MỤC LỤC
DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, TỪ VIẾT TẮT . i
DANH MỤC CÁC BẢNG iii
DANH MỤC CÁC SƠ ĐỒ VÀ BIỂU ĐỒ iv
DANH MỤC CÁC HÌNH . v
MỞ ĐẦU
1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1. Phân loại . 3
1.2. Hình thái, cấu trúc và một số đặc điểm sinh hóa . 4
1.3. Tình hình nhiễm Shigella trên thế giới và ở Việt Nam . 5
1.3.1. Tình hình nhiễm Shigella trên thế giới 5
1.3.2. Tình hình nhiễm Shigella ở Việt Nam . 6
1.4. Sự lây nhiễm và con đường lan truyền bệnh 9
1.5. Đáp ứng miễn dịch của cơ thể đối với sự xâm nhiễm của Shigella 11
1.6. Các phương pháp chẩn đoán 12
1.6.1. Chẩn đoán lâm sàng 12
1.6.2. Phòng thí nghiệm . 12
1.7. Các phương pháp điều trị . 12
1.8. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella trên thế giới và ở Việt Nam14
1.8.1. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella trên thế giới . 14
1.8.2. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella ở Việt Nam 15
1.9. Ceftriaxone và cơ chế kháng ceftriaxone của vi khuẩn . 16
1.9.1. Ceftriaxone . 16
1.9.2. Cơ chế kháng ceftriaxone của vi khuẩn . . 17
1.10. Enzyme β-lactamase và β-lactamase phổ rộng . 18
1.10.1. .
Giới thiệu . 18
1.10.2. .
Các phương pháp phát hiện vi khuẩn sinh enzyme β-lactamase phổ rộng .
. 23
2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP
2.1. Thiết bị 28
2.2. Hóa chất 29
2.2.1. Hóa chất tách chiết DNA bộ gen 29
2.2.2. Hóa chất tách chiết DNA plasmid . 29
2.2.3. Hóa chất dùng trong điện di DNA . 29
2.2.4. Hóa chất dùng trong phản ứng PCR . . 30
2.2.5. Hóa chất dùng để tinh sạch sản phẩm của phản ứng PCR 30
2.2.6. Hóa chất dùng trong giải trình tự 31
2.2.7. Hóa chất dùng trong lai Southern Blot 31
2.2.8. Thang DNA . . 33
2.3. Môi trường . . 33
2.3.1. Môi trường LB . 33
2.3.2. Môi trường LB Agar 34
2.3.3. Môi trường NA 34
2.3.4. Môi trường MH 34
2.3.5. Môi trường MC 34
2.3.6. Môi trường XLD . . 35
2.3.7. Môi trường SB . 35
2.4. Phương pháp . 36
2.4.1. Phân lập và định danh S. sonnei 36
2.4.2. . X
ác định kháng sinh đồ và nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) của S. sonnei
CroR đối với 1 số kháng sinh . 40
2.4.3. Xác định khả năng sinh ESBL của S. sonnei kháng ceftriaxone . 41
2.4.4. Tách chiết vật liệu di truyền của vi khuẩn S. sonnei . 42
2.4.5. Tạo dòng gen kháng ceftriaxone . 44
2.4.6. Khuếch đại đoạn gen mã hóa ESBL bằng phản ứng PCR 45
2.4.7. Tinh chế sản phẩm khuếch đại 47
2.4.8. Giải trình tự sản phẩm khuếch đại 47
2.4.9. Chuyển plasmid mang gen mã hóa ESBL vào E. coli J53AzR bằng tiếp
hợp 48
2.4.10. .
Lai Southern Blot sản phẩm khuếch đại với các plasmid . 49
3. KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN
3.1. Kháng sinh đồ của S. sonnei CroR 54
3.2. Kiểu hình tạo ESBL của S. sonnei CroR 57
3.3. P
lasmid của S. sonnei kháng với ceftriaxone và S. sonnei nhạy với
ceftriaxone . 60
3.4. Tạo dòng chủng E. coli mang gen kháng ceftriaxone 62
3.4.1. Cắt plasmid bằng AluI và cắt pUC19 bằng SmaI 62
3.4.2. Tạo dòng chủng E. coli mang gen kháng ceftriaxone . 63
3.5. Kết quả PCR gen mã hóa ESBL 64
3.6. Trình tự gen mã hóa ESBL 67
3.7. Kết quả chuyển plasmid mang gen mã hóa ESBL từ S. sonnei kháng
ceftriaxone sang E. coli J53AzR bằng tiếp hợp . 70
3.8. Kết quả lai Southern Blot . 72
4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
4.1. Kết luận . 74
4.2. Đề nghị 75
TÀI LIỆU THAM KHẢO 76
PHỤ LỤC
5 trang |
Chia sẻ: lvcdongnoi | Lượt xem: 3250 | Lượt tải: 1
Bạn đang xem nội dung tài liệu Xác định gen kháng ceftriaxone ở vi khuẩn shigella sonnei phân lập từ các mẫu bệnh phẩm, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
TÀI LIỆU THAM KHẢO
TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT
1. Nguyễn Văn Minh Hoàng, Đặc điểm vi khuẩn Shigella gây tiêu chảy cấp tại
Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới Tp. HCM (2004), Luận văn Thạc sĩ, Đại học
Khoa học Tự nhiện, Đại học Quốc gia Tp. HCM.
TÀI LIỆU TIẾNG ANH
2. Acheson, D.W.K. (2001), Shigella, Guide to Foodborne Pathogens, Wiley,
New York.
3. Agnes Lefort, G.A., Olivier F. Join-Lambert, Marc Lecuit, Olivier
Lortholary (2007), Novel Extended-spectrum β-Lactamase in Shigella
sonnei, Emerging Infectious Diseases, 13(4).
4. Aroonwadee Chanawong, A.L., Wanlop Kaewkes, Viraphong Lulitanond,
Sukanya Srigulbutr, Preecha Homchampa (2007), CTX-M Extended
Spectrum β-Lactamses among Clinical Isolates of Enterobacteriaceae in a
Thai University Hospital, Southeast Asian Journal of Tropical Medicine
and Public Health, 38(3), pp. 493-500.
5. Bonnet, R. (2004), Growing Group of Extended-Spectrum β-Lactamases:
the CTX-M enzymes, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 48(1), pp.
1-14.
6. Bradford, P.A. (2001), Extended-Spectrum β-Lactamases in the 21st
Century: Characterization, Epidemiology, and Detection of This Important
Resistance Threat, Clinical Microbiology Reviews, 14(4), pp. 933-951.
7. C. I. Kado, S.T.L. (1981), Rapid Procedure for Detection and Isolation of
Large and Small Plasmids, Journal of Bacteriology, 145, pp. 1365-1373.
8. Chen-Yen Kuo, L.-H.S., Jennifer Perera, Celia Carlos, Ban Hock Tan,
Gamini Kumarasinghe, Thomas So, Pham Hung Van, Anan
Chongthaleong, Jae-Hoon Song, Cheng-Hsun Chiu (2008),
Antimicrobial Susceptibility of Shigella Isolates in Eight Asian
Countries 2001-2004, Journal of Microbiology, Immunology and Infection,
41, pp. 107-111.
9. Hyunjoo Pai, E.-h.C., Hoan-jong Lee, Jung Yun Hong, George A. Jacoby,
Identification of CTX-M-14 Extended-Spectrum β-Lactamase in Clinical
Isolates of Shigella sonnei, Escherichia coli, and Klebsiella pneumoniae in
Korea (2001), Journal of Clinical Microbiology, 39(10), pp. 3747–3749.
10. J. Michael Janda, S.L.A. (2006), The Enterobacteria 2nd edition, Lippincott
Williams & Wilkins.
11. Jacoby, G.A., β-Lactamase Nomenclature (2006), Antimicrobial Agents and
Chemotherapy, 50(4), pp. 1123-1129.
12. Jaroslav Hrabak, J.E., Marek Gniadkowski, Warsaw Poland, Zbynek
Halbhuber, Karel Rebl, Pavla Urbaskova (2008), CTX-M-15-producing
Shigella sonnei from a Czech patient who traveled in Asia, Journal of
Clinical Microbiology, JCM Accepted.
13. Jungmin Kim, Y.-M.L., Young-Sook Jeong, Sung-Yong Seol (2005),
Occurrence of CTX-M-3, CTX-M-15, CTX-M-14, and CTX-M-9
Extended-Spectrum β-Lactamases in Enterobacteriaceae Clinical Isolates
in Korea, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 49(4), pp. 1572-1575.
14. Larean D. Brandon, M.B.G. (2000), Exploitation of Mammalian Host Cell
Function by Shigella spp., Virulence Mechanisms of Bacterial Pathogens,
ASM Press.
15. Lindberg AA, K.A., Weintraub A. (1991), The lipopolysaccharide of
Shigella bacteria as a virulence factor, Review of Infectious Diseases,
13(4), pp. 279-284.
16. Louise A. Kelly-Hope, W.J.A., Vu Dinh Thiem, Dang Duc Anh, Do Gia
Canh, Hyejon Lee, David L. Smith, Mark A. Miller (2007), Geographical
Distribution and Risk Factors Associated with Enteric Diseases in Vietnam,
American Journal of Tropical Medicine and Hygiene, 76(4), pp. 706-
712.
17. M. Batchelor, K.H., E. J. Threlfall, F. A. Clifton-Hadley, A. D. Stallwood, R.
H. Davies, E. Liebana (2005), blaCTX-M Genes in Clinical Salmonella
Isolates Recovered from Humans in England and Wales from 1992 to
2003, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 49(4), pp. 1319-1322.
18. Marcela Radice, C.G., Pablo Power, Maria del Carmen Vidal, Gabriel
Gutkind (2001), Third-Generation Cephalosporin Resistance in Shigella
sonnei, Argentina, Emerging Infectious Diseases, 7(3).
19. Mohammad Rahbar, M.D., Masoud Hajia (2007), Changing Prevalence and
Antibiotic Susceptibility Patterns of Different Shigella species in Tehran,
Iran, The Internet Journal of Microbiology, 3(2).
20. Nicola A. C. Potz, R.H., Marina Warner, Alan P. Johnson, David M.
Livermore (2006), Prevalence and mechanisms of cephalosporin
resistance in Enterobacteriaceae in London and South-East England,
Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 58, pp. 320–326.
21. Niyogy, S.K. (2005), Shigellosis, The Journal of Microbiology, 43(2), pp.
133-143.
22. Salam MA, B.M. (1991), Antimicrobial therapy for shigellosis, Review of
Infectious Diseases, 13(4), pp. 332-341.
23. Sang-Guk Lee, S.H.J., Hyukmin Lee, Chang Ki Kim, Yangsoon Lee, Eunmi
Koh, Yunsop Chong, Kyungwon Lee (2009), Spread of CTX-M–type
Extended Spectrum β-lactamases among Bloodstream Isolates of
Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae from a Korean hospital,
Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 63, pp. 76-80.
24. Thomas L. Hale, G.T.K., Shigella, Medical Microbiology, S. Baron, Editor,
The University of Texas Medical Branch at Galveston.
25. Trung Vu Nguyen, P.V.L., Chinh Huy Le, Andrej Weintraub (2005),
Antibiotic Resistance in Diarrheagenic Escherichia coli and Shigella
Strains Isolated from Children in Hanoi, Vietnam, Antimicrobial Agents
and Chemotherapy, 49(2), pp. 816-819.
26. Tse Hsien Koh, G.C.Y.W., Li-Hwei Sng, Zhao Yi, Tse Yuen Koh (2004),
CTX-M and Plasmid mediated AmpC-Producing Enterobacteriaceae,
Singapore, Emerging Infectious Diseases, 10(6), pp. 1172-1174.
27. Van Cao, T.L., Duong Quynh Nhu, Huynh Kim Loan, Nguyen Kim Hoang,
Guillaume Arlet, Patrice Courvalin (2002), Distribution of Extended-
Spectrum-β-Lactamases in Clinical Isolates of Enterobacteriaceae in
Vietnam, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 46(12), pp. 3739-3743.
28. Vinh H, B.S., Campbell J, Hoang NV, Loan HT, Chinh MT, Anh VT, Diep
TS, Phuong Le T, Schultsz C, Farrar J (2009), Rapid emergence of third
generation cephalosporin resistant Shigella spp. in Southern Vietnam,
Journal of Medical Microbiology, 58, pp. 281-283.
29. Ziya Cibali Acikgoz, O.K.E., Sesin Kocagoz (2008), CTX-M-3 Type β-
Lactamase Producing Shigella sonnei Isolates from Pediatric Bacillary
Dysentery Cases, Japanese Journal of Infectious Diseases, 61(2), pp.
135-137.
30. Zizhong Xiong, T.L., Yuanhong Xu, Jun Li (2007), Detection of CTX-M-14
extended-spectrum β-lactamase in Shigella sonnei isolates from China,
Journal of Infection, 55, pp. 125-128.
TÀI LIỆU INTERNET
31.
32.
33.
34.
35.
36.
37.
38.
39.
40.
41.
