (DQ164981) O/MAY/1/2005 O/MAY/2/2005 O/VIT/6/2005 O/MYA/4/2004 O/MYA/5/04* (TRRL) O/TAI/21/05* (TRRL) O/MAY/9/2007 O/MAY/7/2007 O/MAY/4/2007 O/MAY/5/2007 O/MAY/6/2007 66AAHL ThanhHoa 67AAHL LangSon O/MAY/5/2006 O/TAI/8/2004 O/TAI/37/04* (TRRL) O/MYA/3/04* (TRRL) O/MYA/4/04* (TRRL) O/TAI/5/99 O/MYA/2/2000 (DQ164927) O/VIT/4/2005 O/TAI/36/04* (TRRL) O/MYA/1/04* (TRRL) O/MYA/2/04* (TRRL) O/TAI/189/87* (TRRL) O/TAI/2/2000 (DQ164979) O/MAY/1/2002 (DQ164923) O/TAI/44-2/02R2B3* (TRRL) O/TAI/8/99 (DQ164977) O/BUR/2/89 O/VIT/2/97 O/VIT/7/97 O/CAM/12/94 O/CAM/3/98 O/CAM/6/99 O/CAM/1/98 O/CAM/2/98 9 5 9 3 8 2 8 0 1 0 0 8 0 9 9 7 3 1 0 0 8 1 9 9 7 5 8 5 7 8 7 4 1 0 0 9 7 9 0 8 3 8 8 1 0 0 9 9 1 0 0 7 1 9 9 1 0 0 9 0 1 0 0 0.02 SEA topotype 22 O1/Manisa/TUR/69 (AJ251477) O/LAO/17/2003 (DQ164912) O/LAO/2/2006 O/LAO/19/2003 (DQ164913) O/LAO/20/2003 O/MAY/1/2006 O/MAY/2/2006 O/MAY/7/2005 O/MAY/3/2005 O/MAY/4/2005 O/MAY/6/2005 O/MAY/3/2006 O/MAY/9/2005 O/LAO/3/2006 O/LAO/4/2006 O/LAO/31/2003 (DQ164918) O/LAO/28/2003 (DQ164916) O/LAO/23/2003 (DQ164915) O/TAI/20/04R2* (TRRL) O/VIT/1/2004 (DQ165032) O/LAO/21/2003 (DQ164914) O/LAO/5/2006 O/LAO/30/2003 (DQ164917) O/LAO/12/2003 (DQ164910) O/LAO/11/2003 (DQ164909) O/LAO/13/2003 (DQ164911) O/LAO/3/2003 (DQ164908) 98AAHL 06452T TienGiang 101AAHL 06459CT1 LongAn O/CAM/4/2006 O/VIT/17/2005 O/VIT/14/2002 (DQ165026) O/VIT/1/2003 (DQ165030) O/CAM/2/2000 (AJ318828) O/CAM/4/2000 (AJ318829) O/TAI/2/2003 (DQ164980) O/VIT/8/2004 O/VIT/7/2005 O/VIT/7/2004 O/VIT/16/2002 (DQ165027) O/VIT/12/2002 (DQ165024) O/VIT/3/2005 O/TAI/1/2000 O/VIT/6/2002 (DQ165020) O/VIT/20/2002 (DQ165029) O/VIT/7/2002 O/VIT/10/2002 (DQ165023) O/TAW/2/99 O/SKR/1/2000 (AJ318854) O/JPN/2000 (AB050978) O/SKR/2/2002 O/TAI/9/99 (DQ164978) 1 0 0 1 0 0 9 9 7 1 1 0 0 9 8 1 0 0 9 9 1 0 0 8 9 1 0 0 9 9 9 9 8 9 9 9 9 3 8 5 9 9 0.01 ME-SA topotype Page 3 of 4 23 O/HKN/6/83 109AAHL 06482T SocTrang 113AAHL 06482 SocTrang 99AAHL 06453V SocTrang 100AAHL 06457H CaMau 114AAHL 06443 CanTho 110AAHL 06476 115AAHL 06457 CaMau 102AAHL 06463 VinhLong 105AAHL 0739 CanTho 92AAHL 0757 VinhLong 88AAHL 0753 CanTho 111AAHL 0716 75 CanTho 116AAHL 0715C VinhLong O/VIT/3/2006 O/VIT/1/2006 O/VIT/2/2006 83AAHL 0716 CanTho 95AAHL 06430 HauGiang 96AAHL 06434B HauGiang 93AAHL 0779CD1 LongAn 97AAHL 06443T BacLieu O/MAY/8/2005 O/VIT/9/2005 O/VIT/1/2005 O/PHI/21/2003 (DQ164953) O/PHI/23/2003 (DQ164954) O/TAI/54-1/05B1* (TRRL) O/TAI/54-2/05B1* (TRRL) O/TAI/53-2/05* (TRRL) O/TAI/64-1/05* (TRRL) O/TAI/64-2/05* (TRRL) O/TAI/35/05B2* (TRRL) 108AAHL 0735 DongThap O/VIT/2/2004 (DQ165033) O/VIT/3/2004 (DQ165034) O/VIT/11/2005 O/TAW/81/97 O/TAW/4/99 O/TAW/83/97 O/HKN/16/96 O/PHI/5/95 (DQ164946) O/PHI/7/96 O/VIT/3/97 O/VIT/13/2002 (DQ165025) O/HKN/7/96 O/HKN/20/96 O/HKN/12/2005 O/HKN/15/2005 O/HKN/14/2005 O/HKN/9/2005 O/HKN/10/2005 O/HKN/17/2005 O/HKN/18/2005 O/HKN/19/2005 O/HKN/20/2005 O/HKN/25/2005 O/HKN/24/2005 O/HKN/3/2006 O/HKN/22/2005 O/HKN/23/2005 O/HKN/1/2006 O/HKN/5/2006 O/HKN/2/2006 O/HKN/4/2006 7 1 7 2 9 2 9 9 8 5 9 9 7 2 9 8 9 9 1 0 0 1 0 0 9 9 1 0 0 1 0 0 7 3 7 9 9 9 7 8 9 9 9 4 8 7 8 4 1 0 0 7 9 0.02 CATHAY topotype Page 4 of 4 24 O / IR N / 8 / 2 0 0 5 O / IR N / 2 1 / 2 0 0 5 O / IR N / 9 / 2 0 0 5 O / IR N / 2 3 / 2 0 0 5 O / IR N / 1 2 / 2 0 0 5 O / P A K / 9 / 2 0 0 5 O / P A K / 1 3 / 2 0 0 5 O / N E P / 2 / 2 0 0 3 O / N E P / 5 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 5 0 6 0 ) O / B H U / 1 5 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 8 6 5 ) O / B H U / 4 8 / 2 0 0 3 O / B H U / 4 7 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 5 0 4 2 ) O / B H U / 4 9 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 8 6 7 ) O / B H U / 2 6 / 2 0 0 4 ( D Q 1 6 5 0 4 3 ) O / B H U / 2 8 / 2 0 0 4 ( D Q 1 6 5 0 4 4 ) O / B H U / 3 0 / 2 0 0 4 ( D Q 1 6 5 0 4 5 ) O / B H U / 3 1 / 2 0 0 4 ( D Q 1 6 4 8 6 9 ) O / B H U / 4 1 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 5 0 4 1 ) O / P A K / 9 / 2 0 0 6 O / P A K / 1 0 / 2 0 0 6 O / P A K / 6 / 2 0 0 6 O / P A K / 4 / 2 0 0 6 O / P A K / 1 6 / 2 0 0 6 O / J O R / 5 / 2 0 0 6 O / J O R / 6 / 2 0 0 6 O / IR N / 1 5 / 2 0 0 6 O / IR N / 1 6 / 2 0 0 6 O / IR N / 8 / 2 0 0 6 O / IR N / 9 / 2 0 0 6 O / M A Y / 6 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 5 0 5 8 ) O / M A Y / 7 / 2 0 0 3 O / M A Y / 9 / 2 0 0 5 O / M A Y / 7 / 2 0 0 5 O / M A Y / 3 / 2 0 0 6 O / M A Y / 4 / 2 0 0 5 O / M A Y / 3 / 2 0 0 5 O / M A Y / 6 / 2 0 0 5 O / M A Y / 1 / 2 0 0 6 O / M A Y / 2 / 2 0 0 6 O / IN D / 1 3 6 / 0 1 * ( IV R I) O / IN D / 1 5 1 / 0 1 * ( IV R I) O / IN D / 1 5 5 / 0 1 * ( IV R I) O / L A O / 1 3 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 9 1 1 ) O / L A O / 1 1 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 9 0 9 ) O / L A O / 5 / 2 0 0 6 O / L A O / 2 1 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 9 1 4 ) O / L A O / 2 8 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 9 1 6 ) O / L A O / 2 3 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 9 1 5 ) O / V IT / 1 / 2 0 0 4 ( D Q 1 6 5 0 3 2 ) O / L A O / 3 / 2 0 0 6 O / L A O / 4 / 2 0 0 6 O / V IT / 1 7 / 2 0 0 5 V IT / 3 2 - 0 5 * ( A A H L ) O / V IT / 3 / 2 0 0 5 O / T A I/ 2 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 9 8 0 ) O / J P N / 2 0 0 0 ( K a n n o ) O / T A I/ 9 / 9 9 ( D Q 1 6 4 9 7 8 ) O / S K R / 2 / 2 0 0 2 O / S K R / 1 / 2 0 0 0 ( A J 3 1 8 8 5 4 ) O / T A W / 2 / 9 9 O / M A Y / 2 / 2 0 0 0 ( A J 3 1 8 8 4 6 ) O / T A I/ 1 / 2 0 0 0 O / V IT / 7 / 2 0 0 4 O / V IT / 8 / 2 0 0 4 O / V IT / 7 / 2 0 0 5 O / L A O / 1 9 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 9 1 3 ) O / L A O / 2 / 2 0 0 6 O 1 / M a n i s a / T U R / 6 9 ( A J 2 5 1 4 7 7 ) O / L A O / 4 / 9 8 ( D Q 1 6 4 9 0 6 ) O / T A I/ 8 / 9 9 ( D Q 1 6 4 9 7 7 ) O / M A Y / 1 / 2 0 0 2 ( D Q 1 6 4 9 2 3 ) O / T A I/ 4 4 - 2 / 0 2 R 2 B 3 * ( T R R L ) O / M Y A / 1 3 / 8 9 ( D Q 1 6 4 9 2 4 ) O / T A I/ 1 8 9 / 8 7 * ( T R R L ) O / T A I/ 9 / 2 0 0 5 O / T A I/ 1 0 / 2 0 0 5 O / M A Y / 5 / 2 0 0 6 O / M Y A / 3 / 0 4 * ( T R R L ) O / M Y A / 4 / 0 4 * ( T R R L ) O / M Y A / 1 / 9 8 O / M Y A / 5 / 9 9 ( D Q 1 6 4 9 2 6 ) O / M Y A / 2 / 2 0 0 0 ( D Q 1 6 4 9 2 7 ) O / M A Y / 2 / 2 0 0 1 O / M A Y / 3 / 2 0 0 1 ( D Q 1 6 4 9 2 0 ) O / T A I/ 8 / 2 0 0 4 O / V IT / 4 / 2 0 0 5 O / M A Y / 5 / 2 0 0 1 ( D Q 1 6 4 9 2 1 ) O / M A Y / 6 / 2 0 0 1 ( D Q 1 6 4 9 2 2 ) O / L A O / 4 / 2 0 0 1 ( D Q 1 6 4 9 0 7 ) O / L A O / 2 / 2 0 0 1 O / M Y A / 7 / 2 0 0 2 ( D Q 1 6 4 9 2 8 ) O / T A I/ 1 / 2 0 0 5 O / M A Y / 1 / 2 0 0 5 O / M A Y / 2 / 2 0 0 5 O / T A I/ 3 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 9 8 1 ) O / V IT / 6 / 2 0 0 5 V IT / 2 8 - 0 6 * ( A A H L ) O / V IT / 4 / 2 0 0 6 O / V IT / 6 / 2 0 0 6 O / V IT / 5 / 2 0 0 6 V IT / 3 1 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 9 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 2 7 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 3 0 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 2 9 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 1 6 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 1 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 3 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 8 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 6 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 2 6 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 2 2 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 2 5 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 2 3 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 2 4 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 2 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 3 7 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 3 9 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 3 8 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 7 - 0 6 * ( A A H L ) O / V IT / 7 / 2 0 0 6 V IT / 4 0 - 0 6 * ( A A H L ) O 1 / B F S 1 8 6 0 / U K / 6 7 O / H K N / 6 / 8 3 O / P H I/ 5 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 9 5 0 ) O / P H I/ 2 0 / 2 0 0 3 O / P H I/ 2 3 / 2 0 0 3 ( D Q 1 6 4 9 5 4 ) O / T A W / 4 / 9 9 O / P H I/ 5 / 9 5 ( D Q 1 6 4 9 4 6 ) O / P H I/ 7 / 9 6 O / H K N / 1 2 / 2 0 0 5 O / H K N / 1 / 2 0 0 6 O / T A I/ 5 / 2 0 0 5 O / V IT / 2 / 2 0 0 4 ( D Q 1 6 5 0 3 3 ) V IT / 3 4 - 0 5 * ( A A H L ) O / V IT / 1 1 / 2 0 0 5 V IT / 3 3 - 0 5 * ( A A H L ) O / V IT / 1 / 2 0 0 5 O / V IT / 9 / 2 0 0 5 V IT / 4 1 - 0 5 * ( A A H L ) O / M A Y / 8 / 2 0 0 5 V IT / 2 0 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 1 4 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 2 1 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 1 9 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 1 1 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 1 2 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 1 0 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 1 8 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 3 6 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 1 5 - 0 6 * ( A A H L ) V IT / 5 1 - 0 6 * ( A A H L ) O / V IT / 1 / 2 0 0 6 V IT / 3 5 - 0 6 * ( A A H L ) 1 0 0 7 5 8 1 9 9 7 8 9 5 1 0 0 7 1 1 0 0 9 0 7 8 1 0 0 8 6 1 0 0 9 6 9 9 9 9 9 9 9 5 1 0 0 9 5 9 9 1 0 0 7 9 9 9 9 6 1 0 0 9 2 7 2 8 0 9 3 1 0 0 9 9 7 8 9 2 1 0 0 8 5 9 6 1 0 0 9 9 8 3 1 0 0 7 4 1 0 0 9 8 8 9 7 4 1 0 0 7 0 1 0 0 9 9 9 9 7 8 1 0 0 8 7 7 3 9 9 9 7 9 0 9 5 8 6 0 . 0 2 No. of Taxa : 154 Data File : n:\evd\meg\db\fmdv\o\VIT2006B.MEG Data Title : Vietname - AAHL Data Type : Nucleotide (Coding) Analysis : Phylogeny reconstruction Tree Inference : ============================== Method : Neighbor-Joining Phylogeny Test and options : Bootstrap (1000 replicates; seed=64238) Include Sites : ============================== Gaps/Missing Data : Pairwise Deletion Codon Positions : 1st+2nd+3rd+Noncoding Substitution Model : ============================== Model : Nucleotide: Kimura 2-parameter Substitutions to Include : d: Transitions + Transversions Pattern among Lineages : Same (Homogeneous) Rates among sites : Uniform rates No. of Sites : 639 No Of Bootstrap Reps = 1000 * Not a WRLFMD ref. no. IVRI, Indian Veterinary Research Institute (Mukteswar). TRRL, Thailand Regional Reference Laboratory, Pak Chong. CATHAY EURO-SA ME-SA SEA N.J. Knowles, 12 Feb 2007 25 No. of Taxa : 93 Data File : n:\evd\meg\db\fmdv\a\VIT2005B.MEG Data Title : Vietnam A (AAHL) Data Type : Nucleotide (Coding) Analysis : Phylogeny reconstruction Tree Inference : ============================== Method : Neighbor-Joining Phylogeny Test and options : Bootstrap (1000 replicates; seed=64843) Include Sites : ============================== Gaps/Missing Data : Pairwise Deletion Codon Positions : 1st+2nd+3rd+Noncoding Substitution Model : ============================== Model : Nucleotide: Kimura 2-parameter Substitutions to Include : d: Transitions + Transversions Pattern among Lineages : Same (Homogeneous) Rates among sites : Uniform rates No. of Sites : 642 No Of Bootstrap Reps = 1000 * Not a WRLFMD ref. no. IVRI, Indian Veterinary Research Institute (Mukteswar). TRRL, Thailand Regional Reference Laboratory, Pak Chong. .J. Kn wles, 12 Feb 2 07 ASIA AFRICA EURO-SA A/VIT/10/2005 A/VIT/44-05* (AAHL) A/VIT/43-05* (AAHL) A/VIT/8/2005 A/VIT/13/2005 A/VIT/45-05* (AAHL) A/TAI/45/04* (TRRL) A/TAI/48-2/04R2* (TRRL) A/TAI/66/04R1* (TRRL) A/TAI/3-3/05* (TRRL) A/TAI/1/05R2B2* (TRRL) A/TAI/4/05R1* (TRRL) A/TAI/6/05* (TRRL) A/TAI/3/2005 A/VIT/10/2004 A/VIT/6/2004 A/VIT/42-04* (AAHL) A/TAI/9/2004 A/VIT/4/2004 A/LAO/36/2003 A/LAO/1/2006 A/MAY/4/2003 A/TAI/8/04R2* (TRRL) A/VIT/12/2004 A/TAI/28-04* (TRRL) A/TAI/11/2003 A/TAI/12/2003 A/TAI/6/2004 A/TAI/11/04* (TRRL) A/TAI/2/04R2* (TRRL) A/TAI/10/2003 A/TAI/4/2003 A/TAI/5/2003 A/TAI/4/04R2* (TRRL) A/TAI/7/2003 A/TAI/6-3/04* (TRRL) A/MAY/1/2003 A/MAY/3/2003 A/TAI/8/2003 A/TAI/3507/47R2* (TRRL) A/VIT/11/2004 A/VIT/5/2004 A/VIT/9/2004 A/TAI/11/2005 A/VIT/18/2005 A/VIT/14/2005 A/VIT/46-05* (AAHL) A/TAI/7/2002 A/MAY/2/2002 A/TAI/3/2002 A/TAI/3/2001 A/TAI/2/2002 A/TAI/1/2001 A/TAI/2/97 (EF208778) A/TAI/6/99 A/TAI/2/98 A/TAI/1/99 A/TAI/4/2005 A/TAI/7/2005 A/MAY/5/2005 A/TAI/2/2005 A/TAI/14-1/04* (TRRL) A/TAI/118/87* (EF208777) A/IND/68/2001* (AF390659) A/IND/7/82 (1980) A/IND/17/77* (AF204108) A22/IRQ/24/64 (AJ251474) A/IRN/87 A/SAU/41/91 A/IRN/22/99 (EF208772) A/IRN/1/96 (EF208771) A/SAU/23/86 A/BHU/41/2002 A/BHU/7/2003 A/BHU/27/2003 A/IND/16/2000* (AF390610) A/IND/78/2000* (AF390664) A/IND/50/2000* (AF390653) A/IND/24/2001* (AF390624) A/IND/38/2000* (AF390643) A/IND/173/2000* (AF390616) A/IND/84/2000* (AF390668) A/IND/126/2000* (AF390599) A/IND/80/2000* (AF390665) A15/Bangkok/TAI/60 (AY593755) A/EGY/1/2006 (EF208757) A/K35/80* A/K5/80* A10/HOL/42 (M20715) A24/Cruzeiro/BRA/55 (K03340) A/PHI/1/77 A/PHI/10/75 A/PHI/1/7686 100 86 100 100 99 89 99 100 97 78 100 87 75 10099 99 7571 85 100 100 99 98 86 75 97 78 95 95 94 70 99 77 70 72 0.02 N.J. Knowles, 12 Feb 2007 26 3kimron iso61.seq isrl3-63.seq IND 63-72.seq YNBS-58.seq pak iso3.seq Jiangsu-China-2005.seq spl47 spl48 AFG 1-2001 BHU 27-2002 HNK-CHA-05.seq Leb83.seq leb-89 iso89.seq 0.1 Asia 1 Sequence sp147 Da Nang sp148 North 27 Phụ lục 4 7.4.Các kết quả từ cuộc giám sát huyết thanh trong năm 2007 từ các tỉnh thành trong dự án Bảng sau cho biết các kết quả ELISA cho mỗi tỉnh với số gia súc dương tính với mỗi serotype sau khi tiêm phòng vaccine và số gia súc có kháng thể kháng nguyên không cấu trúc dương tính (3ABC ELISA dương tính) và đã bị nhiễm virus LMLM Province Species Vaccinated O A Asia 1 3ABC DongThap Cow 101 80 79 56 68 Pig 120 15 0 0 0 BinhPhuoc Cow 109 43 87 57 7 Pig 0 0 0 0 0 TayNinh Cow 60 0 9 0 3 Pig 0 0 0 0 0 LongAn Cow 60 42 59 59 13 Pig 0 0 0 0 0 KienGiang Cow 120 32 30 23 40 Pig 117 0 0 0 0 AnGiang Cow 120 79 56 37 44 Pig 120 0 0 0 0 QuangNam Cow 67 29 40 17 1 Pig 0 0 0 0 0 KonTum Cow Pig QuangNinh Cow 120 95 119 115 0 Pig 0 0 0 0 0 LangSon Cow *1 1 1 0 0 Pig 0 0 0 0 0 Vaccinated with O, A Asia 1 vaccine. Vaccinated in Feb 2007 Samples Collected April 10 2007 Lưu ý: Các bảng dưới đây cho thấy sự xác định có lưu hành vius LMLM tại Đồng Tháp bằng huyết thanh học Dữ liệu điều tra huyết thanh được dùng để cho thấy các serotyp O, A của virus LMLM đang lưu hành tại tỉnh Đồng Tháp năm 2007. Dữ liệu cho thấy cả hai serotype A và O có thể đang lưu hành trong năm 2007. Mẫu từ hiện trường ( ổ dịch ) gửi đến phòng thí nghiệm, chỉ phát hiện được serotype O. Nhưng kết quả huyết thanh học cho thấy có khả năng co1 cả 2 serotype O và A đã lưu hành . 28 Sample LP ELISA RESULT 2007 Serotype O Serotype A Serotype Asia 1 Titer final PI Titer final PI Titer final PI B09 1280 52 320 57 80 57 B10 320 58 160 56 40 52 B15 80 53 1280 54 80 53 B16 80 65 1280 54 80 54 B17 80 57 320 53 40 56 B19 640 65 2560 56 80 67 B20 2560 56 2560 67 80 74 B21 320 55 320 61 40 65 B22 1280 54 320 56 80 57 B23 1280 53 320 57 80 57 B26 320 58 2560 65 320 57 B27 80 58 320 56 80 52 B29 80 63 320 64 80 56 B31 80 57 640 58 80 53 B32 80 56 640 65 160 53 B33 80 61 320 72 160 53 B34 80 57 640 67 320 52 B35 1280 56 2660 63 320 54 B44 80 60 80 57 40 52 B46 320 56 320 65 80 63 Serum from Dong Thap 2007. Vaccinated in 2007 with O, A Asia 1 vaccine. All 3ABC Positive Outbreak O 2006/07 & A 2005 Can Serology be used to identify circulating FMDV? 8074640681607114A-B89 8071640511608014A-B88 8063640511605614A-B87 16054640571606514A-B49 8072320591607314A-B48 806516064806514A-B47 8070640573207014A-B25 8073640593207414A-B24 8069320701607214A-B14 8076320551606714A-B12 3207712807716072B-269 160756407516063B-265 neg413205716059B-264 160656406216070B-263 80696405316065B-260 neg293206016067B-257 160703207132070B-254 160713207032074B-253 80731606816055B-250 neg381607016068B-242 TitreTitreTitre Asia 1PIType APIType OPInumber Elisa ResultElisa ResultElisa Result Field Sample Serum from Dong Thap 2007. Vaccinated in 2007 with O, A Asia 1 vaccine. All 3ABC Negative Outbreak O 2006/07 & A 2005 Can Serology be used to identify circulating FMDV?