Luận án Nghiên cứu sàng lọc các cấu trúc phân tử nhỏ có khả năng gắn kết IL-6, IL-6R và đánh giá khả năng gắn kết bằng các phương pháp lý sinh

25kJ.mol-1) thuộc tập DB qua các mô hình D-IL6-1a, D-IL6-1b, D-IL6R tại vị trí I Điểm số docking của 98 chất hàng đầu tại mô hình D-IL6-1a và D-IL6-1b STT Tên chất Điểm số docking kJ.mol -1 STT Tên chất Điểm số Docking kJ.mol -1 STT Tên chất Điểm số docking kJ.mol -1 1 DB04044 -34,92 34 DB06190 -27,72 66 DB01689 -25,90 2 DB08295 -32,79 35 DB14949 -27,71 67 DB02614 -25,88 3 DB07616 -32,15 36 DB13248 -27,66 68 DB05035 -25,85 4 DB07691 -32,09 37 DB06985 -27,64 69 DB12204 -25,81 5 DB01145 -31,85 38 DB04196 -27,41 70 DB14887 -25,80 6 DB01014 -31,76 39 DB07958 -27,39 71 DB08664 -25,79 7 DB08306 -31,35 41 DB07977 -27,36 72 DB03388 -25,73 8 DB08273 -30,67 41 DB11455 -27,12 73 DB05475 -25,72 9 DB03982 -30,63 42 DB07030 -27,10 74 DB07289 -25,67 10 DB08252 -30,39 43 DB01415 -26,99 75 DB03744 -25,64 11 DB04644 -29,93 44 DB01250 -26,97 76 DB14217 -25,58 12 DB08562 -29,69 45 DB07295 -26,96 77 DB07464 -25,56 13 DB08299 -29,60 46 DB03682 -26,92 78 DB02266 -25,54 14 DB05016 -29,46 47 DB04437 -26,85 79 DB01283 -25,52 15 DB04583 -29,46 48 DB04810 -26,79 80 DB00795 -25,49 16 DB02876 -29,43 49 DB07615 -26,78 81 DB01332 -25,47 17 DB07408 -29,28 50 DB12556 -26,73 82 DB08181 -25,42 18 DB07466 -29,01 51 DB13821 -26,63 83 DB08232 -25,40 19 DB11986 -29,00 52 DB08556 -26,58 84 DB07047 -25,40 20 DB11740 -28,88 53 DB02733 -26,58 85 DB07241 -25,39 21 DB08710 -28,81 54 DB07760 -26,56 86 DB14125 -25,39 22 DB15446 -28,61 55 DB03239 -26,42 87 DB09214 -25,36 23 DB08302 -28,61 56 DB07975 -26,42 88 DB07410 -25,36 24 DB14974 -28,58 57 DB07586 -26,35 89 DB00784 -25,35 25 DB04430 -28,45 58 DB00963 -26,34 90 DB14208 -25,27 26 DB14127 -28,28 59 DB11946 -26,32 91 DB07837 -25,26 27 DB08240 -28,23 60 DB06210 -26,23 92 DB08731 -25,25 28 DB07546 -28,11 61 DB04645 -26,22 93 DB04809 -25,18 29 DB08772 -28,06 62 DB08245 -26,10 94 DB03205 -25,14 30 DB14097 -27,96 63 DB07978 -26,08 95 DB13580 -25,06 31 DB07480 -27,86 64 DB06354 -26,01 96 DB11943 -25,03 32 DB07498 -27,78 65 DB15450 -25,94 97 DB02527 -25,01 33 DB07976 -27,75 98 DB12903* -25,02 (*): chất dock trên mô hình D-IL6-1b PL-8 Điểm số docking của 45 chất hàng đầu tại mô hình D-IL6R STT Tên chất Điểm số docking kJ.mol -1 STT Tên chất Điểm số docking (kJ.mol -1 ) STT Tên chất Điểm số docking (kJ.mol -1 ) 1 DB04793 -37,94 16 DB13060 -27,52 31 DB08495 -26,21 2 DB08018 -34,91 17 DB06947 -27,39 32 DB07318 -26,18 3 DB06841 -34,00 18 DB08422 -27,07 33 DB03449 -26,16 4 DB07328 -30,93 19 DB07508 -26,99 34 DB07813 -26,13 5 DB14726 -30,37 20 DB09079 -26,89 35 DB06853 -26,08 6 DB08019 -30,09 21 DB03916 -26,77 36 DB04790 -26,07 7 DB06364 -29,76 22 DB07005 -26,69 37 DB06996 -25,98 8 DB02366 -29,72 23 DB00619 -26,66 38 DB11526 -25,89 9 DB03865 -28,61 24 DB08881 -26,55 39 DB08361 -25,54 10 DB05932 -28,37 25 DB14882 -26,52 40 DB07456 -25,51 11 DB07235 -27,96 26 DB06962 -26,52 41 DB04739 -25,48 12 DB12364 -27,95 27 DB07608 -26,40 42 DB13164 -25,47 13 DB06190 -27,66 28 DB15327 -26,36 43 DB13048 -25,36 14 DB11963 -27,63 29 DB11521 -26,36 44 DB08362 -25,31 15 DB08024 -27,62 30 DB12121 -26,23 45 DB07156 -25,25 PHỤ LỤC 4. Điểm số docking của các chất hàng đầu (<-25kJ.mol-1) thuộc tập ZINC15 qua các mô hình D-IL6-1a, D-IL6-1b, D-IL6R tại vị trí I Điểm số docking của 110 chất hàng đầu tại mô hình D-IL6-1a vad D-IL6-1b STT Tên chất Điểm số docking kJ.mol -1 STT Tên chất Điểm số Docking kJ.mol -1 1 ZINC04256801 -37,21 56 ZINC04677201 -26,48 2 ZINC02682855 -36,44 57 ZINC20421707 -26,45 3 ZINC35350983 -35.,24 58 ZINC04971290 -26,44 4 ZINC02997430 -35,58 59 ZINC40584045 -26,43 5 ZINC20247718 -35,28 60 ZINC04684462 -26,39 6 ZINC00627279 -35,28 61 ZINC09444998 -26,37 7 ZINC59449112 -35,09 62 ZINC09546300 -26,34 8 ZINC00105824 -34,44 63 ZINC38740371 -26,27 9 ZINC00753055 -33,59 64 ZINC16441358 -26,23 10 ZINC08906141 -31,55 65 ZINC41091528 -26,17 11 ZINC78509109 -31,05 66 ZINC17117860 -26,13 12 ZINC17248524 -30,77 67 ZINC71905797 -26,03 13 ZINC40647729 -30,58 68 ZINC03887267 -25,99 14 ZINC90626328 -30,55 69 ZINC11850104 -25,91 PL-9 15 ZINC09379705 -30,49 70 ZINC95386685 -25,90 16 ZINC89836021 -29,70 71 ZINC04003308 -25,89 17 ZINC40610816 -29,63 72 ZINC32922242 -25,88 18 ZINC70965053 -29,50 73 ZINC28412572 -25,87 19 ZINC09356923 -29,36 74 ZINC25368981 -25,85 20 ZINC72030923 -29,10 75 ZINC89301657 -25,84 21 ZINC38174436 -28,98 76 ZINC04524216 -25,81 22 ZINC21321198 -28,82 77 ZINC64774740 -25,77 23 ZINC10150483 -28,80 78 ZINC41847867 -25,72 24 ZINC80248464 -28,74 79 ZINC91013340 -25,67 25 ZINC71289056 -28,53 80 ZINC45774225 -25,67 26 ZINC12511902 -28,50 81 ZINC40541669 -25,58 27 ZINC59465130 -28,36 82 ZINC64478682 -25,55 28 ZINC31115516 -28,03 83 ZINC02761896 -25,55 29 ZINC94057300 -27,98 84 ZINC05360734 -25,53 30 ZINC4061954 -27,88 85 ZINC74393903 -25,52 31 ZINC1720877 -27,83 86 ZINC91526256 -25,51 32 ZINC0989197 -27,77 87 ZINC16955763 -25,46 33 ZINC4064803 -27,75 88 ZINC40660769 -25,44 34 ZINC52189947 -27,75 89 ZINC70666643 -25,40 35 ZINC12810558 -27,70 90 ZINC67245470 -25,39 36 ZINC55649480 -27,61 91 ZINC01965174 -25,38 37 ZINC33289261 -27,57 92 ZINC04176145 -25,36 38 ZINC52960235 -27,56 93 ZINC92081187 -25,35 39 ZINC48478975 -27,55 94 ZINC23891058 -25,33 40 ZINC04953683 -27,53 95 ZINC37454230 -25,31 40 ZINC05392689 -27,49 96 ZINC15134804 -25,27 42 ZINC92615038 -27,42 97 ZINC72446325 -25,18 43 ZINC38989946 -27,40 98 ZINC01840384 -25,14 44 ZINC20427790 -27,35 99 ZINC68040856 -25,13 45 ZINC78562221 -27,33 100 ZINC83325878 -25,11 46 ZINC75284098 -27,17 101 ZINC25369179 -25,10 47 ZINC11907404 -27,11 102 ZINC40649111 -25,09 48 ZINC08910100 -27,03 103 ZINC21672021* -26,41 49 ZINC38651183 -27,03 104 ZINC21659536* -26,26 50 ZINC08710308 -27,02 105 ZINC13854704* -25,52 51 ZINC82091407 -26,80 106 ZINC01270341* -25,33 52 ZINC66146219 -26,59 107 ZINC06826506* -25,31 53 ZINC65873967 -26,55 108 ZINC38990058* -25,25 54 ZINC08586903 -26,52 109 ZINC21081067* -25,17 55 ZINC39355763 -26,50 110 ZINC24928868* -25,10 (*): chất dock trên mô hình D-IL6-1b PL-10 Điểm số docking của 24 chất hàng đầu tại mô hình D-IL6R STT Tên chất Điểm số docking kJ.mol -1 STT Tên chất Điểm số Docking kJ.mol -1 1 ZINC93887804 -31,20 13 ZINC20635197 -26,30 2 ZINC32853685 -31,13 14 ZINC40584766 -26,00 3 ZINC22790734 -30,30 15 ZINC40583990 -25,76 4 ZINC12688450 -28,60 16 ZINC20767007 -25,75 5 ZINC46227820 -28,33 17 ZINC02975452 -25,71 6 ZINC40657714 -27,75 18 ZINC09587736 -25,42 7 ZINC57774399 -27,60 19 ZINC22752168 -25,36 8 ZINC83804241 -27,38 20 ZINC22791239 -25,15 9 ZINC83260134 -27,35 21 ZINC19834216 -25,13 10 ZINC40593495 -27,07 22 ZINC20464204 -25,07 11 ZINC40657485 -26,70 23 ZINC72026870 -25,06 12 ZINC40658235 -26,49 24 ZINC67694923 -25,01 PHỤ LỤC 5. Điểm số docking của các chất hàng đầu (<-25kJ.mol-1) thuộc tập NCI qua các mô hình D-IL6-1a và D-IL6R tại vị trí I STT Tên chất Điểm số docking kJ.mol -1 STT Tên chất Điểm số Docking kJ.mol -1 1 NCI-201844 -27,36 4 NCI-405567 -25,31 2 NCI-176637 -26,54 5 NCI-218437** -25,38 3 NCI-81021 -26,22 (**): chất dock vào IL6R PL-11 PHỤ LỤC 6. Cấu trúc 2D của 51 chất docking tiềm năng trên cả 2 protein IL6 và IL6R tại vị trí I 1. DB14726 18. ZINC40583990 35. ZINC21321198 1. DB08362 19. ZINC40658235 36. ZINC02682825 2. DB08881 20. ZINC40584766 37. ZINC90626328 3. DB13164 21. ZINC46227820 38. ZINC94057300 4. DB04739 22. ZINC72026870 39. ZINC24812572 5. DB15327 23. ZINC83804241 40. ZINC20237718 6. DB08361 24. DB06190 41. ZINC04953683 PL-12 7. DB00619 25. DB08232 42. ZINC40584045 8. DB07456 26. DB04044 43. ZINC00753055 9. DB13060 27. DB11986 44. ZINC01270341 10. DB12121 28. DB07586 45. ZINC06826506 11. DB11526 29. DB11740 46. ZINC24928868 12. DB11963 30. DB12903 47. ZINC21081067 13. DB09079 31. ZINC40648036 48. ZINC21672021 14. DB12364 32. ZINC04256801 49. ZINC13854704 PL-13 15. ZINC40593495 33. ZINC64774740 50. ZINC38990058 16. ZINC40657714 34. ZINC02997430 51. NCI201844 PHỤ LỤC 7. Điểm số docking của 28 chất thuộc tập chất phân lập nội bộ trên các mô hình D-IL6-1a, D-IL6-1b, D-IL6R tại vị trí I STT Tên chất Điểm số docking (kJ.mol -1 ) trên D-IL6-1a Điểm số docking (kJ.mol -1 ) trên D-IL6-1b Điểm số docking (kJ.mol -1 ) trên D-IL6R 1 Acid usnic -21,19 -14,41 -11,30 2 Phthalid -19,57 -10,01 -13,31 3 Baicalin -18,34 -11,15 -14,12 4 Techtochrysin -18,17 -12,37 -13,02 5 8-O-methyl stictic acid -18,13 -13,64 -12,97 6 Chrysin -17,43 -11,92 -12,99 7 Baicalein -16,29 -11,83 -15,07 8 Quercetin -16,16 -15,50 -12,52 9 Curcumin -16,15 -14,28 -12,78 10 Rhamnetin -15,93 -13,01 -14,32 11 Baicalein 1a -15,85 -11,62 -10,98 12 Hesperetin -15,73 -14,00 -13,31 13 Baicalein 3a -15,46 -12,16 -10,29 14 Acid Diffractaic -15,41 -12,37 -11.08 15 Acid Barbatinic -15,21 -13,86 -6,52 16 Acid Stictic -15,18 -13,54 -12,13 17 Hesperidin -15,10 -9,56 -6,60 18 Quecertin 2a -14,65 -12,58 -11,97 19 Chrysin 2a -13,93 -11,92 -11,12 20 Acid Galic -12,99 -9,59 -11,00 21 Methyl barbatinic esther -12,38 -10,52 -8,43 22 Methyl daffractaic esther -12,21 -14,88 -6,40 23 Naringenin -12,08 -12,14 -10,06 24 Alpha-mangosteen -11,42 -8,05 -7,12 25 GA 15 -11,41 -15,68 -7,11 26 Acid Norstictic -9,35 -15,32 -11,36 27 Eumitrin B -4,29 -9,28 -3,03 28 Eumitrin A2 -4,21 -7,09 -1,12 PL-14 PHỤ LỤC 8. Biểu đồ RMSD protein của 38 phức hợp IL6-phối tử và apo-IL6 PL-15 PHỤ LỤC 9. Biểu đồ RMSD phối tử của 38 phức hợp IL6-phối tử PHỤ LỤC 10. Tần suất chiếm đóng kiên kết H của 38 phối tử tại các acid amin quan trọng của IL6 ở vị trí I Tên chất Tần suất chiếm đóng H tại các acid amin quan trọng Phe74 Gln75 Phe78 Arg179 Arg182 Gln183 DB14726 146% 278% DB08362 63% 194% 31% 191% 138% 118% DB08881 107% 23% 118% DB13164 10% 193% 105% 119% 268% PL-16 DB04379 112% 60% 44% 161% DB15327 41% 158% 45% 277% 33% 163% DB08361 42% 79% 43% 122% 33% 130% DB00619 39% 17% 329% 213% DB12121 115% 22% 174% 16% 105% DB11526 30% 122% 46% 104% DB09079 72% 147% 206% 142% DB12364 41% 104% 48% 43% 100% DB11740 55% 123% 98% 121% 93% DB11986 54% 148% 61% 87% 79% 194% ZINC40648036 203% 385% 267% 31% ZINC90626328 61% 28% 71% ZINC28412572 36% 52% 43% 20% 20% ZINC04953683 6% 8% 15% 8% ZINC40584045 213% 237% 32% 276% 81% ZINC46227820 25% 67% 10% 44% 28% ZINC83804241 122% 64% 127% 165% 16% 166% Acid usnic 62% 54% 43% Acid 8-O-methyl stictic 303% 265% 239% Phthalid 2% Baicalin 164% 317% 28% Tectochrysin 176% 144% 46% Chrysin 50% 137% 41% 209% 109% Baicalein 46% 25% Quecertin 60% 20% 120% 75% 20% Rhamnetin 158% 76% 82% 134% 22% 172% Curcumin 53% 76% 102% 54% DB07586 34% 58% 123% 14% 28% DB11963 23% 231% 22% 271% 52% 169% DB12903 25% 188% 23% 255% 122% ZINC01270341 74% 41% 37% 73% ZINC24928868 19% 17% ZINC21672021 79% 90% 56% 147% 103% ZINC38990058 85% 256% 158% PL-17 PHỤ LỤC 11. Thông tin về 23 phối tử tiềm năng sau sàng lọc ảo trên IL6, IL6R ở vị trí I STT ∆Ggắn kết 100 ns Docking 3D-Pharmacophore 1 DB14726 ˗ 27.54 ± 9.86 2 DB08632 ˗ 21.35 ± 6.90 3 DB08881 ˗ 29.35 ± 9.25 4 DB13164 ˗ 22.32 ± 5.08 PL-18 5 DB15327 ˗ 25.87 ± 4.66 6 DB00619 ˗ 17.22 ± 4.03 7 DB12121 ˗ 15.81 ± 4.50 8 DB09079 ˗ 21.04 ± 5.29 9 DB11740 ˗ 19.24 ± 6.68 PL-19 10 DB11986 ˗ 18.61 ± 6.85 11 DB11963 ˗ 23.84 ± 4.51 12 DB12903 ˗ 19.77 ± 3.06 13 ZINC40648036 ˗ 20.17 ± 3.88 14 ZINC40584045 ˗ 20.45 ± 4.72 PL-20 15 ZINC83804241 ˗ 21.42 ± 5.42 16 ZINC21672021 ˗ 24.53 ± 7.06 17 Acid 8-O-methyl stictic ˗ 21.41 ± 4.02 18 Baicalin ˗ 18,07 ± 4,63 19 Tectochrysin ˗ 15,23 ± 3,22 PL-21 20 Chrysin ˗ 15,93 ± 3,48 21 Quercetin ˗ 16,92 ± 5,48 22 Rhamnetin ˗ 21,93 ± 3,68 23 Curcumin ˗ 15.32 ± 7,56 PL-22 PHỤ LỤC 12. Biểu đồ RMSD protein của 23 phức hợp IL6R-phối tử và apo- IL6R PHỤ LỤC 13. Biểu đồ RMSD phối tử của 23 phức hợp IL6R-phối tử PL-23 PHỤ LỤC 14. Tỷ lệ liên kết H giữa 8 phối tử không tiềm năng và IL6R Phức hợp Cho hydro Nhận hydro Tỷ lệ chiếm đóng (%) IL6R-DB08362 ASN211 LIG298 ARG210 LIG298 PRO212 LIG298 ASN211 LIG298 ARG210 LIG298 143.09 54.53 72.35 75.81 42.83 IL6R-DB12903 SER181 LIG298 VAL128 LIG298 GLN143 LIG298 SER181 LIG298 GLN143 LIG298 63.39 16.71 49.53 42.45 25.09 IL6R-ZINC40648036 ARG242 LIG298 ARG268 LIG298 LIG298 THR294 LIG298 ARG242 LIG298 ARG268 GLY266 LIG298 162.07 44.93 137.82 26.55 109.82 85.63 IL6R-ZINC40584045 ARG239 LIG298 ARG242 LIG298 LIG298 ARG239 LIG298 ARG242 140.72 31.88 50.01 37.41 IL6R-ZINC21672021 ASP221 LIG298 LIG298 ASN226 LIG298 LIG298 HIS256 ASN226 LIG298 SER227 229.58 98.48 91.27 48.02 62.05 IL6R-Acid 8-O-methyl stictic VAL161 LIG298 LEU108 LIG298 ASN110 LIG198 LIG298 VAL161 LIG298 LEU108 LIG298 ASN110 50.71 52.20 45.19 27.70 82.28 35.53 IL6R-Tectochrysin GLN281 LIG298 PHE134 LIG298 LIG298 GLN281 LIG298 PHE134 64.52 34.56 46.38 19.87 IL6R-Curcumin ARG132 LIG298 ILE170 LIG298 LIG298 ARG132 LIG298 ILE170 56.10 23.42 31.33 24.59 PL-24 PHỤ LỤC 15. Thông tin chi tiết 13 chất sử dụng trong thử nghiệm in vitro STT Tên chất Cấu trúc Thông tin Nguồn gốc 1 DB11740 (Adavosetib) Cat: BD238532, Lot: DNW056 ĐTK: 98% BLD Pharmatech Ltd BLD 2 DB15327 (Abivertinib) Cat: BD627583, Lot: RSC739 ĐTK: 97% 3 DB11963 (Dacomitinib) Cat: BD293197, Lot: DMU546 ĐTK: 98% 4 DB11986 (Entrectinib) Cat: BD629903, Lot: ALP528 ĐTK: 98% 5 DB12121 (Entospletinib) Cat: BD399082, Lot: AQU810 ĐTK: 99% 6 DB00619 (Imatinib) Cat: BD42606, Lot: RPP543 ĐTK: 99% PL-25 7 DB09079 (Nintedanib) Cas: 656247- 17-5, Cat: BD161908 ĐTK: 99% Pharmatech Ltd 8 DB08881 (Vemurafenib) Cat: BD00796904, Lot: CGY824 ĐTK: 98% 9 DB14726 Dabigatran Cat: BD158683, Lot: CNV097 ĐTK: 98% 10 Baicalin Đã công bố ĐTK:97- 99% Tưởng Lâm Trường và cộng sự phân lập Tưởng Lâm Trường và cộng sự phân lập 11 Chrysin Đã công bố ĐTK:97- 99% 12 Quecertin Đã công bố ĐTK:97- 99% 13 Rhamnetin Đã công bố ĐTK:97- 99% *ĐTK: độ tinh khiết PL-26 PHỤ LỤC 16. Tỷ lệ % ức chế gắn kết IL6/IL6R của các chất ở nồng độ khảo sát 100 và 200 µM Tỷ lệ % ức chế gắn kết IL6/IL6R của 13 chất ở nồng độ khảo sát 100 µM Hợp chất % Ức chế tƣơng tác IL6/IL6R Lần 1 Lần 2 Trung bình SD DB11963 93,33 100,19 96,76 4,85 DB00619 52,54 57,27 54,91 3,34 DB12121 48,29 52,21 50,25 2,77 DB14726 67,89 73,15 70,52 3,71 DB09079 10,88 12,08 11,48 0,85 DB15327 7,19 10,13 8,66 2,08 DB11740 31,78 34,42 33,15 1,81 DB11986 24,95 26,43 25,69 1,05 DB08881 12,15 8,77 10,46 2,39 Baicalin 5,39 13,59 9,49 5,79 Chrysin 38,34 41,56 39,95 2,28 Quercetin 83,39 81,13 82,26 1,60 Rhamnetin 57,81 61,60 59,70 2,68 Tỷ lệ % ức chế gắn kết IL6/IL6R của 5 chất ở nồng độ khảo sát 200 µM Hợp chất % Ức chế tƣơng tác IL6/IL6R Lần 1 Lần 2 Trung bình SD DB00619 59,48 63,50 61,49 2,85 DB12121 70,01 65,70 67,86 3,05 DB14726 81,52 86,06 83,79 3,21 Rhamnetin 76,86 73,21 75,04 2,58 Quercetin 94,33 92,45 93,64 0,98 PL-27 PHỤ LỤC 17. Tỷ lệ % ức chế gắn kết của 3 chất hàng đầu theo dãy nồng độ Tỷ lệ % ức chế gắn kết IL6/IL6R của Dabigatran theo nồng độ Dabigatran % Ức chế tƣơng tác IL6/IL6R Lần 1 Lần 2 Trung bình SD 400 µM 94,05 90,29 92,17 2,66 200 µM 81,25 86,06 83,79 3,21 100 µM 67,89 73,15 70,52 3,72 10 µM 23,48 25,61 24,54 1,50 1 µM 11,68 13,30 12,49 1,14 0,1 µM 7,09 10,17 8,63 2,18 Tỷ lệ % ức chế gắn kết IL6/IL6R của Dacomitinib theo liều lƣợng Dacomitinib % Ức chế tƣơng tác IL6/IL6R Lần 1 Lần 2 Trung bình SD 100 µM 93,33 100,19 96,76 4,85 10 µM 69,92 72,34 71,13 1,71 1 µM 27,06 28,81 27,94 1,23 0,1 µM 17,18 14,01 15,59 2,25 0,01 µM 5,02 9,22 7,12 2,97 Tỷ lệ % ức chế gắn kết IL6/IL6R của Quercetin theo liều lƣợng Quercetin % Ức chế tƣơng tác IL6/IL6R Lần 1 Lần 2 Trung bình SD 200 µM 94,33 92,95 93,64 0,98 100 µM 83,39 81,13 82,26 1,60 10 µM 47,19 43,58 45,39 2,55 1 µM 16,35 17,91 17,13 1,10 0,1 µM 11,83 9,60 10,71 1,58 0,01 µM 3,52 6,03 4,77 1,78 PL-28 PHỤ LỤC 18. Phần trăm tế bào sống dƣới tác động cảm ứng tăng sinh của IL6 theo thời gian và nồng độ so với đối chứng Nồng độ IL6 (ng/mL) % Tế bào Hu7 (48 giờ) % Tế bào Hu7 (72 giờ) Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD 100 95,35 104,43 100,58 100,12 4,56 101,68 104,27 103,59 103,18 1,34 50 102,69 107,68 105,89 105,42 2,53 108,24 113,21 111,42 110,96 2,52 25 103,48 108,72 106,24 106,15 2,62 109,73 115,58 113,42 112,91 2,96 10 99,78 105,24 101,62 102,21 2,78 97,72 103,51 100,33 100,52 2,90 ĐC 97,89 103,25 99,82 100,32 2,71 97,48 101,43 102,69 100,53 2,72 Nồng độ IL6 (ng/mL) % Tế bào HepG2 (48 giờ) % Tế bào HepG2 (72 giờ) Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD 100 98,83 100,26 99,18 99,42 0,75 102,59 108,65 107,87 106,37 3,30 50 100,92 99,84 100,22 100,33 0,55 111,13 114,85 113,38 113,12 1,87 25 100,29 99,78 99,12 99,75 0,59 112,58 116,66 114,53 114,59 2,04 10 98,06 100,14 98,82 99,11 1,04 107,56 111,93 110,45 109,98 2,22 ĐC 99,93 100,08 100.26 100,09 0,17 98,29 102,38 100,62 100,43 2,05 Nồng độ IL6 (ng/mL) % Tế bào LNCaP (24 giờ) % Tế bào LNCaP (48 giờ) Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD 100 94,96 104,45 101,88 100,43 4,91 97,61 103,86 102,63 101,37 3,31 50 92,64 102,17 98,09 97,63 4,78 103,77 107,19 106,25 105,74 1,77 25 96,85 103,85 100,71 100,47 3,51 101,71 105,38 104,82 103,97 1,98 10 96,89 102,73 99,82 99,81 2,92 98,93 103,57 100,43 100,98 2,37 ĐC 99,89 101,81 99,76 100,48 1,08 98,46 101,43 102,39 100,76 2,05 PL-29 Nồng độ IL6 (ng/mL) % Tế bào LNCaP (72 giờ) % Tế bào LNCaP (96 giờ) Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD 100 102,44 109,41 107,26 106,37 3,57 95,58 105,22 99,59 100,13 4,84 50 112,76 118,29 116,16 115,74 2,79 87,19 94,21 91,66 91,02 3,55 25 109,45 114,82 111,64 111,97 2,70 89,43 94,38 93,82 92,54 2,71 10 106,37 112,96 110,6 109,98 3,34 84,82 91,52 87,13 87,82 3,40 ĐC 97,81 102,25 101,43 100,50 2,36 98,81 10,.67 100,43 100,64 1,94 Nồng độ IL6 (ng/mL) % Tế bào SW480 (24 giờ) % Tế bào SW480 (48 giờ) Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD 100 102,64 111,28 108,49 107,47 4,41 9617 100,45 97,81 98,14 2,16 50 109,72 117,39 114,22 113,78 3,85 100,23 107,22 104,48 103,98 3,52 25 99,39 105,76 104,12 103,09 3,31 99,42 103,46 101,23 101,37 2,02 10 96,16 103,35 98,74 99,42 3,64 97,06 101,22 100,45 99,58 2,21 ĐC 98,43 102,28 100,26 100,32 1,93 97,69 101,83 100,62 100,05 2,13 Nồng độ IL6 (ng/mL) % Tế bào HT-29 (24 giờ) % Tế bào HT-29 (48 giờ) Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 TBS1 SD 100 114,45 118,94 117,43 116,94 2,28 109,04 115,32 113,81 112,72 3,28 50 113,81 119,23 116,72 116,59 2,71 118,37 124,43 120,48 121,09 3,08 25 110,56 115,78 114,82 113,72 2,78 105,32 110,21 108,35 107,96 2,47 10 109,61 114,54 113,74 112,63 2,65 100,27 105,55 103,62 103,15 2,67 ĐC 96,19 103,51 100,53 100,08 3,68 95,58 104,60 99,56 100,07 4,34 PL-30 PHỤ LỤC 19. Tỷ lệ tế bào HT-29 sống sót dƣới tác động kích thích của IL6 và 13 chất ức chế ở nồng độ khảo sát 10 µM, 0,1 µM và 100 µM Tỷ lệ tế bào HT-29 sống sót dƣới tác động kích thích của IL6 và 13 chất ức chế ở nồng độ 10 µM trong 3 thử nghiệm lặp lại Chất ức chế 10 (µM) IL6 50 (ng/ml) Tỷ lệ tế bào sống (+IL6)* Tỷ lệ tế bào sống (-IL6) Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS2 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS3 SD Adavosetib IL-6 20,00 17,56 19,25 18,94 1,25 18,62 19,28 18,83 18,91 0,34 Abivertinib 0,84 0,81 0,90 0,85 0,05 1,14 1,41 1,53 1,36 0,20 Dacomitinib 0,42 0,48 0,49 0,46 0,04 0,24 0,22 0,19 0,22 0,03 Entrectinib 1,46 1,38 1,65 1,50 0,14 1,45 1,31 1,21 1,32 0,12 Entospletinib 1,87 2,44 2,25 2,19 0,29 2,77 2,56 2,12 2,48 0,33 Imatinib 3,28 3,56 3,69 3,51 0,21 3,95 3,71 3,56 3,74 0,20 Nintedanib 1,84 2,11 1,92 1,96 0,14 2,47 2,64 2,81 2,64 0,17 Vemurafenib 2,38 2,79 2,54 2,57 0,21 2,95 2,73 2,58 2,75 0,19 Dabigatran 103,59 104,11 104,47 104,06 0,44 96,11 98,46 99,97 98,18 1,95 Baicalin 113,76 126,46 124,93 121,72 6,93 99,21 97,49 102,61 99,77 2,61 Chrysin 119,80 129,20 125,84 124,95 4,76 101,44 105,92 107,29 104,88 3,06 Quercetin 83,50 84,57 85,26 84,44 0,88 78,64 76,56 72,94 76,05 2,88 Rhamnetin 73,89 75,26 73,13 74,09 1,08 68,83 71,42 70,17 70,14 1,30 Đối chứng 117,91 122,33 124,20 121,48 3,23 97,02 103,68 99,83 100,18 3,34 PL-31 Tỷ lệ tế bào HT-29 sống sót dƣới tác động kích thích của IL6 và 8 chất “tinib” ở nồng độ 0,1 µM trong 3 thử nghiệm lặp lại Chất ức chế 0,1 (µM) IL6 50 (ng/ml) Tỷ lệ tế bào sống (+IL6)* Tỷ lệ tế bào sống (-IL6) Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS2 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS3 SD Adavosetib IL6 79,83 78,41 80,13 79,46 0,92 59,95 57,93 61,42 59,77 1,75 Abivertinib 96,16 95,64 99,56 97,12 2,13 78,36 77,95 76,87 77,73 0,77 Dacomitinib 108,05 111,09 107,15 108,76 2,06 99,46 97,62 98,47 98,52 0,92 Entrectinib 109,24 103,30 107,02 106,52 3,00 87,63 86,38 87,84 87,28 0,79 Entospletinib 105,09 109,63 106,26 107,00 2,36 99,29 98,41 97,62 98,44 0,84 Imatinib 110,62 115,23 113,87 113,24 2,37 99,11 98,96 97,67 98,58 0,79 Nintedanib 109,95 106,76 104,45 107,05 2,76 86,89 85,98 87,81 86,89 0,92 Vemurafenib 122,05 123,48 118,49 121,34 2,57 99,59 97,14 101,05 99,26 1,98 Đối chứng 124,41 121,45 118,38 121,41 3,02 97,02 103,68 99,83 100,18 3,34 Tỷ lệ tế bào HT-29 sống sót dƣới tác động kích thích của IL6 và baicalin, chrysin ở nồng độ 100 µM trong 3 thử nghiệm lặp lại Chất ức chế 100 (µM) IL6 50 (ng/ml) Tỷ lệ tế bào sống (+IL6)* Tỷ lệ tế bào sống (-IL6) Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS2 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS3 SD Baicalin IL6 126,10 123,77 120,18 123,35 2,98 99,28 98,35 105,14 100,92 3,68 Chrysin 90,65 89,89 90,07 90,20 0,40 63,92 67,88 71,29 67,70 3,69 Đối chứng 124,76 122,33 117,57 121,55 3,02 98,97 96,85 104,06 99,96 3,71 PL-32 PHỤ LỤC 20. Tỷ lệ tế bào HT-29 sống só tác động kích thích của IL6 và 6 chất ức chế theo dãy nồng độ Tỷ lệ độc tế bào HT-29 sống sót dƣới tác động kích thích của IL6 và chất ức chế Dabigatran theo dãy nồng độ (n=3) Quercetin IL6 Tỷ lệ tế bào sống (+IL6)* Tỷ lệ tế bào sống (-IL6) Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS2 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS3 SD 20 µM 50 (ng/ml) 72,93 71,25 74,05 72,74 1,41 68,03 67,39 64,58 66,67 1,84 10 µM 83,50 84,57 85,26 84,44 0,88 78,64 76,56 74,54 76,58 2,05 5 µM 98,31 101,78 100,20 100,10 1,73 88,12 87,34 84,15 86,54 2,10 2,5 µM 114,04 111,44 113,30 112,93 1,34 96,43 98,64 95,11 96,73 1,78 1 µM 117,98 120,58 121,54 120,03 1,84 100,48 102,54 99,72 100,91 1,46 Đối chứng 120,96 116,59 125,41 120,99 4,41 100,22 98,12 102,77 100,37 2,23 Dabigatran DB14726 IL6 Tỷ lệ tế bào sống (+IL6)* Tỷ lệ tế bào sống (-IL6) Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS2 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS3 SD 20 µM 50 (ng/ml) 96,34 95,62 93,54 95,17 1,45 90,63 89,87 88,19 89,56 1,25 10 µM 102,45 104,11 103,34 103,30 0,83 96,11 95,46 97,97 98,18 1,95 5 µM 111,84 115,46 114,03 113,78 1,82 100,81 98,53 99,32 99,55 1,16 1 µM 116,66 119,17 118,34 118,06 1,28 101,76 102,82 98,28 100,95 2,38 0,5 µM 120,16 119,33 121,62 120,37 1,16 99,32 102,14 101,78 101,08 1,53 Đối chứng 120,96 116,59 125,41 120,99 4,41 100,22 98,12 102,77 100,37 2,23 Tỷ lệ độc tế bào HT-29 sống sót dƣới tác động kích thích của IL6 và chất ức chế Quercetin theo dãy nồng độ (n=3) PL-33 Tỷ lệ tế bào HT-29 sống sót dƣới tác động kích thích của IL6 và chất ức chế Rhamnetin theo dãy nồng độ (n=3) Rhamnetin IL6 Tỷ lệ tế bào sống (+IL6)* Tỷ lệ tế bào sống (-IL6) Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS2 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS3 SD 20 µM 50 (ng/ml) 66,31 69,47 66,54 67,44 1,76 64,43 65,79 66,50 65,57 1,05 10 µM 73,89 75,26 73,13 74,09 1,08 68,83 71,42 70,17 70,14 1,30 5 µM 111,06 109,38 113,38 111,27 2,01 98,63 99,79 97,21 98,54 1,29 2,5 µM 118,33 115,99 117,03 117,12 1,17 99,37 100,56 97,83 99,25 1,37 1 µM 122,41 120,17 122,48 121,69 1,31 101,75 100,34 102,54 101,54 1,11 Đối chứng 120,96 116,59 125,41 120,99 4,41 100,22 98,12 102,77 100,37 2,23 Tỷ lệ tế bào HT-29 sống sót dƣới tác động kích thích của IL6 và chất ức chế Imatinib theo dãy nồng độ (n=3) Imatinib DB00619 IL6 50 (ng/ml) Tỷ lệ tế bào sống (+IL6)* Tỷ lệ tế bào sống (-IL6) Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS2 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS3 SD 0,2 µM 106,37 104,22 100,81 103,80 2,80 96,35 94,05 95,02 95,14 1,15 0,1 µM 110,62 115,23 113,87 107,00 2,36 99,11 98,96 97,67 98,58 0,85 0,05 µM 118,69 114,64 116,31 116,55 2,04 98,65 101,24 99,43 98,58 1,33 0,01 µM 120,47 117,26 121,51 119,75 2,22 100,34 101,53 102,47 101,45 1,07 Đối chứng 120,96 116,47 123,81 120,41 3,70 100,22 98,42 102,82 100,37 2,21 PL-34 Tỷ lệ tế bào HT-29 sống sót dƣới tác động kích thích của IL6 và chất ức chế Dacomitinib theo dãy nồng độ (n=3) Dacomitinib DB11963 IL6 Tỷ lệ tế bào sống (+IL6)* Tỷ lệ tế bào sống (-IL6) Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS2 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS3 SD 0,2 µM 50 (ng/ml) 98,82 102,62 101,62 101,02 1,97 94,91 95,24 92,35 94,17 1,58 0,1 µM 108,05 111,09 107,15 108,76 2,06 99,46 97,62 98,47 99,12 1,48 0,05 µM 119,18 115,63 116,55 117,12 1,84 99,17 101,06 97,83 99,35 1,62 0,01 µM 122,41 119,08 123,69 121,73 2,38 100,85 102,74 103,54 102,38 1,38 Đối chứng 120,96 116,47 123,81 120,41 3,70 100,22 98,42 102,82 100,37 2,21 Tỷ lệ tế bào HT-29 sống sót dƣới tác động kích thích của IL6 và chất ức chế Entospletinib theo dãy nồng độ (n=3) Entospletinib DB12121 IL6 Tỷ lệ tế bào sống (+IL6)* Tỷ lệ tế bào sống (-IL6) Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS2 SD Lần 1 Lần 2 Lần 3 % TBS3 SD 0,2 µM 50 (ng/ml) 99,85 98,58 101,13 99,85 1,28 93,42 96,06 95,14 94,87 1,34 0,1 µM 105,09 109,63 106,26 107,00 2,36 99,29 98,41 97,62 98,44 0,84 0,05 µM 115,30 116,33 113,76 115,13 1,29 100,71 102,16 99,75 100,87 1,21 0,01 µM 120,47 118,47 122,72 120,56 2,13 103,12 101,64 102,94 102,57 0,81 Đối chứng 120,96 116,47 123,81 120,41 3,70 100,22 98,42 102,82 100,37 2,21 PL-35 PHỤ LỤC 21. Cấu trúc 2D của 41 chất docking tiềm năng IL6 tại vị trí IIIa 1. DB00619 15. ZINC64816941 29. NCI-640967 2. DB06364 16. ZINC13348421 30. NCI-641444 3. DB11526 17. ZINC33063367 31. NCI-679834 4. DB15187 18. ZINC09355052 32. NCI-165564 5. DB06190 19. ZINC12497001 33. NCI-134606 6. DB04739 20. ZINC84722609 34. NCI-641427 PL-36 7. DB09079 21. ZINC01182742 35. NCI-641442 8. DB16236 22. NCI642432 36. NCI-106109 9. DB13060 23. NCI-48589 37. NCI-352756 10. DB04125 24. NCI-640971 38. NCI-743414 11. DB07601 25. NCI-641428 39. NCI-205929 12. ZINC58245939 26. NCI-668490 40. NCI-602248 13. ZINC53481289 27. NCI-732492 41. NCI-78952 14. ZINC09467381 28. NCI-640961 PL-37 PHỤ LỤC 22. Giá trị trung bình của RMSD protein, RMSD phối tử, SASA và Rg đƣợc tính toán từ dữ liệu quỹ đạo MD 100 ns của IL6 ở dạng apoprotein và các phức hợp phối tử tại vị trí IIIa. Tên chất RMSD protein (Å) RMSD phối tử (Å) SASA (nm2) Rg (Å) Apoprotein-IL6 2,18 ± 0,52 97,96 ± 0,89 14,23 ± 0,83 IL6-DB00619 1,92 ± 0,42 1,38 ± 0,34 97,84 ± 1,11 14,78 ± 0,24 IL6-DB04125 2,44 ± 0,68 1,23 ± 0,53 97,68 ± 0,97 15,03 ± 0,12 IL6-DB04739 2,57 ± 0,64 1,40 ± 0,29 97,54 ± 0,86 14,92 ± 0,13 IL6-DB07601 3,56± 1,03 1,64 ± 0,52 97,44 ± 1,17 14,73 ± 0,25 IL6-DB09079 1,86 ± 0,25 1,42 ± 0,27 97,80 ± 1,00 14,78 ± 0,18 IL6-DB11526 2,45 ± 0,72 2,08 ± 0,70 97,90 ± 0,84 14,89 ± 0,14 IL6-DB15187 1,99 ± 0,31 1,45 ± 0,24 97,63 ± 1,14 14,83 ± 0,21 IL6-DB16326 2,48± 0,66 2,78 ± 0,62 97,89 ± 0,97 15,03 ± 0,16 IL6-NCI205929 1,88± 0,30 2,17 ± 0,52 98,06 ± 0,97 14,97 ± 0,13 IL6-NCI602248 2,11 ± 0,51 2,98 ± 0,75 97,84 ± 1,02 15,05 ± 0,16 IL6-NCI743414 2,63 ± 1,00 1,89± 0,49 97,68 ± 0,88 15,02 ± 0,12 IL6-ZINC12947001 3,68 ± 1,13 1,09 ± 0,39 97,65 ± 0,89 14,78 ± 0,19 IL6-ZINC53481289 2,62 ± 0,67 1.46± 0,33 97,71 ± 0,95 14,90± 0,16 IL6-ZINC09867381 2,86 ± 0,58 2,80 ± 0,41 98,27 ± 0,91 14,86± 0,19 IL6-ZINC13348421 2,19 ± 0,38 1,73 ± 0,35 98,91 ± 0,89 14,87± 0,18 IL6-ZINC01183742 1,93 ± 0,41 1,37 ± 0,41 97,99 ± 0,95 14,95± 0,13 IL6-ZINC64816941 2,64 ± 0,73 1,14 ± 0,48 97,95 ± 0,98 14,83± 0,17 PL-38 PHỤ LỤC 23. Kết quả phân tích PLIF của 4 hợp chất hàng đầu tƣơng tác với IL6 tại vị trí IIIa Hợp chất Acid amin tƣơng tác Loại tƣơng tác Gln156 Trp157 Asp160 DB00619 77% 96% 54% 91% Tương tác cầu muối Tương tác kỵ nước Tương tác thơm DB15187 52% 52% 67% 30% Tương tác cầu muối Tương tác kỵ nước Tương tác thơm ZINC13348421 95% 83% 48% 22% Tương tác cầu muối Tương tác kỵ nước Tương tác thơm ZINC01182742 98% 54% 20% 35% Tương tác cầu muối Tương tác kỵ nước Tương tác thơm PHỤ LỤC 24. Năng lƣợng tự do gắn kết của 4 phối tử hàng đầu với IL6 tại khoang gắn kết IIIa Tên phức chất Evdw Eelec Epolar ESASA ∆Gbind IL6-DB00619 ˗ 20.70 ± 2.77 ˗ 36.02 ± 21.16 38.50 ± 15.26 ˗ 2.44 ± 0.44 ˗ 20.66 ± 6.88 IL6-DB15187 ˗ 16.04 ± 4.82 ˗ 47.35 ± 26.95 53.53 ± 25.34 ˗ 2.39 ± 0.81 ˗12.27 ± 4.76 IL6- ZINC13348421 ˗ 25.01 ± 4.56 ˗ 59.14 ± 15.83 48.91 ± 13.05 ˗ 3.60 ± 0.51 ˗ 26.08 ± 4.63 IL6- ZINC01182742 ˗ 21.34 ± 4.04 ˗26.18 ± 8.51 24.85 ± 3.36 ˗ 3.69 ± 0.46 ˗ 35.25 ± 5.40