Luận án Nghiên cứu đặc điểm di truyền và tính kháng thuốc của vibrio cholerae phân lập tại tỉnh Trà Vinh

| C | G | G | A | C | G | G | G | T | G | A | G | T | A | A | T | G | C | C | T | A | G | G | A | A | A | T | T | G | C | C | C | T | G | A | T | G | T | G | G | G | 121 Sbjct 33728 CGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGG 33787 Query 122 G | G | A | T | A | A | C | C | A | T | T | G | G | A | A | A | C | G | A | T | G | G | C | T | A | A | T | A | C | C | G | C | A | T | G | A | T | G | C | C | T | A | C | G | G | G | C | C | A | A | A | G | A | G | G | G | G | G | A | C | 181 152 Uncultured Vibrio sp. partial 16S rRNA gene, clone 3-F12 1188 1188 99% 0.0 99% HE611099.1 Vibrio sp. I32bio 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% JN681783.1 Vibrio parahaemolyticus strain ES 05 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% JN595786.1 Uncultured Vibrio sp. clone Liv16S-L267 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% JN087491.1 Vibrio parahaemolyticus partial 16S rRNA gene, isolate Pt001 1188 1188 99% 0.0 99% FR687013.1 Uncultured Vibrio sp. clone ZLL-A33 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% JF806777.1 Vibrio natriegens strain BPRIST057 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% JF700507.1 Vibrio alginolyticus strain BPRIST053 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% JF700503.1 Vibrio alginolyticus strain BPRIST052 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% JF700502.1 Vibrio natriegens strain BPRIST034 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% JF431423.1 Vibrio alginolyticus strain BPRIST033 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% JF431422.1 Bacterium 3H207 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% JF411541.1 Bacterium 3H206 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% JF411540.1 Vibrio campbellii 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% HM771344.1 Vibrio rotiferianus strain Mj240 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% GQ454985.1 Uncultured bacterium partial 16S rRNA gene, clone 65N_B5 1188 1188 99% 0.0 99% FN823860.1 Uncultured bacterium partial 16S rRNA gene, clone 63_D12 1188 1188 99% 0.0 99% FN823361.1 Vibrio sp. Ex25 chromosome 1, complete sequence 1188 11574 99% 0.0 99% CP001805.1 Uncultured bacterium clone Ag31-1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1188 1188 99% 0.0 99% GQ866104.1 Vibrio sp. 09071TB3 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 1181 1181 99% 0.0 99% HQ449446.1 Alignments 153 PHỤ LỤC 6a SẮC PHỔ CHUỖI TRÌNH TỰ GEN ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH TetA CHỦNG T1 8/17/2014 NCBI Blast:Gen-DKKS-T1-TraVinhVN-2014 (570 letters) 154 RID Database Name Description Program Query ID Description Molecule type Query Length lcl|27185 Gen-DKKS-T1-TraVinhVN-2014 nucleic acid 570 BLAST ® Basic Local Alignment Search Tool NCBI/ BLAST/ blastx/ Formatting Results - Z1H9C53F013 Blast report description Gen-DKKS-T1-TraVinhVN-2014 (570 letters) Z1H9C53F013 (Expires on 08-18 23:07 pm) nr All non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF excluding environmental samples from WGS projects BLASTX 2.2.29+ Putative conserved domains have been detected, click on the image below for detailed results. Distribution of 100 Blast Hits on the Query Sequence Formatting options Download Graphic Summary 8/17/2014 NCBI Blast:Gen-DKKS-T1-TraVinhVN-2014 (570 letters) Sequences producing significant alignments: Descriptions Description Max score Total score Query cover E value Ident Accession MATE efflux family protein [Vibrio cholerae] 295 295 95% 4e-95 99% KFE22006.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 295 295 95% 5e-95 98% WP_000052727.1 multidrug efflux pump VcmD [Vibrio cholerae non- O1] 295 295 95% 6e-95 98% BAD98612.1 multidrug transporter MatE [Vibrio albensis] 294 294 95% 2e-94 98% WP_000052737.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 294 294 95% 2e-94 98% WP_001887468.1 MATE efflux family protein [Vibrio cholerae] 293 293 95% 3e-94 98% WP_002045884.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 292 292 95% 6e-94 98% WP_000052734.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 292 292 95% 7e-94 98% WP_000052741.1 MATE efflux family protein [Vibrio cholerae] 292 292 95% 7e-94 98% KFD97263.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 292 292 95% 7e-94 98% WP_000052729.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 292 292 95% 7e-94 98% WP_000052743.1 DNA-damage-inducible protein F [Vibrio cholerae] 292 292 95% 8e-94 98% WP_001961042.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae 2012EL-1759] 291 291 95% 1e-93 98% KEH06660.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 291 291 94% 2e-93 98% WP_001889744.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 291 291 95% 2e-93 98% WP_000052736.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 291 291 95% 2e-93 98% WP_000052728.1 MATE efflux family protein [Vibrio cholerae] 291 291 97% 2e-93 95% KFD83760.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 291 291 95% 2e-93 98% WP_001897328.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 291 291 95% 2e-93 97% WP_000052730.1 MATE efflux family protein [Vibrio cholerae] 291 291 94% 2e-93 98% KFD80178.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 291 291 95% 3e-93 98% WP_001915248.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 290 290 95% 3e-93 98% WP_000052739.1 MATE efflux protein [Vibrio cholerae] 290 290 95% 4e-93 97% WP_000052738.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 290 290 95% 4e-93 97% WP_001911977.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 290 290 95% 4e-93 97% WP_000052733.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 290 290 94% 4e-93 98% WP_012034298.1 DNA-damage-inducible protein F [Vibrio cholerae] 290 290 94% 6e-93 98% WP_002030110.1 DNA-damage-inducible protein F [Vibrio cholerae] 290 290 95% 6e-93 97% WP_002162627.1 MATE efflux protein [Vibrio cholerae] 290 290 94% 8e-93 98% WP_000052740.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 289 289 95% 8e-93 97% WP_000052735.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 288 288 94% 9e-93 98% WP_002004373.1 MATE efflux family protein [Vibrio cholerae] 289 289 95% 1e-92 97% KFE18602.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 289 289 95% 1e-92 97% WP_000052731.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 288 288 94% 2e-92 98% WP_001884263.1 MATE-type efflux pump AshVCD43 [Vibrio cholerae] 288 288 95% 2e-92 97% ABZ81912.1 multidrug transporter MatE [Vibrio sp. RC341] 288 288 95% 3e-92 96% WP_000052742.1 MATE-type efflux pump AshVCD44 [Vibrio cholerae] 288 288 95% 3e-92 97% ABZ81913.1 MATE efflux family protein [Vibrio cholerae] 288 288 94% 3e-92 98% KFE04826.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 287 287 94% 5e-92 97% WP_000052744.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 286 286 95% 2e-91 96% WP_019827890.1 multidrug transporter MatE [Vibrio mimicus] 285 285 94% 3e-91 96% WP_005510598.1 multidrug transporter MatE [Vibrio mimicus] 285 285 95% 4e-91 96% WP_000052526.1 multidrug transporter MatE [Vibrio mimicus] 284 284 95% 8e-91 95% WP_000052527.1 MATE efflux family protein [Vibrio cholerae] 284 284 97% 8e-91 94% KFE26265.1 155 8/17/2014 NCBI Blast:Gen-DKKS-T1-TraVinhVN-2014 (570 letters) 156 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] 284 284 95% 1e-90 95% WP_000052726.1 multidrug transporter MatE [Vibrio sp. RC586] 283 283 95% 2e-90 94% WP_000052530.1 DNA-damage-inducible protein F [Vibrio mimicus] 281 281 95% 2e-89 94% WP_005525273.1 multidrug transporter MatE [Vibrio mimicus] 279 279 95% 7e-89 94% WP_000052528.1 multidrug transporter MatE [Vibrio sp. PPCK- 2014] 277 277 95% 7e-88 93% KDO14098.1 multidrug transporter MatE [Vibrio furnissii] 238 238 97% 7e-73 77% WP_014204264.1 multidrug transporter MatE [Vibrio furnissii] 237 237 95% 1e-72 79% WP_004724432.1 DNA-damage-inducible protein F [Vibrio fluvialis] 232 232 94% 1e-70 78% WP_020331972.1 multidrug transporter MatE [Vibrio tasmaniensis] 231 231 94% 5e-70 75% WP_017104717.1 multidrug transporter MatE [Vibrio ordalii] 230 230 94% 5e-70 79% WP_017042072.1 multidrug transporter MatE [Vibrio ordalii] 230 230 94% 6e-70 78% WP_010316887.1 multidrug transporter MatE [Vibrio genomosp. F6] 230 230 98% 9e-70 73% WP_029203274.1 multidrug transporter MatE [Vibrio tasmaniensis] 229 229 94% 2e-69 75% WP_017111735.1 multidrug transporter MatE [Vibrio splendidus] 229 229 96% 3e-69 72% WP_012605018.1 MULTISPECIES: multidrug transporter MatE [Vibrio] 229 229 94% 3e-69 78% WP_013855482.1 multidrug transporter MatE [Vibrio splendidus] 229 229 94% 3e-69 75% WP_029225170.1 multidrug transporter MatE [Vibrio fortis] 229 229 94% 3e-69 75% KDN26590.1 multidrug transporter MatE [Vibrionales bacterium SWAT-3] 229 229 94% 3e-69 74% WP_008224236.1 multidrug transporter MatE [Vibrio anguillarum] 228 228 94% 3e-69 78% WP_019283009.1 multidrug transporter MatE [Vibrio ordalii] 228 228 94% 3e-69 78% WP_017048581.1 multidrug transporter MatE [Vibrio ordalii] 228 228 94% 3e-69 78% WP_017044868.1 multidrug transporter MatE [Vibrio crassostreae] 228 228 96% 6e-69 72% WP_017063776.1 multidrug transporter MatE [Vibrio crassostreae] 228 228 96% 6e-69 72% WP_017061047.1 multidrug transporter MatE [Vibrio splendidus] 228 228 94% 7e-69 74% WP_029224485.1 multidrug transporter MatE [Vibrio tasmaniensis] 228 228 96% 8e-69 73% WP_017097114.1 multidrug transporter MatE [Vibrio sp. 624788] 227 227 94% 9e-69 74% WP_017633172.1 multidrug transporter MatE [Vibrio splendidus] 227 227 94% 9e-69 74% WP_029406291.1 multidrug transporter MatE [Vibrio splendidus] 227 227 94% 9e-69 74% WP_004740545.1 multidrug transporter MatE [Vibrio splendidus] 227 227 94% 1e-68 74% WP_029404911.1 multidrug transporter MatE [Vibrio splendidus] 227 227 94% 1e-68 75% WP_004736700.1 multidrug transporter MatE [Vibrio splendidus] 227 227 96% 1e-68 72% WP_029405302.1 multidrug transporter MatE [Vibrio tasmaniensis] 227 227 94% 1e-68 74% WP_017103566.1 multidrug transporter MatE [Vibrio splendidus] 227 227 96% 1e-68 73% WP_029222713.1 multidrug transporter MatE [Vibrio splendidus] 226 226 94% 2e-68 74% WP_029221909.1 multidrug transporter MatE [Vibrio tasmaniensis] 226 226 96% 2e-68 73% WP_017100860.1 multidrug transporter MatE [Vibrio kanaloae] 226 226 96% 2e-68 72% WP_017055509.1 multidrug transporter MatE [Vibrio sinaloensis] 226 226 94% 2e-68 76% WP_008077680.1 multidrug transporter MatE [Vibrio sp. MED222] 226 226 96% 3e-68 72% WP_009848251.1 multidrug transporter MatE [Vibrio splendidus] 226 226 94% 4e-68 75% WP_029405986.1 multidrug transporter MatE [Vibrio sp. B183] 225 225 94% 6e-68 76% KFI11567.1 multidrug transporter MatE [Vibrio coralliilyticus] 225 225 94% 8e-68 76% WP_029235942.1 multidrug transporter MatE [Vibrio rotiferianus] 224 224 94% 9e-68 76% WP_010444459.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cyclitrophicus] 224 224 96% 1e-67 72% WP_016794752.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cyclitrophicus] 224 224 94% 1e-67 73% WP_016799314.1 multidrug transporter MatE [Vibrio 224 224 96% 1e-67 72% WP_016797952.1 8/17/2014 NCBI Blast:Gen-DKKS-T1-TraVinhVN-2014 (570 letters) MATE efflux family protein [Vibrio cholerae] Sequence ID: gb|KFE22006.1| Length: 448 Number of Matches: 1 Range 1: 126 to 306 Score Expect Method Identities Positives Gaps Frame 295 bits(756) 4e-95() Compositional matrix adjust. 179/181(99%) 180/181(99%) 0/181(0%) +2 Features: Query 5 CSSEVKTYAETYFYLRAWSAPAAllnfvllgwllGTQNARAPMWMVIitnltnivldlll 184 SSEVKTYAETYFYLRAWSAPAALLNFVLLGWLLGTQNARAPMWMVIITNLTNIVLDLLL Sbjct 126 ASSEVKTYAETYFYLRAWSAPAALLNFVLLGWLLGTQNARAPMWMVIITNLTNIVLDLLL 185 Query 185 vlglglKVEGAAIASVIADYAGLLFGLLCVVRYWRQHQLPAPFSFIPSLTKELSRLVALN 364 VLGLGLKVEGAAIASVIADYAGLLFGLLCVVRYWRQHQLPAPFSFIPSLTKELSRLVALN Sbjct 186 VLGLGLKVEGAAIASVIADYAGLLFGLLCVVRYWRQHQLPAPFSFIPSLTKELSRLVALN 245 Query 365 RDIFLRSLCLQAVFSFMTFQGAALGDDIVAANAVLMSFLMMISYGMDGFAYAMEAMVGKA 544 RDIFLRSLCLQAVFSFMTFQGAALGDDIVAANAVLMSFLMMISYGMDGFAYAMEAMVGKA Sbjct 246 RDIFLRSLCLQAVFSFMTFQGAALGDDIVAANAVLMSFLMMISYGMDGFAYAMEAMVGKA 305 Query 545 M 547 + Sbjct 306 I 306 multidrug transporter MatE [Vibrio cholerae] Sequence ID: ref|WP_000052727.1| Length: 451 Number of Matches: 1 Range 1: 126 to 306 Score Expect Method Identities Positives Gaps Frame 295 bits(755) 5e-95() Compositional matrix adjust. 178/181(98%) 180/181(99%) 0/181(0%) +2 Features: Query 5 CSSEVKTYAETYFYLRAWSAPAAllnfvllgwllGTQNARAPMWMVIitnltnivldlll 184 SSEVKTYAETYFYLRAWSAPAALLNFVLLGWLLGTQNARAPMWMVIITNLTNIVLD+LL Sbjct 126 ASSEVKTYAETYFYLRAWSAPAALLNFVLLGWLLGTQNARAPMWMVIITNLTNIVLDILL 185 Query 185 vlglglKVEGAAIASVIADYAGLLFGLLCVVRYWRQHQLPAPFSFIPSLTKELSRLVALN 364 VLGLGLKVEGAAIASVIADYAGLLFGLLCVVRYWRQHQLPAPFSFIPSLTKELSRLVALN Sbjct 186 VLGLGLKVEGAAIASVIADYAGLLFGLLCVVRYWRQHQLPAPFSFIPSLTKELSRLVALN 245 Query 365 RDIFLRSLCLQAVFSFMTFQGAALGDDIVAANAVLMSFLMMISYGMDGFAYAMEAMVGKA 544 RDIFLRSLCLQAVFSFMTFQGAALGDDIVAANAVLMSFLMMISYGMDGFAYAMEAMVGKA Sbjct 246 RDIFLRSLCLQAVFSFMTFQGAALGDDIVAANAVLMSFLMMISYGMDGFAYAMEAMVGKA 305 Query 545 M 547 + Sbjct 306 I 306 multidrug efflux pump VcmD [Vibrio cholerae non-O1] Sequence ID: dbj|BAD98612.1| Length: 451 Number of Matches: 1 Range 1: 126 to 306 157 cyclitrophicus] multidrug transporter MatE [Vibrio cyclitrophicus] 224 224 96% 1e-67 72% WP_016768445.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cyclitrophicus] 224 224 96% 1e-67 72% WP_016790532.1 multidrug transporter MatE [Vibrio sp. HENC- 03] 223 223 96% 3e-67 74% WP_009705149.1 DNA-damage-inducible protein F [Vibrio proteolyticus] 223 223 98% 3e-67 71% WP_021707170.1 multidrug transporter MatE [Vibrio owensii] 223 223 94% 3e-67 76% WP_020197121.1 multidrug transporter MatE [Vibrio crassostreae] 223 223 97% 3e-67 71% WP_017067882.1 multidrug transporter MatE [Vibrio harveyi] 223 223 96% 4e-67 74% WP_005438481.1 multidrug transporter MatE [Vibrio campbellii] 223 223 94% 4e-67 76% WP_010650530.1 multidrug transporter MatE [Vibrio cyclitrophicus] 223 223 96% 4e-67 71% WP_016796764.1 multidrug transporter MatE [Vibrio parahaemolyticus] 219 219 96% 4e-67 73% WP_029827412.1 multidrug transporter MatE [Vibrio coralliilyticus] 223 223 94% 5e-67 76% WP_006957293.1 Alignments See 3 more title(s) 6/25/2014 NCBI Blast:trinhtut3 158 RID Database Name Description Program Query ID Description Molecule type Query Length lcl|44929 trinhtut3 nucleic acid 854 BLAST ® Basic Local Alignment Search Tool NCBI/ BLAST/ blastn suite/ Formatting Results - UMCKJVFF015 Blast report description trinhtut3 UMCKJVFF015 (Expires on 06-26 10:22 am) nr Nucleotide collection (nt) BLASTN 2.2.29+ Distribution of 21 Blast Hits on the Query Sequence Formatting options Download Graphic Summary 6/25/2014 NCBI Blast:trinhtut3 Sequences producing significant alignments: Vibrio cholerae MS6 DNA, complete genome, chromosome 1 Sequence ID: dbj|AP014524.1| Length: 2936971 Number of Matches: 2 Range 1: 2106888 to 2107333 Score Expect Identities Gaps Strand Frame 774 bits(419) 0.0() 443/453(98%) 7/453(1%) Plus/Plus Features: Query 402 G | A | C | A | C | C | A | G | A | C | G | T | A | A | T | C | C | A | C | C | A | C | A | T | T | G | TG | T | G | T | A | A | T | T | T | G | C | A | A | T | G | G | C | C | G | C | T | T | G | T | A | C | T | T | C | T | T | C | C | 461 Sbjct 2106888 GACACCAGACGTAATCCACCACATTG-GTGTAATTTGCAATGGCCGCTTGTACTTCTTCC 2106946 Query 462 A | AA | G | G | G | A | A | T | G | G | G | T | A | C | A | A | C | T | G | T | T | C | G | A | T | A | TC | TA | A | C | A | A | T | C | TC | C | A | C | G | T | C | T | T | G | C | T | G | T | T | C | A | T | T | G | G | C | 521 Sbjct 2106947 AGAGGGAATGGGTACAACTGTTCGATA-CGAACAATCGCCACGTCTTGCTGTTCATTGGC 2107005 Query 522 T | C | G | G | C | G | C | T | G | T | T | C | A | A | G | G | A | G | A | T | C | G | T | A | A | T | A | A | TA | C | C | T | T | A | C | C | A | G | A | A | C | A | G | A | A | C | A | C | A | A | C | G | C | G | T | T | T | T | A | 581 Sbjct 2107006 TCGGCGCTGTTCAAGGAGATCGTAATAA-ACCTTACCAGAACAGAACACAACGCGTTTTA 2107064 Query 582 C | T | T | G | C | G | A | C | G | G | A | T | T | C | A | G | C | G | C | A | T | C | A | A | T | T | T | C | A | TC | C | A | A | T | C | G | C | C | G | G | C | T | G | G | A | A | A | G | T | A | C | C | G | T | G | G | G | C | A | 641 Sbjct 2107065 CTTGCGACGGATTCAGCGCATCAATTTCA-CCAATCGCCGGCTGGAAAGTACCGTGGGCA 2107123 Query 642 A | G | A | T | C | T | T | C | C | A | T | A | C | T | G | G | A | G | A | C | A | C | A | C | A | G | T | G | G | A | TT | G | A | C | G | C | A | G | C | A | G | C | G | A | T | T | T | A | G | G | A | G | A | C | A | T | C | A | C | 701 Sbjct 2107124 AGATCTTCCATACTGGAGACACACAGTGGA-TGACGCAGCAGCGATTTAGGAGACATCAC 2107182 Query 702 C | A | C | C | A | G | A | G | G | G | C | G | G | C | G | C | A | T | T | G | G | G | C | G | A | A | C | C | A | C | TT | T | G | A | C | G | A | C | G | A | A | T | C | A | T | G | T | G | G | T | A | A | A | C | C | T | G | A | G | 761 Descriptions Description Max score Total score Query cover E value Ident Accession Vibrio cholerae MS6 DNA, complete genome, chromosome 1 774 1160 80% 0.0 98% AP014524.1 Vibrio cholerae IEC224 chromosome I, complete sequence 774 1160 80% 0.0 98% CP003330.1 Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 chromosome 1, complete sequence 774 1160 80% 0.0 98% CP003069.1 Vibrio cholerae MJ-1236 chromosome 1, complete sequence 774 1160 80% 0.0 98% CP001485.1 Vibrio cholerae O395 chromosome I, complete sequence 774 1160 80% 0.0 98% CP001235.1 Vibrio cholerae M66-2 chromosome I, complete sequence 774 1160 80% 0.0 98% CP001233.1 Vibrio cholerae O395 chromosome 2, complete genome 774 1160 80% 0.0 98% CP000627.1 Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 chromosome I, complete sequence 774 1160 80% 0.0 98% AE003852.1 Synthetic construct Vibrio cholerae clone FLH174681.01F sucA gene, complete sequence 774 774 53% 0.0 98% DQ899495.1 Vibrio cholerae LMA3894-4 chromosome I, complete sequence 769 1161 82% 0.0 98% CP002555.1 Synthetic construct Vibrio cholerae clone FLH236893.01F gltB-2 gene, complete sequence 385 385 27% 5e-103 96% DQ899519.1 Providencia stuartii MRSN 2154, complete genome 182 182 38% 7e-42 77% CP003488.1 Alignments 160 PHỤ LỤC 8: Sự tương đồng về trình tự Nucleotide của các chủng V. cholerae phân lập và các chủng V. cholerae trên Genbank 161 1 6 2 P H Ụ L Ụ C 9 : T Ổ N G H Ợ P K Ế T Q U Ả T H Ử K H Á N G S IN H Đ Ồ Đ Ố I V Ớ I V I K H U Ẩ N V ib ri o c h o le ra e T R Ê N M Ẫ U P H Â N L Ậ P T Ạ I T ỈN H T R À V IN H T T V ib ri o C h o le ra e (n = 6 ) A m in o si d e F lu o ro q u in o lo n e T et ra cy cl in e P h ố i h ợ p β - la ct a m G ly co p ep ti d es Ứ c ch ế co n đ ư ờ n g F lo la te M a cr o li d e P h ố i h ợ p β - la ct a m C o d e S m C o d e N r C o d e T e C o d e A m C o d e V a n C o d e B t C o d e A z C o d e A c 1 S u sc ep ti b le (S ) 8 5 V 1 1 6 8 5 V 1 3 0 8 5 V 1 3 3 8 5 V 1 1 8 8 5 V 1 2 4 8 5 V 1 4 2 2 8 1 V 1 2 5 8 1 V 1 3 4 8 1 V 1 2 9 8 1 V 1 2 0 8 1 V 1 1 7 8 1 V 1 1 7 3 N g 3 3 7 N g 3 2 3 N g 3 2 2 N g 3 2 5 N g 3 2 2 N g 3 3 0 4 O 1 .2 2 3 O 1 .2 1 8 O 1 .2 2 2 O 1 .2 1 8 5 O 3 .2 1 6 O 3 .2 3 0 O 3 .2 1 8 O 3 .2 2 0 O 3 .2 1 8 O 3 .2 2 1 6 N 8 1 7 N 8 2 5 8 5 V 1 1 5 N 8 1 9 N 8 2 0 N 8 2 5 N 8 2 3 1 In te r m ed ia te (I ) 2 3 1 R es is ta n ce (R ) N g 3 1 1 N g 3 6 8 1 V 1 1 2 8 1 V 1 1 2 2 O 1 .2 1 2 O 1 .2 6 O 1 .2 6 O 1 .2 6 3 O 3 .2 6 O 3 .2 1 0 4 N 8 6 5 N 8 1 0 8 5 V 1 6 1 6 3 P H Ụ L Ụ C 1 0 : C h ủ n g V . ch o le ra e k h á n g t h u ố c ch ủ y ếu t ừ n ă m 2 0 0 3 – 2 0 0 9 ở m ộ t số n ư ớ c tr ên t h ế g iớ i N ă m Q u ố c g ia C h ủ n g H u y ết t h a n h K h á n g s in h đ ề k h á n g C ơ c h ế N g u ồ n t h a m k h ả o 1 9 9 3 – 2 0 0 5 P ak is ta n O 1 I n ab a/ O g aw a C o ( 1 0 0 ), C m ( 3 ) K h ô n g x ác đ ịn h Ja b ee n e t al . (2 0 0 8 ) 1 9 9 5 – 2 0 0 1 In d o n es ia O 1 /n o n -O 1 A m p , S X T , C m , T et K h ô n g x ác đ ịn h T ja n ia d i et a l. (2 0 0 3 ) 1 9 9 5 , 2 0 0 0 , 2 0 0 2 V ie tn am O 1 1 9 9 5 : S m 2 0 0 0 : S X T , S m T rê n đ o ạn g en n h ảy G en S X T E h ar a et a l. ( 2 0 0 4 ) Ja n 1 9 9 9 – D ec 2 0 0 7 Ấ n Đ ộ O 1 E l T o r O g aw a F z, C p r, A m o , C o K h ô n g x ác đ ịn h C h an d er e t al . (2 0 0 9 ) 2 0 0 0 – 2 0 0 4 Ấ n Đ ộ O 1 , O 1 3 9 N o n -O 1 /n o n -O 1 3 9 F Q ( si n ce 2 0 0 2 ) K h ô n g x ác đ ịn h C h an d ra se k h ar et a l. ( 2 0 0 8 ) 2 0 0 0 M ad ag as ca r (Ấ n Đ ộ ) N D C o , S m , C m , A m p , T et T ru y ền n h ờ p la sm id R ak o to A ls o n e t al . (2 0 0 1 ) M ay – Ju n 2 0 0 0 Ấ n Đ ộ O 1 E l T o r O g aw a O 1 3 9 F z K h ô n g x ác đ ịn h S am al e t al . (2 0 0 1 ) 2 0 0 2 Ấ n Đ ộ O 1 E l T o r O g aw a O 1 3 9 N o n -O 1 /n o n -O 1 3 9 O 1 O g aw a: A m p ( 6 2 .5 ), C o ( 8 1 .3 ), N A ( 9 3 .8 ) O 1 3 9 : A m p ( 1 0 0 ), G en t (5 4 .5 ), T et ( 5 4 .5 ), N A ( 1 0 0 ) N o n -O 1 /n o n -O 1 3 9 : A m p (8 2 .4 ), C o ( 6 1 .8 ), N A ( 9 4 .1 ) K h ô n g x ác đ ịn h K ri sh n a et a l. (2 0 0 6 ) 2 0 0 1 – 2 0 0 6 E as t D el h i, (Ấ n Đ ộ ) O 1 E l T o r O g aw a/ In ab a N A , C o K h ô n g x ác đ ịn h D as e t al . (2 0 0 8 ) 2 0 0 2 – 2 0 0 4 M o za m b iq u e (Đ ô n g N a m C .P h i) O 1 E l T o r O g aw a C m ( 5 7 .9 ), C o ( 9 6 .6 ), T et ( 9 7 .3 ), Q u ( 4 .2 ) K h ô n g x ác đ ịn h M an d o m an d o e t al . (2 0 0 7 ) 1 6 4 2 0 0 3 T h u a T h ie n , (V iệ t N a m ) O 1 A m o , E ry Y ếu t ố t iế p h ợ p B an i et a l. ( 2 0 0 7 ) 2 0 0 4 – 2 0 0 5 D h ak a, B an g - la d es h O 1 S X T , T et , E ry , S m G en S X T F ar u q u e et a l. (2 0 0 6 ) 2 0 0 4 H àn C h âu (Đ ô n g T .Q u ố c) O 1 3 9 A m p , S m , G en t, T et , C m , S X T T ru y ền n h ờ p la sm id P an e t al . (2 0 0 8 ) 2 0 0 4 T .P h ố C h en n ai (Ấ n Đ ộ ) O 1 E l T o r O g aw a (c la ss ic al C T X Ф ) C o , N A , n it ro fu ra n to in , S p ec , S m , S X T Đ o ạn g en n h ảy G en S X T G o el e t al . (2 0 1 0 ) 2 0 0 4 – 2 0 0 6 Ir an ( B a T ư ) N D S X T , S m , C m G en S X T A d ab i et a l. ( 2 0 0 9 ) O ct 2 0 0 4 – M ar 2 0 0 6 S én ég al (T â y C h â u P h i) O 1 E l T o r C o ( 9 0 .3 ) K h ô n g x ác đ ịn h M an g a et a l. ( 2 0 0 8 ) 2 0 0 4 – 2 0 0 5 C am er o o n (m iề n T ru n g C .P h i) O 1 S X T ( 1 0 0 ), A m p K h ô n g x ác đ ịn h N g an d ji o e t al ( 2 0 0 9 ) O ct 2 0 0 4 – D ec 2 0 0 5 T h ủ đ ô D h ak a v à M at la b , (B a n g la d es h ) O 1 O g aw a an d I n ab a D h ak a: T et ( 5 5 ), E ry (4 4 ), S X T ( 9 9 ), F z (1 0 0 ) M at la b : T et ( 5 4 ), E ry ( 4 8 ), E ry ( 9 7 ), F z (1 0 0 ) K h ô n g x ác đ ịn h F ar u q u e et a l. (2 0 0 7 ) 2 0 0 5 Ir an ( B a T ư ) O 1 E l T o r In ab a N f (9 7 ), C p r (9 2 ), K an ( 8 8 ), am ik ac in ( 8 5 ), T et ( 7 7 ), D o x (6 7 ), F z (1 0 0 ), S X T ( 9 8 ), E ry (6 2 ) K h ô n g x ác đ ịn h K er am at e t al . (2 0 0 8 ) A u g 2 0 0 6 – S ep 2 0 0 8 E th io p ia (Đ ô n g C .P h i) O 1 I n ab a C o ( 1 0 0 ), C m ( 9 4 ), A m p (8 9 ), E ry ( 1 5 ), T et ( 6 .2 ), C p r (1 .2 ) K h ô n g x ác đ ịn h A b er a et a l. ( 2 0 1 0 ) 1 6 5 2 0 0 6 T h ủ đ ô A cc ra , G h an a (T â y C h â u P h i) O 1 S X T G en S X T ( 8 8 .9 ) Đ o ạn g en n h ảy (8 1 .5 ) Đ o ạn g en n h ảy (7 .4 ) O p in ta n e t al . (2 0 0 8 ) D ec 2 0 0 6 – F eb 2 0 0 7 N am ib ia (T â y N a m P h i) O 1 E l T o r In ab a S X T , S m K h ô n g x ác đ ịn h S m it h e t al . (2 0 0 8 ) A u g – S ep 2 0 0 7 Ấ n Đ ộ O 1 E l T o r A m p , co - am o x ic la v ,a zt re o n am , C o , E ry , m et ro n id az o le , N A , N eo , n it ro fu ra n to in , o x ac il li n , P B , S p e, S m , T ri , V an c Đ o ạn g en n h ảy G en S X T Ja in e t al . (2 0 0 8 ) 2 0 0 8 Ir an ( B a T ư ) O 1 E l T o r In ab a N o n -a g g lu ti n at in g (N A G ) st ra in s In ab a: N A ( 1 0 0 ), A m o ( 1 0 0 ), S X T ( 9 5 .7 ), F z (9 1 .3 ) N A G : E ry ( 7 7 .4 ) R an jb ar e t al . (2 0 1 0 ) Ju n 2 0 0 8 – Ja n 2 0 0 9 N ep al (N a m Á ) O 1 E l T o r O g aw a F z (1 0 0 ), N A , C o K h ô n g x ác đ ịn h K ar k i et a l. ( 2 0 1 0 ) Ja n 2 0 0 9 Z im b ab w e (m iề n N a m C . P h i) O 1 E l T o r O g aw a an d I n ab a F z, S X T K h ô n g x ác đ ịn h Is la m e t al . (2 0 0 9 ) G h i ch ú : A m o : am o x ic il li n ; A m p : am p ic il li n ; C m : ch lo ra m p h en ic o l; C o : co tr im o x az o le ; C p r: ci p ro fl o x ac in ; D o x : d o x y c y cl in e; E ry : er y th ro m y ci n ; F Q : fl u o ro q u in o lo n e; F z: f u ra zo li d o n e; G en t, g en ta m ic in ; K an , k an am y ci n ; N A , n al id ix ic a ci d ; N eo : n eo m y ci n ; N f: n o rf lo x ac in ; P B : p o ly m y x in B ; Q u : q u in o lo n e; S m : st re p to m y ci n ; S p ec : sp ec ti n o m y ci n ; S X T : su lf am et h o x az o le – tr im et h o p ri m ; S u : su lp h o n am id es ; T et : te tr ac y cl in e; T ri : tr im et h o p ri m ; V an c: v an co m y ci n . (n g u ồ n : M a ya K it a o ka e t a l, 2 0 1 1 ) 166 PHỤ LỤC 11 CÁC ACID AMIN TRÌNH TỰ CHỦNG T1 (gen đề kháng kháng sinh tetracycline) 1 GAA TTA CTT AGC GAT GCA GCA GCG AAG TCA AAA CCT ACG CTG AAA 45 1 Glu Leu Leu Ser Asp Ala Ala Ala Lys Ser Lys Pro Thr Leu Lys 15 46 CAT ATT TCT ACC TTC GTG CTT GGA GTG CTC CAG CCG CAC TCC TTA 90 16 His Ile Ser Thr Phe Val Leu Gly Val Leu Gln Pro His Ser Leu 30 91 ACT TTG TGC TAT TGG GCT GGT TAC TCG GTA CGC AAA ATG CCC GCG 135 31 Thr Leu Cys Tyr Trp Ala Gly Tyr Ser Val Arg Lys Met Pro Ala 45 136 CCC CGA TGT GGA TGG TGA TCA TCA CCA ACC TCA CCA ATA TTG TGC 180 46 Pro Arg Cys Gly Trp End Ser Ser Pro Thr Ser Pro Ile Leu Cys 60 181 TCG ATC TAC TAC TCG TAC TCG GAC TAG GGC TAA AAG TCG AAG GAG 225 61 Ser Ile Tyr Tyr Ser Tyr Ser Asp End Gly End Lys Ser Lys Glu 75 226 CCG CCA TTG CGT CGG TTA TCG CCG ATT ATG CTG GTC TCT TGT TTG 170 76 Pro Pro Leu Arg Arg Leu Ser Pro Ile Met Leu Val Ser Cys Leu 90 271 GTC TGC TGT GCG TGG TGC GTT ACT GGC GGC AGC ATC AGC TCC CAG 315 91 Val Cys Cys Ala Trp Cys Val Thr Gly Gly Ser Ile Ser Ser Gln 105 316 CGC CCT TCT CTT TCA TCC CCT CTC TCA CCA AAG AGC TTT CCC GTT 360 106 Arg Pro Ser Leu Ser Ser Pro Leu Ser Pro Lys Ser Phe Pro Val 120 361 TAG TGG CGC TCA ATC GTG ATA TCT TCC TGC GCT CAC TCT GTC TGC 405 121 End Trp Arg Ser Ile Val Ile Ser Ser Cys Ala His Ser Val Cys 135 406 AAG CCG TAT TTA GCT TTA TGA CCT TTC AAG GCG CAG CGT TGG GAG 450 136 Lys Pro Tyr Leu Ala Leu End Pro Phe Lys Ala Gln Arg Trp Glu 150 451 ATG ACA TCG TCG CCG CTA ATG CGG TGC TGA TGA GCT TTT TGA TGA 495 151 Met Thr Ser Ser Pro Leu Met Arg Cys End End Ala Phe End End 165 496 TGA TTT CCT ACG GTA TGG ATG GAT TTG CCT ACG CGA TGG AAG CCA 540 166 End Phe Pro Thr Val Trp Met Asp Leu Pro Thr Arg Trp Lys Pro 180 541 TGG TCG GTA AAG CAA TGT TGT CCA GGC AGA CTT GCG ACG GAT TCA 585 181 Trp Ser Val Lys Gln Cys Cys Pro Gly Arg Leu Ala Thr Asp Ser 195 586 CCG CAT CAT TTT CAC CTA TCT CCG GCT GGA AAG TGC CGG GGG CAA 630 196 Pro His His Phe His Leu Ser Pro Ala Gly Lys Cys Arg Gly Gln 210 631 GAT CTT CCA TAC TGG AGA CAC TCA CGG GAA GAA TCA CAT TCG ATT 675 211 Asp Leu Pro Tyr Trp Arg His Ser Arg Glu Glu Ser His Ser Ile 225 676 TAA GAC ACC TCA CCT CCA GAT GGC GGT TGA TTG GGC GAA CCT CTT 720 226 End Asp Thr Ser Pro Pro Asp Gly Gly End Leu Gly Glu Pro Leu 240 721 GAC TAC GAT TCA TGT GGT AAA GCT GAC CAG GGG TAG ACG GAA CAA 765 241 Asp Tyr Asp Ser Cys Gly Lys Ala Asp Gln Gly End Thr Glu Gln 255 167 PHỤ LỤC 12 CÁC ACID AMIN TRÌNH TỰ CHỦNG T3 (gen đề kháng kháng sinh tetracycline) 1 GCG TGT ATC TGC GTT TGA ACC TCG GAT AAA CCG CTG CCA CTG GAG 45 1 Ala Cys Ile Cys Val End Thr Ser Asp Lys Pro Leu Pro Leu Glu 15 46 CAT ATC GAG CCC GCG AGC GAT CTC TAC AAA CGC TTT GAC TCC GCC 90 16 His Ile Glu Pro Ala Ser Asp Leu Tyr Lys Arg Phe Asp Ser Ala 30 91 GCC ATG TCG ATT GGC GCG TTA AGC CCA GAA GCC CAT GAA GCG TTA 135 31 Ala Met Ser Ile Gly Ala Leu Ser Pro Glu Ala His Glu Ala Leu 45 136 GCC ACC GCG ATG AAC CGC CTA GGC GGC TAT TCC AAC TCA GGT GAA 180 46 Ala Thr Ala Met Asn Arg Leu Gly Gly Tyr Ser Asn Ser Gly Glu 60 181 GGT GGT GAA GAT CCA CGC CGT TTT GGC ACT GAG CGT AAC TCA CGT 225 61 Gly Gly Glu Asp Pro Arg Arg Phe Gly Thr Glu Arg Asn Ser Arg 75 226 ATC AAG CAA TGT TGT CCA GGC AGA CAT GGC CAG CGC CCC ACC CTT 270 76 Ile Lys Gln Cys Cys Pro Gly Arg His Gly Gln Arg Pro Thr Leu 90 271 TGC CCG ACC GGC TGA GAT GCC GAA GCT TGA CGA CCT GTA CAA TCG 315 91 Cys Pro Thr Gly End Asp Ala Glu Ala End Arg Pro Val Gln Ser 105 316 TAA TCA ATC TGG CTG GAT CTT GCT GAT AGA ACC AAG AGG GGG GGG 360 106 End Ser Ile Trp Leu Asp Leu Ala Asp Arg Thr Lys Arg Gly Gly 120 361 GCA AGA TGG TAA AAG GGA TGT GGG CCT CGT AGA GAC ACC AGA CGT 405 121 Ala Arg Trp End Lys Gly Cys Gly Pro Arg Arg Asp Thr Arg Arg 135 406 AAT CCA CCA CAT TGG TGT AAT TTG CAA TGG CCG CTT GTA CTT CTT 450 136 Asn Pro Pro His Trp Cys Asn Leu Gln Trp Pro Leu Val Leu Leu 150 451 CCA AAG GGA ATG GGT ACA ACT GTT CGA TAC TAA CAA TCT CCA CGT 495 151 Pro Lys Gly Met Gly Thr Thr Val Arg Tyr End Gln Ser Pro Arg 165 496 CTT GCT GTT CAT TGG CTC GGC GCT GTT CAA GGA GAT CGT AAT AAA 540 166 Leu Ala Val His Trp Leu Gly Ala Val Gln Gly Asp Arg Asn Lys 180 541 CCT TAC CAG AAC AGA ACA CAA CGC GTT TTA CTT GCG ACG GAT TCA 585 181 Pro Tyr Gln Asn Arg Thr Gln Arg Val Leu Leu Ala Thr Asp Ser 195 586 GCG CAT CAA TTT CAC CAA TCG CCG GCT GGA AAG TAC CGT GGG CAA 630 196 Ala His Gln Phe His Gln Ser Pro Ala Gly Lys Tyr Arg Gly Gln 210 631 GAT CTT CCA TAC TGG AGA CAC ACA GTG GAT GAC GCA GCA GCG ATT 675 211 Asp Leu Pro Tyr Trp Arg His Thr Val Asp Asp Ala Ala Ala Ile 225 676 TAG GAG ACA TCA CCA CCA GAG GGC GGC GCA TTG GGC GAA CCA CTT 720 226 End Glu Thr Ser Pro Pro Glu Gly Gly Ala Leu Gly Glu Pro Leu 240 721 GAC GAC GAA TCA TGT GGT AAA CCT GAG CAG GGG TAG ACG GAA CAA 765 241 Asp Asp Glu Ser Cys Gly Lys Pro Glu Gln Gly End Thr Glu Gln 255 168 PHỤ LỤC 13 CÁC ACID AMIN CHỦNG HOANG DẠI Vibrio_cholerae_O1_biovar_eltor_str_N16961_chromosome_I 1 TAT TAG ATC TAC TAT TAA GGA GCA GGA TCT TTG TGG ATA AGT GAA 45 1 Tyr End Ile Tyr Tyr End Gly Ala Gly Ser Leu Trp Ile Ser Glu 15 46 AAA TGA TCA ACA AGA TCA TGC GAT TCA GAA GGA TCA GAT CGT GTG 90 16 Lys End Ser Thr Arg Ser Cys Asp Ser Glu Gly Ser Asp Arg Val 30 91 ATC AAC CAC TGA TCT GTT CAA GGA TTA GCT GGG ATC AAA AAC CTA 135 31 Ile Asn His End Ser Val Gln Gly Leu Ala Gly Ile Lys Asn Leu 45 136 TGT TAT ACA CAG CCA CCT TGG GAT CTA AAA CTT GTT ATA TGG ATA 180 46 Cys Tyr Thr Gln Pro Pro Trp Asp Leu Lys Leu Val Ile Trp Ile 60 181 ACT ATA GGA AGA TCA CCG GAT AAT CGT ATA GTT ATC CAC ATG AGA 225 61 Thr Ile Gly Arg Ser Pro Asp Asn Arg Ile Val Ile His Met Arg 75 226 TTT GAT TGA AAA AGC ATC AAT CAA TTT TTT CAC TAC CGT TAA ATT 270 76 Phe Asp End Lys Ser Ile Asn Gln Phe Phe His Tyr Arg End Ile 90 271 TAT CCA CAA TCC AAA AAA AAG AGC GGC ATT AAG CCG CTC TGC ATG 315 91 Tyr Pro Gln Ser Lys Lys Lys Ser Gly Ile Lys Pro Leu Cys Met 105 316 GAA TAG GTC ATT ATT TAG AAG CGA TTG ATG ACG CGT TTG AGC CAA 360 106 Glu End Val Ile Ile End Lys Arg Leu Met Thr Arg Leu Ser Gln 120 361 GCT TCA GCG GCA TCT TCA GGC ACT GGG TGC TCT TGT ACA TCG ATG 405 121 Ala Ser Ala Ala Ser Ser Gly Thr Gly Cys Ser Cys Thr Ser Met 135 406 GTA AAG CAG TTG GCC AGA GGT TTA GCA CCA ATA TCC CCC AGC AGC 450 136 Val Lys Gln Leu Ala Arg Gly Leu Ala Pro Ile Ser Pro Ser Ser 150 451 TGA TAG GCA TGT TTA CCT GCC GCG CAG AAA GTA TCG TAG CTT GAA 495 151 End End Ala Cys Leu Pro Ala Ala Gln Lys Val Ser End Leu Glu 165 496 TCA CCA ATC GCG ACC ACG GCA TAA CGT AGT GCA GAG GTA TTC GGT 540 166 Ser Pro Ile Ala Thr Thr Ala End Arg Ser Ala Glu Val Phe Gly 180 541 GGT GTA TTC TGC AGA GCC TGA ATA AAG GGC TGG ATA TTA TCC GGG 585 181 Gly Val Phe Cys Arg Ala End Ile Lys Gly Trp Ile Leu Ser Gly 195 586 TAC TCA CCA GCC CCG TGG GTT GAG GTG ATG ATC AGC CAA GTC CCT 630 196 Tyr Ser Pro Ala Pro Trp Val Glu Val Met Ile Ser Gln Val Pro 210 631 TTA GCA GGG ATC TCA CTC ATG TTG GGC TGG TTA TGA ATT TTG GTG 675 211 Leu Ala Gly Ile Ser Leu Met Leu Gly Trp Leu End Ile Leu Val 225 676 TCA AAG CCT TGT TCT TGC AGT AAA TCA CTC AGG TGG TCA CCC ACA 720 226 Ser Lys Pro Cys Ser Cys Ser Lys Ser Leu Arg Trp Ser Pro Thr 240 721 TAT TCC GCA CCG CCT AGG GTG CTG CCA GTA ATG ATA TGA ATC ATA 765 241 Tyr Ser Ala Pro Pro Arg Val Leu Pro Val Met Ile End Ile Ile 255 169 PHỤ LỤC 14: XỬ LÝ THỐNG KÊ 1. Lượng FA đối với thỏ không uống vaccine So sánh chủng hoang dại N16961 với 2 chủng N8 (T1) và O3.2 (T3) One-way ANOVA: A, B, C Source DF SS MS F P Factor 2 3.436 1.718 14.07 0.030 Error 3 0.366 0.122 Total 5 3.802 S = 0.3494 R-Sq = 90.37% R-Sq(adj) = 83.95% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev Level N Mean StDev ------+---------+---------+---------+--- A 2 1.8750 0.6010 (-------*-------) B 2 0.3500 0.0707 (-------*------) C 2 0.2000 0.0000 (-------*-------) ------+---------+---------+---------+--- 0.0 1.0 2.0 3.0 Pooled StDev = 0.3494 2. Lượng FA đối với thỏ không uống vaccine So sánh chủng N8 (T1) và O3.2 (T3) với 4 chủng O1.2, Ng3, 85V1 và 81V1 One-way ANOVA: A, B, C, D, E, F Source DF SS MS F P Factor 5 3.154 0.631 4.53 0.047 Error 6 0.835 0.139 Total 11 3.989 S = 0.3731 R-Sq = 79.07% R-Sq(adj) = 61.63% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev Level N Mean StDev ------+---------+---------+---------+--- A 2 0.2500 0.0707 (---------*--------) B 2 0.3000 0.1414 (--------*---------) C 2 1.3500 0.2121 (--------*---------) D 2 1.2500 0.6364 (--------*--------) E 2 1.3000 0.4243 (---------*--------) F 2 1.5000 0.4243 (--------*---------) ------+---------+---------+---------+--- 0.00 0.70 1.40 2.10 Pooled StDev = 0.3731 170 3. Lượng FA đối với thỏ có uống vaccine So sánh 6 chủng N8 (T1), O3.2 (T3), O1.2, Ng3, 85V1 và 81V1 One-way ANOVA: A1, B1, C1, D1, E1, F1 Source DF SS MS F P Factor 5 0.1643 0.0329 1.42 0.263 Error 18 0.4156 0.0231 Total 23 0.5799 S = 0.1520 R-Sq = 28.33% R-Sq(adj) = 8.42% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev Level N Mean StDev ------+---------+---------+---------+--- A1 4 0.2250 0.1555 (----------*----------) B1 4 0.2125 0.1652 (---------*----------) C1 4 0.4000 0.1826 (----------*---------) D1 4 0.4375 0.1493 (---------*----------) E1 4 0.3375 0.1493 (----------*---------) F1 4 0.3250 0.0957 (----------*---------) ------+---------+---------+---------+--- 0.15 0.30 0.45 0.60 Pooled StDev = 0.1520 171 ————— 12/3/2014 9:39:52 AM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help. Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng T1/Thỏ không uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 Median Q3 3h 2 0 600 600 849 0.000000000 * 600 * 6h 2 0 550000 100000 141421 450000 * 550000 * 9h 2 0 450000 50000 70711 400000 * 450000 * 16h 2 0 1500 1500 2121 0.000000000 * 1500 * Variable Maximum 3h 1200 6h 650000 9h 500000 16h 3000 Welcome to Minitab, press F1 for help. ————— 12/3/2014 2:42:41 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help. Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng T3/Thỏ không uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 3h 2 0 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 * 6h 2 0 420000 80000 113137 340000 * 9h 2 0 300000 50000 70711 250000 * 16h 2 0 6000 6000 8485 0.000000000 * Variable Median Q3 Maximum 3h 0.000000000 * 0.000000000 6h 420000 * 500000 9h 300000 * 350000 16h 6000 * 12000 ————— 12/3/2014 2:46:24 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help. Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng O1.2/Thỏ không uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 Median Q3 3h 2 0 4500 4500 6364 0.000000000 * 4500 * 6h 2 0 1050000 150000 212132 900000 * 1050000 * 9h 2 0 1625000 75000 106066 1550000 * 1625000 * 16h 2 0 80000 20000 28284 60000 * 80000 * Variable Maximum 3h 9000 6h 1200000 9h 1700000 16h 100000 172 ————— 12/3/2014 2:52:57 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help. Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng Ng3/Thỏ không uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 Median Q3 3h 2 0 7500 7500 10607 0.000000000 * 7500 * 6h 2 0 1200000 100000 141421 1100000 * 1200000 * 9h 2 0 1325000 325000 459619 1000000 * 1325000 * 16h 2 0 890000 90000 127279 800000 * 890000 * Variable Maximum 3h 15000 6h 1300000 9h 1650000 16h 980000 ————— 12/3/2014 2:58:13 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help. Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng 85V1/Thỏ không uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 3h 2 0 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 * 6h 2 0 1280000 280000 395980 1000000 * 9h 2 0 1700000 100000 141421 1600000 * 16h 2 0 1350000 150000 212132 1200000 * Variable Median Q3 Maximum 3h 0.000000000 * 0.000000000 6h 1280000 * 1560000 9h 1700000 * 1800000 16h 1350000 * 1500000 ————— 12/3/2014 3:08:44 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help. Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng 81V1/Thỏ không uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 3h 2 0 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 * 6h 2 0 1525000 125000 176777 1400000 * 9h 2 0 1910000 90000 127279 1820000 * 16h 2 0 1500000 500000 707107 1000000 * Variable Median Q3 Maximum 3h 0.000000000 * 0.000000000 6h 1525000 * 1650000 9h 1910000 * 2000000 16h 1500000 * 2000000 173 ————— 12/3/2014 3:28:26 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help. Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng T1/Thỏ có uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 3h 2 0 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 * 6h 2 0 45000 5000 7071 40000 * 9h 2 0 42500 2500 3536 40000 * 16h 2 0 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 * Variable Median Q3 Maximum 3h 0.000000000 * 0.000000000 6h 45000 * 50000 9h 42500 * 45000 16h 0.000000000 * 0.000000000 ————— 12/3/2014 3:34:03 PM ———————————————————— Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng T3/Thỏ có uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 3h 2 0 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 * 6h 2 0 36000 4000 5657 32000 * 9h 2 0 50000 10000 14142 40000 * 16h 2 0 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 * Variable Median Q3 Maximum 3h 0.000000000 * 0.000000000 6h 36000 * 40000 9h 50000 * 60000 16h 0.000000000 * 0.000000000 ————— 12/3/2014 3:38:08 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help. Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng O3.2/Thỏ có uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 Median Q3 Maximum 3h 2 0 500 500 707 0.000000000 * 500 * 1000 6h 2 0 42500 7500 10607 35000 * 42500 * 50000 9h 2 0 61500 18500 26163 43000 * 61500 * 80000 16h 2 0 10000 10000 14142 0.000000000 * 10000 * 20000 174 ————— 12/3/2014 3:41:19 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help. Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng Ng3/Thỏ có uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 3h 2 0 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 * 6h 2 0 34000 14000 19799 20000 * 9h 2 0 41000 11000 15556 30000 * 16h 2 0 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 * Variable Median Q3 Maximum 3h 0.000000000 * 0.000000000 6h 34000 * 48000 9h 41000 * 52000 16h 0.000000000 * 0.000000000 ————— 12/3/2014 3:43:27 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help. Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng 85V1/Thỏ có uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 3h 2 0 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 * 6h 2 0 25000 5000 7071 20000 * 9h 2 0 45000 10000 14142 35000 * 16h 2 0 7500 7500 10607 0.000000000 * Variable Median Q3 Maximum 3h 0.000000000 * 0.000000000 6h 25000 * 30000 9h 45000 * 55000 16h 7500 * 15000 ————— 12/3/2014 3:45:44 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help. Descriptive Statistics: 3h, 6h, 9h, 16h (chủng 81V1/Thỏ có uống vaccine) Variable N N* Mean SE Mean StDev Minimum Q1 3h 2 0 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 * 6h 2 0 35000 5000 7071 30000 * 9h 2 0 53000 7000 9899 46000 * 16h 2 0 15000 15000 21213 0.000000000 * Variable Median Q3 Maximum 3h 0.000000000 * 0.000000000 6h 35000 * 40000 9h 53000 * 60000 16h 15000 * 30000 175 PHỤ LỤC 15 THÀNH PHẦN MÔI TRƯỜNG, HÓA CHẤT DÙNG TRONG THÍ NGHIỆM 1. ASPW: Ankalin Peptone Water (Nước peptone kiềm) Pepton : 20,00 g Natri clorua (NaCl) : 20,00 g Nước cất vô trùng : 1,00 lít Hoà tan các thành phần, chỉnh pH theo yêu cầu rồi chia vào các bình chứa thích hợp. Hấp ở nhiệt độ 1210C trong 10 phút. Khi bảo quản phải vặn chặt nắp bình, để tránh bay hơi nước và pH bị thay đổi. 2. TCBS: Thạch thiosunfat-citrat-bile-muối-sacaroza Pepton : 10,00 g Cao nấm men : 5,00 g Natri citrat : 10,00 g Natri thiosunphat (Na2S2O3) : 10,00 g Sắt (III) citrat (FeC6H5O7) : 1,00 g Natri clorua (NaCl) : 10,00 g Mật bò : 5,00 g Sucrose : 20,00 g Natri cholate : 3,00 g Xanh bromthymol : 0,04 g Xanh thymol : 0,04 g Thạch : 15,00 g. Nước cất vô trùng : 1,00 lít Ðun sôi để hoà tan hoàn toàn các thành phần rồi làm nguội ngay tới nhiệt độ khoảng 500C. Rót 15 - 20 ml vào các đĩa petri vô trùng. Trước khi sử dụng phải làm khô đĩa môi trường bằng cách để qua đêm ở nhiệt độ trong phòng hoặc đặt đĩa trong tủ ấm ở nhiệt độ khoảng 370C - 450C. Chú thích: không hấp khử trùng môi trường 3. NA: nutrient agar Cao thịt bò : 5,0 g Pepton : 3,0 g Thạch : 15,00 g. Nước cất vô trùng : 1,00 lít 4. SNA: Saline Nutrient agar (thạch dinh dưỡng có muối) Cao thịt bò : 5,0 g Pepton : 3,0 g 176 Natri clorua (NaCl) : 10,0 g Thạch : 15,00 g. Nước cất vô trùng : 1,00 lít 5. MHA: Mueller Hinton agar Approximate formula : 20g Beef extract : 20g Axid hydrolysate : 17.5g Starch : 1.5g Agar : 17.5g 6. TSI saline: Saline triple Sugar Iron agar (Thạch sắt ba có đường) Pepton : 20,00 g Cao thịt bò : 3,00 g Cao nấm men : 3,00 g Natri clorua (NaCl) : 10,00 g Lactose : 10,00 g Sacarose : 10,00 g Glucose : 1,00 g Sắt (III) citrat : 0,30 g Ðỏ phenol : 0,024 g Thạch : 12,00 g Nước cất vô trùng : 1,00 lít Hoà tan các thành phần, chia vào mỗi ống nghiệm khoảng 5 ml. Hấp ở nhiệt độ 1210C trong 15 phút. Trước khi môi trường đông, đặt các ống nằm nghiêng sao cho phần thạch đứng cao khoảng 2 - 3 cm và phần thạch nghiêng khoảng 4 - 5 cm. 7. LDC: Lysine decarboxylase l-Lysine monohydrochloride : 5,0 g Cao nấm men : 3,0 g Glucose : 1,0 g Bromocresol purple : 0,015 g Natri clorua (NaCl) : 10,0 g Nước cất vô trùng : 1,00 lít Chú thích: Trong nghiên cứu ống LDC được sản xuất sẵn thay cho dung dịch LDC. 8. ONGP: Ortho-Nitrophenyl-β-D-galactopyranoside (dùng phát hiện β- galactosidase) 2-ortho-Nitrophenyl-β-D-galactopyranoside (ONPG): 0,08 g 177 Nước cất vô trùng : 15ml Dung dịch đệm : 5,00 ml Dung dịch đệm: + Natri dihydro phosphat ngậm 1 phân tử nước (NaH2PO4.H2O): 6,90 g + Nước cất : 45,00 ml + Dung dịch hydroxit natri (NaOH) 30 % (w/v) : 3,00 ml Chú thích: Trong nghiên cứu đĩa ONPG được sản xuất sẵn thay cho dung dịch ONPG. 9. Tryptophan (dùng phát hiện Indole) Enzymatic digest of casein : 10,0 g DL-tryptophan ; 1,0 g Natri clorua (NaCl) : 10,0 g Nước cất vô trùng : 1,00 lít 10. Thuốc thử Kovacs 4-Dimethylaminobenzaldehyde : 5 g Acid chlohyric (HCl) : 25 ml 2-Methylbutanol : 75 ml Việc phát hiện indole được thực hiện bằng phản ứng của phân tử tryptophan với thuốc thử Kovacs (para dimethylaminobenzaldehyde, p-DMABA) tạo nên một phức chất dạng quinone có màu đỏ. 11. Urease urê : 20,00 g Dinatri hydro phosphat (Na2HPO4) : 9,50 g Dikali hydro phosphat (K2HPO4) : 9,10 g Cao nấm men : 0,10 g Ðỏ phenol : 0,01 g Nước cất vô trùng : 1,00 lít Hoà tan các thành phần. Không được hấp khử trùng, lọc vô trùng bằng màng lọc có đường kính lỗ là 0,45 l. Sau đó, rót khoảng 1,5 - 3,0 ml vào các ống nghiệm hoặc đĩa petri đã được sấy vô trùng. 13. Muối peptone Water (Nước peptone có nhiều nồng độ muối) Pepton : 10,00 g Natri clorua (NaCl) : 0, 20, 60, 80, và 100 g Nước cất vô trùng : 1,00 lít 178 Hoà tan các thành phần, chỉnh pH theo yêu cầu rồi chia vào các bình chứa thích hợp. Hấp ở nhiệt độ 1210C trong 10 phút. Khi bảo quản phải vặn chặt nắp bình, để tránh bay hơi nước và pH bị thay đổi. 14. Thuốc thử Oxidase N, N, N, N’-Tetramethyl-p-phenylenediamine dihydrochloride: 1,0 g Nước cất vô trùng : 1,00 lít. Chú thích: Trong nghiên cứu đĩa Oxidase được sản xuất sẵn thay cho dung dịch Oxidase. Lưu ý: Tất cả môi trường phân lập (trừ TCBS) đều đun sôi để hoà tan hoàn toàn các thành phần, hấp ở nhiệt độ 1210C trong 15 phút, làm nguội ngay tới nhiệt độ khoảng 500C. Rót 15 - 20 ml vào các đĩa petri vô trùng. Trước khi sử dụng phải làm khô đĩa môi trường bằng cách để qua đêm ở nhiệt độ trong phòng hoặc đặt đĩa trong tủ ấm ở nhiệt độ khoảng 370C - 450C. 179 PHỤ LỤC 16: Bộ môi trường và thuốc thử dùng định danh vi khuẩn Gram âm PHỤ LỤC 17: Vaccine tả dùng trong thí nghiệm