Luận án Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (lutraria rhynchaena, jonas 1844) theo hướng tăng trưởng

ng W., Armani A. (2017), "Seafood Identification in Multispecies Products: Assessment of 16SrRNA, cytb, and COI Universal Primers’ Efficiency as a Preliminary Analytical Step for Setting up Metabarcoding Next-Generation Sequencing Techniques", J. Agric. Food Chemitry, 65(12), pp. 2902-2912. Grabherr M. G., Haas B. J., Yassour M., Levin J. Z., Thompson D. A., Regev A. (2011), "Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome", Nat Biotechnol, 29(7), pp. 644-652. Groves R., Fowler F., Couper M., Lepkowski M., Singer E., Tourangeau R. (2004), Survey Methodology, Wiley-Interscience. Guindon S., Dufayard J. F., Lefort V., Anisimova M., Hordijk W., Gascuel O. (2010), "New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0", Systematic Biology, 59(3), pp. 307-321. Günther B., Raupach M. J., Knebelsberger T. (2017), "Full-length and mini-length DNA barcoding for the identification of seafood commercially traded in Germany", Food Control, 73, pp. 922-929. Gutierrez A. P., Matika O., Bean T. P., Houston R. D., (2018), “Genomic Selection for Growth Traits in Pacific Oyster (Crassostrea gigas): Potential of Low-Density Marker Panels for Breeding Value Prediction”, Front Genet, 19(9), pp. 391. Hall T. A. (1999), "BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis", Nucleic Acids Symposium Series, 41(8). Hao D. M., Sy D. T., Tuyet D. T. A., Hiep L. M., Dat N. T., Van Q. N. (2020), "Distribution and density of Lutraria rhynchaena Jonas, 1844 relate to sediment while reproduction shows multiple peaks per year in Cat Ba-Ha Long Bay, Vietnam", Open Life Sci, 15(1), pp. 721-734. Hebert P. D., Cywinska A., Ball S. L., DeWaard J. R. (2003), "Biological identifications through DNA barcodes", Proc Biol Sci, 270(1512), pp. 313-321. Hetzel D. J. S., Crocos P. J., Davis G. P., Moore S. S., Preston N. C. (2000), “Response to section and heritability for growth in the Kuruma prawn”, Aquaculture, 181, pp. 215-223. Holt C., Yandell M. (2011), "MAKER2: an annotation pipeline and genome-database management tool for second-generation genome projects", BMC Bioinformatics, 12(1), pp. 491. Hook P. W., Timp W. (2023), “Beyond assembly: the increasing flexibility of single-molecule sequencing technology”, Nature reviews genetics, 13, pp. 256-268. Jones P., Binns D., Chang H. Y., Fraser M., Li W., . Hunter S. (2014), "InterProScan 5: genome-scale protein function classification", Bioinformatics, 30(9), pp. 1236-1240. Kagaya Y., Minei R., Duong T. T H., Le T. N. B., Dang T. L., Tran T. H. T., , Kim T. P. O., (2020), Metagenome Sequences from the Environment of Diseased Otter Clams, Lutraria rhynchaena, from a Farm in Vietnam, Microbiol Resour Announc, 9(2), e01068-19. Katoh K., Standley D. M. (2013), "MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability", Mol Biol Evol, 30(4), pp. 772-780. Kemppainen P., Knight C. G., Sarma D. K., Hlaing T., Prakash A., Walton C. (2015), "Linkage disequilibrium network analysis (LDna) gives a global view of chromosomal inversions, local adaptation and geographic structure", Mol Ecol Resour, 15, pp. 1031-1045. Kocot K. M., Cannon J. T., Todt C., Citarella M. R., Kohn A. B., Halanych K. M. (2011), "Phylogenomics reveals deep molluscan relationships", Nature, 477(7365), pp. 452-456. Kong N., Li Q., Yu H., Kong L. F. (2015), "Heritability estimates for growth‐related traits in the Pacific oyster (Crassostrea gigas) using a molecular pedigree", Aquaculture research, 46(2), pp. 499-508. Korf I. (2004), "Gene finding in novel genomes", BMC Bioinformatics, 5, 59. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. (2018), "MEGAX: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms", Mol Biol Evol, 35(6), pp. 1547-1549. Lander E. S. (1996), “The new genomics: global views of biology”, Science, 274(5287), pp. 536-539. Langmead B., Salzberg S. L. (2012), "Fast gapped-read alignment with Bowtie 2", Nature Methods, 9(4), pp. 357-359. Li C., Liu X., Liu B., Ma B., Liu F., Liu G., . . . Wang C. (2018), "Draft genome of the Peruvian scallop Argopecten purpuratus", Gigascience, 7(4). Li H. (2011), "A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data", Bioinformatics, 27(21), pp. 2987-2993. Li H., Durbin R. (2009), "Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform", Bioinformatics, 25(14), pp. 1754-1760. Li H., Handsaker B., Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., . . . Genome Project Data Processing S. (2009), "The Sequence Alignment/Map format and SAMtools", Bioinformatics (Oxford, England), 25(16), pp. 2078-2079. Li Y., Sun X., Hu X., Xun X., Zhang J., . . . Bao Z. (2017), "Scallop genome reveals molecular adaptations to semi-sessile life and neurotoxins", Nature Communications, 8(1), pp. 1721. Liu B., Shi Y., Yuan J., Hu X., Zhang H., Li N., , Fan W. (2013), "Estimation of genomic characteristics by analyzing k-mer frequency in de novo genome projects", arXiv.org, pp. 2012v2. Liu J., Zhang H. (2018), "DNA barcoding for species identification in deep-sea clams (Mollusca: Bivalvia: Vesicomyidae)", Mitochondrial DNA A DNA Mapp Seq Anal, 29(8), pp. 1165-1173. Liu Z. (2007), Single nucleotide polymorphism (SNP), Aquaculture Genome Technologies, Blackwell, USA: 59-72. Liu Z., Cordes J. (2004), “DNA marker technologies and their applications in aquaculture genetics”, Aquaculture, 238, pp. 1-37. Loman N. J., Misra R. V., Dallman T. J., Constantinidou C., GharbiaS. E., Wain J., Pallen M. J. (2012), “Performance comparison of benchtop high-throughput sequencing platforms”, Nat Biotechnol, 30, pp. 434-439. Luo L., Huang R., Zhang A., Yang C., Chen L., . . . Wang Y. (2018), "Selection of growth-related genes and dominant genotypes in transgenic Yellow River carp Cyprinus carpio L.", Funct Integr Genomics, 18(4), pp. 425-437. Marçais G., Kingsford C. (2011), "A fast, lock-free approach for efficient parallel counting of occurrences of k-mers", Bioinformatics, 27(6), pp. 764-770. Mardis E. R. (2008), “The impact of next-generation sequencing technology on genetics”, Trends Genet., 24, pp. 133-141. Minh B. Q., Nguyen M. A., Von Haeseler A. (2013), "Ultrafast approximation for phylogenetic bootstrap", Mol Biol Evol, 30(5), pp. 1188-1195. Mun S., Kim Y. J., Markkandan K., Shin W., Oh S., Woo J., . . . Han K. (2017), "The Whole-Genome and Transcriptome of the Manila Clam (Ruditapes philippinarum)", Genome Biol Evol, 9(6), pp. 1487-1498. Murgarella M., Puiu D., Novoa B., Figueras A., Posada D. and Canchaya C. (2016), "A First Insight into the Genome of the Filter-Feeder Mussel Mytilus galloprovincialis", PloS one, 11(3), e0151561-e0151561. Nguyen L. T., Schmidt H. A., Von Haeseler A., Minh B. Q. (2015), "IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies", Mol Biol Evol, 32(1), pp. 268-274. Ning X., Li X., Wang J., Zhang X., Kong L., Bao Z. (2019), "Genome-wide association study reveals E2F3 as the candidate gene for scallop growth", Aquaculture, 511, 734216. Parrondo M., López S., Aparicio-Valencia A., Fueyo A., Quintanilla-García P., Arias A., Borrell Y. J. (2021), "Almost never you get what you pay for: Widespread mislabeling of commercial “zamburiñas” in northern Spain", Food Control, 120, 107541. Porter T. M., Hajibabaei M., (2018), "Scaling up: A guide to high-throughput genomic approaches for biodiversity analysis" Mol Ecol, 27, pp. 313-338. Peterson B. K., Weber J. N., Kay E. H., Fisher H. S., Hoekstra H. E. (2012), "Double digest RADseq: an inexpensive method for de novo SNP discovery and genotyping in model and non-model species", PLoS One, 7(5), e37135. Plant Working Group CBOL (2009), "A DNA barcoding for land plants", Proc Natl Acad Sci U.S.A, 106(31), pp. 12794-12797. Ponder W. F., Lindberg D. R., Ponder J. M. (2020), Gastropoda II- Caenogastropoda, Biology and Evolution of the Mollusca, Vol. 2, CRC Press, Boca Raton. Poland J. A., Brown P. J., Sorrells M. E., and Jannink J. L. (2012), "Development of high-density genetic maps for barley and wheat using a novel two-enzyme genotyping-by-sequencing approach", PLoS One, 7(2), e32253. Poplin R., Rubio V. R., DePristo M. A., Fennell T. J., Carneiro M. O., .., Banks E., (2018), “Scaling accurate genetic variant discovery to tens of thousands of samples”, BioRxiv, 24. Powell D., Subramanian S., Suwansa-Ard S., Zhao M., O'Connor W., Raftos D., Elizur A. (2018), "The genome of the oyster Saccostrea offers insight into the environmental resilience of bivalves", DNA Res, 25(6), pp. 655-665. Price A. L., Jones N. C., Pevzner P. A. (2005), "De novo identification of repeat families in large genomes", Bioinformatics, 21 (1), pp. 351-358. Prudence M., Moal J., Boudry P., Daniel J. Y., Quéré C., ... Huvet A. (2006), "An amylase gene polymorphism is associated with growth differences in the Pacific cupped oyster Crassostrea gigas", Anim Genet, 37(4), pp. 348-351. Puillandre N., Strong E. E., Bouchet P., Boisselier M. C., Couloux A., Samadi S. (2009), "Identifying gastropod spawn from DNA barcodes: possible but not yet practicable", Mol Ecol Resour, 9(5), pp. 1311-1321. Qi H., Song K., Li C., Wang W., Li B., Li L., Zhang G. (2017), "Construction and evaluation of a high-density SNP array for the Pacific oyster (Crassostrea gigas)", PloS one, 12(3), e0174007-e0174007. Qiang F. U., Hui H. G., Liying F., Xue L., . . . B., Z. (2016), "Association of myostatin Variants with Growth Traits of Zhikong Scallop (Chlamys farreri)", Oceanic and Coastal Sea Research, Vol. 15, pp. 145-151. Quail M. A., Smith M., Coupland P., Otto T. D., Harris S. R., Connor T. R., Bertoni A., Swerdlow H. P., Gu Y. (2012), “A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion Torrent, Pacific Biosciences and Illumina MiSeq sequencers”, BMC Genomics, 13, pp. 341. Quevillon E., Silventoinen V., Pillai S., Harte N., Mulder N., Apweiler R., Lopez R. (2005), "InterProScan: protein domains identifier", Nucleic Acids Res, 33, pp. 116-120. Ramirez J. L., Rosas-Puchuri U., Cañedo R. M., Alfaro-Shigueto J., Ayon P., Zelada-Mázmela E., , VelezZuazo X. (2020), "DNA Barcoding in the Southeast Pacific Marine Realm: Low Coverage and Geographic Representation despite High Diversity", PLoS ONE, 15(12), e0244323. Ran K., Li Q., Qi L., Li W., Kong L. (2020), "DNA barcoding for identification of marine gastropod species from Hainan island China", Fisheries Research, 225, 105504. Ratnasingham S., Hebert P. D. N. (2007), “BOLD: The Barcode ofLife Data System (www.barcodinglife.org)”, Mol. Ecol. Notes, 7, pp. 355-364. Razak N. F. A., Supramaniam C. V., Zieritz A. (2019), “A dichotomous PCR–RFLP identification key for the freshwater mussels (Bivalvia: Unionida) of Peninsular Malaysia”, Conservation Genetics Resources, 11, pp. 457-464. Ren L., Li Y., Fu H., Zhang F., Yang B., . . . Liu S. (2021), "A regulatory variant of tryptophan hydroxylase gene modulates transcription activity and biases growth rate in the Pacific oyster, Crassostrea gigas", Aquaculture, 542. Renaut S., Guerra D., Hoeh W. R., Stewart D. T., Bogan A. E., . . . Breton S. (2018), "Genome Survey of the Freshwater Mussel Venustaconcha ellipsiformis (Bivalvia: Unionida) Using a Hybrid De Novo Assembly Approach", Genome Biol Evol, 10(7), pp. 1637-1646. Roach M. J., Schmidt S. A., and Borneman A. R. (2018), “Purge Haplotigs: allelic contig reassignment for third-gen diploid genome assemblies”, BMC Bioinf., 19 (1), pp. 460. Rochette N. C., Rivera-Colón A. G., Catchen J. M. (2019), "Stacks 2: Analytical methods for paired-end sequencing improve RADseq-based population genomics", Molecular ecology, 28(21), pp. 18. Salem M., Vallejo R. L., Leeds T. D., Palti Y., Liu S., . . . Yao J. (2012), "RNA-Seq identifies SNP markers for growth traits in rainbow trout", PLoS One, 7(5), e36264. Sauvage C., Bierne N., Lapègue S., Boudry P. (2007), "Single Nucleotide polymorphisms and their relationship to codon usage bias in the Pacific oyster Crassostrea gigas", Gene, 406(1-2), pp. 13-22. Seitz R. D., Lipcius R. N., Hines A. H., Eggleston D. B., (2001), "Density-dependent predation, habitat variation, and the persistence of marine bivalve prey", Ecology, 82(9), pp. 2435-2451. Setiamarga D. (2019), "DNA barcoding study of shelled gastropods in the intertidal rocky coasts of central wakayama prefecture, japan, using two gene markers", International Journal of geomate, 17. Simão F. A., Waterhouse R. M., Ioannidis P., Kriventseva E. V., Zdobnov E. M. (2015), "BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs", Bioinformatics, 31(19), pp. 3210-3212. Simmons M. P., Zhang L. B., Webb C. T., Müller K. (2007), “A penalty of using anonymous dominant markers (AFLPs, ISSRs, and RAPDs) for phylogenetic inference”, Mol Phylogenet Evol, 42(2), pp. 528-542. Skibinski D. O. F., Cross T. F., Ahmad M., (1980), "Electrophoretic investigation of systematic relationships in the marine mussels Modiolus modiolus L., Mytilus edulis L., and Mytilus galloprovincialis (Mytilidae; Mollusca)"". Biol. J. Linn Soc., 13(1), pp. 65-73. Smit A., Hubley R. (2019), RepeatModeler-1.0. 11, Institute for Sys-tems Biology. Smit A., Hubley R., Green, P. (2018), “2013–2015. RepeatMasker Open-4.0. 2013”. Song Y. S., Kim J. K., (2020), “Molecular phylogeny and classification of the family Myxinidae (Cyclostomata: Myxiniformes) using the supermatrix method”, Journal of Asia-Pacific Biodiversity, 13(4), pp. 533-538. Stackebrandt E., Ebers J. (2006), "Taxonomic parameters revisited: Tarnished gold standards", Microbiol Today, 8, pp. 6-9. Stanke M., Keller O., Gunduz I., Hayes A., Waack S., Morgenstern B. (2006), "AUGUSTUS: ab initio prediction of alternative transcripts", Nucleic Acids Res, 34, pp. 435-439. Sun J., Zhang Y., Xu T., Zhang Y., Mu H., . . . Qian P. Y. (2017), "Adaptation to deep-sea chemosynthetic environments as revealed by mussel genomes", Nature Ecology and Evolution, 1(5), pp. 1-21. Sun Y., Li Q., Kong L., Zheng X. (2012), "DNA barcoding of Caenogastropoda along coast of China based on the COI gene", Mol. Ecol. Resour., 12(2), pp. 209–218. Szulkin M., Bierne N., David P. (2010), "Heterozygosity-fitness correlations: a time for reappraisal", In Evolution, 64, pp. 1202-1217. Taberlet P., Coissac E., Pompanon F., Gielly L., Miquel A., Willerslev E, (2007), "Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding", Nu. Aci. Res., 35, pp. e14-21. Tajes J. F., Angeles L., Gil G. J., Chiu Y. W., Huang Y. S., Méndez J., Lee R. S. (2011), “Alternative PCR–RFLP methods for mussel Mytilus species identification”, Eur Food Res Technol, 233, pp. 791-796. Takeuchi T., Kawashima T., Koyanagi R., Gyoja F., Tanaka M., . . . Satoh N. (2012), "Draft genome of the pearl oyster Pinctada fucata: a platform for understanding bivalve biology", DNA Res, 19(2), pp. 117-130. Tamayo D., Ibarrola I., Urrutia M. B., Navarro E. (2011), "The physiological basis for inter-individual growth variability in the spat of clams (Ruditapes philippinarum)", Aquaculture, 321, pp.113-120. Thai B. T., Tan M. H., Lee Y. P., Gan H. M., Tran T. T., Austin C. M. (2016), "Characterisation of 12 microsatellite loci in the Vietnamese commercial clam Lutraria rhynchaena, Jonas 1844 (Heterodonta: Bivalvia: Mactridae) through next-generation sequencing", Mol Biol Rep, 43(5), pp. 391-396. Thung D. C., Ngai N. D., Thao D. V., Sinh N. V., Dong D. M. (2019), "Marine biodiversity in Ha Long Bay and Cat Ba archipelago, Vietnam", J Marine Sci Technol, 19, pp. 363-369. Toonen R. J., Puritz J. B., Forsman Z. H., Whitney J. L., Fernandez-Silva I., Bird C. E. (2013), "ezRAD: a simplified method for genomic genotyping in non-model organisms", PeerJ, 1, e203. Trisysani N., Rahayu D. A. (2020), "DNA barcoding of razor clam Solen spp. (Solinidae, Bivalva) in Indonesian beaches", Biodiversitas, 21(2), pp. 478-484. Trivedi S., Affan R., Alessa A., Ansari A., Dhar B., Ghosh S. (2014), "DNA Barcoding of Red Sea Fishes from Saudi Arabia - The first approach", DNA Barcodes, 2, pp. 17-20. Trivedi S., Ghosh S., Choudhury A. (2012), "Mitochondrial DNA sequence of Cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) region of an oyster Crassostrea cuttakensis collected from Sunderbans", J. Environ and Sociobiol, 6, pp. 54-67. Trivedi S., Ghosh S., Choudhury A. (2011), "Cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) Sequence of Macrobrachium rosenbergii collected from Sunderbans, India", J. Environ and Sociobiol., 8, pp. 169 -172. Uliano-Silva M., Dondero, F., Dan Otto T., Costa I., Lima N. C. B., Rebelo M. F. (2018), "A hybrid-hierarchical genome assembly strategy to sequence the invasive golden mussel, Limnoperna fortunei", Gigascience, 7(2), gix128. Verrmeulen J. J., Anker K., (2017), "Outstanding global values in geology and environment in Cat Ba archipelago and Ha Long bay", Proceedings of the Biodiversity Conservation Solutions in Ha Long bay and Cat Ba archipelago, IUCN Vietnam, pp. 16-23. Vurture G. W., Sedlazeck F. J., Nattestad M., Underwood C. J., Fang H., Schatz M. C. (2017), "GenomeScope: fast reference-free genome profiling from short reads", Bioinformatics, 33(14), pp. 2202-2204. Wang S., Zhang J., Jiao W., Li J., Xun X., . . Bao Z. (2017), "Scallop genome provides insights into evolution of bilaterian karyotype and development", Nat Ecol Evol, 1(5), pp. 120. Wang S., Meyer E., McKay J. K., and Matz M. V. (2012), "2b-RAD: a simple and flexible method for genome-wide genotyping", Nature methods, 9, pp. 808-810. Ward R. D., Holmes B. H., and O'Hara T. D. (2008), "DNA barcoding discriminates echinoderm species", Mol Ecol Resour, 8(6), pp. 1202-1211. Wu T. D., and Watanabe C. K. (2005), "GMAP: a genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences", Bioinformatics, 21(9), pp. 1859-1875. Yang C., Li Q., Zhang A. (2020), "Sixteen Years of DNA Barcoding in China: What Has Been Done? What Can Be Done?", Front. Ecol. Evol., 8, pp. 1-13. Yang F., Ding F., Chen H., He M., Zhu S., . . . Li H. (2018), "DNA Barcoding for the Identification and Authentication of Animal Species in Traditional Medicine", Evid Based Complement Alternat Med, 2018, 5160254. Zhang G., Fang X., Guo, X., Li, L., Luo R., Wang J. (2012), "The oyster genome reveals stress adaptation and complexity of shell formation", Nature, 490, pp. 49-54. Zimin A. V., Marçais G., Puiu, D., Roberts M., Salzberg S. L. and Yorke J. A. (2013), "The MaSuRCA genome assembler", Bioinformatics, 29(21), pp. 2669-2677. Zou S., Li Q., Kong L., Yu H., Zheng X. (2011), "Comparing the usefulness of distance, monophyly and character-based DNA barcoding methods in species identification: a case study of neogastropoda", PLoS One, 6(10), e26619. PHỤ LỤC PHỤ LỤC 1. TỌA ĐỘ CÁC ĐIỂM KHẢO SÁT HIỆN TRẠNG NGUỒN LỢI TU HÀI TỰ NHIÊN TẠI VÂN ĐỒN Điểm Kinh độ Vĩ độ Điểm Kinh độ Vĩ độ CR1 107o26’23.5” E 21o02’47.9” N NV1 107o20’33.4” E 21o54’22.2” N CR2 107o26’8.6” E 21o02’48.3” N NV2 107o21’41.4” E 21o53’38.5” N CR3 107o26’36.5” E 21o03’6.9” N NV3 107o20’19.8” E 21o53’44.2” N CR4 107o26’54.1” E 21o01’15.5” N NV4 107o20’19.7” E 21o51’39.2” N CR5 107o27’15.6” E 21o00’43.3” N NV5 107o21’6.3” E 21o51’10.4” N TL1 107o21’25.3” E 21o57’49.5” N ĐX1 107o25’10.7” E 21o02’11.9” N TL2 107o19’43.2” E 21o57’30.7” N ĐX2 107o24’22.7” E 21o01’17.3” N TL3 107o17’23.8” E 21o55’12.0” N ĐX3 107o25’13.6” E 21o00’12.9” N TL4 107o18’3.5” E 21o54’24.5” N ĐX4 107o23’58.7” E 20o59’45” N TL5 107o17’30.8” E 21o53’36.6” N ĐX5 107o23’54.5” E 20o58’46.6” N HL1 107o30’34.8” E 21o05’42.3” N QL1 107o23’59.8” E 21o54’26” N HL2 107o29’11.1” E 21o04’32.7” N QL2 107o26’16.2” E 21o55’50.4” N HL3 107o30’26.5” E 21o04’47.7” N QL3 107o27’38.2” E 21o58’9.2” N HL4 107o29’23.9” E 21o02’51.3” N QL4 107o27’42.9” E 21o58’39.7” N HL5 107o31’53.7” E 21o02’45.0” N QL5 107o26’44.5” E 21o00’0.3” N BS1 107o26’27.2” E 21o17’54.9” N ĐK1 107o23’18.2” E 21o06’28.0” N BS2 107o26’28.3” E 21o00’30.0” N ĐK2 107o23’6.3” E 21o06’01” N BS3 107o25’50” E 20o59’25.0” N ĐK3 107o26’36.5” E 21o03’6.9” N BS4 107o27’29” E 20o58’14.3” N ĐK4 107o22’46” E 20o59’18” N BS5 107o24’59.0” E 20o54’56.0” N ĐK5 107o22’55.0” E 20o58’16.8” N Ghi chú: CR: Thị trấn Cái Rồng; TL: xã Thắng Lợi; HL: xã Hạ Long; BS: xã Bản Sen NV: xã Ngọc Vừng; ĐX: xã Đống Xá; QL: xã Quan Lạn; ĐK: xã Đoàn Kết PHỤ LỤC 2. MẪU PHIẾU ĐIỀU TRA KHẢO SÁT HIỆN TRẠNG NGHỀ NUÔI TU HÀI PHIẾU ĐIỀU TRA KHẢO SÁT HIỆN TRẠNG NGHỀ NUÔI TU HÀI A. Thông tin hộ/người được điều tra 1. Họ và tên:........ Giới tính: .. tuổi: .. 2. Địa chỉ: .. 3. Công việc tham gia nghề nuôi trồng thủy sản Sản xuất giống Nuôi thương phẩm Khai thác tự nhiên Khác 4. Thời gian tham gia nghề nuôi: . năm, từ ..../ đến ./... 5. Tổng diện tích mặt nước nuôi trồng thủy sản:..ha (hoặc m2). 6. Đối tượng nuôi chính: Tu hài Ngao giá Hầu ốc hương Nuôi kết hợp 7. Số thành viên trong gia đình: . Số lao động chính: Số lao động phụ:. 8. Tổng thu nhập trong năm: ..(triệu đồng) Nguồn thu nhập chính: 9. Anh chị đã từng nuôi tu hài hay chưa? Đã từng nuôi Chưa nuôi Đang nuôi 10. Kinh nghiệm nghề nuôi tu hài:.. năm, từ ./... đến ./ (Anh/chị đang tham gia nuôi tu hài vui lòng tiếp tục trả lời thông tin ở phần sau) B. Thông tin nghề nuôi tu hài 1. Diện tích nuôi tu hài: ha (hoặc m2). 2. Hình thức nuôi tu hài: Nuôi lồng treo Nuôi lồng thả bãi triều Nuôi vây bãi triều 3. Tổng số bè nuôi:... Số lồng nuôi: .. lồng 4. Số vụ nuôi trong năm: 5. Nền đáy vị trí thả nuôi: Cát Bùn pha cát Cát pha vỏ nhuyễn thể Khác 6. Vốn đầu tư/ha:.. triệu đồng. Nguồn vốn tự có Nguồn vốn đi vay 7. Thông tin về hạng mục đầu tư: C. Thông tin về con giống: 1. Con giống anh chị nuôi thương phẩm có nguồn gốc: Nguồn gốc từ khai thác tự nhiên Nguồn gốc từ các trại sản xuất con giống trong tỉnh Nguồn gốc từ các trại sản xuất giống ngoài tỉnh Mua từ các lái buôn mang đến 2. Lượng con giống có đủ cung cấp theo nhu cầu của anh chị hay không? Đủ cung cấp Không đủ Không có 3. Nguồn con giống có được kiểm tra chất lượng trước khi thả hay không? Có Không 4. Hình thức kiểm tra: . 5. Chất lượng con giống: Tốt Trung bình Kém Không biết 6. Kích cỡ con giống thả nuôi: .. Giá thành:đồng/con 7. Mật độ thả giống Nuôi treo lồng: . Nuôi lồng thả bãi triều:. 8. Thời vụ thả giống trong năm: . 9. Trong thời gian nuôi anh chị có thường xuyên kiểm tra hay không? Thường xuyên kiểm tra Ít kiểm tra Không kiểm tra D. Thông tin về dịch bệnh, môi trường nuôi 1. Môi trường nước mà anh chị nuôi có bị ô nhiễm hay không? Có Không Không đánh giá được 2. Nhiệt độ môi trường nước: Nhiệt độ cao nhất từ tháng/. đến tháng./.. Nhiệt độ thấp nhất:.. từ tháng/. đến tháng./.. 3. Độ mặn của nước: Cao nhất từ tháng/. đến tháng./.. Thấp nhất:.. từ tháng/. đến tháng./.. 4. Trong quá trình nuôi có xảy ra dịch bệnh hay không Không xảy ra Ít xảy ra Thường xuyên xảy ra Nếu có, Bệnh xuất hiện:. Nguyên nhân xảy ra:. Năm xảy raThời gian bệnh xuất hiện Biểu hiện của bệnh lý:... Biện pháp mà anh chị xử lý:. Hiệu quả xử lý bệnh dịch:. Tỷ lệ chết, mức độ thiệt hại: Tỷ lệ chết:. %, Giá trị thiệt hại:triệu đồng E. Thông tin về thu hoạch và thị trường tiêu thụ: 1. Kích cỡ, năng suất và sản lượng tu hài thương phẩm Kích cỡ thương phẩm: con/kg, Khối lượng trung bình:con/g Sản lượng thu hoạch: kg Năng suất TB:..tấn/ha, Cao nhất:.. tấn/ha, Thấp nhất: .tấn/ha. Thời gian thả nuôi: tháng. 2. Khả năng tiêu thụ trên thị trường: Dễ bán Khó bán 3. Giá bình quân: đồng/kg 4. Trung bình anh chị cung cấp cho thị trường trung bình:.tấn/năm 5. Mức độ hài lòng của anh chị về giá cả và thị trường tiêu thụ: Rất hài lòng Hài lòng Không hài lòng F. Một số quan điểm của người được điều tra 1. Khó khăn mà anh chị gặp phải trong quá trình nuôi tu hài A. Thiếu kỹ thuật NTTS B. Thiếu vốn C. Thị trường không ổn định D. Do dịch bệnh E. Thiếu nguồn giống chất lượng F. Môi trường nuôi không đảm bảo G. Nguyên nhân khác 2. Anh chị có nhu cầu mong muốn được giúp đỡ về: A. Con giống B. Nguồn vốn đầu tư C. Kỹ thuật nuôi D. Thị trường tiêu thụ 3. Trong thời gian tới anh chị có nhu cầu nào: A. Tăng diện tích nuôi tu hài B. Áp dụng tiến bộ KHKT vào nuôi C. Tăng thêm đối tượng nuôi D. Ý kiến khác:. 4. Anh chị có mong muốn gắn bó với nghề nuôi tu hài ? A. Mong muốn tiếp tục gắn bó B. Không muốn gắn bó 5. Mong muốn của anh chị với cơ quan quản lý nhà nước? A. Xây dựng quy hoạch vùng nuôi B. Quản lý chất lượng nguồn giống C. Tổ chức tập huấn kỹ thuật nghề nuôi D. Ý kiến khác:. 6. Anh/chị có góp ý gì để phát triển nghề nuôi tu hài bền vững tại Vân Đồn trong điều kiện hiện nay:. . Ngày . tháng năm . Người phỏng vấn/điều tra PHỤ LỤC 3. THU MẪU MÔ MÀNG ÁO VÀ MÔ TIÊU HÓA CỦA TU HÀI PHỤC VỤ THÍ NGHIỆM PHÂN TỬ PHỤ LỤC 4. KẾT QUẢ KHẢO SÁT NGUỒN LỢI TU HÀI TẠI VÂN ĐỒN Địa điểm khảo sát Tổng số mẫu (con) Tổng khối lượng (g) Mật độ (con/m2) Trữ lượng (g/m2) TT Cái Rồng 6 328,43 0,12 ± 0,03 6,5 ± 1,58 Xã Thắng Lợi 8 425,29 0,16 ± 0,02 8,5 ± 1,64 Xã Hạ Long 7 384,75 0,14 ± 0,02 7,7 ± 1,56 Xã Bản Sen 10 530,70 0,20 ± 0,03 10,6 ± 2,16 Xã Ngọc Vừng 9 475,96 0,18 ± 0,03 9,5 ± 1,68 Xã Đông Xá 6 331,94 0,12 ± 0,04 6,6 ± 1,54 Xã Quan Lạn 9 508,76 0,18 ± 0,02 10,2 ± 2,32 Xã Đoàn Kết 6 330,56 0,12 ± 0,02 6,6 ± 1,28 Trung bình 7,6 414,55 0,15 ± 0,03 8,30 ± 1,65 PHỤ LỤC 5. KẾT QUẢ KHẢO SÁT HIỆN TRẠNG NGHỀ NUÔI TU HÀI TẠI HUYỆN VÂN ĐỒN, TỈNH QUẢNG NINH NĂM 2019 Các chỉ tiêu Đặc điểm hiện trạng nghề nuôi tu hài tại Vân Đồn Tổng Cái Rồng Thắng Lợi Hạ Long Bản sen Ngọc Vừng Đông Xá Quan Lạn Đoàn Kết Số hộ 12/50 30/50 15/50 30/50 6/50 18/50 30/50 11/50 152/400 DT (ha) 15,5 47,5 18,5 36 8,5 24 42,5 16,5 209 S* (ha) 1,7 6,25 2,1 9,25 1,5 3,15 2,5 2,0 28,45 Số lồng 27.600 90.000 32.550 141.800 15.250 46.500 37.800 31.800 423.300 STB (ha/hộ) 1,29 1,56 1,23 1,2 1,42 1,34 1,41 1,5 1,38 S*TB(ha/hộ) 0,14 0,2 0,14 0,3 0,25 0,18 0,08 0,18 0,18 Ghi chú: DT: Tổng diện tích; S*: Tổng diện tích nuôi tu hài PHỤ LỤC 6. HIỆU QUẢ NGHỀ NUÔI TU HÀI TẠI HUYỆN VÂN ĐỒN, TỈNH QUẢNG NINH NĂM 2019 Chi phí nuôi trồng Đơn vị tính Số lượng Đơn giá (đồng) Thành tiền (đồng) Tổng chi 1.670.100.000 Bè treo lồng (khấu hao 30%) Chiếc 180 1.670.000 300.600.000 Lồng (khấu hao 30%) Chiếc 27.000 21.500 580.500.000 Cát m3 600 220.000 132.000.000 Giống Con 1.500.000 0,35 525.000.000 Nhân công Công 800 300.000 240.000.000 Chi khác Chuyến 12 2.000.000 24.000.000 Tổng thu 2.340.000.000 Tu hài thương phẩm Kg 23.400 100.000 2.340.000.000 Lợi nhuận/ha 669.900.000 Tỷ suất lợi nhuận (%) 28,62 PHỤ LỤC 7. KẾT QUẢ KHẢO SÁT ĐIỀU KIỆN MÔI TRƯỜNG NƯỚC BIỂN TẠI HUYỆN VÂN ĐỒN NĂM 2019 Các chỉ tiêu Cái Rồng Thắng Lợi Hạ Long Bản Sen Ngọc Vừng Đông Xá Quan Lạn Đoàn Kết Nhiệt độ 26,6 26,7 26,4 26,8 26,5 26,5 26,4 26,7 DO 5,6 5,7 5,6 5,8 6,1 5,9 5,7 5,8 pH 7,6 7,3 7,5 7,3 7,2 7,3 7,4 7,5 Độ mặn 28,3 28,4 28,2 29,5 29,7 28,6 28,7 29,2 Chất nền đáy (mm) 232 258 252 274 267 242 256 267 Ghi chú: Số liệu biểu diễn ở dạng trung bình PHỤ LỤC 8. ẢNH HƯỞNG CỦA ĐỘ MẶN ĐẾN SINH TRƯỞNG VÀ TỶ LỆ SỐNG CỦA TU HÀI Chỉ tiêu 1-90 ngày NT1 NT2 NT3 NT4 Tăng trưởng về khối lượng (g) KL thả (g/con) 8,24 ± 0,22a 8,32 ± 0,30a 8,35± 0,25b 8,46± 0,25b KL thu (g/con) 14,06 ±0,28a 16,68 ± 0,35a 19,25± 0,25b 22,14± 0,25b KL tăng thêm 5,82 ± 0,32a 8,36 ± 0,40a 10,90 ± 0,35b 13,24 ± 0,35b ADG (g/ngày) 0,064± 0,03a 0,092± 0,09a 0,121 ± 0,09b 0,152 ± 0,09b SGR (%/ngày) 0,59 ± 0,025a 0,77 ± 0,032a 0,94 ± 0,030b 1,06 ± 0,042b Tăng trưởng về kích thước (mm) L thả (mm/con) 24,74 ± 0,22a 24,55 ± 0,24a 24,45 ± 0,25b 24,45 ± 0,25b L thu (mm/con) 29,26 ± 0,25a 31,12 ± 0,32a 32,48 ±0,28b 38,48 ±0,28b L tăng thêm 4,52 ± 0,22a 6,57 ± 0,32a 8,03 ± 0,30b 14,03 ± 0,30b ADG (mm/ngày) 0,05 ± 0,03a 0,08 ± 0,06a 0,09 ± 0,05b 0,16 ± 0,04b SGR (%/ngày) 0,18 ± 0,032a 0,26 ± 0,036a 0,32 ± 0,035b 0,50 ± 0,032b Tỷ lệ sống của tu hài 13,4 ± 0,15a 24,5 ± 0,25b 75,5 ± 0,20a 85,0 ± 0,20b KL thu hoạch (g/con) 14,06 ±0,28a 16,68 ± 0,35b 19,25± 0,25b 22,14± 0,25b Ghi chú: Số liệu biểu diễn ở dạng trung bình ± sai số chuẩn. Các chữ cái giống nhau trong cùng một hàng chứng tỏ không khác biệt thống kê (p>0,05) PHỤ LỤC 9. KẾT QUẢ SO SÁNH TRÌNH TỰ GENE 16S rRNA CỦA LOÀI L. RHYNCHAENA VỚI CÁC LOÀI KHÁC TRONG CHI LUTRARIA BẰNG CHƯƠNG TRÌNH BIOEDIT PHỤ LỤC 10. KẾT QUẢ SO SÁNH TRÌNH TỰ GENE COI CỦA LOÀI L. RHYNCHAENA VỚI CÁC LOÀI KHÁC TRONG CHI LUTRARIA BẰNG CHƯƠNG TRÌNH BIOEDIT PHỤ LỤC 11. ĐẶC ĐIỂM CHÍNH CỦA BỘ GENE L. RHYCHAENA VÀ NHUYỄN THỂ HAI MẢNH VỎ ĐÃ ĐƯỢC CÔNG BỐ BỘ GEN Lớp Họ loài Kích thước Bộ gen (Gb) Số vùng gene Chiều dài vùng gene N50 (bp) Vùng dài nhất (bp) Vùng ngắn nhất (bp)* Công nghệ giải trình tự Nguồn trích dẫn Venerida Mactridae Lutraria rhynchaena 0,534 622 2.143.760 13.022.122 2.218 PE, ONT Tác giả, 2019 Veneridae Ruditapes philippinarum 2,561 223.851 48.447 572.939 500 PE, MP, TSLR (Mun et al., 2017) Arcida Arcidae Scapharca bringonii 0,884 1.026 44.995.656 55.667.740 2.698 PE, PB, ONT, Hi-C (Bai et al., 2019) Mytilida Mytilidae Bathymodiolus platifrons 1,658 65.662 343.341 2.790.175 292 PE, MP (Sun et al., 2017) Limnoperna fortunei 1,673 20.580 309.123 2.720.304 558 PE, MP, PB (Uliano-Silva et al., 2018) Modiolus philippinarum 2,629 74.573 100.161 715.382 205 PE, MP Sun et al. 2017 Mytilus galloprovosystemis 1,836 1.188.859 3.074 67.529 200 PE (Maria Murgarella et al., 2016) Mytilus galloprovincialis 1,600 1.590 2.651 265.528 200 PE Nguyen et al., 2014 Ostreida Ostreidae Crassostrea gigas 0,557 7.658 401.685 1.964.558 200 PE, MP, Fos (Zhang et al., 2012) Saccostrea glomerata 0,788 10.101 804.232 7.146.926 504 PE, MP, Hi-C (Powell et al., 2018) Pteriidae Pinctada fucata 0,972 1.562 59.032.463 104.615.532 1.737 PE, MP, BAC (Du et al., 2017) Pectinida Pectinidae Argopecten purpuratus 0,724 89.727 1.022.003 11.125.544 200 PE, MP, PB, 10X (Li et al., 2018) Chlamys farreri 0,874 92.847 711.029 6.573.047 200 PE, MP, PB (Li et al., 2017) Patinopecten yessoensis 0,987 82.658 803.631 7.498.238 200 PE, MP (Wang et al., 2017) Unionida Unionidae Venustaconcha ellipsiformis 1,590 371.427 6.657 313.274 1001 PE, MP, PB (Renaut et al., 2018) *Ghi chú: Giới hạn chiều dài 200 bp được sử dụng cho tất cả các vùng gene có kích thước nhỏ hơn; Đọc ngắn ghép nối bằng Illumina (Illumina Paired-end short reads – PE) Đọc ngắn ghép cặp bằng Illumina (Illumina Mate-pair short reads – PM) Đọc dài ghép cặp bằng (Pacific Biosciences long reads – PB) Công nghệ đọc dài (Oxford Nanopore Technology long reads – ONT) Khung cấu tạo nhiễm sách thể (Hi-C scaffolding (Chromosome construction) – Hi-C) Tổng hợp đoạn đọc dài bằng Illumina TruSeq (Illumina TruSeq Synthetic Long Read – TSLR) Fos: Fosmid-pooling strategy Công nghệ giải trình tự BAC (Sequencing BAC) Thư viện gen 10X (10X Genomics library) PHỤ LỤC 12. DANH SÁCH 100 CHỈ THỊ SNP TIỀM NĂNG Ở NHÓM TU HÀI TĂNG TRƯỞNG NHANH STT   (Fisher Exact Test) Nhóm tăng trưởng chậm (SG) Nhóm tăng trưởng nhanh (FG) PO_ SITION SNP FET REF A T C G TO-TAL A T C G TO-TAL PROTEIN_ID 1 281632 8842838 7.571134 G 0 22 0 15 37 0 65 0 0 65 LRHYN_00018599-RA 2 760363 5049774 7.425241 G 30 0 0 12 42 5 0 0 37 42 LRHYN_00010147-RA 3 512257 11781065 7.388463 C 0 30 17 0 47 0 5 44 0 49 LRHYN_00025214-RA 4 216842 12742233 7.071736 A 34 0 0 2 36 19 0 0 29 48 LRHYN_00027534-RA 5 1050307 7801286 7.066037 C 36 0 6 0 42 20 0 41 0 61 LRHYN_00016345-RA 6 512264 11781066 6.996922 T 0 17 0 29 46 0 43 0 5 48 LRHYN_00025214-RA 7 1137814 9868153 6.929984 C 0 0 46 1 47 0 0 28 24 52 LRHYN_00020972-RA 8 1050312 7801287 6.91709 G 36 0 0 6 42 21 0 0 41 62 LRHYN_00016345-RA 9 628675 4960166 6.901929 A 36 12 0 0 48 12 42 0 0 54 LRHYN_00009923-RA 10 2296164 1307017 6.852436 C 22 0 8 0 30 4 0 34 0 38 LRHYN_00002581-RA 11 2739667 5191708 6.817857 C 0 4 25 0 29 0 42 15 0 57 LRHYN_00010488-RA 12 2207684 2901183 6.786409 G 24 0 0 7 31 11 0 0 46 57 LRHYN_00005752-RA 13 458258 3331758 6.781619 C 0 22 6 0 28 0 6 35 0 41 LRHYN_00006551-RA 14 1390251 3461180 6.723285 C 0 26 18 0 44 0 3 40 0 43 LRHYN_00006857-RA 15 2488827 5994792 6.664303 C 0 5 37 0 42 0 38 23 0 61 LRHYN_00012310-RA 16 438678 6615199 6.64693 T 11 12 0 0 23 44 0 0 0 44 LRHYN_00013541-RA 17 282145 8842865 6.570873 G 10 0 0 20 30 36 0 0 3 39 LRHYN_00018599-RA 18 761419 9728025 6.421062 A 20 0 18 0 38 46 0 1 0 47 LRHYN_00020569-RA 19 3137223 2802376 6.413882 T 0 69 19 0 88 0 19 35 0 54 LRHYN_00005549-RA 20 2739682 5191710 6.409427 T 3 28 0 0 31 37 20 0 0 57 LRHYN_00010488-RA 21 1069525 4311029 6.407412 A 10 0 0 25 35 41 0 0 8 49 LRHYN_00008553-RA 22 18371 5440517 6.381564 A 24 0 0 16 40 61 0 0 1 62 LRHYN_00011019-RA 23 209689 11111340 6.312732 C 0 28 10 0 38 0 10 40 0 50 LRHYN_00023733-RA 24 591910 8851514 6.253642 A 18 0 0 23 41 2 0 0 58 60 LRHYN_00018617-RA 25 281610 8842836 6.235218 T 0 14 15 0 29 0 2 60 0 62 LRHYN_00018599-RA 26 165228 11912413 6.168846 T 0 25 15 0 40 0 7 47 0 54 LRHYN_00025514-RA 27 2207661 2901175 6.129149 G 21 0 0 8 29 10 0 0 48 58 LRHYN_00005752-RA 28 199668 11867461 6.122937 C 0 7 17 0 24 0 51 8 0 59 LRHYN_00025413-RA 29 1102659 5142351 6.120114 C 20 0 15 0 35 4 0 49 0 53 LRHYN_00010380-RA 30 2408154 1621185 6.103063 A 3 0 0 36 39 31 0 0 24 55 LRHYN_00003269-RA 31 349816 10791673 6.081258 T 0 28 15 0 43 0 55 0 0 55 LRHYN_00023058-RA 32 582789 10714294 6.031814 G 20 0 0 22 42 45 0 0 3 48 LRHYN_00022883-RA 33 960667 9902671 6.028293 G 5 0 0 41 46 28 0 0 19 47 LRHYN_00021021-RA 34 603316 9280595 6.022414 A 28 0 0 14 42 7 0 0 39 46 LRHYN_00019582-RA 35 715562 5131363 6.006844 A 1 0 0 41 42 24 0 0 30 54 LRHYN_00010346-RA 36 2563607 4239956 6.006346 G 29 0 0 4 33 16 0 0 32 48 LRHYN_00008445-RA 37 68921 12328212 6.006234 C 0 21 18 0 39 0 5 54 0 59 LRHYN_00026531-RA 38 2207664 2901176 6.005956 G 21 0 0 9 30 10 0 0 50 60 LRHYN_00005752-RA 39 495306 12219243 5.97327 A 34 0 0 5 39 18 0 0 32 50 LRHYN_00026294-RA 40 2299789 1307137 5.955857 A 12 31 0 0 43 40 11 0 0 51 LRHYN_00002581-RA 41 2739677 5191709 5.947062 A 30 0 0 4 34 21 0 0 36 57 LRHYN_00010488-RA 42 595162 11190955 5.895691 T 0 1 32 0 33 0 29 28 0 57 LRHYN_00023912-RA 43 1137858 9868156 5.887897 C 0 1 50 0 51 0 19 28 0 47 LRHYN_00020972-RA 44 504075 11780737 5.851402 A 21 0 0 12 33 5 0 0 42 47 LRHYN_00025213-RA 45 570485 9891309 5.841832 G 30 0 0 11 41 10 0 0 37 47 LRHYN_00021005-RA 46 383332 1388863 5.828991 C 26 0 20 0 46 4 0 40 0 44 LRHYN_00002847-RA 47 1029450 9796334 5.815032 T 0 34 12 0 46 0 9 32 0 41 LRHYN_00020720-RA 48 3040204 81559 5.807097 C 0 26 7 0 33 0 13 39 0 52 LRHYN_00000193-RA 49 208555 11170885 5.790447 G 14 0 0 28 42 0 0 0 56 56 LRHYN_00023857-RA 50 922088 4968992 5.789144 A 21 0 0 16 37 48 0 0 1 49 LRHYN_00009936-RA 51 1227597 7806581 5.775019 C 16 0 23 0 39 44 0 5 0 49 LRHYN_00016356-RA 52 59526 6603865 5.773385 A 35 0 0 2 37 29 0 0 30 59 LRHYN_00013508-RA 53 588024 1859238 5.748104 G 20 0 0 12 32 3 0 0 34 37 LRHYN_00003806-RA 54 3366641 1486026 5.723422 A 19 13 2 0 34 45 0 2 0 47 LRHYN_00003040-RA 55 2207675 2901181 5.715123 T 0 8 20 0 28 0 50 11 0 61 LRHYN_00005752-RA 56 760074 5049766 5.690231 G 0 0 28 15 43 0 0 9 45 54 LRHYN_00010147-RA 57 448127 12013258 5.679819 G 26 0 0 11 37 9 0 0 39 48 LRHYN_00025756-RA 58 1137855 9868155 5.649371 A 48 0 1 0 49 29 0 19 0 48 LRHYN_00020972-RA 59 2878433 4569150 5.639662 A 33 0 0 5 38 22 0 0 35 57 LRHYN_00009037-RA 60 453884 10709146 5.60586 A 7 0 0 32 39 30 0 0 13 43 LRHYN_00022876-RA 61 133713 11809641 5.605808 G 15 0 0 15 30 4 0 0 61 65 LRHYN_00025270-RA 62 715537 5131362 5.593343 C 0 36 7 0 43 0 22 37 0 59 LRHYN_00010346-RA 63 504084 11780738 5.584298 A 22 0 0 11 33 6 0 0 38 44 LRHYN_00025213-RA 64 1615405 8389987 5.575709 T 0 15 0 19 34 0 52 0 5 57 LRHYN_00017567-RA 65 2042676 6986245 5.573197 T 0 3 34 0 37 0 26 20 0 46 LRHYN_00014319-RA 66 985773 5138813 5.565553 A 9 0 0 25 34 44 0 0 13 57 LRHYN_00010366-RA 67 661309 8142440 5.558553 A 13 0 0 25 38 31 0 0 4 35 LRHYN_00017055-RA 68 1137846 9868154 5.536272 C 0 1 50 0 51 0 20 33 0 53 LRHYN_00020972-RA 69 2424006 5517328 5.535238 A 15 0 0 26 41 44 0 0 8 52 LRHYN_00011153-RA 70 1800460 5884984 5.533858 G 0 0 28 17 45 0 0 52 1 53 LRHYN_00012024-RA 71 1308904 6641704 5.530333 T 0 0 38 0 38 0 22 37 0 59 LRHYN_00013577-RA 72 2563594 4239954 5.526869 G 30 0 0 5 35 18 0 0 33 51 LRHYN_00008445-RA 73 1581032 981576 5.524486 C 0 19 2 0 21 0 7 22 0 29 LRHYN_00001936-RA 74 5195035 1227898 5.521745 T 12 17 0 0 29 1 57 0 0 58 LRHYN_00002421-RA 75 67945 11865261 5.507886 C 0 7 24 0 31 0 49 18 0 67 LRHYN_00025406-RA 76 1019518 6334412 5.50661 T 0 40 7 0 47 1 24 35 0 60 LRHYN_00013026-RA 77 2563614 4239958 5.497665 A 5 28 0 0 33 32 15 0 0 47 LRHYN_00008445-RA 78 1086517 9571495 5.495874 C 0 16 18 0 34 0 54 5 0 59 LRHYN_00020222-RA 79 1121936 9228756 5.495476 T 1 51 0 0 52 16 25 0 0 41 LRHYN_00019455-RA 80 129166 13270295 5.492621 T 0 46 0 0 46 17 32 0 0 49 LRHYN_00028906-RA 81 3137217 2802375 5.484871 C 1 19 67 0 87 0 32 19 0 51 LRHYN_00005549-RA 82 1772654 4993709 5.484272 T 0 23 0 0 23 0 24 26 0 50 LRHYN_00009991-RA 83 1800475 5884986 5.47759 A 18 0 29 0 47 1 0 50 0 51 LRHYN_00012024-RA 84 422946 10767189 5.471664 C 0 0 39 0 39 0 0 39 22 61 LRHYN_00023013-RA 85 126020 12709463 5.468523 A 13 22 0 0 35 50 9 0 0 59 LRHYN_00027401-RA 86 4735750 1080854 5.462411 G 0 13 0 27 40 0 0 0 55 55 LRHYN_00002099-RA 87 213456 11154747 5.455491 A 28 0 0 20 48 57 0 0 3 60 LRHYN_00023805-RA 88 1338701 7522394 5.454788 A 29 0 15 0 44 48 0 0 0 48 LRHYN_00015560-RA 89 281612 8842837 5.444106 C 0 0 13 17 30 0 0 2 60 62 LRHYN_00018599-RA 90 1175264 9799732 5.441139 T 0 5 29 0 34 0 25 11 0 36 LRHYN_00020728-RA 91 1801606 6110749 5.439973 T 0 2 0 31 33 0 30 0 27 57 LRHYN_00012552-RA 92 2488742 5994791 5.431715 T 0 28 0 4 32 0 19 0 34 53 LRHYN_00012310-RA 93 717044 10718408 5.425895 A 11 0 0 14 25 46 0 0 3 49 LRHYN_00022897-RA 94 2563613 4239957 5.406959 G 27 0 0 5 32 15 0 0 32 47 LRHYN_00008445-RA 95 116421 11866277 5.398495 A 30 0 0 13 43 11 0 0 39 50 LRHYN_00025407-RA 96 281988 8842860 5.392399 T 0 11 15 0 26 0 1 57 0 58 LRHYN_00018599-RA 97 516348 5124830 5.385033 T 0 31 13 0 44 0 12 41 0 53 LRHYN_00010336-RA 98 1224598 5865081 5.380308 A 13 22 0 0 35 40 6 0 0 46 LRHYN_00011996-RA 99 172400 8647361 5.368971 A 29 0 0 5 34 16 0 0 31 47 LRHYN_00018113-RA 100 3230769 476925 5.362893 A 2 25 0 0 27 33 23 0 0 56 LRHYN_00000926-RA PHỤ LỤC 13. DANH SÁCH 100 CHỈ THỊ SNP TIỀM NĂNG Ở NHÓM TU HÀI TĂNG TRƯỞNG CHẬM STT (Fisher Exact Test) Nhóm tăng trưởng chậm (SG) Nhóm tăng trưởng nhanh (FG) PROTEIN_ID PO_ SITION SNP FET REF A T C G TO-TAL A T C G TO-TAL 1 281632 8842838 7.571134 G 0 22 0 15 37 0 65 0 0 65 LRHYN_00018599-RA 2 760363 5049774 7.425241 G 30 0 0 12 42 5 0 0 37 42 LRHYN_00010147-RA 3 512257 11781065 7.388463 C 0 30 17 0 47 0 5 44 0 49 LRHYN_00025214-RA 4 216842 12742233 7.071736 A 34 0 0 2 36 19 0 0 29 48 LRHYN_00027534-RA 5 1050307 7801286 7.066037 C 36 0 6 0 42 20 0 41 0 61 LRHYN_00016345-RA 6 512264 11781066 6.996922 T 0 17 0 29 46 0 43 0 5 48 LRHYN_00025214-RA 7 1137814 9868153 6.929984 C 0 0 46 1 47 0 0 28 24 52 LRHYN_00020972-RA 8 1050312 7801287 6.91709 G 36 0 0 6 42 21 0 0 41 62 LRHYN_00016345-RA 9 628675 4960166 6.901929 A 36 12 0 0 48 12 42 0 0 54 LRHYN_00009923-RA 10 2296164 1307017 6.852436 C 22 0 8 0 30 4 0 34 0 38 LRHYN_00002581-RA 11 2739667 5191708 6.817857 C 0 4 25 0 29 0 42 15 0 57 LRHYN_00010488-RA 12 2207684 2901183 6.786409 G 24 0 0 7 31 11 0 0 46 57 LRHYN_00005752-RA 13 458258 3331758 6.781619 C 0 22 6 0 28 0 6 35 0 41 LRHYN_00006551-RA 14 1390251 3461180 6.723285 C 0 26 18 0 44 0 3 40 0 43 LRHYN_00006857-RA 15 2488827 5994792 6.664303 C 0 5 37 0 42 0 38 23 0 61 LRHYN_00012310-RA 16 438678 6615199 6.64693 T 11 12 0 0 23 44 0 0 0 44 LRHYN_00013541-RA 17 282145 8842865 6.570873 G 10 0 0 20 30 36 0 0 3 39 LRHYN_00018599-RA 18 761419 9728025 6.421062 A 20 0 18 0 38 46 0 1 0 47 LRHYN_00020569-RA 19 3137223 2802376 6.413882 T 0 69 19 0 88 0 19 35 0 54 LRHYN_00005549-RA 20 2739682 5191710 6.409427 T 3 28 0 0 31 37 20 0 0 57 LRHYN_00010488-RA 21 1069525 4311029 6.407412 A 10 0 0 25 35 41 0 0 8 49 LRHYN_00008553-RA 22 18371 5440517 6.381564 A 24 0 0 16 40 61 0 0 1 62 LRHYN_00011019-RA 23 209689 11111340 6.312732 C 0 28 10 0 38 0 10 40 0 50 LRHYN_00023733-RA 24 591910 8851514 6.253642 A 18 0 0 23 41 2 0 0 58 60 LRHYN_00018617-RA 25 281610 8842836 6.235218 T 0 14 15 0 29 0 2 60 0 62 LRHYN_00018599-RA 26 165228 11912413 6.168846 T 0 25 15 0 40 0 7 47 0 54 LRHYN_00025514-RA 27 2207661 2901175 6.129149 G 21 0 0 8 29 10 0 0 48 58 LRHYN_00005752-RA 28 199668 11867461 6.122937 C 0 7 17 0 24 0 51 8 0 59 LRHYN_00025413-RA 29 1102659 5142351 6.120114 C 20 0 15 0 35 4 0 49 0 53 LRHYN_00010380-RA 30 2408154 1621185 6.103063 A 3 0 0 36 39 31 0 0 24 55 LRHYN_00003269-RA 31 349816 10791673 6.081258 T 0 28 15 0 43 0 55 0 0 55 LRHYN_00023058-RA 32 582789 10714294 6.031814 G 20 0 0 22 42 45 0 0 3 48 LRHYN_00022883-RA 33 960667 9902671 6.028293 G 5 0 0 41 46 28 0 0 19 47 LRHYN_00021021-RA 34 603316 9280595 6.022414 A 28 0 0 14 42 7 0 0 39 46 LRHYN_00019582-RA 35 715562 5131363 6.006844 A 1 0 0 41 42 24 0 0 30 54 LRHYN_00010346-RA 36 2563607 4239956 6.006346 G 29 0 0 4 33 16 0 0 32 48 LRHYN_00008445-RA 37 68921 12328212 6.006234 C 0 21 18 0 39 0 5 54 0 59 LRHYN_00026531-RA 38 2207664 2901176 6.005956 G 21 0 0 9 30 10 0 0 50 60 LRHYN_00005752-RA 39 495306 12219243 5.97327 A 34 0 0 5 39 18 0 0 32 50 LRHYN_00026294-RA 40 2299789 1307137 5.955857 A 12 31 0 0 43 40 11 0 0 51 LRHYN_00002581-RA 41 2739677 5191709 5.947062 A 30 0 0 4 34 21 0 0 36 57 LRHYN_00010488-RA 42 595162 11190955 5.895691 T 0 1 32 0 33 0 29 28 0 57 LRHYN_00023912-RA 43 1137858 9868156 5.887897 C 0 1 50 0 51 0 19 28 0 47 LRHYN_00020972-RA 44 504075 11780737 5.851402 A 21 0 0 12 33 5 0 0 42 47 LRHYN_00025213-RA 45 570485 9891309 5.841832 G 30 0 0 11 41 10 0 0 37 47 LRHYN_00021005-RA 46 383332 1388863 5.828991 C 26 0 20 0 46 4 0 40 0 44 LRHYN_00002847-RA 47 1029450 9796334 5.815032 T 0 34 12 0 46 0 9 32 0 41 LRHYN_00020720-RA 48 3040204 81559 5.807097 C 0 26 7 0 33 0 13 39 0 52 LRHYN_00000193-RA 49 208555 11170885 5.790447 G 14 0 0 28 42 0 0 0 56 56 LRHYN_00023857-RA 50 922088 4968992 5.789144 A 21 0 0 16 37 48 0 0 1 49 LRHYN_00009936-RA 51 1227597 7806581 5.775019 C 16 0 23 0 39 44 0 5 0 49 LRHYN_00016356-RA 52 59526 6603865 5.773385 A 35 0 0 2 37 29 0 0 30 59 LRHYN_00013508-RA 53 588024 1859238 5.748104 G 20 0 0 12 32 3 0 0 34 37 LRHYN_00003806-RA 54 3366641 1486026 5.723422 A 19 13 2 0 34 45 0 2 0 47 LRHYN_00003040-RA 55 2207675 2901181 5.715123 T 0 8 20 0 28 0 50 11 0 61 LRHYN_00005752-RA 56 760074 5049766 5.690231 G 0 0 28 15 43 0 0 9 45 54 LRHYN_00010147-RA 57 448127 12013258 5.679819 G 26 0 0 11 37 9 0 0 39 48 LRHYN_00025756-RA 58 1137855 9868155 5.649371 A 48 0 1 0 49 29 0 19 0 48 LRHYN_00020972-RA 59 2878433 4569150 5.639662 A 33 0 0 5 38 22 0 0 35 57 LRHYN_00009037-RA 60 453884 10709146 5.60586 A 7 0 0 32 39 30 0 0 13 43 LRHYN_00022876-RA 61 133713 11809641 5.605808 G 15 0 0 15 30 4 0 0 61 65 LRHYN_00025270-RA 62 715537 5131362 5.593343 C 0 36 7 0 43 0 22 37 0 59 LRHYN_00010346-RA 63 504084 11780738 5.584298 A 22 0 0 11 33 6 0 0 38 44 LRHYN_00025213-RA 64 1615405 8389987 5.575709 T 0 15 0 19 34 0 52 0 5 57 LRHYN_00017567-RA 65 2042676 6986245 5.573197 T 0 3 34 0 37 0 26 20 0 46 LRHYN_00014319-RA 66 985773 5138813 5.565553 A 9 0 0 25 34 44 0 0 13 57 LRHYN_00010366-RA 67 661309 8142440 5.558553 A 13 0 0 25 38 31 0 0 4 35 LRHYN_00017055-RA 68 1137846 9868154 5.536272 C 0 1 50 0 51 0 20 33 0 53 LRHYN_00020972-RA 69 2424006 5517328 5.535238 A 15 0 0 26 41 44 0 0 8 52 LRHYN_00011153-RA 70 1800460 5884984 5.533858 G 0 0 28 17 45 0 0 52 1 53 LRHYN_00012024-RA 71 1308904 6641704 5.530333 T 0 0 38 0 38 0 22 37 0 59 LRHYN_00013577-RA 72 2563594 4239954 5.526869 G 30 0 0 5 35 18 0 0 33 51 LRHYN_00008445-RA 73 1581032 981576 5.524486 C 0 19 2 0 21 0 7 22 0 29 LRHYN_00001936-RA 74 5195035 1227898 5.521745 T 12 17 0 0 29 1 57 0 0 58 LRHYN_00002421-RA 75 67945 11865261 5.507886 C 0 7 24 0 31 0 49 18 0 67 LRHYN_00025406-RA 76 1019518 6334412 5.50661 T 0 40 7 0 47 1 24 35 0 60 LRHYN_00013026-RA 77 2563614 4239958 5.497665 A 5 28 0 0 33 32 15 0 0 47 LRHYN_00008445-RA 78 1086517 9571495 5.495874 C 0 16 18 0 34 0 54 5 0 59 LRHYN_00020222-RA 79 1121936 9228756 5.495476 T 1 51 0 0 52 16 25 0 0 41 LRHYN_00019455-RA 80 129166 13270295 5.492621 T 0 46 0 0 46 17 32 0 0 49 LRHYN_00028906-RA 81 3137217 2802375 5.484871 C 1 19 67 0 87 0 32 19 0 51 LRHYN_00005549-RA 82 1772654 4993709 5.484272 T 0 23 0 0 23 0 24 26 0 50 LRHYN_00009991-RA 83 1800475 5884986 5.47759 A 18 0 29 0 47 1 0 50 0 51 LRHYN_00012024-RA 84 422946 10767189 5.471664 C 0 0 39 0 39 0 0 39 22 61 LRHYN_00023013-RA 85 126020 12709463 5.468523 A 13 22 0 0 35 50 9 0 0 59 LRHYN_00027401-RA 86 4735750 1080854 5.462411 G 0 13 0 27 40 0 0 0 55 55 LRHYN_00002099-RA 87 213456 11154747 5.455491 A 28 0 0 20 48 57 0 0 3 60 LRHYN_00023805-RA 88 1338701 7522394 5.454788 A 29 0 15 0 44 48 0 0 0 48 LRHYN_00015560-RA 89 281612 8842837 5.444106 C 0 0 13 17 30 0 0 2 60 62 LRHYN_00018599-RA 90 1175264 9799732 5.441139 T 0 5 29 0 34 0 25 11 0 36 LRHYN_00020728-RA 91 1801606 6110749 5.439973 T 0 2 0 31 33 0 30 0 27 57 LRHYN_00012552-RA 92 2488742 5994791 5.431715 T 0 28 0 4 32 0 19 0 34 53 LRHYN_00012310-RA 93 717044 10718408 5.425895 A 11 0 0 14 25 46 0 0 3 49 LRHYN_00022897-RA 94 2563613 4239957 5.406959 G 27 0 0 5 32 15 0 0 32 47 LRHYN_00008445-RA 95 116421 11866277 5.398495 A 30 0 0 13 43 11 0 0 39 50 LRHYN_00025407-RA 96 281988 8842860 5.392399 T 0 11 15 0 26 0 1 57 0 58 LRHYN_00018599-RA 97 516348 5124830 5.385033 T 0 31 13 0 44 0 12 41 0 53 LRHYN_00010336-RA 98 1224598 5865081 5.380308 A 13 22 0 0 35 40 6 0 0 46 LRHYN_00011996-RA 99 172400 8647361 5.368971 A 29 0 0 5 34 16 0 0 31 47 LRHYN_00018113-RA 100 3230769 476925 5.362893 A 2 25 0 0 27 33 23 0 0 56 LRHYN_00000926-RA PHỤ LỤC 14. MỘT SỐ HÌNH ẢNH TẠI VÙNG KHẢO SÁT VÀ VÙNG TRIỂN KHAI THÍ NGHIỆM PHỤ LỤC 15. MỘT SỐ HÌNH ẢNH GIỐNG TU HÀI, CẤY GIỐNG PHỤ LỤC 16. MỘT SỐ HÌNH ẢNH KIỂM TRA SINH TRƯỞNG TU HÀI PHỤ LỤC 17. MỘT SỐ HÌNH ẢNH ĐÁNH DẤU TU HÀI