Luận án Xác định vai trò của HPV và các biến thể trong ung thư cổ tử cung tại bệnh viện phụ sản trung ương

6. 62. Trần Thị Lợi (2009). Khảo sát giá trị của VIA trong tầm soát ung thư cổ tử cung. Hội nghị phòng chống ung thư phụ khoa lần thứ IV, Bệnh viện Từ Dũ - Bệnh viện Ung bướu Thành phố Hồ Chí Minh ngày 29- 20/10/2009, 3-18. 63. Dhaubhadel P, Vaidya A, Choudhary P (2008). Early detection of precursors of cervical cancer with cervical cytology and visual inspection of cervix with acetic Acid. JNMA J Nepal Med Assoc, 47(170), 71-76. 64. Andersen K, Holm K, Tranberg M et al. (2022). Targeted Next Generation Sequencing for Human Papillomavirus Genotyping in Cervical Liquid-Based Cytology Samples. Cancers (Basel), 14(3). 65. Phạm Việt Thanh (2009). Nhiễm HPV ở phụ nữ có kết quả phết tế bào PAP bất thường. Tạp chí Y học thực hành, 10(680), 27-30. 66. Đỗ Thị Kim Ngọc (2014). Tầm soát ung thư cổ tử cung bằng phương pháp VIA ở phụ nữ từ 25-55 tuổi đến khám tại Trung tâm sức khoẻ sinh sản Thành phố Cần Thơ năm 2012. Hội nghị Sản phụ khoa Đồng bằng sông Cửu Long lần III-2014. 67. Koutsky L.A, Harper D.M (2006). Chapter 13: Current findings from prophylactic HPV vaccine trials. Vaccine, 24(3), 114-121. 68. Safaeian M, Schiffman M, Gage J et al (2009). Detection of Precancerous Cervical Lesions Is Differential by Human Papillomavirus (HPV) type. Cancer Res, 69(8), 3262-3266. 69. H. P. T. Thảo (2011). Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, soi cổ tử cung ở bệnh nhân có tế bào âm đạo cổ tử cung bất thường nhiễm human Papillomavirus. Luận văn thạc sỹ y học. 70. Bosch F.X, Munõz N, De Sanjosé S (1997). Human papillomavirus and other risk factors for cervical cancer. Biomed Pharmacother, 51(6-7), 268-275. 71. Burk R.D , Chen Z, Harari A, Smith B.C et al (2011). Classification and nomenclature system for human Alphapapillomavirus variants: general features, nucleotide landmarks and assignment of HPV6 and HPV11 isolates to variant lineages. Acta Dermatovenerol Alp Panonica Adriat, ,20(3), 113-123. 72. Ribeiro J, Teixeira D, Marinho-Dias J et al (2014). Characterization of human papillomavirus genotypes and HPV-16 physical status in cervical neoplasias of women from northern Portugal. Int J Gynaecol Obstet, 125(2), 107-110. 73. Nogueira Dias Genta M.L, Maria T.R, Mendoza Lopez R.V et al. (2017). Multiple HPV genotype infection impact on invasive cervical cancer presentation and survival. PLoS One, 12(8). 74. Kovacevic, G., et al. (2019), "Prevalence of oncogenic Human papillomavirus and genetic diversity in the L1 gene of HPV16 HPV 18 HPV31 and HPV33 found in women from Vojvodina Province Serbia", Biologicals. 58, pp. 57- 63 75. Patzi-Churqui M, Terrazas-Aranda K, Liljeqvist J.A et al (2020). Prevalence of viral sexually transmitted in fections and HPV high-risk genotypes in women in rural communities in the Department of La Paz, Bolivia. BMC Infect Dis, 20(1), 204. 76. Pimenoff V.N, Oliveira C.M, Bravo I.G. et al (2017). Transmission between Archaic and Modern Human Ancestors during the Evolution of the Oncogenic Human Papillomavirus 16. Mol Biol Evol, 34(1), 4-19. 77. Sohrabi A, Hajia M, Jamali F et al. (2017). Is incidence of multiple HPV genotypes rising in genital infections?. J Infect Public Health, 10(6), 730-733. 78. Mirabello L, Yeager M, Cullen M et al (2016). HPV16 Sublineage Associations With Histology-Specific Cancer Risk Using HPV Whole- Genome Sequences in 3200 Women. J Natl Cancer Inst, 108(9). 79. Varsani A, Williamson A.L, Jaffer. M.A et al (2006). A deletion and point mutation study of the human papillomavirus type 16 major capsid gene. Virus Res, 122(1-2), 154-163. 80. Moschonas G.D, Tsakogiannis D, Lamprou K.A et al (2017). Association of codon 72 polymorphism of p53 with the severity of cervical dysplasia, E6-T350G and HPV16 variant lineages in HPV16- infected women. J Med Microbiol, 66(9), 1358-1365. 81. Chang C.H, Chen T.H, Hsu R.C et al (2005). The prevalence of HPV- 18 and variants of E6 gene isolated from cervical cancer patients in Taiwan. J Clin Virol, 32(1), 33-37. 82. Kim N, Park J.S, Kim J.E et al (2020). Fifteen new nucleotide substitutions in variants of human papillomavirus 18 in Korea: Korean HPV18 variants and clinical manifestation. Virol J, 17(1), 70. 83. Ong C.K, Chan S.Y, Campo M.S et al (1993). Evolution of human papillomavirus type 18: An ancient phylogenetic root in Africa and intratype diversity reflect coevolution with human ethnic groups. J Virol, 67(11), 6424-6431. 84. Shen M, Ding X, Li T et al (2013). Sequence variation analysis of HPV-18 isolates in southwest China. PLoS One, 8(2). 85. Arroyo S.L, Basaras M, Arrese E et al (2012). Human papillomavirus (HPV) genotype 18 variants in patients with clinical manifestations of HPV related infections in Bilbao, Spain. Virol J, 9, 258. 86. Sun Z, Liu J, Wang G et al (2012). Variant lineages of human papillomavirus type 18 in Northeast China populations characterized by sequence analysis of E6, E7, and L1 regions. Int J Gynecol Cancer, 22(6), 930-936. 87. Fragoso-Ontiveros V, Alvarez-Garcia R.M, Contreras-Paredes A et al (2012). Gene expression profiles induced by E6 from non-European HPV18 variants reveals a differential activation on cellular processes driving to carcinogenesis. Virology, 432(1), 81-90. 88. Ou Z, Chen Z, Zhao Y et al (2021). Genetic signatures for lineage/sublineage classification of HPV16, 18, 52 and 58 variants. Virology, 553, 62-69. 89. Zu Y, Ou Z, Wu D et al (2021). Genetic characteristics of human papillomavirus type 16, 18, 52 and 58 in southern China. Genomics, 113(6), 3895-3906. 90. Zhe X, Xin H, Pan Z et al (2019). Genetic variations in E6, E7 and the long control region of human papillomavirus type 16 among patients with cervical lesions in Xinjiang, China. Cancer Cell Int, 19, 65. 91. Burk R.D, Harari A, Chen Z et al (2013). Human papillomavirus genome variants. Virology, 445(1-2), 232-243. 92. Gurgel A.P.A.D, Chagas B.S, Medeiros do Amaral C et al (2015). Prevalence of Human Papillomavirus Variants and Genetic Diversity in the L1 Gene and Long Control Region of HPV16, HPV31, and HPV58 Found in North-East Brazil. Biomed Res Int, 2015. 93. E. Frati, S. Bianchi, D. Colzani et al. (2011), "Genetic variability in the major capsid L1 protein of human papillomavirus type 16 (HPV-16) and 18 (HPV-18)", Infect Genet Evol, 11(8), tr. 2119-24 94. Hirose Y, Onuki M, Tenjimbayashi Y et al (2019). Whole-Genome Analysis of Human Papillomavirus Type 16 Prevalent in Japanese Women with or without Cervical Lesions. Viruses, 11(4), 350. 95. Lâm Đức Tâm (2017). Nghiên cứu tỷ lệ nhiễm Human Papiloma Virus, một số yếu tố liên quan và kết quả điều trị các tổn thương cổ tử cung ở phụ nữ thành phố Cần Thơ. Luận án Tiến sĩ Y học, Đại học Y Dược Huế. 96. Trương Quang Vinh (2010). Nghiên cứu nhiễm Human Papilomavirs ở các phụ nữ có các tổn thương tiền ung thư và ung thư cổ tử cung. Luận án Tiến sĩ Y học, Đại học Y Dược Huế. 97. Nguyễn Trung Kiên (2021). Nghiên cứu các phương pháp phát hiện và điều trị tiền ung thư cổ tử cung tại 24 xã vùng nông thôn tỉnh Thái Bình. Luận văn Tiến sĩ Y học, Đại học Y Hà Nội. 98. Trần Thị Ngọc Linh, Nguyễn Duy Ánh (2021). Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của phụ nữ đến khám phụ khoa có xét nghiệm HPV và tế bào học cổ tử cung bất thường tại Bệnh viện Phụ sản Hà Nội. Tạp chí Y dược lâm sàng 108, 16(7), 107-112. 99. Mwaka D, Orach C.G, Were E.M et al (2016). Awareness of cervical cancer risk factors and symptoms: cross-sectional community survey in post-conflict northern Uganda. Health Expect, 19(4), 854-867. 100. Bruni L, Albero G, Serrano B et al (2021). Human Papillomavirus and Related Diseases in Viet Nam. Summary Report 22 October 2021, ICO/IARC Information Centre on HPV and Cancer (HPV Information Centre). 101. Ngô Thị Tính (2011). Nghiên cứu mức xâm lấn của ung thư cổ tử cung GĐ IB-IIA qua lâm sàng, cộng hưởng từ và kết quả điều trị tại Bệnh viện K từ 2007-2009. Luận án Tiến sĩ Y học, Đại học Y Hà Nội. 102. Doãn Văn Ngọc (2018). Nghiên cứu giá trị của cộng hưởng từ 1.5 Tesla trong đánh giá phân loại giai đoạn và theo dõi điều trị ung thư cổ tử cung. Luận án Tiến sĩ Y học, Đại học Y Hà Nội. 103. Lê Văn Quảng, Trần Thị Thanh Thúy (2021). Tỷ lệ nhiễm HPV và mối liên quan đến các bất thường tế bào cổ tử cung ở bệnh nhân khám phụ khoa tại Bệnh viện K. Tạp chí Y học Việt Nam, 509(1), 103-107. 104. Krings A, Dunyo P, Pesic A et al (2019). Characterization of Human Papillomavirus prevalence and risk factors to guide cervical cancer screening in the North Tongu District, Ghana. PLoS One, 14(6). 105. Iglesias P, Tendobi C, Carlos S et al (2022). Characterization of Human Papillomavirus 16 from Kinshasa (Democratic Republic of the Congo)-Implications for Pathogenicity and Vaccine Effectiveness. Microorganisms, 10(12). 106. Mwanahamuntu M.H, Sahasrabuddhe V.V, Kapambwe S et al (2011). Advancing cervical cancer prevention initiatives in resource- constrained settings: insights from the Cervical Cancer Prevention Program in Zambia. PLoS Med, 8(5). 107. Pham T.T.T et al. (2018). Human Papillomavirus Genotypes and HPV16 E6/E7 Variants among Patients with Genital Cancers in Vietnam. Jpn J Infect Dis. 71(6), 419-426. 108. Alsanea M, Alsaleh A, Obeid D et al (2022). Genetic Variability in the E6, E7, and L1 Genes of Human Papillomavirus Types 16 and 18 among Women in Saudi Arabia. Viruses, 15(1). 109. Gudleviciene Z, Stumbryte A, Jukne G et al (2015). Distribution of human papillomavirus type 16 variants in Lithuanian women with cervical cancer. Medicina (Kaunas), 51(6), 328-335. 110. Totaro M.E, Gili J.A, Liotta D.J et al (2022). Genetic variation in the E6 and E7 genes of human papillomavirus type 16 in northeastern Argentina. J Med Virol, 94(2), 745-751. 111. Xu H.H, Zheng L.Z, Lin A.F et al (2018). Human papillomavirus (HPV) 18 genetic variants and cervical cancer risk in Taizhou area, China. Gene, 647, 192-197. 112. Chen A.A, Gheit T, Franceschi S et al (2015). Human Papillomavirus 18 Genetic Variation and Cervical Cancer Risk Worldwide. J Virol, 89(20), 10680-10687. 113. Cornet I, Bouvard V, Campo M.S et al (2012). Comparative Analysis of Transforming Properties of E6 and E7 from Different Beta Human Papillomavirus Types. J Virol, 86(4), 2366-2370. 114. Wang X, Han S et al (2022). Prevalence and distribution of human papillomavirus (HPV) in Luoyang city of Henan province during 2015- 2021 and the genetic variability of HPV16 and 52. Virology Journal ,19(1). 115. Shang Q, Wang Y, Fang Y et al (2011). Human Papillomavirus Type 16 Variant Analysis of E6, E7, and L1 Genes and Long Control Region in Identification of Cervical Carcinomas in Patients in Northeast China. J Clin Microbiol. 49(7), 2656-2663. 116. Todorovic B, Massimi P, Hung K et al (2011). Systematic analysis of the amino acid residues of human papillomavirus type 16 E7 conserved region 3 involved in dimerization and transformation. J Virol, 85(19), 10048-57. PHỤ LỤC 1 BỆNH ÁN NGHIÊN CỨU I. MÃ BỆNH NHÂN UTCTC:.. II. THÔNG TIN CHUNG 1. Họ và tên:.Năm sinh 2. Địa chỉ: 3. Điện thoại:.. Điện thoại người thân (nếu có):. 4. Nghề nghiệp: a. Đang đi học  . b. Làm văn phòng   c. Lao động tự do  . d.Làm ruộng  . 5. Ngày vào viện: Ngày ra viện... III. TIỀN SỬ BẢN THÂN 1. Tình trạng kinh nguyệt:... 2. Tình trạng kinh nguyệt: .. 3. Tiền sử sản phụ khoa: - Số lần mang thai: - Số lần đẻ: - Số con sống: 4. Lý do đi khám và vào viện: a. Ra máu tự nhiên  ; b. Ra máu sau quan hệ  ; c. Ra khí hư bất thường  ; d. Đau hạ vị  ; e. Khám sàng lọc  . IV. TRIỆU CHỨNG LÂM SÀNG 1. Cơ năng: a. Không triệu chứng  ; b. Ra máu âm đạo  ; c. Đi tiểu ra máu  ; d. Khí hư bất thường  ; e. Kinh nguyệt bất thường  ; f. Khó chịu khi tiểu  ; g. Sút cân mệt mỏi  ; h. Đau rát vùng chậu  . 2. Tình trạng CTC: a.Viêm ; b. Lộ tuyến ; c. Sùi ; d. Sùi loét ; e. Vết loét  ; f. Khác  . V. KẾT QUẢ CẬN LÂM SÀNG 1. Tế bào học: a. Bình thường  ; b. Tổn thương lành tính  ; c. Tế bào không điển hình (ASCUS, AGUS, AGC, AGC-AIS, ASCUS-H, ASG-H)  ; d. Ung thư biểu mô vảy  ; e. Ung thư biểu mô tuyến  ; f. Không làm tế bào học  . 2. Soi cổ tử cung: a. Vết trắng  ; b. Sừng hóa  ; c. Lát đá  ; d. Loét, sùi  . 3. Mô bệnh học: a. K biểu mô vảy  ; b. K biểu mô tuyến  ; c. K khác 3  . 4. Giai đoạn UTCTC:. 5. Siêu âm:... ............................................................................................................................. ............................................................................................................................. 6. MRI: ............................................................................................................................. ............................................................................................................................. ............................................................................................................................. 7. Các chỉ số huyết học: a. Bạch cầu:. b. Hồng cầu: c. Huyết sắc tố: d. Hematocrit:... E. Tiểu cầu:.. 8. Các chỉ số sinh hóa: a. AST: B. ALT: c. URE:. d. Creatinin: e. Glucose:.. 9. Các chỉ số nước tiểu: a. Hồng cầu:..... b. Bạch cầu:.. c. Protein:... 10. Xquang tim phổi:.. . . VI. KẾT QUẢ HPV 1. Xét nghiệm Cobas: a. HPV 16  ; b. HPV 18  ; c. HPV 16, 18  ; d. HPV 16, 18, 1/12  ; e. HPV 16, 1/12  ; f. HPV 18, 1/12  ; g. HPV 1/12  . 2. Genotype của HPV 1/12:. 3. Giải trình tự gen HPV 16; HPV 18:. PHỤ LỤC 2 KỸ THUẬT ĐỊNH TUÝP BẰNG TEST HPV BẰNG MÁY COBAS 4800 HÃNG ROCHE Test Cobas HPV của hãng Roche (Thụy Sĩ) là một test định tính, đã được FDA cấp phép sử dụng từ tháng 4/2011. Test này được sử dụng để kết hợp với việc lấy mẫu tế bào cổ tử cung ở phụ nữ từ 30 tuổi trở lên, nhằm sàng lọc các loại vi rút HPV (Human Papillomavirus) nguy cơ cao, hoặc để theo dõi các trường hợp có tế bào bất thường từ 21 tuổi trở lên. Nguyên lý hoạt động của test Cobas HPV là khuếch đại DNA mục tiêu bằng phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction) và phân tích acid nucleic để phát hiện và xác định hai loại HPV quan trọng nhất là HPV 16 và HPV 18, đồng thời xác định có nhiễm ít nhất một trong 12 loại HPV nguy cơ cao khác gồm 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 và 68 trong một lần chạy duy nhất trên một mẫu bệnh phẩm. Quá trình thực hiện test Cobas HPV được thực hiện trên máy Cobas 4800, một hệ thống tự động hoàn toàn. Đầu tiên, mẫu tế bào cổ tử cung được thu thập từ bệnh nhân. Sau đó, quy trình chuẩn bị acid nucleic được thực hiện tự động trên máy Cobas 4800, bao gồm xử lý mẫu và tách axit nucleic từ tế bào. Tiếp theo, phản ứng PCR thời gian thực được thực hiện để khuếch đại DNA HPV mục tiêu trong mẫu. Cuối cùng, hệ thống Cobas 4800 phân tích và xác định kết quả dựa trên sự hiện diện hoặc vắng mặt của các loại HPV được xác định. PHỤ LỤC 3 KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ GEN BẰNG MÁY ABI 3130/3100 Máy giải trình tự gen ABI 3130/3100 là một hệ thống tự động được sản xuất bởi Applied Biosystems, một công ty chuyên về công nghệ di truyền và sinh học phân tử. Máy này được sử dụng rộng rãi trong các phòng thí nghiệm để tiến hành quá trình giải trình tự DNA và RNA. Nguyên lý hoạt động của máy giải trình tự gen ABI 3130/3100 dựa trên phương pháp giải trình tự Sanger, một trong những phương pháp cổ điển nhất để xác định trình tự nucleotid trong một đoạn DNA hoặc RNA. Quá trình giải trình tự Sanger sử dụng phản ứng PCR để tạo ra một chuỗi các đoạn DNA có chiều dài khác nhau, và sau đó sử dụng phương pháp điện di để phân tích và xác định trình tự của các đoạn này. Máy giải trình tự gen ABI 3130/3100 có khả năng xử lý nhiều mẫu đồng thời, giúp tăng năng suất và hiệu quả của quá trình giải trình tự. Các bước chính trong quá trình bao gồm: - Chuẩn bị mẫu: Mẫu DNA hoặc RNA cần được chuẩn bị trước khi đưa vào máy giải trình tự. Điều này bao gồm việc tách axit nucleic từ mẫu, tạo ra các mẫu chuẩn bị sẵn sàng cho quá trình giải trình tự. - Phản ứng giải trình tự: Máy giải trình tự ABI 3130/3100 sử dụng phản ứng giải trình tự dựa trên phương pháp Sanger. Trong quá trình này, mẫu DNA hoặc RNA được kết hợp với một bộ sưu tập đặc biệt gồm một enzyme polymerase, các nucleotid fluorescent và các primer giải trình tự. - Phân tích và xác định trình tự: Sau khi phản ứng giải trình tự hoàn thành, máy giải trình tự ABI 3130/3100 sẽ tiến hành phân tích các đoạn DNA hoặc RNA đã được giải trình tự. Quá trình này sử dụng phương pháp điện di, trong đó các đoạn DNA hoặc RNA được chạy qua một màng gel điện di và được phân tách dựa trên kích thước và điện tích của chúng. Các tín hiệu fluorescent được ghi lại và chuyển đổi thành dạng số để tạo thành chuỗi trình tự. - Phân tích dữ liệu: Kết quả từ quá trình giải trình tự được thu thập và xử lý bởi phần mềm phân tích dữ liệu đi kèm. Phần mềm này sẽ phân tích các dữ liệu số thu được từ máy giải trình tự và xác định trình tự của các đoạn DNA hoặc RNA. Máy giải trình tự gen ABI 3130/3100 có khả năng đáng tin cậy và cung cấp kết quả chính xác trong việc xác định trình tự gen. Nó được sử dụng rộng rãi trong nhiều lĩnh vực như nghiên cứu di truyền, phân tích gen, phát hiện biến dị genetic, và nhiều ứng dụng khác trong lĩnh vực sinh học phân tử. PHỤ LỤC 4 QUY TRÌNH XÁC ĐỊNH GENOTYPE CỦA 12 TUÝP NGUY CƠ CAO Bước 1. Thiết kế mồi: Cho 07 phản ứng 1. HPV67 L1 a and HPV39 E7 F33/52//67 L1 CGTCGCAGGCGTAAACG R33/52/58/67 L1 ACAGGAGGCAGGTACAC HPV33.52.58.67 L1 Probe AGATGTCCGTGTGGCGG HPV39E7-FP CGAGCAATTAGGAGAGTCAGAGG HPV39E7-RP TGTGTGACGCTGTGGTTCAT Probe 39E7 AACCCGACCATGCAGTT 2. HPV31 E6 and HPV16 E7 HPV31E6-FP ACGATTCCACAACATAGGAGGA HPV31E6-RP TACACTTGGGTTTCAGTACGAGGT Probe 31E6 CTCCAACATGCTATGCAACGTCC HPV16E7-FP AGCTCAGAGGAGGAGGATGAA HPV16E7-RP GGTTACAATATTGTAATGGGCTC Probe 16E7 CAGCTGGACAAGCAGA 3. HPV18 E7 and β -globin HPV18-153F CCGACGAGCCGAACCA HPV18-219R CTCAATTCTGGCTTCACACTTACAA HPV18-170T AACGTCACACAATGTT B-globine-143F TGCATTTGACTCCTGAGGAGAA B-globine-223R GGGCCTCACCACCAACTTC B-globine-167T CTGCCGTTACTGCCCT 4. HPV45 E7, HPV56 E7 and HPV68 E7 HPV45-161F CGTCGGGCTGGTAGTTGTG HPV45-286R ATTGCATTTGGAACCTCAGAATG HPV45-181T ATGACTAACTCCATCTGC HPV56seq 807F CCAAAGAGGACCTGCGTGTT HPV56seq 884R TACTTGATGCGCAGAGTGGG HPV56seq 828T TACAACAGCTGCTTATGG HPV68-FP ACAACAGCGTCACACAATTCAGT HPV68-RP CAGTTCTACGTTCCGCAGGTT HPV68 Probe ACTGCAACTAGTAGTAGAAGCGTCGCGGG 5. HPV33 E6, HPV52 E7 and HPV58 E6 HPV33E6-FP TGTGCGGCGTGTTGGA HPV33E6-RP TGGCGTTTTTACACGTCACAGT Probe 33E6 CCCGACGTAGAGAAA HPV52-116F GTGTGGACCGGCCAGATG HPV52-228R CGTCGCAGTGCTATGAATGC HPV52-135T ACAAGCAGAACAAGCC HPV58 64F CCACGGACATTGCATGATTTG HPV58 144R CTTTTTGCATTCAACGCATTTCA HPV58-95T TGGAGACATCTGTGCATGAAATCGAA 6. HPV59 E7, HPV35 E6 and HPV6 E6 HPV59E7-FP TGTGCTACGAGCAATTACCTGACT HPV59E7-RP TGATTAACTCCATCTGGTTCATCTTT HPV59E7-Probe CGACTCCGAGAATGA HPV35E6-FP AAAAACCGCTGTGTCCAGTTG HPV35E6-RP CACCTCGGTTTCTCTACGTGTTG Probe 35E6 ATTCCATAACATCGGTGGACGGT HPV6:476U27 GTTCATAAAGCTAAATTGTACGTGGAA HPV6:645L22 TGTGAATCTTGTCCGTCCACTT HPV6:529L36-Probe ACAATATCCTTTAGGGTAACATGTCTTCCATGCATG 7. HPV51 E7, HPV53 E6 and HPV66 E6 HPV51 358 F AAAGCAAAAATTGGTGGACGA HPV51 438 R TGCCAGCAATTAGCGCATT HPV51 392 Probe CATGAAATAGCGGGACGTTGGACG HPV53 FP AACGGTTTCACAAAATTTCACATATG HPV53 RP TGATTCAGTTGCTGTTGTGTGTCT HPV53 Probe ACCGGGTCGTGCCTGACATGC HPV66 433 F GTCCGTTAACACCGGAGGAA HPV66 495 R CCCGGTCCATGCATATGC HPV 66454 Probe AACAATTGCACTGTGAACATAAAAGACGATTTCATT Bước 2. Tách DNA mẫu Tách theo quy trình của bộ kit QiaAMP DNA Mini Kit của hãng Qiagen. Bước 3. Quy trình Real-time PCR Thành phần phản ứng: Mỗi mẫu chuẩn bị 07 phản ứng Real-time PCR Tổng số: 50 mẫu cần 450 phản ứng Mẫu 1 Mẫu 2 Mẫu 3 Mẫu 4 Mẫu 5 Mẫu Mẫu 50 Invitrogen Master mix 12.5 12.5 12.5 12.5 12.5 12.5 12.5 Mồi/probe mix 1 (2,3,4,5,6,7) 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 DNA template 5 5 5 5 5 5 5 H 2 O 6 6 6 6 6 6 6 Tổng thể tích 25 25 25 25 25 25 25 Chu trình nhiệt: tất cả 07 phản ứng chạy cùng một chu trình nhiệt Nhiệt độ Thời gian Số chu kỳ 95 °C 5 phút 1 95 °C 10 giây 45 60 °C 30 giây Bước 4. Xác định genotype Genotype của mẫu được xác định dựa vào tín hiệu huỳnh quang của từng phản ứng PCR tương ứng. PHỤ LỤC 5 DANH SÁCH BỆNH NHÂN UNG THƯ CỔ TỬ CUNG (CÓ XÉT NGHIỆM HPV DƯƠNG TÍNH) Phục vụ đề tài: Xác định vai trò của HPV và các biến thể trong ung thư cổ tử cung tại Bệnh viện Phụ sản Trung ương TT Họ và tên Năm sinh Ngày vào viện Mã bệnh án Kết quả HPV 1 Đào Thị C. 1974 19/12/2018 1800272124 16;18 2 Trần Thị N. 1976 26/12/2018 1800268861 18 3 Vũ Thị T. 1974 26/12/2018 1800270742 16;1/12 4 Nguyễn Thị H. 1983 02/01/2019 1800254059 16;1/12 5 Trần Thị Bích H. 1976 08/01/2019 1800277833 16 6 Lê Thị T. 1974 09/01/2019 1800266507 16;1/12 7 Nguyễn Mai A. 1991 16/01/2019 139071051 18 8 Nguyễn Thị N. 1959 04/02/2019 1900022224 16 9 Nguyễn Thị L. 1963 11/02/2019 1900022504 18 10 Nguyễn Thị Thu H. 1976 13/02/2019 0056987062 18 11 Đỗ Thị L. 1980 18/02/2019 1900010386 16 12 Nguyễn Thị N. 1977 20/02/2019 1900009560 16 13 Đinh Khánh L. 1981 23/02/2019 1900271271 18;1/12 14 Phạm Thị Thanh B. 1975 12/03/2019 1900032038 1/12 15 Trương Thị H. 1975 18/03/2019 1900045602 1/12 16 Lưu Thị H. 1983 26/03/2019 1900039041 16 17 Cao Thị H. 1971 27/03/2019 190050929 18 18 Nguyễn Thị H. 1967 28/03/2019 1900048669 16 19 Thái Thị Thảo H. 1991 28/03/2019 1900054734 16 20 Phạm Thị H. 1976 09/04/2019 1900029053 18 21 Nguyễn Thị T. 1974 15/04/2019 1900063998 18 22 Bùi Thị Ánh T. 1971 24/04/2019 1900059141 16;1/12 23 Nguyễn Thị T. 1946 25/04/2019 1800208100 1/12 24 Lưu Thị C. 1961 30/04/2019 1900068394 18;1/12 25 Nguyễn Thị L. 1969 01/05/2019 1900006476 16 26 Trần Thị L. 1961 13/05/2019 1900079607 16;1/12 27 Đỗ Thị T. 1957 13/05/2019 1900085714 1/12 28 Lê Thị Thanh T. 1980 19/05/2019 1900062134 16 29 Nguyễn Thị Diệu T. 1977 20/05/2019 1900089368 18 30 Nguyễn Thị T. 1960 21/05/2019 1900086621 16 31 Hoàng Thị N. 1988 23/05/2019 1900071208 16 32 Nguyễn Thị Kim X. 1960 28/05/2019 1900088233 1/12 33 Hồng Thị H. 1954 28/05/2019 1900095507 1/12 34 Trần Thị H. 1977 28/05/2019 1900063761 1/12 35 Nguyễn Thị H. 1964 29/05/2019 1900094100 1/12 36 Nguyễn Thị N. 1988 05/06/2019 1900113319 16 37 Ngô Thị Thanh H. 1975 05/06/2019 1900108537 16 38 Nguyễn Thị Bích T. 1974 06/06/2019 1900101465 16 39 Nguyễn Thị L. 1982 12/06/2019 1900081882 16 40 Nguyễn Thúy H. 1973 17/06/2019 1900128372 16 41 Tạ Thị B. 1975 17/06/2019 1900120051 16;1/12 42 Trần Thị T. 1967 24/06/2019 1900116480 16 43 Ngô Thùy D. 1959 25/06/2019 1900135410 16 44 Ngô Thị Thu H. 1974 25/06/2019 1900135664 1/12 45 Nguyễn Thị P. 1975 01/07/2019 1900121551 16 46 Nguyễn Thị T. 1987 03/07/2019 1900132813 16 47 Trần Thị Thanh M. 1992 10/07/2019 1900141210 16;1/12 48 Đỗ Thị T. 1974 11/07/2019 1900139881 18 49 Đinh Thị Thu T. 1984 16/07/2019 1900122919 1/12 50 Nguyễn Thị Á. 1973 17/07/2019 1900136437 16 51 Lê Thanh H. 1968 25/07/2019 1900144177 18 52 Nguyễn Thị Thùy N. 1993 29/07/2019 1900129146 16 53 Nguyễn Thị T. 1978 30/07/2019 1900122805 18 54 Nguyễn Thị T. 1976 01/08/2019 1900134191 16;1/12 55 Lò Thị T. 1979 07/08/2019 1900140238 18 56 Hoàng Thị P. 1974 07/08/2019 1600195553 18;1/12 57 Đặng Thị T. 1979 08/08/2019 1900145623 16 58 Đặng Thị H. 1980 12/08/2019 1900141311 18 59 Hồ Thị Bích M. 1998 25/08/2019 1900134602 16 60 Đàm Thị Phương N. 1985 02/09/2019 1900174175 16 61 Lã Thị T. 1980 03/09/2019 1900176342 16 62 Nguyễn Thị N. 1957 08/09/2019 1900182749 16,1/12 63 Phạm Thị Tuyết N. 1950 08/09/2019 1900189465 16 64 Vũ Thị Minh H. 1971 08/09/2019 1900175248 18 65 Hoàng Thị H. 1984 11/09/2019 1900187384 16 66 Nguyễn Ngọc K. 1972 12/09/2019 1900187076 18;1/12 67 Vũ Thị H. 1961 19/09/2019 1900192472 16;1/12 68 Phan Thị Diễm H. 1986 25/09/2019 1900171696 16 69 Nguyễn Hồng Đ. 1984 25/09/2019 1900046729 16 70 Hoàng Thị M. 1975 26/09/2019 1900198911 16 71 Nguyễn Thị T. 1964 06/10/2019 1800092890 18 72 Đặng Thị T. 1974 09/10/2019 1900209784 1/12 73 Trần Thị Kim T. 1977 09/10/2019 1900194690 16 74 Trương Thị Việt H. 1976 09/10/2019 1600260224 18;1/12 75 Hoàng Thị M. 1971 17/10/2019 1900213380 16 76 Lê Thị H. 1961 23/10/2019 1900215760 16;18 77 Phạm Thị M. 1988 23/10/2019 1900186858 18 78 Nguyễn Thị Hồng T. 1977 29/10/2019 1900213163 16;1/12 79 Trần Thị T. 1978 10/11/2019 1900228984 16 80 Lê Thị X. 1980 12/11/2019 1900225883 18 81 Hoàng Thị H. 1982 19/11/2019 1900225142 16 82 Phạm Thị H. 1979 21/11/2019 1900228792 18 83 Nguyễn Thị T. 1975 27/11/2019 1900241934 16 84 Nguyễn Thị Phương T. 1984 28/11/2019 1900239169 16 85 Trần Thị D. 1969 02/12/2019 1900167806 16 86 Yên Thị H. 1973 02/12/2019 1900246567 18 87 Nguyễn Thị Q. 1964 04/12/2019 1900249008 16 88 Nguyễn Thị T. 1977 04/12/2019 1900240674 16 89 Nguyễn Trà M. 1995 04/12/2019 1900261816 16 90 Vũ Thị B. 1969 05/12/2019 1900253315 18 91 Bùi Thị V. 1985 16/12/2019 1900265906 16 92 Nguyễn Thị H. 1977 24/12/2019 1900241413 16 93 Đàm Hải H. 1979 25/12/2019 1900268678 16;1/12 94 Nguyễn Thị H. 1979 30/12/2019 1900225502 16 95 Phạm Thị X. 1983 02/01/2020 1900257543 18 96 Trần Thị Tố H. 1963 05/01/2020 1900267173 16 97 Nguyễn Thị N. 1990 06/01/2020 1900271662 16;18;1/12 98 Trần Thị Thúy H. 1977 09/01/2020 1900256504 16 99 Nguyễn Thị H. 1977 13/01/2020 1900261899 18;1/12 100 Nguyễn Thị Lan M. 1976 15/01/2020 2000007623 16;1/12 101 Mã Thị Hồng L 1975 15/01/2020 2000000391 18 102 Nguyễn Thị H. 1961 15/01/2020 2000000356 16 103 Ngọc Thị P. 1985 16/01/2020 1900279361 18 104 Nguyễn Thị H. 1978 02/02/2020 1900279805 18 105 Đào Thị H. 1968 05/02/2020 2000004682 1/12 106 Nguyễn Thị H. 1989 12/02/2020 2000023182 16 107 Trương Thị T. 1975 16/02/2020 2000015410 16 108 Trần Thị Y. 1990 17/02/2020 2000015085 1/12 109 Thân Thị B. 1972 17/02/2020 1800110074 18;1/12 110 Nguyễn Thị T. 1960 19/02/2020 2000018064 16 111 Nguyễn Thị Q. 1984 20/02/2020 2000017261 16 112 Lê Thị H. 1987 20/02/2020 2000010085 16;1/12 113 Đào Thị L. 1952 25/02/2020 2000021057 16 114 Đỗ Thị H. 1980 27/02/2020 2000016061 16 115 Nguyễn Thị L. 1981 04/03/2020 2000026237 18 116 Nguyễn Thu H. 1985 09/03/2020 2000026126 16 117 Nguyễn Thị P. 1977 18/03/2020 2000056157 16 118 Nguyễn Thị T. 1962 05/04/2020 2000052111 16 119 Nguyễn Thị Thanh H. 1976 15/04/2020 2000042826 16 120 Nguyễn Thị T. 1980 22/04/2020 2000040181 16 121 Nguyễn Thị Bích V. 1980 06/05/2020 2000049515 16 122 Phạm Thị H. 1962 18/05/2020 2000050592 16 123 Trần Thị H. 1972 25/05/2020 2000054371 16;1/12 124 Kim Thị Hoàng Đ. 1972 27/05/2020 200068384 18 125 Nguyễn Thị H. 1980 27/05/2020 1900183484 1/12 126 Hồ Thị Bích T. 1960 27/05/2020 2000063493 16 127 Đỗ Thị P. 1976 28/05/2020 2000061270 16 128 Phạm Thị Mỹ T. 1985 05/06/2020 2000059456 1/12 129 Nguyễn Thị T. 1959 11/06/2020 2000071889 16 130 Lương Thị L. 1966 18/06/2020 2000077268 16 131 Trần Thị M. 1981 18/06/2020 2000059645 16 132 Lê Thị H. 1976 22/06/2020 2000084112 1/12 133 Hà Thị S. 1973 24/06/2020 2000073424 16 134 Định Thị Á. 1971 24/06/2020 2000064931 16 135 Trần Thanh H. 1983 25/06/2020 2000078229 1/12 136 Ngô Giáng T. 1989 05/07/2020 2000020989 1/12 137 Vũ Tố N. 1959 09/07/2020 2000093531 16 138 Phan Thị Vân A. 1985 15/07/2020 1900206093 16 139 Nguyễn Thị H. 1971 15/07/2020 2000091544 16 140 Trịnh Thị H. 1983 15/07/2020 2000084418 16 141 Lê Thị Bích L. 1974 15/07/2020 2000085846 16 142 Nguyễn Thị H. 1988 20/07/2020 2000073563 16 143 Lê Pha L. 1969 22/07/2020 2000091299 18 144 Nguyễn Thị N. 1986 23/07/2020 2000064814 18;1/12 145 Nguyễn Thị U. 1974 26/07/2020 2000073930 18 146 Chu Thị Đ. 1982 29/07/2020 2000090596 16;1/12 147 Ninh Thị Thanh H. 1993 30/07/2020 1800119390 16;1/12 148 Lê Bảo Y. 1989 06/08/2020 1900110274 16 149 Phạm Thị Hoàng Đ. 1965 12/08/2020 2000116451 18 150 Vũ Thị Linh D. 1964 13/08/2020 2000113058 18 151 Cái Thị Bích V. 1961 16/08/2020 2000117185 16 152 Nguyễn Thị Hoài H. 1991 16/08/2020 2000116971 16 153 Nguyễn Thị H. 1975 20/08/2020 2000101351 16 154 Triệu Thị X. 1969 24/08/2020 2000116283 16 155 Trần Thị N. 1987 14/09/2020 2000128647 16 156 Đỗ Thị L. 1978 05/10/2020 2000135708 16;18 157 Hà Thị N. 1959 08/10/2020 2000133735 16 158 Nguyễn Thị H. 1968 12/10/2020 2000148567 16 159 Nguyễn Thị L. 1962 12/10/2020 2000143772 16 160 Nguyễn Thị H. 1976 12/10/2020 2000129134 1/12 161 Nguyễn Thị O. 1980 14/10/2020 2000138174 16 162 Phí Thị Vân A. 1981 18/10/2020 2000140607 16 163 Trần Thị Q. 1974 19/10/2020 2000133578 16 164 Vũ Thị T. 1978 19/10/2020 2000147203 16 165 Nguyễn Thị C. 1975 29/10/2020 2000153720 16 166 Đỗ Thị Đ. 1995 02/11/2020 2000138516 16 167 Lê Thị T. 1969 02/11/2020 2000159540 16 168 Nguyễn Thị H. 1993 04/11/2020 1800065110 16 169 Nguyễn Thị T. 1983 04/11/2020 2000133480 16 170 Lê Thị P. 1984 12/11/2020 2000144217 1/12 171 Nguyễn Thị L. 1974 16/11/2020 2000160728 18 172 Nguyễn Thị T. 1968 18/11/2020 2000137466 16 173 Nguyễn Thị L. 1987 23/11/2020 2000168345 18;1/12 174 Nguyễn Thị H. 1977 25/11/2020 2000175064 18 175 Phạm Thị T. 1980 25/11/2020 2000144681 18 176 Đỗ Thị Thu H. 1977 30/11/2020 2000166537 16 177 Đỗ Thị Kim H. 1983 30/11/2020 2000109480 1/12 178 Nguyễn Thị X. 1977 01/12/2020 2000168842 16;18 179 Lê Thị L. 1972 07/12/2020 2000174016 18 180 Hà Thị Thu G. 1969 09/12/2020 2000181208 16 Xác nhận của thày hướng dẫn PGS.TS. Vũ Bá Quyết Xác nhận của BVPSTW