Luận án Sàng lọc các phân tử nhỏ có khả năng ức chế tương tác Interleukin-8 và thụ thể CXCR1/2

He X, Yao Q, Fan D, et al. Cephalosporin antibiotics specifically and selectively target nasopharyngeal carcinoma through HMOX1-induced ferroptosis. Life Sci. 2021;277:119457. doi:10.1016/j.lfs.2021.119457 186. Żyżyńska-Granica B, Trzaskowski B, Dutkiewicz M, et al. The anti- inflammatory potential of cefazolin as common gamma chain cytokine inhibitor. Sci Rep. 2020;10(1):2886. doi:10.1038/s41598-020-59798-3 PL-1 PHỤ LỤC PHỤ LỤC 1. Cấu trúc 29 chất của tập hợp chất phân lập nội bộ ......................... PL-2 PHỤ LỤC 2. Thông tin hóa chất thử nghiệm in vitro ........................................... PL-5 PHỤ LUC 3. Khối lượng các chất thử pha dung dịch mẹ ................................... PL-8 PHỤ LỤC 4. Các chất có điểm số docking ≤ −20 kJ.mol-1 ............................... PL-10 PHỤ LỤC 5. Minh họa tương tác của 35 chất gắn kết trên khoang CXCR2 tại vị trí orthosteric .......................................................................................................... PL-18 PHỤ LỤC 6. RMSD của protein tự do và protein/phối tử trong 16 phức hợp .. PL-21 PHỤ LỤC 7. RMSF của protein tự do và protein trong 16 phức hợp ............... PL-22 PHỤ LỤC 8. RMSF của các acid amin quan trọng trong khoang gắn kết . PL-23 PHỤ LỤC 9. Năng lượng gắn kết tự do tổng và năng lượng thành phần của 19 phức hợp tiềm năng với CXCR2 ........................................................................ PL-25 PHỤ LỤC 10. Một số đặc tính lý hóa và dược động học của các chất tiềm năng ..................................................................................................................... PL-27 PHỤ LỤC 11. Kết quả dự đoán chuyển hóa qua enzym CYP450 ..................... PL-28 PHỤ LỤC 12. Cấu trúc của 21 ứng viên tiềm năng sau nghiên cứu in silico ... PL-29 PHỤ LỤC 13. Kết quả % ức chế gắn kết IL-8/CXCR2 tại nồng độ 100 μM của 16 ứng viên ......................................................................................................... PL-31 PHỤ LỤC 14. Kết quả % ức chế gắn kết IL-8/CXCR2 của ba chất tiềm năng theo nồng độ ............................................................................................................... PL-32 PHỤ LỤC 15. Tỷ lệ tế bào sống dưới tác động của IL-8 .................................. PL-33 PHỤ LỤC 16. % TBS dưới tác động của IL-8 và/hoặc các chất thử nghiệm tại nồng độ 100 μM trên dòng tế bào LNCaP ......................................................... PL-35 PHỤ LỤC 17. % TBS dưới tác động của IL-8 và/hoặc các chất tiềm năng theo nồng độ 100 μM trên dòng tế bào LNCaP ......................................................... PL-36 PL-2 PHỤ LỤC 1. Cấu trúc 29 chất của tập hợp chất phân lập nội bộ. Acid 8-O-methyl stictic Acid stictic Acid norstictic Chrysin Naringenin Baicalein GA 15 Quercetin Acid diffractaic Acid barbatinic PL-3 Eumitrin A1 Eumitrin A2 Eumitrin B Methyl diffractaic ester Acid gallic Baicalin Acid usnic Curcumin Hesperidin Chrysin 1a (Techtochrysin) Quercetin 1a (3-methoxyluteolin) Hesperetin PL-4 Baicalein 1a (Methoxybaicalein) Alpha-mangostin Phthalid Baicalein 3a (4-bromobaicalein) Quercetin 2a (4,6-dibromoluteolin) Chrysin 2a (3’,4’,5,7-tetrahydroxy-4,6-dibromoflavone) Methyl barbatinic ester PL-5 PHỤ LỤC 2. Thông tin hóa chất thử nghiệm in vitro. STT Chất thử nghiệm Tên khoa học IUPAC Số danh mục công ty (Catalog No.) Số đăng kí CAS (Catalog No.) Độ tinh khiết Số lô (Lot No.) 1 DB15327 N-(3-((2-((3-Fluoro-4-(4-methylpiperazin-1-yl) phenyl)amino)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4- yl)oxy)phenyl)acrylamide BD627583 1557267-42-1 97% RSC739 2 DB14726 3-(2-(((4-Carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-1- methyl-N-(pyridin-2-yl)-1H-benzo[d]imidazole-5- carboxamido)propanoic acid BD158683 211914-51-1 98% CNV097 3 DB12121 6-(1H-Indazol-6-yl)-N-(4-morpholinophenyl) imidazo[1,2-a]pyrazin-8-amine BD399082 1229208-44-9 99+% AQU810 4 DB11986 N-(5-(3,5-Difluorobenzyl)-1H-indazol-3-yl)-4-(4- methylpiperazin-1-yl)-2-((tetrahydro-2H-pyran-4- yl)amino)benzamide BD629903 1108743-60-7 98+% ALP528 5 DB11963 (E)-N-(4-((3-Chloro-4-fluorophenyl)amino)-7- methoxyquinazolin-6-yl)-4-(piperidin-1-yl)but-2- enamide BD293197 1110813-31-4 98% DMU546 PL-6 6 DB11830 N-(2-Aminophenyl)-4-(((4-(pyridin-3-yl) pyrimidin-2-yl)amino)methyl)benzamide BD305950 726169-73-9 98% ALL848 7 DB11740 2-Allyl-1-(6-(2-hydroxypropan-2-yl)pyridin-2-yl)- 6-((4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl)amino)-1H- pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3(2H)-one BD238532 955365-80-7 98% DNW056 8 DB08881 N-(3-(5-(4-Chlorophenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b] pyridine-3-carbonyl)-2,4-difluorophenyl)propane- 1-sulfonamide BD00796904 918504-65-1 98% CGY824 9 DB00619 N-(4-Methyl-3-((4-(pyridin-3-yl)pyrimidin-2-yl) amino)phenyl)-4-((4-methylpiperazin-1-yl) methyl) benzamide methanesulfonate BD42606 220127-57-1 99+% RPP543 10 Chrysin 1a 5-hydroxy-7-methoxy-2-phenyl-4H-1-benzopyran- 4-one – 520-28-5 – – 11 Acid diffractaic 4-[(2,4-dimethoxy-3,6-dimethylphenyl)- oxomethoxy]-2-hydroxy-3,6-dimethylbenzoic acid – 436-32-8 – – 12 Acid gallic 3,4,5-Trihydroxybenzoic acid – 149-91-7 – – PL-7 13 Acid usnic 1,3(2H,9bH)-Dibenzofurandione, 2,6-diacetyl-7,9- dihydroxy-8,9b-dimethyl-usnic acid – 125-46-2 – – 14 7-ADCA (6R,7R)-7-amino-3-methyl-8-oxo-5-thia-1- azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid – 22252-43-3 92,90% QT207 030621 15 Cefazolin (6R,7R)-3-[(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl) sulfanyl]methyl-8-oxo-7-[2-(1H-1,2,3,4-tetrazol-1- yl)acetamido]-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene- 2-carboxylic acid – 25953-19-9 85,30% QT156 050421 16 Cefixim (6R,7R)-7-[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2- [(carboxymethoxy)imino]acetamido]-3-ethenyl-8- oxo-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2- carboxylic acid – 79350-37-1 86,80% QT136 0723 17 IL-8 người tái tổ hợp 574202 – – B345058 18 Bộ kit thử nghiệm gắn kết IL-8/CXCR2 (Human IL-8/IL-8R ligand binding assay) BAH-IL8R- CXCL8 – – 082223708 PL-8 PHỤ LỤC 3. Khối lượng các chất thử pha dung dịch mẹ Chất thử Tên khác MW (g/mol) Khối lượng cân (mg) Chất thử Tên khác MW (g/mol) Khối lượng cân (mg) Khối lượng 16 chất để pha dung dịch mẹ 50 mM/ 50 μL cho thử nghiệm in vitro đánh giá khả năng ức chế gắn kết DB15327 Abivertinib 487,53 1,3 DB00619 Imatinib 589,90 1,5 DB14726 Dabigatran 471,51 1,2 Chrysin 1a Tectohrysin 254,24 0,7 DB12121 Entosplenib 411,47 1,0 Acid diffractaic – 374,39 0,9 DB11986 Entrectinib 560,60 1,4 Acid gallic – 170,12 0,4 DB11963 Dacomitinib 469,94 1,2 Acid usnic – 344,32 0,9 DB11830 Mocetinostat 396,40 1,0 7-ADCA Acid 7- aminodeacetoxy cephalosporanic 214,24 0,5 DB11740 Adavosertib 500,60 1,3 Cefazolin – 454,51 1,1 DB08881 Vemurafenib 489,92 1,3 Cefixim – 507,5 1,3 Khối lượng 9 chất để pha dung dịch mẹ 20 mM/ 100 μL cho thử nghiệm in vitro đánh giá khả năng ức chế hoạt tính tăng sinh tế bào qua trung gian IL-8 DB14726 Dabigatran 471,51 1,0 Acid diffractaic – 374,39 0,8 DB11986 Entrectinib 560,60 1,1 Acid gallic – 170,12 0,3 DB11830 Mocetinostat 396,40 0,8 Acid usnic – 344,32 0,7 PL-9 DB11740 Adavosertib 500,60 1,0 Cefixim – 507,5 1,0 Chrysin 1a Tectohrysin 254,24 0,5 Ghi chú: MW (Molecular weight): Khối lượng phân tử. PL-10 PHỤ LỤC 4. Các chất có điểm số docking ≤ −20 kJ.mol-1 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) Mô hình D-IL8-CXCR1 1 DB02876 −21,28 2 DB01634 −20,69 3 DB04223 −20,28 4 DB07976 −20,25 Mô hình D-IL8-CXCR2 1 DB13060 −22,23 2 NCI177941 −21,91 3 DB12121 −21,72 4 NCI65378 −21,69 5 NCI53309 −21,53 6 NCI673841 −21,36 7 DB11830 −21,23 8 DB14770 −20,97 9 DB03916 −20,90 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 10 NCI63667 −20,62 11 DB15327 −20,60 12 DB00619 −20,59 13 NCI89682 −20,43 14 NCI71041 −20,39 15 NCI270335 −20,17 16 DB12267 −20,16 17 DB14726 −20,10 Mô hình D-IL8-LY3041685 1 ZINC62164437 −28,90 2 NCI654895 −25,21 3 NCI704655 −24,43 4 NCI648628 −23,09 5 NCI648628 −23,04 6 NCI641443 −22,56 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 7 NCI16476 −21,69 8 NCI16476 −21,69 9 ZINC01165995 −21,65 10 NCI627454 −21,46 11 NCI642626 −21,39 12 NCI641443 −21,15 13 ZINC01143284 −20,87 14 ZINC12552324 −20,87 15 ZINC21882767 −20,63 16 ZINC20570718 −20,55 17 ZINC21882764 −20,50 18 NCI635333 −20,47 19 NCI704644 −20,45 20 ZINC03317833 −20,40 21 NCI400828 −20,23 PL-11 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 22 NCI640568 −20,18 23 ZINC21882765 −20,17 24 NCI292141 −20,12 Mô hình D-CXCR1-IL8 1 DB16338 −27,07 2 DB08272 −26,03 3 DB03046 −25,79 4 DB07022 −25,45 5 DB05239 −24,87 6 ZINC31668359 −24,72 7 DB01038 −24,26 8 ZINC64131767 −24,25 9 Diffractaic acid −24,17 10 Barbatinic acid −23,97 11 NCI24208 −23,72 12 DB12289 −23,29 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 13 DB01597 −23,19 14 DB06976 −23,13 15 Furocemid −23,11 16 DB06395 −22,88 17 DB00303 −22,79 18 DB06866 −22,72 19 DB07007 −22,72 20 DB07687 −22,58 21 DB03927 −22,37 22 DB03313 −22,35 23 DB02616 −22,30 24 DB03427 −22,27 25 ZINC72423478 −22,23 26 Acid folic −22,19 27 ZINC59489994 −22,18 28 ZINC29402264 −22,17 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 29 DB14795 −22,12 30 DB03938 −22,01 31 DB16061 −21,99 32 DB16059 −21,88 33 DB12242 −21,86 34 DB07023 −21,80 35 DB09079 −21,68 36 DB14770 −21,65 37 DB08749 −21,62 38 ZINC09120238 −21,57 39 DB08371 −21,53 40 DB04739 −21,47 41 DB07602 −21,40 42 ZINC15773569 −21,39 43 DB03602 −21,38 44 ZINC06192812 −21,36 PL-12 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 45 DB15106 −21,34 46 DB16330 −21,31 47 DB15055 −21,28 48 DB03597 −21,21 49 DB00447 −21,20 50 DB07182 −21,19 51 DB05446 −21,18 52 DB12357 −21,15 53 DB12756 −21,04 54 DB08058 −20,94 55 DB07813 −20,86 56 DB04790 −20,74 57 DB00619 −20,71 58 DB03916 −20,70 59 DB02812 −20,69 60 DB08239 −20,66 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 61 DB01622 −20,66 62 DB01634 −20,64 63 DB02302 −20,63 64 DB03251 −20,59 65 Cefdinir −20,56 66 DB02025 −20,50 67 ZINC14038111 −20,44 68 Celecoxib −20,41 69 DB02458 −20,40 70 DB02882 −20,37 71 DB00402 −20,28 72 DB07297 −20,26 73 DB08362 −20,26 74 ZINC64165781 −20,24 75 ZINC95117130 −20,14 76 Cefixim −20,13 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 77 DB06179 −20,06 78 DB00983 −20,05 79 7−ADCA −20,02 Mô hình D-CXCR2-IL8 1 ZINC20859740 −32,24 2 Cefixim −31,99 3 ZINC01926553 −30,41 4 ZINC16049001 −28,39 5 ZINC08426491 −27,97 6 ZINC12501215 −27,13 7 Baicalin −25,98 8 7−ADCA −25,90 9 ZINC12501172 −25,84 10 ZINC38159661 −25,81 11 ZINC05005580 −25,24 12 DB04517 −24,88 PL-13 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 13 DB02965 −24,77 14 Cefazolin −24,63 15 ZINC12501190 −24,59 16 DB00303 −24,44 17 ZINC04525672 −24,36 18 NCI697586 −24,21 19 ZINC03256967 −24,11 20 ZINC14009362 −23,87 21 NCI163066 −23,87 22 ZINC12501229 −23,87 23 DB11963 −23,83 24 ZINC15587235 −23,76 25 ZINC12501250 −23,75 26 DB02011 −23,74 27 ZINC13617538 −23,71 28 ZINC12494985 −23,65 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 29 DB08835 −23,64 30 ZINC06868407 −23,59 31 ZINC14657633 −23,55 32 ZINC43942299 −23,46 33 ZINC14012970 −23,33 34 DB07754 −23,31 35 ZINC12501209 −23,26 36 ZINC20629643 −23,23 37 DB03227 −23,15 38 ZINC12501267 −23,07 39 DB02783 −23,01 40 ZINC13124221 −22,96 41 ZINC06862656 −22,93 42 ZINC14776381 −22,91 43 DB11740 −22,90 44 ZINC08554536 −22,86 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 45 ZINC12548938 −22,79 46 ZINC06753535 −22,78 47 ZINC37433760 −22,53 48 ZINC13991846 −22,43 49 ZINC14007938 −22,41 50 ZINC09375924 −22,37 51 ZINC38163258 −22,37 52 ZINC10122653 −22,32 53 ZINC05005157 −22,24 54 DB03712 −22,23 55 DB03543 −22,14 56 DB02778 −22,12 57 Acid mefenamid −22,01 58 ZINC14257617 −21,93 59 Acid barbatinic −21,87 PL-14 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 60 DB14726 −21,86 61 ZINC14018102 −21,83 62 ZINC04315947 −21,83 63 DB08881 −21,75 64 ZINC06753548 −21,73 65 ZINC13143456 −21,70 66 ZINC39880694 −21,69 67 ZINC14009928 −21,65 68 ZINC39237815 −21,64 69 ZINC39441916 −21,57 70 ZINC02200774 −21,48 71 ZINC12291872 −21,45 72 DB11986 −21,43 73 Piperacilin −21,25 74 ZINC20616604 −21,22 75 ZINC78720596 −21,21 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 76 Chrysin 1a −21,18 77 ZINC29620621 −21,17 78 DB00619 −21,13 79 ZINC10123312 −21,13 80 ZINC09339075 −21,06 81 ZINC13999740 −21,01 82 ZINC12501174 −21,00 83 DB15327 −20,99 84 ZINC21324414 −20,98 85 DB03938 −20,97 86 ZINC02846884 −20,96 87 ZINC08568896 −20,96 88 ZINC12501205 −20,94 89 ZINC09662264 −20,88 90 ZINC36143183 −20,87 91 Furocemid −20,82 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 92 DB07927 −20,79 93 DB04035 −20,72 94 DB12121 −20,65 95 ZINC02981859 −20,63 96 ZINC08905124 −20,62 97 ZINC13303127 −20,61 98 Quercetin −20,59 99 Acid folic −20,56 100 445858 −20,56 101 ZINC06753827 −20,55 102 ZINC13992249 −20,54 103 DB04700 −20,54 104 ZINC01232091 −20,54 105 Norfloxacin −20,52 106 ZINC02064478 −20,46 107 DB07434 −20,40 PL-15 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 108 Acid gallic −20,40 109 ZINC38163395 −20,35 110 DB04765 −20,35 111 ZINC21322123 −20,32 112 ZINC08066032 −20,32 113 Acid diffractaic −20,31 114 DB04294 −20,29 115 DB11830 −20,28 116 DB02511 −20,22 117 Bezafibrat −20,22 118 ZINC38197315 −20,18 119 Nifuroxazid −20,17 120 ZINC92220005 −20,16 121 Methoxymethyl penicilin −20,12 122 ZINC12293012 −20,11 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 123 Acid usnic −20,05 Mô hình D-CXCR2-EBX 1 ZINC77183237 −30,81 2 ZINC59514278 −29,77 3 ZINC16136382 −29,13 4 ZINC94230148 −28,72 5 ZINC77183053 −28,70 6 ZINC77183230 −28,70 7 ZINC67524987 −28,68 8 ZINC80982858 −28,68 9 ZINC88545411 −28,63 10 ZINC92318116 −28,57 11 ZINC77172904 −28,53 12 ZINC77183106 −28,49 13 ZINC78722579 −28,49 14 ZINC93092019 −28,47 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 15 ZINC76416302 −28,42 16 ZINC41381162 −28,31 17 ZINC76416534 −28,28 18 ZINC02146036 −28,17 19 ZINC62132001 −28,11 20 ZINC08315147 −28,10 21 ZINC77183018 −28,01 22 ZINC74750718 −27,81 23 ZINC89374085 −27,79 24 ZINC84344893 −27,74 25 ZINC67000432 −27,71 26 ZINC77183068 −27,71 27 ZINC67000742 −27,63 28 ZINC48720691 −27,60 29 ZINC75156025 −27,58 30 ZINC75050966 −27,40 PL-16 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 31 ZINC77105597 −27,28 32 ZINC93176465 −27,23 33 ZINC77208820 −27,12 34 ZINC38426860 −27,11 35 ZINC77172862 −27,10 36 ZINC67488991 −27,08 37 ZINC77105501 −27,03 38 ZINC81167518 −27,01 39 ZINC94229025 −26,96 40 ZINC62131961 −26,78 41 ZINC77105530 −26,75 42 ZINC77172663 −26,75 43 ZINC76415871 −26,73 44 ZINC05112928 −26,69 45 ZINC77107267 −26,67 46 ZINC48496092 −26,67 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 47 ZINC41379287 −26,62 48 ZINC06025647 −26,57 49 ZINC76416418 −26,54 50 ZINC71016590 −26,42 51 ZINC79885053 −26,40 52 ZINC72621766 −26,39 53 ZINC41916185 −26,39 54 ZINC77183137 −26,37 55 ZINC76433138 −26,34 56 ZINC93175591 −26,33 57 ZINC77172687 −26,32 58 ZINC77105496 −26,23 59 ZINC77172705 −26,23 60 ZINC92828931 −26,22 61 ZINC67000452 −26,16 62 ZINC41917326 −26,11 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 63 ZINC77183086 −25,98 64 ZINC41379279 −25,98 65 ZINC76586033 −25,98 66 ZINC48490435 −25,97 67 ZINC77857101 −25,97 68 ZINC41916941 −25,96 69 ZINC72615917 −25,95 70 ZINC77857230 −25,92 71 ZINC69969259 −25,92 72 ZINC41380634 −25,91 73 ZINC94228793 −25,86 74 ZINC49134562 −25,83 75 ZINC77685358 −25,81 76 ZINC79907884 −25,81 77 ZINC77182177 −25,78 78 ZINC74742751 −25,76 PL-17 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 79 Indapamid −25,74 80 ZINC75047260 −25,72 81 ZINC09859097 −25,70 82 ZINC94747123 −25,63 83 ZINC41379875 −25,62 84 ZINC92423858 −25,62 85 ZINC41379303 −25,60 86 ZINC67000803 −25,58 87 ZINC89374049 −25,58 88 ZINC76416553 −25,56 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 89 ZINC76416200 −25,54 90 ZINC94228712 −25,53 91 ZINC35301614 −25,47 92 ZINC03078865 −25,47 93 ZINC77684510 −25,46 94 ZINC77105596 −25,44 95 ZINC41379616 −25,44 96 ZINC07073685 −25,42 97 ZINC61975406 −25,41 98 ZINC72615701 −25,41 STT Hợp chất Điểm số docking (kJ.mol-1) 99 ZINC84342753 −25,37 100 ZINC92522789 −25,36 101 ZINC38783401 −25,35 102 ZINC07073702 −25,35 103 ZINC35303178 −25,31 104 ZINC67000680 −25,29 105 ZINC75604986 −25,28 106 ZINC72609774 −25,27 107 Mebendazol −25,27 108 ZINC15014254 −25,24 PL-18 PHỤ LỤC 5. Minh họa tương tác của 35 chất tiềm năng gắn kết trên khoang CXCR2 vị trí orthosteric PL-19 PL-20 PL-21 PHỤ LỤC 6. RMSD của protein tự do và protein/phối tử trong 16 phức hợp PL-22 PHỤ LỤC 7. RMSF của protein tự do và protein trong 16 phức hợp PL-23 PHỤ LỤC 8. RMSF của acid amin quan trọng trong khoang gắn kết STT Tên hợp chất Các acid amin quan trọng Tyr197 Arg208 Arg212 Arg278 1 ApoCXCR2 1,765 1,486 1,417 1,390 2 ZINC20859740 1,834 1,435 1,33 1,587 3 Cefixim 1,624 1,458 1,293 1,552 4 ZINC08426491 1,545 1,448 1,435 1,390 5 Baicalin 3,744 3,02 2,369 3,713 6 7-ADCA 1,544 1,417 1,582 1,281 7 ZINC12501172 3,969 4,132 2,794 3,386 8 Cefazolin 1,384 1,185 0,987 1,224 9 ZINC12501190 2,779 2,65 2,369 2,517 10 DB00303 2,552 1,804 1,822 1,789 11 DB11963 1,765 1,539 1,373 1,904 12 DB08835 3,031 3,023 2,177 2,779 13 ZINC14657633 1,700 1,582 1,495 1,712 14 DB07754 2,694 2,018 1,738 2,33 15 ZINC12501209 3,01 2,465 1,968 2,19 16 DB11740 1,545 1,287 1,141 1,762 17 Acid barbatinic 1,773 2,252 1,791 2,206 18 DB14726 1,499 1,217 1,415 1,400 19 DB08881 1,353 1,961 1,325 1,949 20 ZINC02200774 1,629 1,180 1,158 1,725 21 DB11986 1,892 1,358 1,224 1,676 22 Chrysin 1a 1,577 1,355 1,41 1,644 23 DB00619 1,783 1,732 1,406 1,707 24 DB15327 1,841 1,332 1,247 1,261 25 DB03938 2,379 2,094 2,105 2,395 PL-24 26 DB12121 1,911 1,834 1,707 1,826 27 Quercetin 2,008 1,451 1,206 1,628 28 Acid folic 1,945 1,408 1,550 3,099 29 Norfloxacin 3,014 1,722 1,442 1,822 30 Acid gallic 1,882 1,27 1,051 1,494 31 Acid diffractaic 1,735 1,755 1,161 1,625 32 DB11830 1,811 1,834 1,707 1,912 33 DB02511 1,932 1,785 1,322 2,145 34 Telmisartan 2,180 2,341 1,996 2,229 35 Nifuroxazid 1,914 1,683 1,367 2,006 36 Acid usnic 1,723 1,404 1,139 1,553 PL-25 PHỤ LỤC 9. Năng lượng gắn kết tự do tổng và năng lượng thành phần của 19 chất trong phức hợp với CXCR2 Phối tử ΔEvdW ΔEele ΔEGB ΔESA ΔEgas ΔEsolv ΔGbind (kcal.mol-1) DB15327 –37,74 ± 1,23 –7,70 ± 0,85 16,55 ± 2,55 –4,50 ± 0,15 –45,44 ± 1,5 12,05 ± 2,56 –33,39 ± 2,96 DB14726 –17,67 ± 1,91 –160,15 ± 20,34 155,84 ± 21,06 –3,95 ± 0,04 –177,81 ± 20,43 151,89 ± 21,06 –25,93 ± 9,34 DB12121 –34,13 ± 3,47 –24,99 ± 2,54 37,87 ± 5,85 –4,41 ± 0,76 –59,12 ± 4,96 33,46 ± 5,90 –25,66 ± 7,71 DB11986 –34,54 ± 1,95 –4,27 ± 3,02 12,86 ± 1,49 –5,06 ± 0,10 –38,81 ± 3,60 7,81 ± 1,49 –31,00 ± 3,90 DB11963 –33,13 ± 0,45 –56,30 ± 0,21 43,01 ± 0,21 –4,08 ± 0,44 –23,17 ± 0,52 47,09 ± 0,49 –23,92 ± 0,71 DB11830 –32,25 ± 3,21 –15,88 ± 0,61 37,74 ± 0,28 –4,33 ± 0,46 –48,13 ± 3,27 33,41 ± 0,54 –14,72 ± 3,32 DB11740 –32,00 ± 0,18 –52,25 ± 5,51 34,65 ± 6,03 –4,07 ± 0,18 –19,62 ± 5,52 38,72 ± 6,04 –19,46 ± 8,18 DB08881 –35,41 ± 0,92 –11,33 ± 1,16 29,32 ± 0,35 –4,57 ± 0,23 –46,74 ± 1,50 24,75 ± 0,42 –21,99 ± 1,55 DB00619 –21,91 ± 0,85 –22,80 ± 26,57 29,49 ± 21,99 –3,28 ± 0,10 –44,72 ± 26,58 26,20 ± 21,99 –18,51 ± 4,50 ZINC08426491 –23,43 ± 0,45 –169,53 ± 9,79 174,30 ± 2,31 –4,23 ± 0,04 –192,96 ± 9,81 170,07 ± 2,31 –22,89 ± 10,07 ZINC02200774 –7,50 ± 0,90 –380,38 ± 0,03 354,40 ± 9,51 –3,80 ± 0,11 –387,89 ± 1,01 350,61 ± 9,52 –37,28 ± 9,57 ZINC14657633 –25,26 ± 0,58 –18,52 ± 3,93 31,09 ± 0,14 –3,55 ± 0,01 –43,78 ± 3,98 27,54 ± 0,11 –16,25 ± 3,98 PL-26 Chrysin1a –20,38 ± 0,33 –1,72 ± 3,46 10,62 ± 0,32 –2,86 ± 0,14 –22,10 ± 3,48 7,75 ± 0,35 –14,35 ± 3,50 Acid diffractaic –23,32 ± 0,38 –114,35 ± 8,42 124,32 ± 8,45 –3,43 ± 0,15 –173,66 ± 8,45 120,88 ± 8,05 –16,78 ± 11,66 Acid gallic –5,85 ± 1,73 –311,59 39,58 302,55 ± 54,72 –2,20 ± 0,43 –317,44 ± 39,62 300,35 ± 54,72 –17,10 ± 7,56 Acid usnic –23,73 ± 0,72 –19,34 ± 4,92 33,29 ± 1,67 –3,46 ± 0,12 –43,07 ± 4,98 29,82 ± 1,67 –13,25 ± 5,25 7-ADCA –21,17 ± 0,05 –290,87 ± 28,83 291,07 ± 24,39 –3,90 ± 0,05 –311,03 ± 28,84 287,17 ± 24,39 –23,87 ± 7,77 Cefazolin –30,86 ± 1,39 –264,50 ± 1,34 259,83 ± 0,43 –5,21 ± 0,16 –295,36 ± 1,96 254,62 ± 0,45 –40,74 ± 2,02 Cefixim –25,10 ± 0,54 –466,45 ± 8,50 477,79 ± 7,04 –5,27 ± 0,07 –491,55 ± 8,53 442,51 ± 7,04 –49,04 ± 11,06 PL-27 PHỤ LỤC 10. Một số đặc tính lý hóa và dược động học của các chất tiềm năng Hợp chất MW RB HBA HBD TPSA Log P Tan trong nước Điểm SKD Khả năng tổng hợp DB15327 487,53 8 6 3 98,41 2,74 Vừa 0,55 3,82 DB12121 411,46 4 4 2 83,37 2,76 Vừa 0,55 3,4 DB11830 396,44 7 4 3 105,82 2,69 Vừa 0,55 2,93 DB11740 500,6 7 6 2 104,34 1,88 Vừa 0,55 4,23 ZINC08426491 347,28 9 7 2 170,97 0,04 Tan 0,11 2,41 ZINC02200774 442,4 11 8 2 162,61 1,31 Tan 0,11 4,05 ZINC14657633 358,37 8 4 3 148,14 1,67 Tan 0,55 2,82 Chrysin1a 268,26 2 4 1 59,67 2,95 Vừa 0,55 3,01 Acid diffractaic 373,38 6 7 1 105,12 3,28 Vừa 0,56 3,04 Acid galic 169,11 1 5 3 100,82 -0,07 Tốt 0,56 1,19 Acid usnic 344,32 2 7 3 121,13 1,89 Vừa 0,56 4,08 7-ADCA 340,35 8 6 1 154,97 -0,39 Tốt 0,11 4,28 Ghi chú: MW (Molecular weight): Trọng lượng phân tử, RB (Rotatable bond): Liên kết quay, HBA (Hydrogen bond acceptor): Liên kết hydro nhận, HBD (Hydrogen bond donor): Liên kết hydro cho, TPSA (Topological polar surface area): diện tích bề mặt phân cực tôpô, logP: Hệ số phân bố dầu-nước, SKD: Sinh khả dụng. PL-28 PHỤ LỤC 11. Kết quả dự đoán sự chuyển hóa qua enzym CYP450 của các chất tiềm năng Hợp chất Chất ức chế CYP CYP1A2 CYP2C19 CYP2C9 CYP2D6 CYP3A4 DB15327 (+) (+) (+) (-) (+) DB12121 (+) (+) (+) (+) (+) DB11830 (+) (+) (+) (+) (+) DB11740 (-) (-) (+) (-) (-) ZINC08426491 (-) (-) (-) (-) (-) ZINC02200774 (-) (+) (-) (-) (-) ZINC14657633 (-) (-) (+) (-) (-) Chrysin1a (+) (+) (+) (+) (+) Acid diffractaic (-) (-) (-) (-) (-) Acid galic (-) (-) (-) (-) (+) Acid usnic (+) (-) (+) (-) (+) 7-ADCA (-) (-) (-) (-) (-) Ghi chú: CYP-cytochrome, (+): chất ức chế, (-): không ức chế PL-29 PHỤ LỤC 12. Cấu trúc của 21 ứng viên tiềm năng sau nghiên cứu in silico DB15327 DB14726 DB12121 DB11963 DB11830 DB11986 DB11740 DB08881 PL-30 DB00619 ZINC08426491 ZINC02200774 ZINC14657633 7-ADCA Chrysin 1a Acid diffractaic Acid usnic Cefazolin Cefixim Acid gallic ZINC77105530 ZINC93176465 PL-31 PHỤ LỤC 13. Kết quả % ức chế gắn kết IL-8/CXCR2 tại nồng độ 100 μM STT Chất thử nghiệm Tên khác % Ức chế sự gắn kết IL-8/CXCR2 tại nồng độ 100 μM Lần 1 Lần 2 1 DB15327 Abivetinib 5,92 3,82 2 DB14726 Dabigatran 60,79 56,00 3 DB12121 Entosplenib 2,01 1,38 4 DB11986 Entrectinib 94,11 89,90 5 DB11963 Dacomitinib 12,11 15,64 6 DB11830 Mocetinostat 92,74 88,46 7 DB11740 Adavosertib 46,14 41,03 8 DB08881 Vemurafenib 0,61 4,96 9 DB00619 Imatinib 7,20 9,19 10 Chrysin 1a Tectohrysin 48,04 56,67 11 Acid diffractaic – 37,65 31,66 12 Acid gallic – 34,71 36,47 13 Acid usnic – 32,18 28,17 14 7-ADCA Acid 7- aminodeacetoxy cephalosporanic 18,59 25,69 15 Cefazolin – 29,61 20,79 16 Cefixim – 46,32 40,91 PL-32 PHỤ LỤC 14. Kết quả % ức chế gắn kết IL-8/CXCR2 của ba chất tiềm năng theo nồng độ STT Chất thử nghiệm % Ức chế sự gắn kết IL-8/CXCR2 Lần 1 Lần 2 1 Mocetinostat 100 μM 92,74 88,46 Mocetinostat 10 μM 77,21 80,65 Mocetinostat 1 μM 61,10 70,49 Mocetinostat 0,1 μM 38,31 32,48 Mocetinostat 0,01 μM 17,60 9,55 2 Entrectinib 100 μM 94,11 89,90 Entrectinib 10 μM 58,90 67,30 Entrectinib 1 μM 27,29 32,15 Entrectinib 0,1 μM 15,68 24,10 Entrectinib 0,01 μM 3,24 10,53 3 Dabigatran 400 μM 83,89 90,13 Dabigatran 200 μM 71,90 75,96 Dabigatran 100 μM 60,79 56,00 Dabigatran 50 μM 48,51 50,08 Dabigatran 25 μM 35,42 29,21 Dabigatran 12,5 μM 5,32 0,50 PL-33 PHỤ LỤC 15. Tỷ lệ tế bào sống dưới tác động của IL-8 [IL-8] (ng/mL) 48 giờ 72 giờ 96 giờ Lần 1 Lần 2 Lần 3 Lần 1 Lần 2 Lần 3 Lần 1 Lần 2 Lần 3 Tế bào ung thư tuyến tiền liệt (LNCaP) 100 97,36 99,02 105,14 122,94 117,33 118,78 106, 06 98,91 108,27 50 103,53 100,21 94,95 109,35 113,97 110,86 107,56 100,90 102,93 10 98,67 97,25 94,85 103,11 105,48 103,92 104,45 101,22 100, 71 1 100,31 94,13 92,72 105,19 107,18 107,97 100,06 101,42 99,40 0 99,03 100,59 101,34 101,19 101,36 98,10 102,24 99,78 100,96 Tế bào ung thư ruột kết (HT-29) 100 115,13 107,04 103,26 106,86 109,04 110,39 105,26 100,75 97,13 50 99,93 104,41 105,16 110,56 108,47 115,52 101,03 103,17 99,72 10 100,45 102,34 103,88 107,24 108,18 100,59 99,52 101,45 102,82 1 104,47 100,67 99,69 94,20 100,32 102,50 100,65 104,08 100,59 0 98,59 98,42 103,05 101,69 99,83 100,77 102,23 101,95 97,60 [IL-8] (ng/mL) 24 giờ 48 giờ 72 giờ Lần 1 Lần 2 Lần 3 Lần 1 Lần 2 Lần 3 Lần 1 Lần 2 Lần 3 Tế bào ung thư cổ tử cung (Hela) 100 100,55 104,76 94,83 104,07 104,58 104,12 111,84 110,51 110,79 50 106,72 104,2 100,28 100,38 98,71 98,44 106,81 116,06 103,36 10 97,36 102,3 103,64 108,45 101,28 103,53 105,14 98,38 94,22 1 99,19 99,81 100,40 100,26 104,29 103,73 103,20 96,61 94,53 0 100,40 101,15 99,63 99,52 99,71 101,98 98,25 102,3 101,07 Tế bào ung thư phổi (A549) 100 111,24 102,66 105,72 115,29 110,7 100,73 109,61 111,59 111,07 50 107,10 105,13 110,62 106,70 99,18 104,86 102,72 108,09 109,60 10 101,88 107,73 100,96 100,95 100,73 102,96 102,80 97,23 99,19 1 104,73 98,81 100,11 101,69 103,5 103,16 96,25 100,29 102,48 PL-34 0 96,10 104,04 102,34 104,21 104,52 94,14 100,94 100,60 99,28 Tế bào ung thư vú (MCF-7) 100 103,78 104,69 101,03 101,56 106,5 99,07 102,49 97,38 99,24 50 96,24 99,91 102,80 104,49 106,24 107,52 101,34 99,37 95,71 10 100,17 98,05 103,10 103,07 104,82 100,71 96,94 105,52 100,80 1 98,38 99,30 101,02 99,82 103,05 108,24 96,23 95,52 98,54 0 99,45 99,17 101,78 100,80 100,49 99,92 100,65 100, 44 100,84 Tế bào ung thư gan (HepG2) 100 101,14 100,35 102,05 99,36 95,93 101,34 104,41 104,89 99,54 50 105,27 109,39 99,92 103,54 100,89 109,20 99,31 106,56 100,07 10 95,85 93,51 104,16 108,09 107,25 105,41 113,23 102,68 105,75 1 95,32 100,97 102,70 100,33 101,07 102,67 96,00 100,19 103,34 0 101,29 100,93 99,45 98,01 102,73 101,20 97,57 101,96 103,16 PL-35 PHỤ LỤC 16. %TBS dưới tác động của IL-8 và các chất thử nghiệm tại nồng độ 100 µM trên dòng tế bào LNCaP Chất thử nghiệm Chất ức chế (+ IL-8) Chất ức chế (– IL-8) Lần 1 Lần 2 Lần 3 Lần 1 Lần 2 Lần 3 Dabigatran 64,19 66,05 65,07 66,88 65,28 62,7 Entrectinib 1,22 0,56 0,45 1,36 0,97 0,84 Mocetinostat 3,13 3,62 3,50 3,76 5,92 2,55 Adavosertib 0,51 0,26 0,43 0,23 0,46 0,12 Chrysin 1a 62,31 64,90 59,80 70,26 71,70 65,67 Acid diffractaic 96,21 92,17 91,18 97,83 91,45 90,29 Acid gallic 99,44 98,91 97,06 99,51 96,74 98,86 Acid usnic 55,59 52,13 49,38 45,08 41,31 44,25 Cefixim 85,29 83,2 77,2 91,97 86,48 79,3 PL-36 PHỤ LỤC 17. %TBS dưới tác động của IL-8 và các chất thử nghiệm tiềm năng theo nồng độ trên dòng tế bào LNCaP Chất thử nghiệm Chất ức chế (+ IL-8) Chất ức chế (– IL-8) Lần 1 Lần 2 Lần 3 Lần 1 Lần 2 Lần 3 Entrectinib 0,01 µM 100,01 96,23 100,5 99,93 96,29 101,21 Entrectinib 0,05 µM 92,37 100,05 99,15 95,07 101,00 100,49 Entrectinib 0,1 µM 91,18 95,73 95,36 95,37 98,28 96,76 Entrectinib 0,5 µM 86,81 90,21 93,00 95,9 97,13 100,5 Entrectinib 1 µM 56,44 58,03 61,97 64,48 66,16 70,82 Mocetinostat 0,01 µM 98,33 100,5 96,21 101,26 101,53 96,5 Mocetinostat 0,05 µM 92,86 94,9 92,38 93,9 95,07 99,17 Mocetinostat 0,075 µM 92,15 86,1 90,03 100,34 93,62 95,45 Mocetinostat 0,1 µM 84,24 87,73 88,59 93,9 95,07 99,17 Mocetinostat 0,5 µM 41,4 41,17 44,77 49,95 49,81 51,47 Adavosertib 0,01 µM 100,05 97,1 96,09 100,08 98,63 97,42 Adavosertib 0,05 µM 82,43 87,3 83,16 81,61 90,05 85,2 Adavosertib 0,075 µM 74,84 75,65 78,24 79,78 83,6 84,91 Adavosertib 0,1 µM 62,85 64,94 68,56 71,69 75,92 76,5 Dabigatran 0,1 µM 100,63 101,41 95,47 101,9 101,69 96,25 Dabigatran 0,5 µM 97,34 94,78 93,7 101,35 97,62 98,25 Dabigatran 1 µM 95,26 94,77 91,3 100,16 99,21 98,02 Dabigatran 5 µM 91,5 89,62 88,33 100,32 99,16 96,67 Dabigatran 10 µM 87,81 84,8 83,08 100,12 97,28 94,17 Chrysin 1a 200 µM 33,47 41,09 41,38 38,17 48,40 44,57 Chrysin 1a 50 µM 69,01 71,07 64,34 71,25 76,54 70,30 Chrysin 1a 25 µM 78,60 85,10 88,34 77,02 85,30 90,46 Chrysin 1a 12,5 µM 91,06 98,48 92,29 90,92 97,71 92,65 Cefixim 400 µM 30,59 27,20 26,31 34,48 30,47 29,50 PL-37 Cefixim 200 µM 80,34 83,10 78,30 90,06 89,70 85,01 Cefixim 50 µM 93,72 92,65 90,54 96,24 94,52 90,67 Cefixim 25 µM 96,43 96,90 92,06 96,07 96,38 93,15