Sử dụng kỹ thuật rflp xác định sự đa dạng di truyền của hai dòng nấm metarrhizium anisopliae và beauveria bassiana

Mục đích đề tài nhằm xác định đoạn gen gây độc Pr 1 của những dòng nấm Metarrhizium anisopliae và vùng ITS1 – 5.8S – ITS2 của nấm Beauveria bassiana giúp chọn lọc đúng những dòng nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassiana có tính độc đảm bảo hoạt tính diệt côn trùng lâu dài và hiệu quả nhằm phục vụ cho sản xuất nông nghiệp . Các nội dung nghiên cứu bao gồm: 1. Phục hồi các chủng nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassian trên một số côn trùng gây hại . 2. Dùng kỹ thuật PCR phát hiện gen protease (Pr 1) và vùng ITS1 – 5.8S – ITS2 liên quan đến tính độc của hai dòng nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassiana 3. Sau khi thöïc hieän phaûn öùng PCR ta söû duïng kỹ thuật RFLP thực hiện phaûn öùng enzyme caét giôùi haïn ñeå phaùt hieän söï ña hình trong phaïm vi vuøng IST1-5.8S-IST2 cuûa naám Beauveria bassiana vaø vuøng Pr1 cuûa naám Metarrhizium anisopliae 4. Giải trình tự đoạn gen Pr 1 và vùng ITS1 – 5.8S – ITS2 so sánh trình tự này với các mẫu trên ngân hàng gen thế giới (genbank). Kết quả thu được như sau: 1.Phục hồi các dòng nấm Metarrhizium và Beauveria trên môi PGA: Sau quá trình phục hồi các nguồn nấm trên môi trường PGA(Potato-Glucose- Agar),kết quả chúng tôi đã thu được một số dòng nấm sau khoảng 7-10 ngày nuôi cấy : RNBT1.7 ,DONG 3.1, BXĐTG6, RMTĐ3 ,PULQ2, NNPT7, SR, BRVT6 ,BHBD6 ,SCLLLA1, BDTN4 ,BDQ96 . 2.Nhân sinh khối các dòng nấm Metarrhizium và Beauveria trong môi trường lỏng Czapek – Dox trong khoảng thời gian từ 3-5 ngày , thu được sinh khối nấm ,rửa lại với nước cất rồi phơi khô , nghiền trong nitơ lỏng ,cuối cùng chúng tôi được nấm ở 0 dạng khô và chúng tôi bảo quản nấm -80 C cho đến khi sử dụng . 3.Tiến hành ly trích nấm đã bảo quản ở trên bằng dịch ly trích ,kết quả trích được DNA của 12 dòng nấm Metarrhizium và Beauveria ,sau đó là tinh sạch DNA của các dòng nấm Metarrhizium và Beauveria nhằm tạo sản phẩm sạch ,ít tạp trong sản phẩm PCR.Sau tinh sạch vẫn giữ được DNA của 12 mẫu nấm. 4.Thực hiện phản ứng PCR trên các dòng nấm Metarrhizium và Beauveria , kết quả thu được sản phẩm PCR của 6 dòng nấm Beauveria 5.Phân tích RFLP , thực hiện phản ứng cắt bằng enzyme cắt giới hạn trên 6 dòng nấm Beauveria ,enzyme cắt Alu I, Hae III trên các sản phẩm PCR .kếtquả chưa nhận thấy rõ sự đa dạng di truyền của các dòng nấm do mức độ tương đồng giữa các dòng nấm khá cao .Tuy nhiên thu được kích thước các band trên gel so với Ladder là hoàn toàn trùng khớp với kích thước band DNA chuẩn của các dòng nấm Beauveria . MỤC LỤC CHưƠNG TRANG Trang tựa Lời cảm tạ . iii Tóm tắt .iv Mụclục vi Danh sách chữ viết tắt ix Danh sách các bảng .x Danh sách các hình xi 1. MỞ ĐẦU 1 1.1.Đặt vấn đề 1 1.2.Mục đích và yêu cầu đề tài .1 1.2.1.Mục đích 1 1.2.2.Mục tiêu 2 1.3.Yêu cầu nghiên cứu .2 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .3 2.1.Vai trò của biện pháp phòng trừ sinh học 3 2.2.Giới thiệu về nấm ký sinh 4 2.2.1.Giới thiệu về nấm Metarrhizium anisopliae 5 2.2.2.Giới thiệu về nấm Beauveria bassiana vuille .6 2.3.Hiệu quả phòng trừ bằng chế phẩm nấm .8 2.4.Sơ lược về phương thức xâm nhiễm 9 2.5.Hoạt tính sinh học 11 2.6.Một số nghiên cứu trong và ngoài nước .11 2.6.1.Nghiên cứu trong nước .11 2.6.2.Nghiên cứu ngoài nước 12 2.7.Vai trò của protease Pr1 và vùng ITS1 – 5.8S – ITS2 14 2.8.Phản ứng PCR .14 2.8.1.Giới thiệu chung về PCR 14 2.8.2.Các yếu tố ảnh hưởng đến kết quả PCR .15 2.8.3.Các ứng dụng của phương pháp PCR 16 2.8.4. Những hạn chế của phương pháp PCR .16 2.9. Đọc trình tự bằng máy đọc tự động 17 2.10.Phân tích RFLP .17 3. VẬT LIỆU VÀ PHưƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 3.1.Thời gian và địa điểm 19 3.1.1.Thời gian 19 3.1.2.Địa điểm 19 3.2. Vật liệu và hóa chất 19 3.2.1.Vật liệu .19 3.2.1.1.Mẫu thí nghiệm .19 3.2.1.2.Các Primer dùng trong thí nghịêm .19 3.2.2.Hóa chất và môi trường .19 3.2.2.1.Các hóa chất dùng chiết tách DNA từ khối sợi nấm .19 3.2.2.2. Các hóa chất dùng trong điện di 20 3.2.2.3. Các hóa chất dùng trong phản ứng PCR .20 3.2.2.4.Môi trường .20 3.2.3.Các thiết bị chính 21 3.3.Nôi dung nghiên cứu .21 3.4.Phương pháp nghiên cứu 21 3.4.1.Phục hồi các chủng nấm .21 3.4.2.Chủân bị môi trường lỏng .22 3.4.3.Phương pháp ly trích DNA .22 3.4.4.Phương pháp tinh sạch DNA 23 3.4.5.Thực hiên phản ứng PCR .24 3.4.5.1.Nấm Metarrhizium anisopliae .24 3.4.5.2.Nấm Beauveria bassiana vuille .25 3.4.6.Điện di và đọc kết quả .26 3.4.6.1.Điện di trên gel agarose 26 3.4.6.2.Đọc kết quả điện di 26 3.4.7.Thành phần phản ứng đọc trình tự 27 3.4.7.1.Tinh sạch sản phẩm PCR 27 3.4.7.2.Thành phần phản ứng đọc trình tự 27 3.4.8.Tinh sạch sản phẩm đọc trình tự 28 3.4.9.Điện di và ghi nhân kết quả .29 3.4.10. Phân tích RFLP .29 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 30 4.1. Kết quả phục hồi và nhân sinh khối nấm 30 4.2. Kết quả ly trích DNA .30 4.3. Kết quả tinh sạch DNA 32 4.4. Kết quả PCR .33 4.5. Kết quả phân tích RFLP .34 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 36 5.1.Kết luận .36 5.2.Đề nghị 36 6. TÀI LIỆU THAM KHẢO 37

pdf51 trang | Chia sẻ: lvcdongnoi | Ngày: 25/01/2013 | Lượt xem: 2259 | Lượt tải: 8download
Bạn đang xem nội dung tài liệu Sử dụng kỹ thuật rflp xác định sự đa dạng di truyền của hai dòng nấm metarrhizium anisopliae và beauveria bassiana, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** TRẦN NHƢ NGỌC SỬ DỤNG KỸ THUẬT RFLP XÁC ĐỊNH SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA NẤM Metarrhizium anisopliae VÀ NẤM Beauveria bassiana KÝ SINH TRÊN CÔN TRÙNG GÂY HẠI LUẬN VĂN: KĨ SƢ CHUYÊN NGÀNH: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2006 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP SỬ DỤNG KỸ THUẬT RFLP XÁC ĐỊNH SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA NẤM Metarrhizium anisopliae VÀ NẤM Beauveria bassiana KÝ SINH TRÊN CÔN TRÙNG GÂY HẠI LUẬN VĂN: KĨ SƢ CHUYÊN NGÀNH: CÔNG NGHỆ SINH HỌC GIÁO VIÊN HƢỚNG DẪN SINH VIÊN THỰC HIỆN VÕ THỊ THU OANH TRẦN NHƢ NGỌC KHÓA: 28 Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2006 MINISTRY OF EDUCATION AND TRAING NONG LAM UNIVERSITY, HCMC FACULTY OF BIOTECHNOLOGY ***000*** RFLP ANALYSIS OF POLYMORPHISMS IN Metarrhizium anisopliae AND Beauveria bassiana ACCOSIATED WITH INSECT GRADUATION THESIS MAJOR: BIOTECHNOLOGY PROFESSOR STUDEN VÕ THỊ THU OANH TRẦN NHƢ NGỌC TERM: 28 HCMC 9/2006 iii LỜI CẢM TẠ Xin chân thành gửi lời cảm tạ đến:  Ban Giám Hiệu Trƣờng Đại Học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh.  Ban chủ nghiệm Bộ Môn Công Nghệ Sinh Học, cùng tất cả quý thầy cô đã truyền đạt kiến thức cho chúng tôi.  ThS. Võ Thị Thu Oanh đã hƣớng dẫn tận tình cho tôi trong suốt quá trình thực tập và giúp tôi hoàn thành khóa luận tốt nghiệp.  TS. Bùi Minh Trí –Trƣởng trung tâm phân tích Hóa – Sinh trƣờng Đại Học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh.  Phòng thí nghiệm Hóa – Sinh thuộc Trung Tâm Phân Tích Thí Nghiệm Trƣờng Đại Học Nông Lâm.  Các anh chị làm việc tại Trung Tâm Phân Tích Hóa – Sinh, đặc biệt gửi lời cảm ơn chân thành đến chị Hƣng đã hết lòng giúp đỡ, chia sẽ và động viên tôi trong suốt thời gian làm khóa luận.  Các bạn sinh viên thực tập tại phòng 105 – khu Phƣợng Vĩ Trƣờng Đại Học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh đã giúp đỡ tôi.  Các bạn bè thân yêu của lớp Công Nghệ Sinh Học K28 đã chia sẻ cùng tôi những vui buồn trong thời gian học cũng nhƣ hết lòng hỗ trợ, giúp đỡ tôi trong thời gian thực tập. TÓM TẮT Đề tài nghiên cứu:“ sử dụng kỹ thuật RFLP xác định sự đa dạng di truyền của hai dòng nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassiana” ký sinh trên côn trùng gây hại ” đƣợc thực hiện từ ngày 20 tháng 2 năm 2005 đến ngày 15 tháng 8 năm 2005 tại trƣờng Đại Học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh. Đề tài do Trần Nhƣ Ngọc thực hiện dƣới sự hƣớng dẫn của ThS. Võ Thị Thu Oanh Đối tƣợng nghiên cứu là nấm Metarrhizium anisopliae và nấm Beauveria bassiana ký sinh trên côn trùng gây hại. Nấm này có tác dụng tiết ra độc tố làm ngừng hoạt động của ruột, phá vở các hoạt động bình thƣờng của côn trùng dẫn đến côn trùng bị chết khô Mục đích đề tài nhằm xác định đoạn gen gây độc Pr1 của những dòng nấm Metarrhizium anisopliae và vùng ITS1 – 5.8S – ITS2 của nấm Beauveria bassiana giúp chọn lọc đúng những dòng nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassiana có tính độc đảm bảo hoạt tính diệt côn trùng lâu dài và hiệu quả nhằm phục vụ cho sản xuất nông nghiệp . Các nội dung nghiên cứu bao gồm: 1. Phục hồi các chủng nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassian trên một số côn trùng gây hại . 2. Dùng kỹ thuật PCR phát hiện gen protease (Pr1) và vùng ITS1 – 5.8S – ITS2 liên quan đến tính độc của hai dòng nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassiana.. 3. Sau khi thöïc hieän phaûn öùng PCR ta söû duïng kỹ thuật RFLP thực hiện phaûn öùng enzyme caét giôùi haïn ñeå phaùt hieän söï ña hình trong phaïm vi vuøng IST1-5.8S-IST2 cuûa naám Beauveria bassiana vaø vuøng Pr1 cuûa naám Metarrhizium anisopliae 4. Giải trình tự đoạn gen Pr1 và vùng ITS1 – 5.8S – ITS2 so sánh trình tự này với các mẫu trên ngân hàng gen thế giới (genbank). Kết quả thu đƣợc nhƣ sau: 1.Phục hồi các dòng nấm Metarrhizium và Beauveria trên môi PGA: Sau quá trình phục hồi các nguồn nấm trên môi trƣờng PGA(Potato-Glucose- Agar),kết quả chúng tôi đã thu đƣợc một số dòng nấm sau khoảng 7-10 ngày nuôi cấy : RNBT1.7 ,DONG 3.1, BXĐTG6, RMTĐ3 ,PULQ2, NNPT7, SR, BRVT6 ,BHBD6 ,SCLLLA1, BDTN4 ,BDQ96 . 2.Nhân sinh khối các dòng nấm Metarrhizium và Beauveria trong môi trƣờng lỏng Czapek – Dox trong khoảng thời gian từ 3-5 ngày , thu đƣợc sinh khối nấm ,rửa lại với nƣớc cất rồi phơi khô , nghiền trong nitơ lỏng ,cuối cùng chúng tôi đƣợc nấm ở dạng khô và chúng tôi bảo quản nấm -800C cho đến khi sử dụng . 3.Tiến hành ly trích nấm đã bảo quản ở trên bằng dịch ly trích ,kết quả trích đƣợc DNA của 12 dòng nấm Metarrhizium và Beauveria ,sau đó là tinh sạch DNA của các dòng nấm Metarrhizium và Beauveria nhằm tạo sản phẩm sạch ,ít tạp trong sản phẩm PCR.Sau tinh sạch vẫn giữ đƣợc DNA của 12 mẫu nấm. 4.Thực hiện phản ứng PCR trên các dòng nấm Metarrhizium và Beauveria , kết quả thu đƣợc sản phẩm PCR của 6 dòng nấm Beauveria 5.Phân tích RFLP , thực hiện phản ứng cắt bằng enzyme cắt giới hạn trên 6 dòng nấm Beauveria ,enzyme cắt Alu I, Hae III trên các sản phẩm PCR .kếtquả chƣa nhận thấy rõ sự đa dạng di truyền của các dòng nấm do mức độ tƣơng đồng giữa các dòng nấm khá cao .Tuy nhiên thu đƣợc kích thƣớc các band trên gel so với Ladder là hoàn toàn trùng khớp với kích thƣớc band DNA chuẩn của các dòng nấm Beauveria . MỤC LỤC CHƢƠNG TRANG Trang tựa Lời cảm tạ ..................................................................................................................... iii Tóm tắt ........................................................................................................................... iv Mụclục ............................................................................................................................ vi Danh sách chữ viết tắt .................................................................................................... ix Danh sách các bảng ......................................................................................................... x Danh sách các hình ........................................................................................................ xi 1. MỞ ĐẦU .................................................................................................................. 1 1.1.Đặt vấn đề .............................................................................................................. 1 1.2.Mục đích và yêu cầu đề tài ................................................................................... 1 1.2.1.Mục đích ...................................................................................................... 1 1.2.2.Mục tiêu ...................................................................................................... 2 1.3.Yêu cầu nghiên cứu ............................................................................................... 2 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ......................................................................................... 3 2.1.Vai trò của biện pháp phòng trừ sinh học.............................................................. 3 2.2.Giới thiệu về nấm ký sinh ...................................................................................... 4 2.2.1.Giới thiệu về nấm Metarrhizium anisopliae .............................................. 5 2.2.2.Giới thiệu về nấm Beauveria bassiana vuille............................................. 6 2.3.Hiệu quả phòng trừ bằng chế phẩm nấm ............................................................... 8 2.4.Sơ lƣợc về phƣơng thức xâm nhiễm ...................................................................... 9 2.5.Hoạt tính sinh học ................................................................................................ 11 2.6.Một số nghiên cứu trong và ngoài nƣớc ............................................................. 11 2.6.1.Nghiên cứu trong nƣớc ............................................................................. 11 2.6.2.Nghiên cứu ngoài nƣớc ............................................................................ 12 2.7.Vai trò của protease Pr1 và vùng ITS1 – 5.8S – ITS2 ........................................ 14 2.8.Phản ứng PCR ..................................................................................................... 14 2.8.1.Giới thiệu chung về PCR .......................................................................... 14 2.8.2.Các yếu tố ảnh hƣởng đến kết quả PCR ................................................... 15 2.8.3.Các ứng dụng của phƣơng pháp PCR ...................................................... 16 2.8.4. Những hạn chế của phƣơng pháp PCR ................................................... 16 2.9. Đọc trình tự bằng máy đọc tự động .................................................................. 17 2.10.Phân tích RFLP ................................................................................................. 17 3. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .............................................. 19 3.1.Thời gian và địa điểm ........................................................................................ 19 3.1.1.Thời gian .................................................................................................. 19 3.1.2.Địa điểm .................................................................................................. 19 3.2. Vật liệu và hóa chất .......................................................................................... 19 3.2.1.Vật liệu ..................................................................................................... 19 3.2.1.1.Mẫu thí nghiệm............................................................................. 19 3.2.1.2.Các Primer dùng trong thí nghịêm ............................................... 19 3.2.2.Hóa chất và môi trƣờng ........................................................................... 19 3.2.2.1.Các hóa chất dùng chiết tách DNA từ khối sợi nấm ................... 19 3.2.2.2. Các hóa chất dùng trong điện di .................................................. 20 3.2.2.3. Các hóa chất dùng trong phản ứng PCR ..................................... 20 3.2.2.4.Môi trƣờng ................................................................................... 20 3.2.3.Các thiết bị chính ...................................................................................... 21 3.3.Nôi dung nghiên cứu ......................................................................................... 21 3.4.Phƣơng pháp nghiên cứu .................................................................................... 21 3.4.1.Phục hồi các chủng nấm ........................................................................... 21 3.4.2.Chủân bị môi trƣờng lỏng ....................................................................... 22 3.4.3.Phƣơng pháp ly trích DNA ....................................................................... 22 3.4.4.Phƣơng pháp tinh sạch DNA .................................................................... 23 3.4.5.Thực hiên phản ứng PCR ......................................................................... 24 3.4.5.1.Nấm Metarrhizium anisopliae ..................................................... 24 3.4.5.2.Nấm Beauveria bassiana vuille ................................................... 25 3.4.6.Điện di và đọc kết quả ............................................................................. 26 3.4.6.1.Điện di trên gel agarose .............................................................. 26 3.4.6.2.Đọc kết quả điện di .................................................................... 26 3.4.7.Thành phần phản ứng đọc trình tự .......................................................... 27 3.4.7.1.Tinh sạch sản phẩm PCR ............................................................ 27 3.4.7.2.Thành phần phản ứng đọc trình tự ............................................ 27 3.4.8.Tinh sạch sản phẩm đọc trình tự .............................................................. 28 3.4.9.Điện di và ghi nhân kết quả ..................................................................... 29 3.4.10. Phân tích RFLP ..................................................................................... 29 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .............................................................................. 30 4.1. Kết quả phục hồi và nhân sinh khối nấm .......................................................... 30 4.2. Kết quả ly trích DNA ....................................................................................... 30 4.3. Kết quả tinh sạch DNA .................................................................................... 32 4.4. Kết quả PCR ..................................................................................................... 33 4.5. Kết quả phân tích RFLP ................................................................................... 34 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ .................................................................................. 36 5.1.Kết luận............................................................................................................... 36 5.2.Đề nghị .............................................................................................................. 36 6. TÀI LIỆU THAM KHẢO .................................................................................... 37 DANH SÁCH CÁC HÌNH HÌNH TRANG Hình 2.1 Chế phẩm sinh học từ nấm Beauveria và Metarrhizium ...................... 9 Hình 2.2 Nấm Beauveria bassiana vuille ký sinh trên ong .......................... 13 Hình 4.1 Nấm Beauveria và Metarrhizium ...................................................... 30 Hình 4.2 Kết quả ly trích ................................................................................... 31 Hình 4.3 Kết quả tinh sạch ................................................................................ 32 Hình 4.4:Kết quả PCR ....................................................................................... 34 Hình 4.5:Kết quả phân tích RFLP ..................................................................... 35 DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT BDQ96 : Bọ dừa Quận 9 6 BDTN4 : Bọ dừa Tây Ninh 4 SCLLLA1 : Sâu cuốn lá lúa Long An 1 RNBT1.7 : Rầy nâu Bến Tre 1.7 DONG3.1 : Dòng 3.1 BXĐTG6 : Bọ xít đen Tiền Giang 6 RMTĐ3 : Rầy mềm Thủ Đức 3 PULQ2 : Rệp vải mềm nâu tím Quận 2 SR : Sâu róm BRVT6 : Bọ rầy Vũng Tàu 6 BHBD6 : Bọ hà Bình Dƣơng 6 PM : pico mol Ng : nano gram nm : nano mol g : micro gram m : micro mol M : micro mol/lít l : micro lít TE : tris EDTA dNTP : deoxyribonucleotide – 5 – trphosphate TAE : tris acetic EDTA UI : unit international bp : base pair Kb : kilo base CZA : Czapek – Dox SDS : Sodium dodecyl sulphate PGA : Potato glucose agar SDA : Soduim dedocyl sulphate RFLP : Restriction Fragment Lengh Polymorphism RAPD : Random Amlification of Polymorphic DNA Tm : melting temperature PCR : Polymerase Chains Reaction RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism EDTA : Ethylene Diamine Tetracetic Acid ITS : Intenal Transcribed Spacer Taq : Thermus aquaticus TAE : Tricacetic ethylene diamine tetra acetat TE : Tris ethylene diamine tetra acetate ix DANH SÁCH CÁC BẢNG BẢNG TRANG Bảng 3.1:Thành phần phản ứng PCR ở nấm Metarrhizium ................................ 24 Bảng 3.2:Chu kỳ nhiệt phản ứng PCR ở nấm Metarrhizium .............................. 25 Bảng 3.3: Thành phần phản ứng PCR ở nấm Beauveria .................................... 25 Bảng 3.4:Chu kỳ nhiệt phản ứng PCR ở nấm Beauveria .................................... 26 Bảng 3.5:Thành phần phản ứng đọc trình tự ....................................................... 28 Bảng 3.6:Quy trình chung phản ứng cắt .............................................................. 29 1 Phần 1. MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề Ngày nay với tốc độ phát triển nhƣ vũ bão của khoa học và công nghệ đã kéo theo hàng loạt những thay đổi trong đời sống xã hội của con ngƣời: kinh tế, chính trị, xã hội,… rồi đến đời sống vật chất, tinh thần,… Thông qua đó đặt ra một vấn đề hết sức cấp thiết làm sao giải quyết tốt vấn đề lƣơng thực thực phẩm cho con ngƣời. Thực tế cho thấy việc áp dụng thành công trong khoa học – công nghệ vào sản xuất nông nghịêp nhằm nâng cao năng xuất cây trồng đã đƣợc ứng dụng từ nhiều năm nay và đã đem lại nhiều kết quả đáng kể nhƣ: tạo giống bƣởi không hạt, bƣởi da xanh có chất lƣợng tốt, mùi vị ngon, ngọt và không xử lý hóa chất (Viện Cây Ăn Quả Miền Nam); hay tạo giống lúa ngắn ngày có khả năng chống chịu tốt, hạt gạo mềm, dẻo, thơm, đặc biệt là năng suất tăng so với nhiều giống trƣớc đó bằng việc xử lý yếu tố di truyền trong gen (Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long )….Đây chính là những thành tựu trong lĩnh vực Bảo Vệ Thực Vật nói chung và của Công nghệ Sinh học nói riêng . Chính vì tính chất quan trọng của ngành Bảo Vệ Thực Vật (cũng nhƣ Công Nghệ Sinh Hoc) trong Nông Nghiệp và đời sống, nên chúng tôi đã thực hiện đề tài “Sử dụng kỹ thuật RFLP xác định sự đa dạng di truyền của các dòng nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria basiana ký sinh trên côn trùng gây hại”. Từ việc xác định chính xác trình tự của nucleotide trên gen phát sinh độc tố của nấm ký sinh trên côn trùng gây hại cho hoa màu, ta có thể chủ động hơn trong quá trình tác động lên gen gây độc, nhằm diệt nấm đạt hiệu quả cao nhất, giảm thiệt hại do côn trùng phá hoại, nâng cao năng suất cây trồng, tạo sản phẩm sạch, an toàn và thân thiện với môi trƣờng. 1.2. Mục đích và yêu cầu đề tài 1.2.1. Mục đích Làm cơ sở khoa học cho việc xác định đa dạng di truyền và xác định gen gây độc nhằm tạo ra đƣợc thuốc trừ sâu sinh học có hoạt tính ổn định và hiệu quả đối với từng loại cây trồng, đáp ứng nhu cầu trong công tác bảo vệ thực vật hiện nay. 2 1.2.2. Mục tiêu Bằng kỹ thuật RFLP và đọc trình tự cho phép xác định gen Pr1 và vùng gen ITS1 - 5.8S - ITS2 sau đó tìm sự khác biệt trong trình tự nucleotide của đoạn gen Pr1 giữa các dòng nấm Metarrhizium anisopliae, và trình tự nucleotide của vùng gen ITS1- 5.8S -ITS2 giữa các dòng nấm Beauveria bassiana. 1.2.3. Yêu cầu nghiên cứu Phục hồi các dòng nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassiana từ nhiều cây trồng khác nhau. Phát hiện gen gây độc Pr1 của nấm Metarrhizium anisopliae và vùng ITS1 – 5.8S – ITS2 của nấm Beauveria bassiana bằng phƣơng pháp PCR. Sử dụng kỹ thuật RFLP thực hiện phản ứng enzyme cắt giới hạn để phát hiện sự đa hình trong phạm vi vùng gen độc Pr1 của các dòng nấm Metarrhizium anisopliae và ITS1 – 5.8S – ITS2 của các dòng nấm Beauveria bassiana. Xác định trình tự nucleotide của vùng gen gây độc Pr1 và ITS1 – 5.8S – ITS2 trên hai dòng nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria basisiana. 1.3. Đối tƣợng nghiên cứu Một số loài thuộc hai dòng nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassiana vuille thu thập ở các tỉnh thành khác nhau nhƣ: Long An, Trà Vinh, Tây Ninh, Tiền Giang, Bến Tre, Quận 2 thành phố Hồ Chí Minh, Quận 9 thành phố Hồ Chí Minh gây hại cho côn trùng trên các đối tƣợng cây trồng khác nhau. 3 Phần 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1. Vai trò của biện pháp phòng trừ sinh học trong bảo vệ thực vật hiện nay Dƣới áp lực tạo ra nguồn sản phẩm nông nghiệp với sản lƣợng cao, chất lƣợng tốt, giảm giá thành và giảm ảnh hƣởng đến môi trƣờng, chúng ta phải tăng cƣờng sử dụng biện pháp sinh học một cách có hệ thống. Quản lý dịch hại tổng hợp (IPM) trên cây trồng nông lâm nghiệp theo định hƣớng tăng cƣờng sử dụng các tác nhân sinh học và chế phẩm có nguồn gốc thảo mộc là một hƣớng nghiên cứu ứng dụng mới mang lại hiệu quả kinh tế cao, góp phần xây dựng một nền nông nghiệp bền vững, bảo vệ môi trƣờng và cân bằng sinh thái. Có nhiều cách để sử dụng biện pháp sinh học, bao gồm: Sử dụng ký sinh thiên địch chuyên tính, thƣờng là ký sinh. Sử dụng ký sinh thiên địch không chuyên tính, thƣờng là các loài ăn thịt sâu hại. Biện pháp dòng hoá đực làm cho sâu hại không thể sinh sản đƣợc. Sử dụng vi sinh vật có ích. Biện pháp dẫn dụ giới tính để phòng trừ sâu hại. Biện pháp sinh học trong IPM giúp cho việc loại bỏ một số nhƣợc điểm của các biện pháp hoá học thƣờng dùng trƣớc đây. Ƣu điểm của biện pháp vi sinh vật gồm: Ngăn chặn sự phát triển tính kháng trong quần thể sâu bệnh và cỏ dại. Giảm bớt hoặc giảm hoàn toàn sử dụng thuốc hoá học, giữ đƣợc quần thể sâu hại phát triển ở mức thấp nhất, tránh bộc phát thành dịch. Bảo vệ đƣợc côn trùng có ích và các vi sinh vật có ích khác, hạn chế sâu bệnh thứ cấp trở thành sâu bệnh chính. Bảo vệ đƣợc sức khỏe con ngƣời và tránh ô nhiễm môi trƣờng. (Trần Văn Mão, 2004). 2.2. Giới thiệu về nấm ký sinh trên côn trùng Cũng nhƣ vi khuẩn, nhiều nấm liên quan với côn trùng nhƣ sinh vật cộng sinh hoặc hoại sinh, nhƣng có nhiều loài nấm thực sự là ký sinh, gây hiện tƣợng bệnh lý và dẫn đến sự chết của côn trùng. Theo Steinhaus (1949) (trích dẫn Nguyễn Lân Dũng, 4 1981) nấm ký sinh côn trùng trong tự nhiên có thể gây chết thƣờng xuyên với tỷ lệ cao cho nhiều loài côn trùng gây hại và là những tác nhân điều hoà quần thể vi sinh vật trong tự nhiên rất hiệu quả. Côn trùng chết do nấm rất dễ nhận biết bằng mắt thƣờng, vì các sợi nấm mọc qua vỏ cơ thể và bao phủ toàn bộ bề mặt ngoài của cơ thể côn trùng. Cơ thể côn trùng chết do nấm không bị tan rã, mà thƣờng giữ nguyên hình dạng ban đầu, toàn bộ bên trong cơ thể chứa đầy sợi nấm (Nguyễn Lân Dũng, 1981).Nấm gây bệnh cho côn trùng thuộc nhiều nhóm nấm khác nhau: từ nhóm nấm nguyên thủy sống dƣới nƣớc đến nhóm nấm bậc cao sống trên cạn. Nấm gây bệnh cho côn trùng có mặt ở trong cả 4 lớp nấm: nấm bậc thấp Phycomycetes, nấm túi Ascomycetes, nấm đảm Basidiomycetes và nấm bất toàn Deurteromycetes. - Lớp nấm bậc thấp Phycomycetes: trong lớp nấm này, các loài ký sinh trên côn trùng tập trung ở ba bộ: Chytridiales, Blastocladiales và Entomophthorales. Đặc biệt có những họ nấm gồm tất cả các loài đều là ký sinh trên côn trùng nhƣ Entomophthoraceae và Coelomomycetaceae. - Lớp nấm túi Ascomycetes: trong lớp nấm túi có bộ Laboubiniades là những nấm ngoại ký sinh côn trùng có chuyên tính cao, còn các loài nấm túi khác đều là nội ký sinh của côn trùng. Những giống nấm quan trọng gây bệnh cho côn trùng là: Cordyceps, Aschersonia (bộ Hypocreales). - Lớp nấm đảm Basidiomycetes: trong lớp nấm đảm chỉ ở hai giống có các loài gây bệnh trên côn trùng, đó là giống Septobasidium và Uredinella. - Lớp côn trùng đều thuộc bộ Moniliades. Những giống Beauveria, Spicana, Metarrhizium, Cephalosporium và Sorosporella chứa các loài nấm khi xâm nhiễm vào côn trùng đã tạo thành độc tố và gây chết vật chủ trong khoảng thời gian nhất định. 2.2.1. Giới thiệu về nấm Metarrhizium anisopliae. Metschinikov đã phát hiện nấm này đầu tiên vào năm 1878 trên bọ hung hại lúa mì,Chúng gây bệnh cho côn trùng sống trong đất. Bào tử của nấm sau 24 giờ tiếp xúc với bề mặt cơ thể côn trùng thì bắt đầu mọc mầm và xâm nhập vào bên trong các bộ phận nội quan. Sau khi vật chủ chết, sợi nấm mọc ra ngoài cơ thể côn trùng tạo thành lớp nấm màu trắng hơi hồng nhạt. Trên đó tạo thành các khuẩn lạc màu xanh xám. Quá trình phát triển của bệnh trong cơ thể côn trùng là 4 – 6 ngày tùy thuộc vào loài và tuổi vật chủ cũng nhƣ nguồn bệnh ban đầu. Vào giai đoạn cuối cùng của quá trình phát triển bệnh lý thì côn trùng chết 5 - Nấm Metarrhizium anisopliae có 2 dạng: M. anisopliae var. major có bào tử dài với kích thƣớc bào tử túi 10,0 – 14,0 (18,0) m và M. anisopliae var. anisopliae có bào tử ngắn với kích thƣớc bào tử túi là 3,5 – 9.0(thƣờng 5,0 – 8,0) m. Nấm xanh (nấm Metarrhizium anisopliae) sinh ra các độc tố destruxin A và B (Bùi Xuân Đồng, Nguyễn Huy Văn, 2000). - Nấm Metarrhizium anisopliae ký sinh trên 200 loài côn trùng thuộc các bộ: Orthoptera (11 loài), Dermaptera (1 loài), Hemiptera (21 loài), Lepidoptera (27 loài), Diptera (4 loài), Hymenoptera (6 loài) và Coloptera (134 loài). Nấm xanh có thể nuôi cấy trên môi trƣờng thức ăn nhân tạo. - Metarrhizium anisopliae là chủng gây bệnh mạnh nhất cho côn trùng thuộc bộ Coleoptera. Hơn 204 loài côn trùng thuộc họ Elaleridae và Curculionidae bị nhiễm bệnh bởi Metarrhizium anisopliae (Nguyễn Ngọc Tú và Nguyễn Cửu Thị Hƣơng Giang, 1997). Ngoài ra Metarrhizium anisopliae còn gây bệnh trên ấu trùng muỗi Aedes aegypti, Anopheles stephensi và Clex pipiens thuộc Diptera, côn trùng hại lúa Scotinophara coarctata thuộc họ Heminoptera, châu chấu Schistocera gragaria thuộc họ Testigolidae, loài mối Nasutitermes exitiosus thuộc họ Termitidae. Nấm này phân bố rộng trong tự nhiên. - M. anisopliae với bào tử dạng trụ và khuẩn lạc xanh đen hoặc đôi khi màu tối hoặc hồng vỏ quế. Khuẩn lạc mọc chậm, trên môi trƣờng PGA sau 10 ngày nuôi cấy ở 20oC có đƣờng kính 2 cm. Đã có nhiều nghiên cứu về sự phân bố của chúng: Nepal, New Zealand, New Caledonia, Bahamas, Mỹ, Canada, Bắc Ireland, Italia, Turkey, Liên Xô (cũ). Ở những nơi không có côn trùng cũng phân lập đƣợc Metarrhizium anisopliae: nang của Nematod (Heterodenas chachatii và Globodera rostochensis), các hạt ngoài đồng và trong đất trồng ở Canada, đất trồng chuối ở Honduras, đất trồng dâu ở Braril, đất trồng cỏ ở New Zealand. Ngay ở những nơi có thời tiết khắc nghiệt của nƣớc Đức, ở đất rừng sau khi đốt cháy, trong chất thải hữu cơ (chuẩn bị ô nhiễm), trầm tích cửa sông, đất đầm lầy trồng cây đƣớc, tổ của một số loài chim và rễ của dâu tây cũng đều phân lập đƣợc Metarrhizium anisopliae. * Đặc điểm sinh lý, sinh hóa của nấm Metarrhizium anisopliae: Không thể sinh trƣởng tốt trên nền cơ chất không có chitin. 6 Sống đƣợc ở nhiệt độ thấp (8oC), biên độ của độ ẩm rộng, ở nơi tích lũy nhiều CO2 và O2 chúng có thể sống sót tới 445 ngày. Khi hoại sinh trong đất, bào tử dính bị ức chế nảy mầm bởi khu hệ nấm đất, trong đó có chủng Aeromonas (thí nghiệm in vitro). Ở dƣới 10oC và trên 35oC thì sự hình thành bào tử không thể xảy ra. Nhiệt độ tốt nhất cho sự nảy mầm bào tử là 25 – 30oC và chết ở 49oC trong 10 phút. Nhiệt độ tốt nhất cho sự sinh trƣởng là 25oC và pH 3,3 – 8,5. Metarrhizium anisopliae có khả năng phân giải tinh bột, cellulose và kitin (lông và da côn trùng). (Trần Văn Mão, 2004). 2.2.2 Giới thiệu về nấm Beauveria bassiana vuille - Nấm Beauveria bassiana cũng nhƣ Metarrhizium anisopliae là nấm thiên địch ký sinh trên côn trùng gây hại, bào tử nấm thƣờng có kích thƣớc thƣờng dài hơn 3µmdạng bào tử túi.Nấm Beauveria bassiana thuộc lớp: Deuteromycetes, họ Moniliacea, bộ Moniliales, Giống: Beauveria. Giống Beauveria thƣờng đƣợc chia thành 3 loài: Beauveria bassiana, Beauveria brongniarti, Beauveria alba, trong đó 2 loài đầu là tác nhân gây bệnh côn trùng (Nguyễn Ngọc Tú và Nguyễn Cửu Thị Hƣơng Giang, 1997)là nấm trắng thƣờng gây bệnh cho:rầy nâu, sâu cuốn lá, sâu dục thân,bọ xích hại lúa, bọ xích đen,….Nó hủy hoại các mô mềm và dịch cơ thể ký chủ, chúng phát triển bên ngoài rồi mọc đầy trên cơ thể ký chủ, hút hết dƣỡng chất cho đến khi ký chủ chết, khi ký chủ chết nó hình thành bào tử và phát tán bào tử trong không khí nhờ nƣớc và gió.Tuy nhiên để phát tán nó đòi hỏi cần phải có ẩm độ kéo dài để bào tử có thể lan đi nhờ gió và nƣớc. - Bào tử trần hình cầu (đƣờng kính 1 - 4 m) đến hình trứng (1,5-5,5 x 1,3 m). Sợi nấm có chiều ngang khoảng 3 - 5 m phát triển dày đặt trên môi trƣờng, mang nhiều cuống sinh bào tử và bào tử. Mặt khuẩn lạc nấm dạng phấn trắng, Nấm khi mọc trên côn trùng thƣờng có màu trắng hoặc vàng nhạt, đôi khi hơi sẫm, bề mặt trơn và có nhiều bột, hiếm khi tập hợp thành bó sợi( Nguyễn Ngọc Tú và Nguyễn Cửu Thị Hƣơng Giang, 1997). Nhiệt độ tối ƣu cho nấm phát triển là khỏang trên dƣới 250C tốt nhất từ 250C- 30 0 C trong trƣờng PDA (Potato-Dextrose-Agar), trong khỏang 3-6 ngày nuôi cấy 7 nấm phát trịển mạnh lúc này nấm có màu vàng nhạt hoặc màu trắng, đƣờng viền đôi khi có màu kem hoặc hơi đỏ. Bào tử thƣờng có hình cầu, hình trứng, có khi chiều dài lên tới 20 m với 1 m chiều rộng. Có khỏang 9 lòai Beauveria bassiana đƣợc phân lập, sử dụng trong nghiên cứu trong kỹ thuật rRNA Sequencing. Theo Veliska (1967), giá trị pH môi trƣờng từ 3 - 9 không ảnh hƣởng tới sự phát triển tạo sinh khối của nấm Beauveria bassiana và theo Goral(1970) nấm Beauveria bassiana thuộc vi sinh vật có khả năng điều chỉnh pH môi trƣờng, pH thuận lợi cho sự phát triển là 5,7 - 6,0. Ngoài ra, có nhiều nghiên cứu cho rằng khả năng phát triển tốt nhất của nấm Beauveria bassiana là 6,2 - 6,4 (trích dẫn bởi Nguyễn Ngọc Tú và Nguyễn Cửu Thị Hƣơng Giang, 1997). Nấm Beauveria bassiana phân bố rộng khắp. Giống nhƣ hầu hết các loại nấm diệt sâu khác, khi rơi vào một nơi nào đó, chúng đều có khả năng trở thành thành viên trong sinh quần nơi đó và tự sinh sôi nảy nở tăng lên. Vì là vật ký sinh chuyên hóa rộng nên nấm này có khả năng tồn tại khi thiếu vật chủ chính. Khả năng nhiễm thành công của nấm với côn trùng là khá lớn vì chúng có nhiều cách xâm nhiễm khác nhau: qua lớp cutin, qua đƣờng tiêu hóa, qua đƣờng hô hấp và qua lỗ của thân. Ngoài ra, nấm Beauveria bassiana còn có khả năng tồn tại trong điều kiện môi trƣờng không thuận lợi dƣới dạng giả hạch nấm (các sợi nấm dinh dƣỡng kết lại thành một thể rắn chắc).Có thể sử dụng rộng rãi nấm Beauveria bassiana trong thực tiễn nông nghiệp vì: chúng có thể phát triển trên môi trƣờng dinh dƣỡng, có thể đƣợc chế tạo ở dạng chế phẩm sinh học, và tiêu diệt một lƣợng không nhiều các côn trùng có ích (Nguyễn Ngọc Tú và Nguyễn Cửu Thị Hƣơng Giang, 1997). Chất diệt côn trùng của nấm Beauveria bassiana là chất chúng tiết ra khi bào tử nảy mầm. Tên thông thƣờng của độc tố là beauverixin, công thức hóa học C45H57O9N3 - ciclo (N - metyl - L - phenylalanin - D - - hydroxyizovalery)3 . Đó là một loại depxipeptit vòng có điểm sôi 93 - 94oC (Nguyễn Ngọc Tú và Nguyễn Cửu Thị Hƣơng Giang, 1997). Vì tính chất quan trọng của nấm trong vai trò điều khiển cân bằng sinh học trong tự nhiên nói chung và trong bảo vệ thực vật nói riêng nên hiện nay nhiều nghiên cứu trên thế giới về nấm đƣợc áp dụng, một số kỹ thụât đƣợc áp dụng trong 8 nhận diện nấm Beauveria bassiana vuille những nghiên cứu gần đây là :sử dụng Isozymes (St Legent et al ., 1992;Poprawski et al .,1998), rRNA Sequences (Rakotonirainy et al .,1991), phân tích RFLP (Kosir,Macpherson và Khatchatourians.,1991 ; Maurer et al .,1997). Trong đó vịêc áp dụng kỹ thuật RFLP kết hợp với PCR cho kết quả khả quan hơn cả . 2.3. Hiệu quả phòng trừ sâu hại bằng chế phẩm nấm Nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassiana đƣợc nghiên cứu sản xuất để trừ một số sâu hại quan trọng trong nông nghiệp. Hiệu quả của chế phẩm đã thử đối với rầy nâu, sâu đo đay, châu chấu xanh, châu chấu ở điều kiện trong phòng thí nghịêm và ở nhà lƣới. Chế phẩm có tác dụng giảm tỷ lệ rầy nâu 55,2 – 58,8%, rầy lƣng trắng 64 – 92%, rầy xanh 75 – 96% và sâu đo xanh hại đay 43,9 – 64,2%. Hiệu lực diệt các loài rầy hại lúa trên đồng ruộng của nấm Beauveria bassiana biến động từ 33 – 75% tùy theo vụ và năm khác nhau. Hiệu lực của nấm kéo dài 3- 4 tuần sau khi phun nấm, vì vậy chỉ cần phun nấm một lần trong một vụ là đủ để quản lý các loài rầy hại lúa trong vụ. Dùng nấm B. bassiana vuille để quản lý các loài rầy hại lúa đã làm tăng năng suất từ đối chứng (tùy theo từng vụ và từng năm). Nấm B. bassiana không gây ảnh hƣởng gì cho lúa và cũng không gây hại đối với các thiên địch sâu, gầy hại lúa (Trần Văn Mão, 2004). Nấm M. anisopliae có khả năng gây bệnh làm chết 84,6% châu chấu Nomadacris succincta sau 10 ngày xử lý và nấm M. flavoviride gây chết 100% châu chấu thí nghiệm sau 7 ngày. Chế phẩm nấm diệt châu chấu đƣợc tiến hành ở Bà Rịa – Vũng Tàu, Đồng Nai cho kết quả tƣơng đối tốt nhƣng không đều (Trần Văn Mão, 2004). Nghiên cứu gần đây của Hệ Thống Nghiên Cứu Nông Nghiệp Hội Đồng Khoa Học Công nghệ Việt Nam cho kết quả nhƣ sau:nấm Beauveria bassiana ký sinh trên sâu róm hại thông có khả năng trừ sâu là đến 93.6%. Còn tác dụng khi sử dụng kết hợp hai lọai nấm Beauveria bassiana và Metarrhizium anisopliae trong vịêc trừ hại cho bọ dừa đạt hiệu quả từ 56%-97% (www.vnast .gov.vn/index .asp……) Ở Bolivia, các nhà nghiên cứu thuộc công ty PROBIOMA đã sản xuất thành công nhiều chế phẩm sinh học từ nhiều loài nấm thiên dịch khác, trong đó có hai loài nấm phổ biến là Beauveria bassiana và Metarrhizium anisopliae và chế phẩm trên thị trƣờng là: ProbioBass, ProbioMet 9 iPROBIOMET CHẾ PHẨM SINH HỌC TỪ NẤM METARRHIZIUM ANISOPLIAE DIỆT CÔN TRÙNG GÂY HẠI PROBIOBASS CHẾ PHẨM SINH HỌC TỪ NẤM BEAUVERIA BASSIANA VUILLE DIỆT CÔN TRÙNG GÂY HẠI Hình 2.1 Chế phẩm sinh học từ nấm Beauveria và Metarrhizium (Nguồn : www.probioma.org.bo) 2.4. Sơ lƣợc về phƣơng thức xâm nhiễm của nấm ký sinh trên côn trùng - Hầu hết những loài nấm gây bệnh cho côn trùng đều xâm nhập vào cơ thể vật chủ qua lớp vỏ cơ thể. Bào tử nấm bám vào bề mặt cơ thể vật chủ, trong điều kiện đủ độ ẩm bào tử mọc mầm và xâm nhiễm vào bên trong cơ thể côn trùng qua lớp vỏ chitin nhờ áp lực cơ giới hoặc hoạt động men của nấm. Nấm tiết ra loại men làm mềm lớp vỏ chiti mầm, qua lỗ thủng dó bào tử xâm nhập vào bên trong cơ thể côn trùng và tạo thành một lỗ thủng tại nơi bào tử mọc. Do khả năng xâm nhập vào bên trong cơ thể côn trùng qua lớp vỏ cơ thể nên nấm có thể ký sinh đƣợc côn trùng chích hút và cả những pha phát triểncủa côn trùng nhƣ trứng, nhộng mà các vi sinh vật khác không ký sinh đƣợc. - Nấm cũng có thể xâm nhập vào bên trong cơ thể côn trùng qua đƣờng miệng.Từ miệng, bào tử đi tới ruột và qua thành ruột xâm nhiễm vào các bào nội quan để gây bệnh. Xâm nhiễm kiểu này chủ yếu là bào tử của các loài nấm sống ở nƣớc. Dƣới tác động của độc tố do bào tử nấm tiết ra có thể dẫn tới hiện tƣợng ngừng nhu động ruột của vật chủ. Bào tử nấm còn có thể xâm nhập qua lỗ thở hoặc cơ quan sinh dục để vào bên trong cơ thể côn trùng nhƣng rất ít. Sự phát triển của nấm tới khi côn trùng chết Sau khi xâm nhập vào cơ thể côn trùng thì chúng bắt đầu sinh sôi nảy nở bên 10 trong cơ thể côn trùng và côn trùng chết trong khoảng 3 tuần. Sự sinh trƣởng và phát triển của nấm sau khi côn trùng vật chủ chết - Sau khi côn trùng chết, nấm tiếp tục phát triển hình thành lớp bào tử bao phủ toàn bộ bề mặt ngoài của vật chủ. Lớp bào tử này ban đầu có màu trắng sau chuyển qua màu xanh lục. - Các nấm gây bệnh cho côn trùng chỉ sinh trƣởng phát triển để hoàn thành một chu kỳ sống của chúng: từ mọc mầm bào tử đến hình thành bào tử mới. Nấmgây bệnh côn trùng có tính chuyên tính hẹp, chỉ ký sinh một vật chủ hoặc một giai đoạn nhất định của vật chủ. Nhiều trƣờng hợp chúng là ký sinh có tính chuyên hóa thức ăn rộng, có thể ký sinh nhiều loài côn trùng thuộc các giống, họ, bộ khác nhau. - Để có thể gây đƣợc những dịch bệnh nấm lớn cho sâu hại, các đặc điểm của nấm đóng một vai trò quan trọng là: độc tính của nấm, khả năng di chuyển bào tử trong những điều kiện không thuận lợi và khả năng phát tán trong thiên nhiên. Đặc điểm đặc biệt đối với các nấm họ Entomophthoraceae đó là hoạt động bắn bào tử xa một khoảng cách gấp hàng nghìn lần kích thƣớc của nó. Điều đó tạo khả năng phát tán rộng lớn hơn trong quần thể côn trùng. Sự phát tán có hiệu quả cao hay không ở mức độ nhất định cũng phụ thuộc vào độ nhất định cũng phụ thuộc vào. 2.5. Hoạt tính sinh học - Các nấm diệt sâu cũng đƣợc chú ý nhiều nhƣ một sinh vật sản sinh các enzyme, toxin và các chất hoạt tính sinh học khác. Theo nhiều tài liệu của nhiều tác giả cho biết các nấm Muscardine(ví dụ: nấm Muscardine trắng: Beauveria bassiana ,nấm Muscardine xanh: Metarrhizium anosopliae )có khả năng tổng hợp một lƣợng lớn enzyme, trong đó có ý nghĩa lớn nhất có khả năng gây bệnh cho côn trùng có chứa. chitinase,Proteinase,lipase và amylase. 2.6. Một số nghiên cứu trong nƣớc và ngoài nƣớc về nấm Metarrhizium anisopliae và nấm Beauveria bassiana vuille cũng nhƣ một số nấm ký sinh côn trùng khác trong ứng dụng để phòng trừ sâu hại 2.6.1. Nghiên cứu trong nƣớc - Lần đầu tiên tại Bến Tre, Phạm Thị Thuỳ (2000) đã sử dụng nấm Metarrhizium để trừ bọ dừa, kết quả ban đầu cho thấy nấm Metarrhizium sau khi đã thử nghiệm trong phòng, trong nhà lƣới và ngoài đồng có hiệu quả đối với bọ dừa ở Bến Tre. Hiện tại ở Việt Nam đã thu thập và lƣu giữ một số chủng nấm Beauveria và Metarrhizium, 11 gồm 18 nguồn Beauveria và 10 nguồn Metarrhizium. Chúng đƣợc phân lập từ các loại côn trùng khác nhau, gồm sâu đo xanh, châu chấu hại cam, sâu khoang hại lạc, rầy nâu hại lúa, sâu đục thân ngô, sâu xanh hại bông, sâu cắn gié, bọ xít đen, bọ xít dài (Nguyễn Văn Tuất, 2000). - Theo Tạ Kim Chỉnh và ctv (2001), đã chọn đƣợc môi trƣờng nhân giống cho các chủng Metarrhizium anisopliae là môi trƣờng Saubouraund có bổ sung vỏ trấu.Bùi Xuân Đồng và Nguyễn Huy Văn (2000) đã thử nghiệm chế phẩm B.75 từ Beauveria bassiana dạng bột để phòng trừ sâu róm hại cây thông và cho biết sâu chết 80% sau một năm xử lý. - Nguyễn Thị Lộc và ctv (2004) đã thử nghiệm, sản xuất và ứng dụng chế phẩm nấm ký sinh để phòng trừ sâu hại lúa ở Đồng Bằng Sông Cửu Long. Ngoài ra, ở nƣớc ta cũng tiến hành nghiên cứu nấm gây bệnh trên các loài sâu hại đậu nành. Theo Tống Kim Thuần, Vũ Quang Côn (2001), các vi nấm có khả năng gây bệnh sâu hại trên đậu tƣơng chủ yếu là các loài sau: Beauveria bassiana, Metarrhizium anisopliae và Normurea rileyi. Chúng gây bệnh hầu hết các loài sâu hại thuộc bộ cánh vảy – Lepidoptera, Entomophthora sp gặp ở bộ cánh nửa cứng - Hemiptera - Theo Phạm Thị Thùy và cộng sự (1991 - 1995), nguồn nấm Beauveria ở nƣớc ta khá phong phú. Chế phẩm nấm Beauveria bassiana đƣợc sản xuất bằng phƣơng pháp lên men xốp, sinh khối nấm đạt 5 x 108 bào tử/gam, thời gian thu hoạch nấm tốt nhất theo phƣơng pháp này là 10 ngày, chế phẩm đƣợc làm khô ở nhiệt độ 45oC trong 8 giờ và có thể đƣợc bảo quản trong thời gian 6 tháng. Khi thử nghiệm phƣơng pháp lên men chìm có sục khí trong nồi lên men 5 lít chứa môi trƣờng có pepton, cao nấm men và muối khoáng thì sau 48 giờ ở 30 phút bào tử nấm Beauveria đạt 8,5 x 109 bào tử/gam. Hiệu quả sử dụng tốt nhất của chế phẩm nấm là trên rầy nâu hại lúa, sâu đo xanh hại đậu, châu chấu sống lƣng vàng với nồng độ sử dụng là 5 - 6 x 108 bào tử/ml. Hiệu lực của thuốc nấm phụ thuộc chủ yếu vào nhiệt độ và độ ẩm. - Theo Viện sinh học nhiệt đới, Thành phố Hồ Chí Minh, các nòi nấm có hiệu lực diệt sâu cao có thể mất dần tính độc trong quá trình nuôi cấy. Sử dụng phƣơng pháp tách tế bào đơn từ sâu nhiễm đã chọn đƣợc các chủng nấm diệt sâu có độc tính cao. Từ các mẫu sâu chết ngoài đồng ruộng đã phân lập đƣợc 9 chủng nấm Beauveria bassiana từ sâu xanh da láng, châu chấu và bọ hà khoai lang Đà Lạt, Hóc Môn và Indonesia. Thử nghiệm trong phòng thí nghiệm cho thấy 9 chủng đều có hiệu lực diệt trùng ấu 12 trùng tằm, ấu trùng bọ hà, bọ hà trƣởng thành và sâu xanh da láng nhƣng ở các mức độ khác nhau. Thử nghiệm kết hợp nấm Beauveria bassiana với pheromon trên ruộng khoai lang ở Thủ Đức Thị Hƣơng Giang, 1997). - Nguyễn Xuân Niệm (2003) khi nghiên cứu hiệu lực trừ sâu hại của chế bassiana và Entomopthorales) của Công ty Hợp danh Sinh Thành trong phòng trừ bọ cánh cứng hại dừa tại Kiên Giang đã kết luận rằng Bemetent có hiệu lực phòng trừ cả thành trùng và ấu trùng của bọ cánh cứng hại dừa . 2.6.2. Nghiên cứu ngoài nƣớc - Trên thế giới, việc sử dụng nấm trong đấu tranh chống sâu hại có lịch sử khá lâu đời, Meschnikoff (1884) là ngƣời đầu tiên trình bày vấn đề sử dụng nấm trong đấu tranh sinh học với sâu hại (Nguyễn Ngọc Tú và Nguyễn Cửu Thị Hƣơng Giang, 1997). Theo Juntin L.Hatting, Richard A. Humber, Tadeusz J. Poprawski và Ray M. Miller (1999), các nghiên cứu về nấm gây bệnh rầy mềm ở Nam Phi đƣợc định hƣớng từ năm1995-1998, và cho biết trong 8 lòai nấm đƣợc tìm thấy đều lan truyền và giết chết rầy mềm, gồm có 6 lòai thuộc Entomophthorale Pandora neoaphidis, Connidiobolus thromdoides, C.corcnatus, Entomophthora planhoniana và Neozygites fresenii) và hai lòai thuộc Hyphomycetes (Beauveria bassiana, verticillium lecanii) . Theo A.M. Kammp và M. J. Bidochka (1994), tiến hành đánh giá sự sản xuất bào tử của 3 loại nấm gây bệnh côn trùng Metarrhizium anisopliae, Beauveria bassiana và Verticillium lecanii đƣợc đánh giá ở các độ sâu khác nhau (2mm , 3mm, 4mm tƣơng ứng với 10ml, 15ml, 20ml) và các loại môi trƣờng khác nhau (SDA, MEA, NA, CMA, YPDA, PDA) và cho biết sự sản xuất bào tử sau 14 ngày của nấm Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassiana tốt nhất trong môi trƣờng PDA ở độ sâu 2mm, trong khi Verticillium lecanii sản xuất bào tử tốt nhất trên môi trƣờng YPDA và độ sâu của môi trƣờng thì không đáng kể. Theo Nguyễn Ngọc Tú và Nguyễn Cửu Thị Hƣơng Giang (1997), thì Codaira Y. (1961) đã tách đƣợc hai độc tố ở nấm Metarrhizium anisopliae là destruxin A, liều gây chết với tầm là 0,28kg/g trọng lƣợng cơ thể và destruxin B, liều gây chết là 0,34kg/g trọng lƣợng cơ thể 13 . Hình 2.2 Nấm Beauveria bassiana ký sinh trên ong (nguồn: wescaco.ars.usda.gov) Glare và Inwood (1998) đã so sánh di truyền các giống Beauveria phân lập từ New Zealand bằng hai phƣơng pháp RAPD và RFLP. Kết quả phân tích RAPD sử dụng 10 primer khác nhau đã chia các giống phân lập đƣợc thành 4 nhóm có kiểu di truyền khác nhau: nhóm nhân không đồng nhất B. bassiana/B. brongniartii, nhóm B. bassiana, nhóm B. brongniartii và một nhóm gồm các giống Beauveria khác. Sử dụng enzyme cắt giới hạn vùng ITS của rDNA nhân cho thấy có sự khác biệt về di truyền giữa giống B. bassiana và nhóm nhân không đồng nhất B. bassiana/B. brongniartii. 2.7. Phƣơng pháp phát hiện gen Pr1 và vùng ITS1 -5.8S – ITS2: Có nhiều phƣơng pháp khác nhau (nhƣ ELISA, allozyme electrophoresis hoặc RFLPs) có những ƣu và khuyết điểm khác nhau, chỉ phân biệt giữa mỗi loài hoặc đòi hỏi số lƣợng lớn của DNA tinh khiết (Hegedus và ctv, 1993). Sự phân lập DNA thì tốn nhiều thời gian và giới hạn số lƣợng mẫu có thể phân tích đƣợc trong thời gian thích hợp. RAPD – PCR thì cũng đƣợc sử dụng để mô tả đặc điểm những giống Metarrhizium anisopliae. Tuy nhiên, RAPD – PCR rất dễ bị nhiễm tạp và thƣờng không ổn định, chỉ có thể thực hiện một cách chắc chắn trên DNA từ nuôi cấy ở ký chủ. Sử dụng phƣơng pháp mà cho phép sự khám phá về những đặc điểm của những giống Metarrhizium anisopliae và Beauveria bassiana lây nhiễm trên côn trùng. Đó là phƣơng pháp kết hợp kỹ thuật PCR và phân tích RFLP (RFLP – PCR), dựa trên sự khuếch đại của phần gen mã hóa chủ yếu là protease subtilisin Pr1 (St Leger và ctv, 1992) đƣợc tiết ra bởi nấm Metarrhizium anisopliae và vùng ITS1- 5.8S – ITS2 đƣợc tiết ra bởi nấm Beauveria bassiana và men cắt giới hạn các sản phẩm PCR hai vùng này 14 2.8. Phản ứng PCR 2.8.1. Giới thiệu sơ lƣợc về PCR Kỹ thuật PCR (Polymerase Chain Reaction) là một phƣơng pháp in vitro để tổng hợp DNA dựa trên khuôn là một trình tự đích DNA ban đầu, khuếch đại, nhân số lƣợng bản sao của khuôn này thành hàng triệu bản sao nhờ hoạt động của enzyme polymerase và một cặp primer đặc hiệu cho đoạn DNA này. Hiện nay, kỹ thuật này đƣợc sử dụng rộng rãi để phát hiện, tạo ra các đột biến gen, chuẩn đoán bệnh, biện pháp cắt mầm bệnh trên ngƣời, vật nuôi và thực phẩm. Phản ứng PCR gồm nhiều chu kỳ lặp lại nối tiếp nhau. Mỗi chu kỳ gồm ba bƣớc nhƣ sau: Bƣớc 1 (tách sợi đơn DNA, denaturation): ở điều kiện nhiệt độ cao phân tử DNA từ mạch đôi tách ra thành dạng mạch đơn, thƣờng là 94oC – 95oC trong vòng 30 giây – 4 phút. Bƣớc 2 (bƣớc lai, anealation): trong bƣớc này, ở nhiệt độ hơn Tm (nhiệt độ nóng chảy) của các primer cho phép các mồi bắt cặp với mạch khuôn. Trong thực nghiệm nhiệt độ này dao động trong khoảng 40oC – 70oC tuỳ thuộc Tm của các mồi sử dụng và kéo dài từ 30 – 60 giây tuỳ thuộc vào kích thƣớc sản phẩm khuếch đại. Bƣớc 3 (bƣớc kéo dài, elongation): dƣới tác động của DNA polymerase, các nucleoid lần lƣợt gắn vào mồi theo nguyên tắc bổ sung với mạch khuôn. Mạch mới đƣợc tạo thành từ mồi đƣợc nối dài. Nhiệt độ phản ứng là 72oC. Trong phản ứng PCR một chu kỳ bao gồm 3 bƣớc trên sẽ đƣợc lập lại nhiều lần, làm gia tăng số lƣợng sản phẩm theo cấp số nhân. Theo tính toán sau 30 đến 40 chu kỳ, sự khuếch đại sẽ cho ra khoảng 106 bản sao. Sau phản ứng PCR, các DNA sản phẩm đƣợc nhuộm bởi Ethidium Bromide và có thể quan sát thấy thông qua việc điện di sản phẩm PCR trong gel agarose và quan sát dƣới tia UV (bƣớc sóng 312nm). 2.8.2. Yêu cầu cần thiết trong phản ứng PCR - DNA khuôn dùng trong phản ứng PCR phải thật tinh sạch. - Enzyme thƣờng đƣợc sử dụng hiện nay là Tag polymerase tách chiết từ vi - khuẩn suối nƣớc nóng Thermus aquaticus, có khả năng chịu nhiệt cao. - Việc thiết kế và chọn primer phải đáp ứng đủ các yêu cầu sau:Trình tự của 15 - primer đƣợc chọn sao cho không có sự bắt cặp bổ sung giữa primer “xuôi” và primer “ngƣợc”. - “Nhiệt độ nóng chảy” (Tm) của primer xuôi và primer ngƣợc không đƣợc cách biệt quá xa - Các pimer phải đặt trƣng cho trình tự DNA cần khuếch đại. - Trình tự nằm giữa hai primer xuôi và ngƣợc không quá lớn, phản ứng PCR tối ƣu nhất cho những trình tự nhỏ hơn 1kb. 2.8.3. Các ứng dụng của phƣơng pháp PCR Trong lĩnh vực công nghệ sinh học, kỹ thuật PCR đƣợc sử dụng trong việc lập bản đồ gen, dòng hoá gen, giải trình tự DNA và phát hiện gen, các khảo sát trong pháp y, trong điều tra hoạt tính di truyền, trong khảo cổ học thì giúp khuếch đại những đọan DNA ủa những sinh vật đã tuyệt chủng nhƣ: khủng long, voi mamut…và những hóa thạch khác.Và gần đây là đóng góp vào việc giải mã bộ gen ngƣời, đƣợc xem là thành tựu mang tính lịch sử. Do vậy, ƣu điểm của công cụ PCR là khả năng khuếch đại chính xác một trình tự DNA mong muốn với một lƣợng lớn. Hiện nay, phƣơng pháp PCR còn đƣợc sử dụng trong phát hiện các virus, vi khuẩn gây bệnh cho ngƣời và động vật cũng nhƣ việc kiểm nghiệm vi sinh gây bệnh trong thực phẩm, mỹ phẩm, trong nƣớc. Ở các nƣớc phát triển, PCR đã đƣợc sử dụng rộng rãi nhƣ công cụ chuẩn đoán trong y học để phát hiện những bệnh di truyền, đƣợc sử dụng trong điều tra tội phạm để xác định những ngƣời bị tình nghi ở cấp độ phân tử, đƣợc sử dụng trong xác địnhquan hệ quyết thống và là một công cụ hữu hiệu trong việc giải trình tự các bộ gen ngƣời. 2.8.4. Những hạn chế của phƣơng pháp PCR - Trừ vài trƣờng hợp rất cá biệt, phƣơng pháp PCR không hoạt động đƣợc với những đoạn DNA lớn hơn 3 kb. Việc sử dụng PCR đối với các độ dài dƣới 1,5 kb cho kết quả tốt. - Ỵếu tố ngoại nhiễm lớn nhất thƣờng là các sản phẩm khuếch đại của những lần thao tác trƣớc. - Các công đoạn thao tác khác nhau nhƣ thiết lặp phản ứng PCR và phân tích các sản phẩm khuếch đại phải đƣợc tiến hành ở các địa điểm cách xa nhau. 16 - Micropipette không sử dụng vào các thao tác khác. Đầu tip sử dụng với micropipette phải có lớp lọc tránh sự nhiễm đầu micropipette bởi các phân tử khuếch đại khi hút dung dịch phản ứng. - Dùng tia tử ngoại để loại bỏ các phân tử còn lại từ các lần khuếch đại trƣớc. - Sự sao chép bởi Taq polymerase cho tỷ lệ sai khá cao (cứ 10000 nucleotide thì enzyme gắn sai 1 nucleotid (Hồ Huỳnh Thuỳ Dƣơng, 1998)). 2.9.Kỹ thuật RFLP(Restriction Fragment length polymorphism) * Kỹ thuật RFLP(sự đa hình về chiều dài các đọan DNA cắt bởi các enzyme giới hạn). Đây là phƣơng pháp tạo nên các đọan cắt khác nhau trên band agarose và đƣợc ghi nhận trên gel bởi máy điện di, từng lòai có kích thƣớc riêng và đặc trƣng cho từng loài.Khi xử lý cùng một enzyme cắt cho các mẫu DNA khác nhau, những lòai khác nhau sẽ cho kích thƣớc band khác nhau trên gel tạo nên sự đa hình trong loài đó . Còn những loài khác nhau sẽ cho kích thƣớc band khác nhau. * Quy trình phƣơng pháp RFLP thông thƣờng: 1. Ly trích và tinh sạch DNA. 2. Thực hiện phản ứng cắt các mẫu DNA khác nhau trên cùng enzyme cắt. 3. Điện di và tiến hành phản ứng lai Southern blot. Trong thực tế, DNA của genome là rất lớn, nên khi cắt bởi enzyme và điện di Southern blot. Đây là môt kỹ thuật rất tốn kém và phức tạp. Do đó khi sự khác nhau trong trình tự của các loài lân cận chỉ xảy ra ở một vùng nào đó trong genome thì áp dụng kỹ thuật RFLP dựa trên PCR có thể đƣợc sử dụng phân biệt các sản phẩm PCR. Quy trình phƣơng pháp RFLP dựa trên PCR (phƣơng pháp RFLP-PCR): - Tách chiết DNA tổng số,tinh sạchDNA. - Thực hiện phản ứng PCR để khuếch đại trình tự đích. - Xử lý các sản phẩm PCR bằng enzyme cắt giới hạn. - Phân tích trên gel các sản phẩm PCR đã đƣợc cắt. Ƣu điểm của phƣơng pháp RFLP-PCR so với phƣơng pháp RFLP thông thƣờng: - Đơn giản, dễ thực hiện . - Cần lƣợng nguyên liệu DNA ít. - Có thể đọc đƣợc kết quả trực tiếp bằng mắt thông qua điện di trên gel. 17 - Không cần phải sử dụng các đầu dò phức tạp và tốn kém. - Khi đọc kết quả dùng ánh sáng huỳnh quang thay cho chất phóng xạ. 2.10.Giải trình tự bằng máy đọc tự động Ở đây, chúng tôi tiến hành giải trình tự trực tiếp từ sản phẩm PCR bằng máy đọc trình tự tự động ABI PRISM 3100 của công ty AB (Applied Bioscience). Máy hoạt động dựa trên nguyên tắc của Sanger nhƣng có một số cải biên. Trong kỹ thuật này ngƣời ta không đánh dấu bằng các đồng vị phóng

Các file đính kèm theo tài liệu này:

  • pdfTRAN NHU NGOC - 02126070.pdf
Luận văn liên quan