Nghiên cứu đa hình trình tự vùng điều khiển (D-Loop) hệ gen ty thể của gà ri, gà đông tảo và gà tre

..C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-09 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-10 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-11 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-12 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-13 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-14 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-15 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-16 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-17 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-18 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-19 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-20 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-21 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-22 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-01 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-02 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-03 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-04 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-05 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-06 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-07 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-08 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-09 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-10 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-11 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-12 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-13 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-14 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-15 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-16 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-17 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-18 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-19 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-20 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-21 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-22 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-23 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-24 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 47 426 430 440 450 460 470 480 490 ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| AP003580 CCTGCTTGTA ATGTACTTCA TGACCAGTCT CAGGCCCATT CTTTCCCCCT ACACCCCTCG CCCTACTTGC Ri-25 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-26 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-27 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-28 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-29 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-30 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-31 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-01 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-02 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-03 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-04 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-05 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-06 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-07 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-08 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-09 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-10 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-11 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-12 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-13 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-14 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-15 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-16 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-17 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-18 .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 500 510 520 530 540 550 560 ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| AP003580 CTTCCACCGT ACCTCTGGTT CCTCGGTCAG GCACATCCCA TGCATAACTC CTGAACTTTC TCACTTTTCA Dt-01 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-02 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-03 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-04 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-05 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-06 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-07 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-08 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-09 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-10 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-11 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-12 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-13 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-14 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-15 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-16 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-17 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 48 500 510 520 530 540 550 560 ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| AP003580 CTTCCACCGT ACCTCTGGTT CCTCGGTCAG GCACATCCCA TGCATAACTC CTGAACTTTC TCACTTTTCA Dt-18 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-19 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-20 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-21 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Dt-22 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-01 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-02 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-03 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-04 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-05 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-06 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-07 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-08 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-09 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-10 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-11 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-12 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-13 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-14 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-15 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-16 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-17 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-18 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-19 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-20 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-21 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-22 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-23 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-24 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-25 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-26 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-27 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-28 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-29 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-30 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ri-31 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-01 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-02 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-03 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-04 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-05 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-06 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-07 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-08 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-09 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 49 500 510 520 530 540 550 560 ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| AP003580 CTTCCACCGT ACCTCTGGTT CCTCGGTCAG GCACATCCCA TGCATAACTC CTGAACTTTC TCACTTTTCA Tr-10 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-11 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-12 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-13 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-14 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-15 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-16 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-17 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Tr-18 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 570 580 590 600 609 ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|.... AP003580 CGAAGTCATC TGTGGATTAT CTTCCCCTCT TTAGTCCGTG ATCGCGGCA Dt-01 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-02 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-03 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-04 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-05 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-06 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-07 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-08 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-09 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-10 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-11 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-12 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-13 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-14 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-15 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-16 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-17 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-18 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-19 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-20 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-21 .......... .......... .......... .......... ......... Dt-22 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-01 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-02 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-03 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-04 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-05 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-06 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-07 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-08 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-09 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-10 .......... .......... .......... .......... ......... Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 50 570 580 590 600 609 ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|.... AP003580 CGAAGTCATC TGTGGATTAT CTTCCCCTCT TTAGTCCGTG ATCGCGGCA Ri-11 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-12 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-13 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-14 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-15 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-16 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-17 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-18 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-19 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-20 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-21 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-22 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-23 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-24 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-25 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-26 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-27 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-28 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-29 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-30 .......... .......... .......... .......... ......... Ri-31 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-01 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-02 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-03 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-04 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-05 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-06 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-07 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-08 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-09 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-10 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-11 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-12 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-13 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-14 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-15 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-16 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-17 .......... .......... .......... .......... ......... Tr-18 .......... .......... .......... .......... ......... Hình 3.2. So sánh trình tự vùng D-loop của 71 mẫu gà nghiên cứu với trình tự mang mã số GenBank AP003580 Dt: gà Đông Tảo, Ri: gà Ri, Tr: gà Tre Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 51 Theo kết quả so sánh trình tự nucleotide xác định đƣợc ở 3 giống gà Ri, Đông Tảo, Tre với trình tự của gà White Leghorn, chúng tôi nhận thấy tại một số vị trí trên vùng D-loop của 3 mẫu gà có sự thay đổi so với trình tự nucleotide vùng D-loop của gà White Leghorn AP003580. Các vị trí nucleotide sai khác giữa các mẫu đƣợc thể hiện trên bảng 3.3. Bảng 3.3. Các điểm đa hình trong vùng D-loop của 3 giống gà nghiên cứu Vị trí nucleotide Giống gà Kiểu thay thế Ri Đông Tảo Tre Số mẫu (n = 31) Tỷ lệ % Số mẫu (n = 22) Tỷ lệ % Số mẫu (n = 18) Tỷ lệ % 147 T → C 1 3,2 / / 10 55,6 192 G → A 30 96,8 21 95,5 1 5,6 197 C → T 31 100 22 100 18 100 205 C → T 1 3,2 1 4,5 10 55,6 223 C → T 31 100 22 100 11 61,1 226 C → T 30 96,8 22 100 2 11,1 236 C → T 31 100 22 100 11 61,1 241 T → C 31 100 22 100 15 83,3 261 A → G / / / / 7 38,9 276 C → T 11 35,5 5 22,7 / / 286 T → C / / / / 7 38,9 290 T → C 31 100 22 100 11 61,1 295 C → T 30 96,8 22 100 2 11.1 371 C → T / / / / 4 22,2 426 T → C 31 100 22 100 18 100 Kết quả cho thấy các mẫu nghiên cứu có khá nhiều vị trí đa hình so với trình tự chuẩn. Tổng cộng 71 mẫu có 619 điểm đa hình, tƣơng ứng với sự thay đổi nucleotide ở 15 vị trí so với trình tự gà White Leghorn. Đây là một con số khá lớn song nó phù hợp với các nghiên cứu trƣớc đây cho thấy vùng điều Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 52 khiển D-loop có tần số đột biến cao nhất trong hệ gen ty thể. Có thể đây là các vị trí nucleotide nhạy cảm với các yếu tố môi trƣờng ảnh hƣởng tới quá trình tái bản của mtDNA. Thêm vào đó, do sự tái bản của mtDNA thiếu cơ chế sửa chữa nên sự thay thế nucleotide đƣợc di truyền qua các thế hệ, tạo thành điểm đa hình giữa các mẫu [40]. Mẫu có ít vị trí đa hình nhất là 4 vị trí (mẫu Tr-05 và Tr-15), trong khi đó mẫu có nhiều vị trí đa hình nhất là 10 vị trí (11mẫu gà Ri và 5 mẫu gà Đông Tảo). Tất cả các vị trí đa hình đều là các đột biến đồng hóan (transition mutation, từ purine thành purine và từ pyrimidine thành pyrimidine). Các đa hình hay gặp nhất ở các mẫu nghiên cứu là C223T (64 mẫu), C236T (64 mẫu), T241C (68 mẫu), T290C (64 mẫu). Đặc biệt đa hình C197T và T426C là 2 đa hình có ở cả 71 mẫu nghiên cứu (Hình 3.3). Hình 3.3. Hai đa hình phổ biến nhất của các mẫu nghiên cứu C197T và T426C Các vị trí có sự sai khác với trình tự chuẩn chủ yếu xảy ra sự thay thế C bằng T hoặc T bằng C: trong tổng số 619 điểm đa hình của 71 mẫu có tới 339 điểm có sự thay thế C bằng T, chiếm tỉ lệ 54,77% và tƣơng ứng với 8/15 vị trí sai khác nucleotide so với trình tự AP003580; 221 điểm xảy ra sự thay thế T bằng C, chiếm tỉ lệ 35,7% và tƣơng ứng với 5/15 vị trí; vị trí 192 thay thế G bằng A với 52 điểm đa hình, chiếm tỉ lệ 8,4%; vị trí 261 thay thế A bằng G Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 53 với 7 điểm đa hình, chiếm tỉ lệ 1,13%. Tần số các kiểu thay thế nucleotide của 71 mẫu nghiên cứu đƣợc thể hiện trên hình 3.4. 35.7 54.77 8.4 1.13 0 10 20 30 40 50 60 Tû lÖ % T → C C → T G → A A → G KiÓu thay thÕ Hình 3.4. Tỷ lệ % các kiểu thay thế nucleotide của 71 mẫu nghiên cứu Trong 3 giống gà nghiên cứu thì gà Ri có 12 vị trí xảy ra sự thay thế nucleotide với tổng số 289 nucleotide bị thay thế, gà Đông Tảo có 11 vị trí thay thế với 203 nucleotide bị thay thế và gà Tre có 127 nucleotide bị thay thế tƣơng ứng với 14 vị trí nucleotide sai khác so với trình tự chuẩn. Đáng chú ý là sự thay thế nucleotide ở gà Đông Tảo rất giống với gà Ri, 11 vị trí xảy ra sự thay thế nucleotide ở gà Đông Tảo đều có ở gà Ri, qua đó cho thấy sự đồng nhất đáng kể về mặt di truyền giữa các mẫu thuộc 2 giống nghiên cứu. Cả 2 giống gà đều có 7 vị trí xảy ra sự thay thế C bằng T (các vị trí 197, 205, 223, 226, 236, 276 và 295), 3 vị trí xảy ra sự thay thế T bằng C (vị trí 241, 290 và 426), 1 vị trí thay thế G bằng A (vị trí 192). Ở gà Ri còn có thêm vị trí 147 xảy ra sự thay thế T bằng C. Với các mẫu gà Tre, trong tổng số 14 vị trí xảy ra sự thay thế nucleotide có tới 10 vị trí mà sự thay thế nucleotide hoàn toàn giống với 2 giống gà Ri và gà Đông Tảo, điều này cho thấy sự gần gũi về mặt di truyền của 3 giống gà nghiên cứu. Nhƣng thêm vào Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 54 đó gà Tre còn có 3 vị trí sai khác nữa với trình tự gà White Leghorn mà ở gà Ri và gà Đông Tảo không có (các đa hình A261G, T286C và C371T). Ngoài ra gà Tre còn có đa hình T147C giống với gà Ri (không có ở gà Đông Tảo) và đa hình C276T vắng mặt ở gà Tre. Những sự khác biệt này của gà Tre so với gà Ri và gà Đông Tảo cũng phù hợp với sự phân bố của ba giống gà, gà Ri và gà Đông Tảo rất gần gũi nhau về phƣơng diện địa lý trong khi khu vực phân bố của gà Tre là Long An, một tỉnh thuộc Đông Nam Bộ, đây là khu vực không có sự sinh sống của gà Đông Tảo còn sự có mặt của gà Ri cũng không phổ biến nhƣ ở miền Trung và miền Bắc. Trên cơ sở trình tự nucleotide thu đƣợc, chúng tôi tiến hành phân loại các mẫu nghiên cứu vào các kiểu đơn bội khác nhau. Kết quả, 71 mẫu của 3 giống gà đƣợc phân vào 8 kiểu đơn bội ký hiệu theo thứ tự từ A đến H (Bảng 3.4). Kết quả này có sự khác biệt đáng kể khi so sánh với một số nghiên cứu khác đã tiến hành trƣớc đó trên đối tƣợng gà châu Á, chẳng hạn Xiaojing và đtg (2007) [30] trong công trình nghiên cứu của mình đã phân loại 53 mẫu gà (33 mẫu gà Broiler và 20 mẫu gà White Leghorn) vào 11 kiểu đơn bội, Niu và đtg (2001) [49] khi phân tích trình tự 539 nucleotide đầu tiên trong vùng D-loop của 6 giống gà địa phƣơng Trung Quốc (tƣơng ứng với 25 mẫu gà) đã phân loại chúng vào 13 kiểu đơn bội. Sự khác biệt này cho thấy mức độ đồng nhất di truyền rất cao giữa 3 giống gà Đông Tảo, Ri và gà Tre. Theo kết quả bảng 3.4 gà Ri thuộc 3 kiểu đơn bội là A (19 mẫu), B (11 mẫu) và C (1 mẫu). Gà Đông Tảo thuộc 3 kiểu đơn bội là A (16 mẫu), B (5 mẫu) và F (1 mẫu). Phần lớn các mẫu gà Ri và gà Đông Tảo thuộc về 2 kiểu đơn bội A và B, điều đó cho thấy mối quan hệ di truyền gần gũi giữa 2 giống gà này. Trong khi đó, gà Tre thuộc 6 kiểu đơn bội là A (1 mẫu), C (9 mẫu), D (4 mẫu), E (2 mẫu), G (1 mẫu) và H (1 mẫu), qua đó cho thấy sự biến đổi di truyền rất lớn bên trong nội bộ giống gà Tre. Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 55 Bảng 3.4. Sự phân bố của 71 mẫu gà nghiên cứu theo các kiểu đơn bội Kiểu đơn bội Giống gà Số mẫu Vị trí đa hình A Ri 19 G192A, C197T, C223T, C226T, C236T, T241C, T290C, C295T, T426C Đông Tảo 16 Tre 1 B Ri 11 G192A, C197T, C223T, C226T, C236T, T241C, C276T, T290C, C295T, T426C Đông Tảo 5 C Ri 1 T147C, C197T, C205T, C223T, C236T, T241C, T290C, C295T, T426C Tre 9 D Tre 4 C197T, T241C, A261G, T286C, C371T, T426C E Tre 2 C197T, A261G, T286C, T426C F Đông Tảo 1 C197T, C205T, C223T, C226T, C236T, T241C, T290C, C295T, T426C G Tre 1 T147C, C197T, C205T, C223T, C226T, C236T, T241C, T290C, T426C H Tre 1 C197T, A261G, T286C, C295T, T426C Trong 8 kiểu đơn bội, kiểu đơn bội A đƣợc tìm thấy ở cả 3 giống gà với số lƣợng mẫu nhiều nhất: 36/71 mẫu, chiếm tỉ lệ 50,7% tổng số mẫu nghiên cứu. Kiểu đơn bội B có ở gà Ri và gà Đông Tảo với 16 mẫu, chiếm 22,54%. Kiểu đơn bội C đƣợc tìm thấy ở gà Ri và gà Tre với 10 mẫu, chiếm tỉ lệ Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 56 14,08%. Kiểu đơn bội D, E, G và H chỉ có ở gà Tre, kiểu đơn bội F chỉ có ở gà Đông Tảo. Tần số phân bố của các kiểu đơn bội vùng D-loop hệ gen ty thể 3 giống gà nghiên cứu đƣợc minh hoạ trên hình 3.5. Hình 3.5. Tần số phân bố của các kiểu đơn bội vùng D-loop hệ gen ty thể 3 giống gà nghiên cứu 3.3. Sự đồng nhất về trình tự nucleotide của 3 giống gà Phân tích sự đồng nhất giữa các trình tự nucleotide trong từng giống gà cho thấy gà Đông Tảo có mức độ sai khác di truyền là thấp nhất, giá trị hệ số khoảng cách di truyền (hệ số sai khác về trình tự nucleotide) giữa các mẫu gà Đông Tảo là d = 0,0009, tiếp đến là gà Ri có d = 0,0013 và mức độ sai khác lớn nhất là ở gà Tre (d = 0,0079); điều đó có nghĩa là các mẫu thuộc giống gà Đông Tảo có độ đồng nhất về trình tự nucleotide là cao nhất với hệ số tƣơng đồng là 99,91%, tiếp theo là các mẫu thuộc giống gà Ri với mức độ đồng nhất về trình tự nucleotide giữa các mẫu là 99,87% và cuối cùng là các mẫu gà Tre có mức độ đồng nhất thấp nhất với hệ số tƣơng đồng là 99,21%. 3.4. Phân tích mối quan hệ di truyền giữa các giống gà nghiên cứu Chúng tôi tiến hành phân tích mối quan hệ di truyền của 3 giống gà với gà White Leghorn AP003580. Trong 3 giống gà nghiên cứu, gà Tre có mối quan hệ di truyền gần gũi nhất với gà White Leghorn AP003580, giá trị hệ Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 57 số khoảng cách di truyền của các mẫu gà Tre so với gà White Leghorn là d = 0,0117, có nghĩa là sự tƣơng đồng về trình tự nucleotide giữa các mẫu gà Tre so với gà White Leghorn là 98,83%, gà Đông Tảo và gà Ri có khoảng cách di truyền với gà White Leghorn AP003580 gần tƣơng đƣơng nhau, mức độ tƣơng đồng về trình tự nucleotide của 2 giống gà này với gà AP003580 lần lƣợt là 98,46% và 98,44%. Trong 3 phân loài gà rừng đỏ phân bố tại Việt Nam (G. g. gallus, G. g. spadiceus và G. g. jabouibi) có 2 phân loà i G. g. gallus và G. g. spadiceus có trình tự vùng D-loop đƣợc đăng ký trên GenBank. Do đó, chúng tôi đã sử dụng trình tự vùng D-loop gà rừng đỏ Việt Nam mã số AB009434 thuộc phân loài G. g. gallus và trình tự mã số NC007235 thuộc phân loài G. g. spadiceus để đánh giá mối quan hệ di truyền của 2 phân loài này với 3 giống gà nghiên cứu. Kết quả cho thấy, gà rừng AB009434 có mối quan hệ di truyền gần gũi nhất với gà Tre, giá trị hệ số khoảng cách di truyền của gà rừng AB009434 với gà Tre là 0,0171, giá trị này thấp hơn của gà AB009434 với gà Đông Tảo (d = 0,0190) và với gà Ri (d = 0,0191). Trong khi đó, gà rừng NC007235 lại có mối quan hệ di truyền gần gũi với gà Ri và gà Đông Tảo hơn là với gà Tre, giá trị hệ số khoảng cách di truyền của gà NC007235 với gà Ri và gà Đông Tảo là rất thấp, lần lƣợt là 0,0009 và 0,0005, trong khi giá trị hệ số khoảng cách di truyền của nó với gà Tre là 0,0103. Kết quả này cũng phù hợp với sự phân bố của các giống gà, phân loài G. g. gallus và gà Tre tập trung chủ yếu ở các tỉnh Nam Bộ, trong khi phân loài G. g. spadiceus cùng với gà Ri và gà Đông Tảo phân bố ở khu vực miền Bắc. Giữa 3 giống gà, sự sai khác về trình tự nucleotide giữa gà Đông Tảo và gà Ri là thấp nhất, giá trị hệ số khoảng cách di truyền của 2 giống gà này là 0,0011, giá trị này thấp hơn rất nhiều so với giá trị hệ số khoảng cách di Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 58 truyền giữa gà Tre và gà Đông Tảo (d = 0,0106) và giữa gà Tre với gà Ri (d = 0,0107). Điều đó có nghĩa là trong 3 giống gà Ri, Đông Tảo, Tre thì gà Đông Tảo và gà Ri có mối quan hệ di truyền với nhau gần gũi hơn là giữa chúng so với gà Tre, sự đồng nhất về trình tự nucleotide của 2 giống gà này lên tới 99,89%. Mối quan hệ di truyền giữa 3 giống gà nghiên cứu với nhau và với gà White Leghorn AP003580, gà rừng đỏ Việt Nam AB009434 và gà NC007235 đƣợc thể hiện ở bảng 3.5. Bảng 3.5. Mối quan hệ di truyền giữa các giống gà nghiên cứu Hệ số khoảng cách di truyền Nhóm mẫu AP003580 AB009434 NC007235 Dt Ri Tr Mức độ tƣơng đồng về trình tự nucleotide (%) AP003580 / 98,66 98,50 98,46 98,44 98,83 AB009434 0,0134 / 98,16 98,10 98,09 98,29 NC007235 0,0150 0,0184 / 99,95 99,91 98,97 Dt 0,0154 0,0190 0,0005 / 99,89 98,94 Ri 0,0156 0,0191 0,0009 0,0011 / 98,93 Tr 0,0117 0,0171 0,0103 0,0106 0,0107 / 3.5. So sánh mức độ đa dạng di truyền của 3 giống gà nghiên cứu với một số quần thể gà châu Á Trong nghiên cứu này, chúng tôi cũng tiến hành so sánh trình tự vùng D-loop của 71 mẫu gà địa phƣơng Việt Nam với các trình tự tƣơng ứng (kích thƣớc khoảng 400 - 440 bp) của 834 mẫu gà thuộc một số quần thể gà châu Á đƣợc công bố trên GenBank (Nguồn: Kanginakudru và đtg, 2008) [34]. Trong số 905 trình tự có 781 trình tự gà nhà, 124 trình tự còn lại thuộc về các phân loài của gà rừng đỏ (RJF). Tất cả 905 mẫu đƣợc phân vào 9 nhóm căn cứ vào vị trí phân loại của các phân loài và khu vực địa lý mà chúng phân bố (Bảng 3.6). Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 59 Bảng 3.6. So sánh mức độ đa dạng di truyền của gà Việt Nam với một số quần thể gà châu Á Nhóm Đặc điểm Gà nhà (G. g. domesticus) Gà rừng đỏ - RJF (Gallus gallus) Việt Nam Ấn Độ Indonesia Nhật Bản Trung Quốc murghi gallus spadecius bankiva Số mẫu (n) 71 43 12 104 551 56 21 41 6 Số kiểu đơn bội 8 23 6 26 82 42 15 12 6 Đột biến đồng hóan 15 30 16 30 49 45 31 23 8 Đột biến dị hóan 0 20 0 3 9 47 3 4 0 Số vị trí đa hình 15 55 16 37 55 113 36 29 10 Hệ số khoảng cách di truyền 0,0052 0,018 0,015 0,021 0,018 0,029 0,022 0,023 0,012 Qua bảng trên cho thấy, 71 mẫu gà Việt Nam đƣợc phân vào 8 kiểu đơn bội, con số này nếu xét trên tổng số mẫu của từng nhóm gà thì thấp hơn rất nhiều so với các nhóm gà khác, chẳng hạn khi so sánh với 2 nhóm có số lƣợng mẫu thấp nhất là gà Indonesia (n = 12) và gà rừng G. g. bankiva (n = 6), cả hai nhóm này đều tƣơng ứng với 6 kiểu đơn bội. Tất cả các đột biến thay thế nucleotide của nhóm gà Việt Nam đều là đột biến đồng hóan, giống với nhóm gà Indonesia và gà rừng G. g. bankiva. Tổng số 71 mẫu gà Việt Nam chỉ có 15 vị trí đa hình trong khi các nhóm khác con số này lớn hơn rất nhiều. Nếu xét trong nội bộ từng nhóm gà thì giá trị hệ số khoảng cách di truyền của các mẫu gà Việt Nam cũng đạt thấp nhất (d = 0,0052), giá trị này thấp hơn rất nhiều so với 8 nhóm gà còn lại chẳng hạn nhƣ khi so sánh với gà Ấn Độ và gà Trung Quốc (d = 0,018), gà rừng G. g. murghi (d = 0,029). Sự khác biệt đáng kể này cho thấy mức độ đồng nhất di truyền rất cao giữa 3 giống gà Ri, Đông Tảo và gà Tre, sự tƣơng đồng về trình tự nucleotide của 71 mẫu thuộc 3 giống gà này là 99,48%. Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 60 3.6. Xây dựng cây phát sinh chủng loại Cây phát sinh chủng loại đƣợc xây dựng theo phƣơng pháp tối thiểu Maximum Likelihood (ML) và phƣơng pháp Neighbor-Joining sử dụng kết quả so sánh ClustalW các trình tự của 71 mẫu gà nghiên cứu và 3 trình tự thu thập trên GenBank mã số AP003580, AB009434 và NC007235. Cả hai phƣơng pháp đều cho cây có dạng hình học tƣơng đồng (Hình 3.6), chứng tỏ kết quả phân tích đảm bảo độ tin cậy. R i- 2 6 R i- 2 9 R i- 2 3 R i- 2 0 R i- 1 3 R i- 1 2 R i- 0 9 R i-0 8 R i-0 7 R i-0 4 R i-0 1 Dt -2 2 Dt -2 1 Dt -13 Dt- 12 Dt-1 0 Ri-0 2 Dt-20 Dt-19 Dt-18 Dt-17 Dt-16 Dt-15 Dt-14 Dt-11 Dt-09 Dt-08 Dt-07D t-05D t-04Dt-03Dt-02 D t-0 1 N C 0 0 7 2 3 5 R i-0 3 R i-0 5 R i-0 6 R i-1 0 R i-1 4 R i- 1 5 R i- 1 6 R i- 1 7 R i- 1 8 R i- 1 9 R i- 2 1 R i-2 2R i-2 4R i-2 5R i-2 7R i-2 8R i-3 0 Ri -3 1 Tr- 17 Dt- 06 Tr-1 8 Ri-11 Tr-01 Tr-02 Tr-03 Tr-04 Tr-08 Tr-12 Tr-13 Tr-14 Tr-16 AP003580 AB009434 Tr-05 Tr-15 T r-06 T r-07 T r-0 9 T r-1 0 T r-1 1 0.000 0.002 0.004 0.006 Hình 3.6. Cây phát sinh chủng loại của 3 giống gà nghiên cứu AP003580: White Leghorn, AB009434: G. g. gallus. NC007235: G. g. spadecius, Dt: gà Đông Tảo, Ri: gà Ri, Tr: gà Tre (Boostrap 500) Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 61 Trên cây phát sinh chủng loại, 74 mẫu so sánh đƣợc chia thành 2 nhóm tách biệt, nhóm I gồm 7 mẫu gà Tre (các mẫu Tr-05, Tr-06, Tr-07, Tr-09, Tr-10, Tr-11 và Tr-15). Mẫu AP003580 và mẫu AB009434 cũng thuộc vào nhóm I, điều này phù hợp với phân tích cho thấy gà White Leghorn AP003580 và gà rừng đỏ AB009434 có mối quan hệ di truyền gần gũi với gà Tre hơn là giữa chúng với gà Ri và gà Đông Tảo. Nhóm II gồm các mẫu của 2 giống gà Ri và Đông Tảo; các mẫu còn lại của giống gà Tre và mẫu NC007235. Nhóm này tách thành hai nhóm nhỏ, một nhóm gồm các mẫu gà Tre, nhóm còn lại gồm các mẫu gà Đông Tảo và gà Ri, mẫu NC007235 thuộc vào nhóm này, kết quả này cũng phù hợp với phân tích quan hệ di truyền cho thấy gà rừng NC007235 gần gũi về mặt di truyền với gà Ri và gà Đông Tảo hơn là với gà Tre. Nhƣ vậy, trong 3 giống gà thì giống gà Ri và Đông Tảo có mối quan hệ gần gũi với nhau hơn là giữa chúng với gà Tre, cả hai giống này cùng thuộc về một nhánh. Gà Tre thuộc về cả hai nhánh của cây phát sinh chủng loại, điều này phù hợp với các phân tích cho thấy có sự biến đổi di truyền rất lớn bên trong nội bộ giống gà Tre. Từ các kết quả trên có thể giả thiết rằng, có hai dạng tổ tiên tham gia vào quá trình hình thành giống gà Tre. Giống gà Ri và gà Đông Tảo có thể có chung nguồn gốc, độ tƣơng đồng của hai giống này khá cao, chứng tỏ thời gian phân ly từ chủng gốc ban đầu là tƣơng đối ngắn. Trƣờng hợp ngoại lệ, một số mẫu nằm phân tán không theo quy luật nhƣ mẫu Tr-17 của giống gà Tre nằm lẫn với các mẫu của gà Ri và Đông Tảo, mẫu gà Ri mã số Ri-11 nằm lẫn vào các mẫu gà Tre và mẫu gà Đông Tảo mã số Dt-06 nằm tách biệt khỏi các mẫu khác. Sự khác biệt này có thể là do có những dạng tổ tiên khác tham gia vào tiến hóa hoặc đã xảy ra sự lai tạp giữa các giống gà nghiên cứu. Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 62 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ KẾT LUẬN 1. Vùng điều khiển (D-loop) hệ gen ty thể của 71 mẫu thuộc 3 giống gà Đông Tảo, Ri, Tre với kích thƣớc khoảng 1,3 kb đã đƣợc khuếch đại bằng kỹ thuật PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu H1255 và L16725. 2. Trình tự 609 nucleotide từ vị trí 21 đến vị trí 629 của vùng D-loop của 71 mẫu gà nghiên cứu đã đƣợc xác định và phát hiện đƣợc 619 điểm đa hình/ đột biến, tƣơng ứng với sự thay đổi nucleotide ở 15 vị trí so với trình tự chuẩn White Leghorn AP003580. 3. Đã phân loại 71 mẫu cá thể nghiên cứu theo 8 kiểu đơn bội. Trong đó, kiểu đơn bội A đƣợc tìm thấy ở cả 3 giống gà với 36 mẫu, kiểu đơn bội B có ở gà Ri và gà Đông Tảo với 16 mẫu, kiểu đơn bội C đƣợc tìm thấy ở gà Ri và gà Tre với 10 mẫu, kiểu đơn bội D, E, G và H chỉ tìm thấy ở gà Tre, kiểu đơn bội F chỉ tìm thấy ở gà Đông Tảo. 4. Các phân tích về mối quan hệ di truyền bƣớc đầu cho thấy gà Đông Tảo và gà Ri có mối quan hệ di truyền gần gũi với nhau hơn là so với gà Tre, sự đồng nhất về trình tự nucleotide giữa 2 giống này là 99,89%; đối với từng giống riêng rẽ thì gà Đông Tảo có sự đồng nhất về trình tự nucleotide cao nhất 99,91%. Trong 3 giống gà nghiên cứu, gà Tre có quan hệ di truyền gần gũi hơn với gà White Leghorn AP003580 và gà rừng đỏ Việt Nam AB009434, trong khi đó gà Đông Tảo và gà Ri có quan hệ di truyền gần gũi hơn với gà rừng đỏ NC007235. 5. Cây phát sinh chủng loại của 3 giống gà đƣợc xây dựng gồm 2 nhánh trong đó gà Tre thuộc về cả 2 nhánh, gà Đông Tảo và gà Ri thuộc về một nhánh. Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 63 ĐỀ NGHỊ Phân tích sự sai khác về trình tự 609 nucleotide của vùng D-loop mới chỉ đƣa ra kết luận sơ bộ về sự đa dạng di truyền và mối quan hệ giữa 3 giống gà Ri, Đông Tảo, Tre. Cần tiến hành những nghiên cứu sâu hơn trên nhiều cá thể thuộc nhiều giống gà địa phƣơng Việt Nam, xác định trình tự toàn bộ vùng D-loop để đƣa ra kết luận chính xác và đầy đủ. Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 64 CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ Lê Tiến, Nguyễn Đăng Tôn, Vũ Hải Chi, Địch Thị Kim Hƣơng, Lê Thị Thuý, Nông Văn Hải (2009), "Đa hình trình tự vùng điều khiển (D-loop) hệ gen ty thể của gà Ri, gà Đông Tảo và gà Tre", Tạp chí Công nghệ Sinh học, 7(2), tr.169-176. Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 65 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt 1. Lê Trần Bình, Phan Văn Chi, Nông Văn Hải, Trƣơng Nam Hải, Lê Quang Huấn (2003), Áp dụng các kỹ thuật phân tử trong nghiên cứu tài nguyên sinh vật Việt Nam, Nxb Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội, tr.45-52. 2. Đặng Vũ Bình (2002), Di truyền số lượng và chọn giống vật nuôi, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội, tr.16-17, 101-112. 3. Cục Chăn nuôi, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (2007), Chiến lược phát triển chăn nuôi gia cầm Việt Nam giai đoạn 2006-2015 của Cục Chăn nuôi, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội. 4. Nguyễn Hải Hà, Lê Thị Thu Thủy, Nguyễn Đăng Tôn, Lê Trần Bình, Trƣơng Văn Lã, Đặng Gia Tùng, Nông Văn Hải (2000), "Tách dòng đoạn gen D-loop vùng điều khiển AND ti thể ở 2 loài gà lôi đặc hữu Việt Nam (Lophura hatinhensis và L. edwardsi)", Kỷ yếu 2000-2001, Nxb Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội, tr.237-244. 5. Nguyễn Minh Hoàn (2005), Cơ sở di truyền và chọn giống vật nuôi, Đại học Huế, Huế, tr.13-16. 6. Nguyễn Đức Hƣng, Phùng Thăng Long, Nguyễn Xuân Bả (2005), Chăn nuôi đại cương, Đại học Huế, Huế, tr.10-59. 7. Lê Đức Long (2008), Nghiên cứu khả năng sinh trưởng, thành phần sinh hóa thịt và đánh giá sự sai khác di truyền của gà Mông nuôi tại Thái Nguyên, Luận văn thạc sĩ khoa học sinh học, Trƣờng Đại học Sƣ phạm Thái Nguyên, Thái Nguyên. 8. Phạm Nhật, Đỗ Quang Huy (1998), Động vật rừng, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội, tr.88. 9. Kim Thị Phƣơng Oanh (1999), Ứng dụng các phương pháp sinh học phân tử trong nghiên cứu sự khác biệt di truyền ở một số loài gà Lôi Việt Nam, Luận văn thạc sĩ khoa học sinh học, Trƣờng Đại học Sƣ phạm Hà Nội, Hà Nội. Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 66 10. Võ Quí (1975), Chim Việt Nam. Hình thái và phân loại, Nxb Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội, 1, tr.250-251. 11. Lê Thị Thuý, Nguyễn Đăng Vang, Hoàng Kim Giao (2002), "Tính đa dạng sinh học và vấn đề bảo tồn nguồn gen động vật nuôi của Việt Nam", Báo cáo khoa học tại hội nghị toàn quốc lần thứ 2 - Những vấn đề nghiên cứu cơ bản trong khoa học sự sống, Nxb Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội, tr.260-263. 12. Bùi Thị Kiều Vân (2008), So sánh đặc điểm hóa sinh trứng và trình tự vùng điều khiển D-loop của 3 giống gà Ri, gà Mông và gà Sao nuôi tại Thái Nguyên, Luận văn thạc sĩ khoa học sinh học, Trƣờng Đại học Sƣ phạm Thái Nguyên, Thái Nguyên. 13. Trần Thị Xô, Nguyễn Thị Lan (2008), Cơ sở di truyền và công nghệ gen, Trƣờng Đại học Bách khoa, Đại học Đà Nẵng, Đà Nẵng, tr.156-166. Tài liệu tiếng Anh 14. Avise J.C. (1994), "Molecular markers: natural history and evolution", Chapman and Hall, New York, USA. 15. Berlin S., Ellegren H. (2001), “Evolutionary genetics. Clonal inheritance of avian mitochondrial DNA”, Nature, 41(6851), pp.37-38. 16. Berthouly C., Leroy G., T. Nhu Van, H. Hoang Thanh, B. Bed’Hom, B. Trong Nguyen, C. Vu Chi, Monicat F., Tixier-Biochard M., Verrier E., Maillard J.C. and Rognon X. (2009), “Genetic analysis of local Vietnamese chickens provides evidence of gene flow from wild to domestic populations”, BMC Genetics, doi:10.1186/1471-2156-10-1. 17. Brown W.M., George M.B., Wilson A.C. (1979), “Rapid evolution of animal mitochondrial DNA”, Proc Natl Acad Sci USA, 76(4), pp.1967- 1971. 18. Brown W.M., Prager E.M., Wang A., Wilson A.C. (1982), "Mitochondrial Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 67 DNA sequences of primates: tempo and mode of evolution", J Mol Biol, 18(4), pp.225-239. 19. Buehler D.M. and Baker A.J. (2003), “Characterization of the red knot (Calidris canutus) mitochondrial control region”, Genome, 46(4), pp.565-572. 20. Chinnery P.F., Schon E.A. (2003), "Mitochondria", J Neurol Neurosurg Psychiatry, 74, pp.1188-1199. 21. Clayton D.A. (1982), "Replication of animal mitochondrial DNA", J Cell Biol, 28(4), pp.693-705. 22. Desjadins P., Morais R. (1990), “Sequence DNA gene organization of the chicken mitochondrial genome. A novel gene order in higher vertebrates”, J Mol Biol, 212(4), pp.599-634. 23. Ernster L., Schatz G. (1981), "Mitochondria: A historical review", J Cell Biol, 91(3), pp.227-255. 24. Fernández-Moreno A.M., Bornstein B., Petit N., Garesse R. (2000), “The pathophysiology of mitochondrial biogenesis: Towards four decades of mitochondrial DNA research”, Mol Genet Metab, 71(3), pp.481-495. 25. Fu Y., Niu D., Ruan H., Luo J., Chen G., Yu X.P., Zhang Y.P. (2001),“Studies of genetic diversity of Zhejiang native chicken breeds”, Yi Chuan Xue Bao, 28(7), pp.606-613. 26. Fumihito A., Miyake T., Sumi S., Takada M., Kondo N., Ohno S. (1994), "One subspecies of the red junglrfowl (Gallus gallus gallus) suffices as the matriarchic ancestor of all domestic breeds", Proc Natl Acad Sci USA, 91(26), pp.12505-12509. 27. Fumihito A., Miyake T., Takada M., Shingu R., Endo T., Gojobori T., Kondo N., Ohno S. (1996), "Monophyletic origin and unique dispersal patterns of domestic fowls", Proc Natl Acad Sci USA, 93(13), pp.6792- 6795. Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 68 28. Gongora J., Rawlence N.J., Mobegi V.A., Alcalde J.A., Mtus J.T., Hanotte O., Moran C., Austin J.J., Ulm S., Anderson A.J., Larson G., Cooper A. (2008), "Indo-European and Asian origins for Chilean and Pacific chickens revealed by mtDNA", Proc Natl Acad Sci USA, 105(30), pp.10308-10313. 29. Granevitze Z., Hillel J., Chen G.H., Cuc N.T.K., Feldman M., Eding H., Weigend S. (2007), "Genetic diversity within chicken populations from different continents and management histories", Animal Genetics, (38), pp.576-583. 30. Guan X., Geng T., Silva P., Smith E.J. (2007), “Mitochondrial DNA sequence and haplotype variantion analysis in the chicken (Gallus gallus)”, J Hered, 98(7), pp.723-726. 31. Halifa M. (2008), "Poultry sector country review", ftp://ftp.fao.org/docrep/fao/011/ai349e/ai349e00.pdf. 32. Hayashi Y., Nishida T, Fujioka T., Tsugiyama I. and Mochizuki K. (1985), "Osteometrical studies on the phylogenetic relationships of Japanese native fowls", Nippon Juigaku Zasshi, 47(1), pp.25-37. 33. Ingman M. (2003), “Mitochondrial genome variation and evolutionary history of Australian and New Guinean aborigines”, Genome Res, 13(7), pp.1600-1606. 34. Kanginakudru S., Metta M., Jakati R.D., Nagaraju J. (2008), “Genetic evidence from Indian red jungle fowl corroborates multiple domestication of modern day chicken”, BMC Evol Biol, 8:174. 35. Kidd M.G., Friesen V.L. (1998), "Sequence variation in the Guillemot (Alcidae: Cepphus) mitochondrial control region and its nuclear homolog", Mol Biol Evol, (15), pp.61-70. 36. Komiyama T., Ikeo K., Gojobori T. (2004), “The evolutionary origin of long-crowing chicken: its evolutionary relationship with fighting cocks Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 69 disclosed by the mtDNA sequence analysis”, Gene, 333, pp.9-91. 37. Komiyama T., Ikeo K., Gojobori T. (2003), “Where is the origin of the Japanese gamecocks?”, Gene, 317(1-2), pp.195-202. 38. Kvist L. (2000), "Phylogeny and phylogeography of European Parids, Chapter 1. Introduction: Evolution and mitochondrial DNA in birds", Department of Biology, Oulu University Library. 39. L’abbé D., Duhaime J.F., Lang B.F. and Morais R. (1991), “The transcription of DNA in chicken mitochondria initiates from one major bidirectional promoter”, J Bio Chem, 266(17), pp.10844-10850. 40. Li S., Aggrey S. E., Zadworny D., Fairfull W. and Kuhnlein U. (1998), “Evindence for a genetic variation in the mitochondrial genome affecting traits in White Leghorn chickens”, J Hered, 89(3), pp.222-226. 41. Liu Z.G., Lei C.Z., Luo J., Ding C., Chen G.H., Chang H., Wang K.H., Liu X.X., Zhang X.Y., Xiao X.J., Wu S.L. (2004), “Genetic variability of mtDNA sequences in Chinese native chicken breeds”, Science, 17(7), pp.903-909. 42. Lui Y.P., Wu G.S., Yao Y.G., Miao Y.W., Luikart G., Baig M., Beja- Pereira A., Ding Z.L., Palanichamy M.G., Zhang Y.P. (2006), "Multiple matenal origins of chickens: out of the Asian jungles", Mol Phylogenet Evol, 38(1), pp.12-19. 43. Mindell D.P., Sorenson M.D., Dimcheff D.E. (1998), “Multiple independent origins of mitochondrial gene order in birds”, Proc Natl Acad Sci USA, 95(18), pp.10693-1697 44. Miyake T. (1997), "Gallus gallus mitochondrial DNA for D-loop region", Tetsuo Miyake, Wakunaga Pharmaceutical co.,Ltd., Hiroshima Campus; Shimokotachi, Koda-Cho, Takata-Gun, Hiroshima, Japan, 1624, pp.711- 739. Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 70 45. Moiseyeva I.G., Romanov M.N., Nikiforov A.A., Sevastyanove A.A., Semyenova S.K. (2002), "Evolutionary relationships of Red jungle fowl and chicken breeds", Genet Sel Evol, 35(4), pp.403-423. 46. Muchadeyi F.C., Eding H., Simianer H., Wollny C.B., Groeneveld E., Weigend S. (2008), "Mitochondrial DNA D-loop sequences suggest a Southeast Asian and Indian origin of Zimbabwean village chickens", Anim Genet, 39(6), pp.615-622. 47. Nguyen Dang Ton, Dich Thi Kim Huong, Vu Hai Chi, Huynh Thu Hue, Le Thi Thuy, Nong Van Hai (2008), "Polymorphism of mitochondrial and DNA control (D-loop) region in four Vietnamses chicken breeds", 13 th AAAP Animal Sciences Congress Hanoi - Vietnam September 22 - 26, 2008. 48. Nishibori M., Shimogiri T., Hayashi T., Yasue H. (2005), “Molecular evidence for hybridization of species in the genus Gallus except for Gallus varius”, Anim Genet, 36(5), pp.75-367. 49. Niu D., Fu Y.D., Luo J., Ruan H., Yu X.P., Chen G., Zhang Y.P. (2002), “The origin and genetic diversity of Chinese native chicken breeds”, Biochem Genet, 40(5-6), pp.74-163. 50. Oka T., Ino Y., Nomura K., Kawashima S., Kuwayama T., Hanada H., Amano T., Takada M., Takahata N., Hayashi Y., Akishinonomiya F. (2007), "Analysis of mtDNA sequences shows Japanese native chickens have multiple origins", Anim Genet, 38(3), pp.187-293. 51. Randi E., Lucchini V. (1998), “Organization and evolution of the mitochondrial DNA control region in the avian genus Alectoris”, J Mol Evol, 47(4), pp.449-462. 52. Razafindraibe H., Mobegi V.A., Ommeh S.C., Rakotondravao M.L., Bjørnstad G., Hanotte O., Jianlin H. (2008), "Mitochondrial DNA origin of indigenous malagasy chicken", Ann N Y Acad Sci, 1149, pp.77-79. Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 71 53. Reyes A., Yang M.Y., Bowmaker M., Holt I.J. (2005), “Bidirectional replication initiates at sites throughout the mitochondrial genome of birds”, J Biol Chem, 280(5), pp.3242-3250. 54. Ruokonen M. and Kvist L. (2002), “Structure and evolution of the avian mitochondrial control region”, Mol Phylogenet Evol, 23(3), pp.422-432. 55. Saccone C., Pesole G., Sbisá E. (1991), "The main regulatory region of mammalian mitochondrial DNA: structure-function model and evolutionary pattern", J Mol Evol, 33(1), pp.83-91. 56. Sanger F., Nicklen S. and Coulson A.R. (1977), “DNA sequencing with Chain-terminating inhibitors”, Proc Natl Acad Sci USA, Vol.74, pp.5463-5463. 57. Savolainen P., Zhang Y.P., Luo J., Lunderberg J., Leitner T. (2002), “Genetic evidence for an East Asian origin of domestic dogs”, Science, 298(55987), pp.1610-1613. 58. Shoffner J.M., Wallace D.C. (1995), "Oxidative phosphrylation disease", Clin Neurosci, 3(1), pp.43-53. 59. Siegel P.B., Dodgson J.B., Andersson L. (2006),"Progress from chicken genetics to the chicken genome", Poul Sci, (85), pp.2050-2060. 60. Sorenson M.D., Fleischer R.C. (1996), “Multiple independent transpositions of mitochondrial DNA control region sequences to the neucleus”, Proc Natl Acad Sci USA, 93(26), pp.15239-15243. 61. Steven S.L. (1991), "Genetic and evolution of the domestic fowl", New York, Cambridge University Press. 62. Storey A.A., Ramirez J.M., Quiroz D., Burley D.V., Addison D.J., Walter R., Anderson A.J., Hunt T.L., Athens J.S., Huynen L., Matisoo-Smith E.A. (2007), “Radiocarbon and evidence for a pre-Columbian introduction of Polynesian chickens to Chile”, Proc Natl Acad Sci USA, 104(25), pp.10335-10339. Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 72 63. Tamura K., Dudley J., Nei M., Kurmar S. (2007) “MEGA4: Molecular evolution genetics analysis (MEGA) software version 4.0”, Mol Biol Evol, 24, pp.1596-1599. 64. Yamamoto Y., Kakizawa R., Yamagishi S. (2006), “Mitochondrial Genome Project on Endangered Birds in Japan: 2. Red-tailed Tropicbird, Phaethon rubricauda”, J Ymashina Inst Ornithol, 37, pp.137-146. PHỤ LỤC MỘT SỐ HÌNH ẢNH CỦA 3 GIỐNG GÀ NGHIÊN CỨU Gà Ri (Hà Nội) Gà Đông Tảo (Hƣng Yên) Gà Tre (Long An)